DreINT0099996 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000001014 | myh9b
Description
myosin, heavy chain 9b, non-muscle [Source:ZFIN;Acc:ZDB-GENE-030131-998]
Coordinates
chr3:5242712-5249521:-
Coord C1 exon
chr3:5249407-5249521
Coord A exon
chr3:5242900-5249406
Coord C2 exon
chr3:5242712-5242899
Length
6507 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
ACGGTGAGT
5' ss Score
11.45
3' ss Seq
TGTGTGTGTGTGCGTCTCAGTGG
3' ss Score
7.42
Exon sequences
Seq C1 exon
GTGGACTATAAGGCAGACGAGTGGCTGATGAAGAACATGGACCCGCTGAATGATAACGTGGCCACTTTACTCAACCAGTCCACGGATAGATTTGTGTCTGAGCTGTGGAAAGACG
Seq A exon
GTGAGTTTCAGCTTCATGATCAACATTACAGCAGCAGATGTAGATGTGACCGTAGGGCTGGACGATTCACTGAAAGCCTAATTTACAACCTCTAACTCATCGAAAGTCAATCATTTTCAGTTGTTATTATGTACTTTTTTTCATTATAGACATTTGAAACACCCTTTTAAAGCACATGCGAGTTATTATTTTCAACTTTTTTCACATAGCAATTATCGTCAGCGTTTTTTCAAGTGTTGGTTATTTTTGACTTATATTTCGGCTAGTTATTGTCTTAATTTTAGTGTATTTTACGATAAACCAGATTTTTATTTTTCACAAGACATCTTCATTTCGAGCAGTCCGTGCTTTGGTTATATATATATATAAAGTTGGTTTTATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATAAAGATGTATTATAATAAAATATACTGGGCAGCACGGTGGTGCAGTGGACAGAACATTCGCCTCACAGCAAGAAGGTCGCTGCTTTAAGACTCGGCTGGGTCAGTTGGCATTTCTATGTGGAGTTTGCATATTCTCCCTGAGGTCCCGTGGGTTTCCTCCAGGTGCTCCAGTTTTCCCCACAGTCCAAACACATGCAGTACAGGTGAATTGGGTAGGTTGAATTGGCTGTAGTGTATGTGTGTAAATGAGTGTATGGATGTTGCCCAGTGATGGGTTGCAGCTGAAAGGGCCTTCGCTGCGTAAAACGTGTGCTGGATAAATCGGCGGTTCATTCCGCTGTAGTGACCCCGGATTAATAAAGGGACTAAGCCGAAAAAAAAATGAATGAAGAAAATGTATAGAAATTCAATCTCGCCTTATATAGCTGAGTATATTTACAGCGCAGACCTGCAACTATGAGGGCCAAGTAAACCAATAAATGAATGAAACACTTTTATTTAGTATTCTCAAACTATTAATCGCATCCAAAATAAAAGGTTGGATGTTCATAATATTTATTAGTGTGTACTGTGCATATTCATTATGTATAAATTTCATTCATTTATTATCTTTTCTCCCTTCTATTAATCTGGAGTTGCCACAGCGGAATGAACTTACCCAACTTATCCAGGATATGTTTAACGCAGCGAATGCCCTTCCAGCTGCAACCCATCTCTGGGAAACTTTGAAACACACTCATTCACACTCATACACTACAGACAATTTAACCTACCCAATTCACCTGTACCGCATGTGTTTGGACTGTTGGGAAACCGGAGCACCCGGAGGAAACCCACGCGAACGCAGGGAGAACATGCAAACTCCACACAGAAACACCAACTGAGCCGAGGCTCGGACCAGCGACCTTCTTGCTGTGAAGCGACAGCACTACCTACTGCACCACTGCGCCGCCTTTAAAAGACCTTGAGCCAGGAATCGAACTTAGGTCGCCGCGATTACTTTGGTGCTATATGTCGGCGCACTTAACCACTAGGCTATTGGTATAAATTATGTATAAATATACAGTATAAATACACAAATACATGTATATATTTGAGAAAATAAATAAATATTATTTATTTAAACTTATTTTGTATTAAACACACATTTTTAATTGAAATAAACATTTTTTCAATTTTGTTTTGAAATTTGTTTATATTTGAGAAAATTTCCAAAAATATATTAAAATACATTTATACTTGGATTAAATATACATTTTGAATATATAATAAACATTTCCTCAGAATATATAAGCAAATTTGAGTTTATTTGCATTTAAAATCTAAATTTAATATGAATATAAGTGTATTTTATTTTTAAACATTTTTGTATTTTATCTGTTTATACAATATATATATATATATATATATATATATAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGATTACGTGCTTGTATATATGTAAATACAAACTTCTATTTTGTATCATGATTTATTGTTTGACAGCACTGATAATAATTTAAAATAAAATAATAATTTAATACTCATTATTAAGTTGAAACTGTTACTAAGAACAACAGTTTTGAACTCGTCTCTTTTTATTGCACGACCATCATTTACCAGTCTCAGCCAAAACAACGGCTGCATCAGAAACCGCATACTTCCATACTATATAGTACGCTAAAAACAGTATGCGAGTCCAGTAGTATGTCTGAATTCGCAAAATTCGAAAAGCAGTATGCAAGAAGTACCCGGATGACCTACTAGTTTAAACACTACTAGTGGACACTACACTATCCCACGATGCACCATGAGAGAATTCGTGAATTGAAGTGAAGTGATGCAACTGACGCGGGTTAGGTTATGTAATGATGACAAAGTGTAGTGCGTTCGAATTCCATTCATACTGTATAGAGCGGACTTATCTTATGGTCAAGTAGTACATTTAAATTCAAATGCAGTACCTACTGAGTAACAGGCGATTTCGGACACAGCCAATAACTCCCGCTTACGCAGGAAGTGACCTTTTACATAGCATAAAAATCCTCGCCTTTATTTTCATGTACTATACACACACACACATCACCAATTATGTCAAAAGCAACTATTTAACTTAACGAAATCTTCAGTTAATCGATGTTTTAGTCTTACCTGATGTCGTCCAGCCCTGCATGAAGTCCTCTAATGTTTCAACACTCTGGGCGTCTTTTTTTTCTTCTCTTTCTCTGGAAACTGACCGGATTTGTTCTCTTCTGCTCGTGTCGTTGGTGTTCGCTCCTCTTTTATTCTCCATCCCTCCATGCGTCCCTTGTTTTGTGTCCTCCTGGGCCTTTATTCTCTCCGTCCCGTCTGTCCGAATCTCTCTCAGAGCTCCAGACCTGTCAGAGAGCTTATTTCTATCAGCGTTTTCCTTTCCTTCATTTAGAGCCAGGTGACGTCTTCGGTTTTTCTCTCCCCTTTTAGTTTATTTCCCTCCACTCCATCCATCCCATCAGCTGTGTGTGTATGTGTGTGTGAGAGAGTGTGCGTATCTGAGGTGTATTTCTCTGATTTTTCTGCTGTTTCTCCTCTCTGTGTGATATAGTGTGCTTTGGCGCCCCCGCTGTCCATCTGTGGTACTACAGAAATGGGTATAAACTGCATGGGTTTGGTTCTGTTCTCACCAGTGAAACATGACCACAGTATGCAGTTACACACACACACACACTCACACCGGTCCAAAATTCACACAGCGCAAAACTCACCGTAAAGTGTTTATGAAATCTAATTTATTTCTTGGGGAATGTAGTGTTATCTAGTTACTGTTGAATTTAGTGTTTTGTTTTATAGTTATCATACTACATACTTTTTGGTCCATTTAAAATACAAATATTTGACTCAAATTAATCATATTTAACAGTTTTACACTTGTGTATATTTTCCACATTGTATGCAGACTACGCTAAAATGTTTATTATCTATTTATTGATATATATATTTAAAAAAAACATTGTTTATTAGGAAATGCTTAAAAAATCGTTGTATTTTTCCACCTAATTATTATTATTATTTTTAAGCTTTTATTATTATTTTTCCTTATAAATTTAGTGACTAATTTATCTTATGTTTACGATTCATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATCCCTATTAATATTTAACTAATGATGCATGTTAGTTTTTTGTTTTTATTTATTTTTTTAGGATAGACTTGTTAAATTAGTGTCGTCAATGTTTTATAATTTTTCATATGTTTGTTTATACACAGTTAGGTCCATAAATATTTGGACATCGACACAATTCTATCATGTTTGGATGTATACACAGACACAATGGATTTGAAATGAAACGAGATGTGCTTTAACTGCACACTGTCAGCTTTAATTTGAGGGTGTTTACATCCAAATCAGGTGAACGCTGTAGGAATTACTACAGTTTGCATATTTGCCTCCCACTTGTTAAGGGACCAAAAGTGAATAAACAGAATAGTAATCGTAAATCAACCTTTCGCTTTTTTTAATTATTGGTTGCAAATCGTTTGCAGTCAATTACAGCTTAAAGTCTGGAAGGCATGGACATCACCAGACATCCACCACAGGTGTTTTCTGTGGTCTTCCGGGTCTTTTGGTGTTGCTGAGCTTGAGCACGAACTGGTGTGTTCTCTCTTTTTACGAATGTTCCACACCGTTGTTTTGGCCACTCCTGATGTTTTTGATCTCTCTCTGATGGGTTTGTTTTGTTTTTACAGCCTAATGAGGGTGTAGCACCCTTTCCCTATGGCGATGGAAGTGCCCTTAATTGTTATAAATTAGATCGCTCTAATTTGTAATTTCACCCCAAAAAGTAACCCATAACCTGATACCAATTAATATAAATAGTAAACACACCCAATCTGGTACAAAATTACACTTCCAAATTTACCTAAATACAATTAAACCAAGATATACAAATAAAAGAAATAAAGGTTTGTTAAAAATAAAGCTTTTCGTTTTCCTTTTTTTTTCCAAAATCAAATAAACGGCAATATCAGCAGTTCGTTGAGAAAAGACCAAAAATAGTCCATGTAAAATGAATGGAAAAATAGCTAAACCTCATTGCAGGCCTGTTTCGGCATTCGTAGTGGCATTAAAACACCCTAAAAATAAATAAAATTTTACTCTTACCATAGCCCAGGGAACACATCAGAGCTAGTACAGTTCAGGAGGGAATAGCGGGGAGTCGGCAGTGTACTGTCTTGTCCAACACTGCCAGATAAGCCACTGAGGTATCCTAGTTTCTCAGGGCGCTATCTGAAATGTTTAGTTTTGTTGATATATAGGACGATAATAATTCGCAGAGATCTCCGCCTTTGCGGCTAACACTGTGTTTCAAGAGTTTACACTTAGATATTGTTTGACAACTGTTAGCAGGTTTGGCATGCTGTCCCAGGTGGGAACTCTGAGCTCGGAGATAGTTGAGGTCAGGGCTCCCGCCTAGTCAATAGAGGATGTAAGGGCAGTACGAGATCAGGGGGTTCTCGAGAGCT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Seq C2 exon
TGGACCGCATCGTGGGTCTGGATAAAGTTGCTGGGATGTCGGAGCTGCCGGGAGCCTTTAAGACTCGTAAGGGAATGTTCCGGACGGTCGGGCAGCTTTATAAAGAGCAGCTCTCCAAACTCATGGCCACGCTCAGAAACACCAACCCAAACTTTGTCCGCTGCATCATTCCCAACCACGAGAAGAAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000001014:ENSDART00000137105:14
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0006316=Myosin_head=FE(5.5=100)
A:
NA
C2:
PF0006316=Myosin_head=FE(9.0=100)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
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GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]