DreINT0105457 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000052094 | notch1b
Description
notch 1b [Source:ZFIN;Acc:ZDB-GENE-990415-183]
Coordinates
chr5:65012318-65016207:-
Coord C1 exon
chr5:65015994-65016207
Coord A exon
chr5:65012409-65015993
Coord C2 exon
chr5:65012318-65012408
Length
3585 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
GAGGTCAGT
5' ss Score
7.7
3' ss Seq
GAGCTTTTTTCTGAAAACAGGCC
3' ss Score
4.47
Exon sequences
Seq C1 exon
GTGAGATCGATGGACCGTCGCCTGTAGAGCTCTATCCAGTCTACGTGGTTCTGGCAGGATTGGCGCTGCTGGCCTTTGTCGCCATTGGGATGGTGGCGTCCCGTAAACGGCGCCGGGAACACGGACAACTTTGGTTTCCGGAGGGTTTTAAGACCAGCGAGCCCAGCAAGAAGAAGAGGAGAGAGCCGGTCGGAGAAGATTCAGTCGGTTTGAG
Seq A exon
GTCAGTTTGAGATTTCTATTTCAGCATTTGTCGAGCTTAATCTCATCGTCTGAGTGCGAATTACGTTTTCTAGATCTGATATTTATTATTTTACAGGGTTTCAAGTCAAATTTAAGACTTTTTAAGACCATGAAGAATTTAAATTCAGACTTACAGTTGAAGTCAGAATTATTAACCCCCCTGAATTATTGGCCCACCTGAAATATTTGCTCCTCTGTTTATTGTTTTTCCCAATTTCTGTTTAACAGAGAGCAGATTTTTTAGCACATTTCTAAACATAATAGTTTTAATAACTCATCTCTAATAATTGATTTATTTTATCTTTGCCATGATGACATCACATAACATTTTACTAGATATTTTTCGACACTAGTATTCAGCTTAAAGTGACATTTAAAGGCTTAACTAGGTTAATTAGGTTAACTAGGCAGGTTGGGGTGATTAGGCAAGTTATTGTATAACGATGGTTTGTTCTGTAAACTATCGAAAAAAATAGCTAGTAGAGGCTAATAATTTTGACCTTAAAATGGTGATTAAAAAATTAAAAACTGCTTTTATTCGAGCCAAAATAAAACAAATCAGACTTTCTTCAGAAGATAAAATATTATCAGACATACTGTGAAAATTTCCTTGCTCTGTTAAACATCATTTGGGAAATATTTAACAAAATATAAATAAAGGTAGAATTTTTTAAATGGCCAAGCAGACAAAATATGTACTTAACCCATCAAAAAATCTATTTTAAAAGATTATGTATTATGTATTTTAAACAATCTGTCAAAACAAGCAGACCTAGCTGTTTGCACAAGCTAAATGTATGGACAACAGACTGTTATAATATTAGTTATGAATAAAAGGTTTTATTGAGATGGATTGTTGGTGGTTGGTTGTGCGTTGGATCGATTGGGTAGCTTTACATTCATCCATTCATTTTCCTTCAGCTTAATCTCTGATTTATAAGAGGTCGCCACAGCAGAATGAACCGCCAGCATATGTTTTACGCTGCGGATACCCTTCCAGTATTGGGAAAGGTATAAAGAGAGGAAAATTAAGACCAATTTAAATGATTTAAAACCTACAAGACAATGTTTCATTGAATTTAAGACATTTTAAGGCTTTTTAAGGCTTTGTTTTTAAGGTGTGTTGTAGGATAAGGTTTAGTTTTGGTGGTTGTTGTGTGTTTCAGATGTACAGTTGAAGTCAGAATTATTAGCCCTCCTAAATTATTATCCCCCTTGTATATATTTTTTTAAGTTCTATTTAACAGAGATATTTTTCAGCACATTTGTAATCATAATAGTTTTAATAACTAATTTCTAATAACTGATGTCTCTTATCTTTGCCATGTTGACAGTACATAATATTTGACTGGATATTTTATTAAGATACTAGTATTCAGCTTAAAGTGACATTTAAAGGCTTAAATAGGTTAATTAGCAGGGTATCCGCGGGGTCTTAAAAAATCTCAAAAGCTAAATTTTAGGCCTTAAAAAGTCTTAAATCTACCAAAATGTTGAAGATGTGTTGAAGGTCCTTTACATTCATTCATTCATTTTCCTTCGGCTTAGTCTCTGATTTATCAGAGGTCGCCACAGCGGAATGAACCACCAGCTATTCCAGCATATGTTTTACGCGGCGTATGCCCTTCCAGCTGCAACCCAGTACAGGGAAAGGTATAAAGACAGGAAATTAAGACTCATTTAAATGACTGAAGACCTACAAGGCAATGTTTCAGTGAATTTAAGACTTTAAAATTGTGTTTTATTTTACTTTTTAAGACTCCGTGGACTCTGTTTCTAAGGTGTGTTGTACGATTAAGTGAGGTTTTGGTGGTTGTTATGTGTGGGTTTCAGATTTACAGTTGAAGTCAGAATTATTAGCCCCCTGTGTATATATATTTGCCCAATTCTATTTAACAGAGAGATTTTTCTACACATTTCCAAACATAATAGTTCTAATAACTGATTTATTTTATTGTGTCATGATGACATTCATAATATTTTACTAAATATTTTTAAAGACACTAGTATTCAGCTTAAGGTGACATTTAAAGAATTAACTAGGTTAATTAGCAGGGTATCCACGTCTTAAAAAATCTCAAAAGCAAAATTTTAGGCTTAAAAAAGTCTTAAATGTAGTGAAATAATGTGCTGTAGTTCTTAAATCTTTTTTAACAGGTCTTATTTTTCCTTTGTTCGTGTATAGCTACCCAATCTGGCTATTAACACCCATACAATCACCAACACTCTATCTCAATAACACTTTTTTTATTCAAAAATAGCGTTTTATTACTTTATATTATCATTTGCTTAACCTCCTAAACTCTGGAACCTGGTACCAGGTCTGTGACATCATTTACTGTTTGTACTGGCCCAAATACACCCATAAGTGGTTCTGTTCTCTCATCAGTTGGAATAGAATAACTTCCGCATAGATTATGGTAGAGACATTTTCCTTTTTTTCTATGATTACTGACATGTGCAGGAACCACCAAAATTAATTACAGCAACCCAGATCACGTGGAATCTAAAAGGTACTCTTTTAAATTTGAGTTTACAAAAAAAAGTGCCTCTTTTTTGGAGGGGTTTATTATAACACAAAAAACATATACAAATATTTTAATCACTCTCAGCAGTGTTTTACGAAAATTCAAAGGGTTTTCTTTAAAATGATACCAAACTTTTGCAATTACACCTCTGCATGTGGATTTGGGATGCTTTTACATTTAGGTAGGCAAAATCCAGGAAACCCAAAAATAGCACTTGACTTTAAGCGGTTAAAAGTTCACCATTTGTTTACTGCAAATACAGAGGAGAGGATACTGGCCTGACCTTTATTTTTTATTATTAAATTATTATTATTGTAGACTGAAGTATTATTATTGTTGACTGAAGTAAGTGACAGCTTTGTTTTGTTCTATTCTTGGTAAGGGTTATAGGGTTTGTGAATGGATATATTTAAATATTTTTTATTGAAAATATATTGATTATTATTGTTTTATTAAATGTATTAAATTTTAATCATTGTTTTAATGGGGCAAGTGAAAATCTTGTCTAACTGAGATATTCAAAAAAATAGCATTTAGCCCTGTATAAGTCTAAAATTTCAATCATCATGGTCTTAATAAGACTTAAATTTAACTTGGTAACCCTGATTAGGCAAGTTAGGGTAATAGGCAAGTCATTGTAATGGTTTGTTTTGTAGACAAACGAAAACAAATATTGCTTAAGGGAGCTAATAATTTTGACCTTAAAATAGCTTTAAAAAAAATTAAAACTGCTTTTATGCTAGCTGAAATAAAACAAATCAGACTTTCTGCACAAGAAACAAATATTATAGGAAATACTGTGAACAATTCCTTGCTTTGTTAAACATAATTTGGGAAATATTGAATGAAGAAAAAACATTCACAGGAGGGCGAATAATTCTGACTTCAACTGTATATGTGAGCTGTACATAAGACCTTTATCTATAACTGATTGATAGATTATAACATTTCTGAATATGAAGTTGGAATACAATGACAGCTCCTTTGTTCTATAAAGGTTATCGCAGCATCTCTAATGAGCTTTTTTCTGAAAACAG
Seq C2 exon
GCCACTTAAGAACTGTTCAGACATTTCGTTAATGGACGACAACCAGAATGAATGGGGAGAGGAGGAACAGTCCGACAGCAAACGCTTCAGG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000052094:ENSDART00000130888:28
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.361 A=NA C2=0.677
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF076847=NODP=PD(14.3=12.5)
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]