DreINT0099755 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000000103 | myh10
Description
myosin, heavy chain 10, non-muscle [Source:ZFIN;Acc:ZDB-GENE-030616-162]
Coordinates
chr6:7437306-7443492:+
Coord C1 exon
chr6:7437306-7437323
Coord A exon
chr6:7437324-7443399
Coord C2 exon
chr6:7443400-7443492
Length
6076 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
TATGTGAGT
5' ss Score
5.56
3' ss Seq
CAGTGACCATTGCTTTATAGGGA
3' ss Score
4.85
Exon sequences
Seq C1 exon
AACGGAATCCTGTTTTAT
Seq A exon
GTGAGTAGCTTGTAGTTCTTTGTTTTATTTCCCTCCATTTTCTTTCGTCTGTCTCCCCATAGTTCTTACTGCTTACTATTTTTGTTCATTCTACTTTTTAAATAGTTTTTTTACTAACCACTTCCCATTCTGCCATGTAACATCGGCTTAATTTTTTTTCCTGGTTTCTAAATCCTACACTTTTGGGGTGATGTATCTCTGTTAAACAAAATTCTGCATGTAAAAGTACTGCATAGTTGTGGGTCCCCATTCTAAAATCACATGCTGTCCATTCATTCAGTTGGAAGTTTCTGGAATGTCCATTTACAAAGAGCAGCTCAAATGCCAGTAGTTCTTGGCACAGTTTCTTTAATGATGGAAGTAAATTAGGGTGTGTTCACATTTTGCTGGTTTGGTTCTATTAAAACACAAAGTGGGGGGTCTTGGTCTGCTTTCAAATGATTTTGAGTGCTGTTTGACTGAAATATGAGTGCAACATGGACCAAAAGAAATGAAAAATAACCCATATCAGAACCTGATGTCAAAAGATGTGCCTTTATTACTTAGTAATGCAGCTTAGCAGTTATTTTTGTCTTGATGTTTTGCGTTACAGTTCAATATGGTTGTCTGAAACTCGCCTTCATGTATTATAAGCTTTTTAAAAGGTCATTATGGATAAAAATACCATCACTTTACACTAAAAGGACACATAGCATTGTATTAGATGTTTAGTACATTTTAAACAGTAGGGCTGTGCGATATGACGACAGTTTCATAACACAATATGTCATCTCATGTTCTGATAATAATATACATCACTATATAGTACCTTTGTCTGCATGTACATTGACCACGTGGAAAATTTACTACTAATAATAATAAAACGGTCTTAAATTTCACTCAGTAAAATGCTAAATGTAAACCTTTTAAGACTGACGATAGACTTTTTATTTTGACCTTAAGACATACTCACCGGCCACTTTATTAGGTACACCTTACTAGTACCGGGTTGGACCCCCTATTTGCCTTCAGAACTGTATTAATCCTTCGTGGCATAGATTCCACAAGCTGCAGGAAATAGTACTTAGAGATTTTGGTCCATATTGACTGATACCATTAGCAGTTGCTGCAGATTTGTCGACTGTACATCCATGATGCGAATCTCCCGTTCCACCACATCCCAAAGATGTACTCTATTGGATTGAGATCTGGTGACTGGAGGCCCTTTGAGTACAGTAAACTCATTGTCATGTTCAAGTCTGAGATGATTTACGTTTTATGACATGGTGCGTTATCCTGCTGGAAGTAGCCATCAGAAGATCGGTACACTGTGGTCATAAACGGATTGGTCAGCAACAATACTCAAGTAGGCTGTGGCATTGACATGATGCTCAATGGGTACTAATGGGCCCAAGGTGTGCCAAAAACATATCCCCCACACCATTACACCACCACCACCAGCCTGAACCATTGATAAAAGGCAGGATGGATCCATGCTTTCATGTCGCTGATGCTAAATTCTGACCTGACCATCCAAATGTCGCAGTAGAAATCGAGCCTCATCAGACCAGGCAACGTTTTTCCAATCTTCTATTGTCTAATTTTGTTGAGCCTGTGCGAATTGTAGCCTCAGTTTCCTATTTTTTAGCTGACAAGAGTGGCACCCAATGTGGGCTTCTGCTGCTGTAGTCCATCCGCCTCATGTTTGACGTGTTTTGTGTTCAGAGATGCTCTTCTGCAGACCTCTGTTGTAACGAGTGCTTATTTGAGTTACTGTTGCCTTTCTATCAGCTCCAACCAGTCTGGCCATTCTCCACTGGCATCAACAAGGCATTTGCGCCCACAGAACTACCACTCACTGGATATTTTCTCTTTTTCCGGCCATTCTCTGTGAACCCAAGAGATGGTTGTGGAAATCCCAGTAGATCAACAGTTTCTGAAATACTCAGACCAGCCCGTCTGGCACCAACAACTATGCCATGCTCAAAGTCACTTTCACCTTTTAAAATCACCTTTCTTCCGAACTTTTATGTTCAGTTTGAACTGCAGCAGACCATGTCTAAATGCATTGGGTTGCTGCCATGTGATTGGCTGATTAGAAATTTGCATTGATGAGCAGTTAGACAGGTGTACCTAATAATGTGGCCGGTGAGTGTGTATGCCCTACAAAAGAATATAGCAGTAGAATATGTCTTAAAGGTCTTTTTTTTTTTTTTTGTATCTTTAGACTTCATCTTAACAAAATGCAGTGTGGATACCAAGCAAACCATGACTAAATGCAGATTTTTTTTTCTAGACCAAATAAACCAAGAGAACTAAGCTACAAGTGTGAACAAACCCTTAAACCATCAGACTTTCTAGAAAAGTTGTCACTAGCAGCTTTTGTATAAATGTTTTCCTACAAAGCTTCCCTACTATTGCTTTTTTCAAAGTTCACTCCAGTCTCCTAGATACACCAAAATATGTTTAAACAGTTTAGCTATTAAATACAATTGGATGGATGCTGCAGTCTATTTTCACCCTTTTGTAATATTGGATTTCCAAAAGCATGAAAGTGTTCAAACTTTAAACCACAAAGCCTCCCTGGACTTTATCCACTCTTCTTCTGCCATTTGGTTTACGTAATGGGAACAAGAGTGTCAAATCACAGTGGTCATTCTCTTTTGCCGTGTTGTGTTCCTGTGTCACGACAACAGCAAGAACAATGGGACACCTGTCCAAACTTCCTATCAGGTGGACGTGGACAACACTGAGGGGCGTTAGGGGGGTGGATGTCCCAGATTTGCTGCTGAGATGCAGGCTAGCTCTGTGATGTGGCACAGTGGGACTTTGGGCGTCTGTCGTTGCTAATTTGAGGAGTTTCCTCTCCAACCCCCAGTGCCTGCGTTTCAGATTTTGAGCAAAAACCCTCTCATGGCAACCCATGCTTTAATTAGGTTTGTAGGGTAGTGTATTTTTAACTTCAGCTAGATGTTCTGCTTCTGGTTTAGGGTCAAATGCAGAAAGCTGGCTTTACTGTAGAAGCAAGCAAACGTATATCTATACATATATTTAAATTAGTGCTGGGCAAAGATTAAACTTGATTAATCGCATCCAAAAAAAAAAAAGTTTGACTTGACCTGTGCATATTATTATTTATTTTAACTTTTTTTAAAAAGGAAAACAGTCACTGTTGGTTTTAAGCAATGTGTGTTTTAATTTTAGTTGTTCAGCGGTGATGTTCAATAAATAATTGTAGATAGTGTGTGTTTCCTTCAATTATTTTAAAATTCAGTAATGCACCCTTCATTCAGAAATCTTTCACTTGTATTATATGAGCATATTTACTATACAAAACTTGTCAGGTTATTTTTTAGGGCAAAAAAAATATATAAATAAATGAAATAATCATTCATTTAATCATAATCAAGCTAAAATGTTTAATTAATTAAGATTTAAATTTTAGGCCAAATTGGCCAGTCCTATTTTAGACAGGTTTTCTTTGGGGGAAATGCTTAACATTCATTACCTTTGATTCGTTTGTGTTCTGACCACATGTGCTTGGTTGTGTACTATATCAATAAAGTCTTTTATAAACACTGTTGTAATACATTGAACCACTAAACATTTAAACATTTTTCTACGGGAGGAAAACGCAAATGACCTTCAAATACTTGTCAAATATAATACAATATTATAAAAATATAGCCTGTGTTAGTAAATGCAAGGCTATTTATGAAATCCAGGCATAACACTGTATGTCAACGTTTCAAATGACTGTTTAGTGCCTACAGCTAATCAATCTGGCAGATTCTGAAGTGCATTAAAGTTTTAAATACAATTATAGATGGTAAATAATATTAAGTAAAACAAACACATTTAAAGATAAAAGTATTTAAAAATTTCTCTCACCTAGGAAATGGAGGCCACATGAATGGTTTGTGAGCACAATTAAGTGCTCAGTATGCTATCTGATAGTTCCGAAATTCTCTAATAATCCCAAAAGGCAACTGACTGTGTAAAGTCACTCAAAACTAAACAAAAATATGATGTATATGCCGAGTTCAGCGGCTAATCAGCTAGAATCAGCTGATGGTGATGAGACAGCAAGCAGCGAGAACTAGCTGTCACTCAAGAGGCCACGCCCTTAATTAAGGAGACTTAATATAAATGAATCGAATTGAGTTATAAACTAAATTCACTTCTCTCACAGTTGTCATGAAGGATGATTTTAGCTACATGCACCAAAACAATCTTGTGTACCAGGCTGTAAACATGTTTTTATCAGCTGTAAATTTGGCTAACTTAGCTTTGCAGTCATCTGGGGTTTGTGGAGCCAGCCCTCTGAGGCCAGTCGATGAATTGCAATTTCAGTTACTTCCATATTAGCTTCACAAGAGAGAGCAGGATGTTGCCGCTTGGTTTAATCATGATTAATCTCTGCCCAGCACTAATCTAGATCTAATAAAAATGTTGTGTTGGGATTTATTTATTCCCCCTTTTCCTAATTGAATGCTGCAGATCTGACATCAAAAACGAAAAGACTAAATTACTGCTGATTCCCTCAAGATTTTTATGATTTGGGGTTTTCAACTAACAAGTAACAAGTTCTTTGGTGAACAGCTTGCACTTGAATGTTTAGTCATATAAAAACAATACACACCGCATAGATTTTTATGCACTAATCTAGTAGAAAAATGAGCTGGTTTCAAATACATGTTTTAGTAATTCATGTTGTAGAGCATTATTTGGAAAGTTAATTTTTACCACAGGTCTTGATTTACTCACGAATTGAGAAAAAATCTGTTGGAAAATCCTGAGGAAGCCGCTGGTAAATTGGTCTTTTGTTTTTTGAGGTCACGGCTGCTGCACTTTATACGTTTAAATGTGTTAAAATGGATGATGATAAACTGATTTGATTTGCTTTGATTGATCGGTTGAACCTAACTAATAATACAGACTAACACAAGATGATCTGCAGTATACAATAATGGGATAGTTCATCCAAAAAATAAAGTTTTTTGCATTAATTTACTCCCTTA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Seq C2 exon
GGAGAGTTGGAGCGTCAACTCCTACAGGCAAATCCTATTCTGGAATCCTTTGGAAATGCCAAAACAGTGAAAAATGACAACTCTTCACGTTTT
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000000103:ENSDART00000151114:7
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.022
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0006316=Myosin_head=FE(0.7=100)
A:
NA
C2:
PF0006316=Myosin_head=FE(4.3=100)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]