DreINT0105460 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000052094 | notch1b
Description
notch 1b [Source:ZFIN;Acc:ZDB-GENE-990415-183]
Coordinates
chr5:65006576-65012224:-
Coord C1 exon
chr5:65012062-65012224
Coord A exon
chr5:65006875-65012061
Coord C2 exon
chr5:65006576-65006874
Length
5187 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTTAGA
5' ss Score
5.94
3' ss Seq
CTCTCGTTTTCCCTCTCTAGATG
3' ss Score
11.76
Exon sequences
Seq C1 exon
TCTGAGGAGCAGGCGATGCTGGATTTAGACGATCAGCCAGATCACAGACAGTGGACGCAGCAGCATTTGGACGCAGCCGATCTGCGCATCCCATCCATCGCTCCCACACCGCCTCAGGGCGAGATAGAGAACGACTGCATGGACGTCAATGCCCGAGGACCAG
Seq A exon
GTTAGACATGGTTTCTCTTCTTTTTTTATAACATAATAATGGTTTTGCTGAGTATTTTGACTTTTTTAGGTCAAAAAAGAAGGGTTGAAGTATAAAAATTATTAAAAAATAATAATAATACAGCTTTATGTTTCTTTAGACTAAACAGTTTAAATTAAGTCAAACTCATTCACTCTCATGTGAATTATTTTTGAAAAATTTCCCAAATGATGTTTAACAGAGCAAGGAATTTTAAACTGTAATTCCCATAATATTTTTTCTTCTGCAGAAAGTCTTATTTGTTTTATTTCGACTAGAATAAAAGCAGTTTTAAATTCATTTTTAAAACCTTTTTAAGGTCAAAATTATTAGCTCCCTTAATCAGTATTTTTTTTTATTGTCTACAGCCGCGGTACCCAACAGAGGGGTCCAGGCCCACAAGGGGGCCTCAGCGAGCTCTGTGGGGGGTCGTGCCATGTTTTACATTTTTTTTTTAGCAGTGGAGAATTAGGAGAACGATCATGTTGCCTTTCATTTTATCCTCTGGCTGACCCAAAAAATGGACAAATTTGTAATTTGTCCTCCCCAAAAAAGACAGAAGCTACGTCCCAAAACGCATACTTAATATTCCATTTTGTAGTATAAATAGTCTAAATGCGTTCACACTGAAAACTCTAAAAATAATAAGTGCACTTTAATTACCCGGATGATGCACTCATTCAGCCTAGTAAAATGAAGTGTGTACTGCCGGACACTTGACGCACTCAACGACTGCAGGTTTGCTCATGTAGCGGAAGGGGCGGAGCTATCGGGCGCACATGTTGCATAACTTTATTTATTTTGGATGGTGAAAGCAAAATTCTCCTACGAGAGGGATTATAGCGCCTCTCTATGGTGAATACGGGTTGACTTATGGCAGGTATTATTTGATAGTTTGGTCATTTATTTCACTGATTTGGCAACCGTCAAACGTCATCAGGGAAACGGTTAGTAAAAAAACATTAGTGCTCCATTTGGGACGACACTACATACATATATTATGCTGCTCAGTGTGTAAGTAAATAGTGCATGAGTGCATAGTGTGCCACAAGCATGTGCACACATAGGGCTCAACCTGTGCAGTGCACATGCCCTTTTTAGTCTTGGATAGAAAGTGCCCTTCCCTAATGATCTGATGTGCACCCCCCCTCTTCAGTTCGCGCGCAACATCACCCCCACCCCCCCTGCTCTTCAGTTCACGCGCGACAACCCTCACCTACACCCCCATCCCCCTCCCCCCCACCTCGGGTCTTCAATAATTTTTTCCGCTGCACATGCCCCTTGGAAGGTCTCTGCACGGGCCTGGTGTGCCATTTGAGGCGCAGCTACTGTCTCACTGATTCGCCTTCAGCTAATAACAGTAATGACCCAAGGATACTGGACCCAGGTGAGGAAGCTCCAAACGTTTCAGGTCACAGCGCTAGCAATACTGGAAACACAGTATGCAGGAAATACCTAGATAGTTACCTGAACTATGGTTTTATTATATTTTTTCGAAGCAAAGAGTCCCTGATCCAATCAAAGTTCTTGCTAACGAATCCATGAGGCCATCCAAATTAATAAGACATTTGCAGACGACTCATCCCCAATACCGCAATGTGTACCCAATGCTTTAATATTTTACATTAAGCTAGTATTTGTGCATAAACCTATCTAGATATAGTATTAAACATACCGTTTGTTTGAAAACAATCTTTTTTTCATACCTACAGCAAACTTATATGAGCAATAATAGCATTGAATGTGGATGGGGGCCTTATTTTCCTGGGGAAAATGGGGGTCACAGGCAAAAAAAAAAAGGTTGGGAACCACTTGTCTACAGAGCAAACCATCATTATACAATGACTAGCCTAATTACCCTTACTTACCTGATTAACCTAGTTAAGCCTTTAAATGTCAGTTTAAGCTGTATAGAAGTGTCTTAAAGAATATCTAGTCAAATATTATATGCTGTCATCATGGAAAAGGTCAAAGAAATCAGTTATTAGAGAAATGTGTTGAAAAAATATTGGGTTGTGGCTGAAAAGGCATCCGCTGTGTAAAATATATGCTGGAACAGGTGGCGGTTCATTCCACTGTGGCGACCACTGATAAATAAGGGACTAAGTTGAAGGAAAATGAAAGAATAATAATATTAAAATTCATTGAAATAAATAACATTTTATTTAATACATAAATGTATCCTTACAATTAATTAATATTAATATTTATTATTATTTAATATTAATTTTATTAATAAAATTAATAATTATAATGACTTTTTTTATCATTTGAAAGATTTTTACAAATAATTTTTCTTGTTTATCTAACAAAAAAAAAAGCGTATATTCATTCCGATATTCCTGAGAACTCAACCAGTCTAAAAGATGTTCATTGCTTATGGATTACACCTGTTCTCCGGTCTGCACGCAGTGTGTGTGCGCGCGCCGTCGAGTGCTAGGATGAAGCACTGAATTGAGCTCTAAGTAGGAGTTAATGCTCAGGGCCCTGTGGGAAACAGAATCCACTTCAAAGGCTCCGACTGAAAGCCGTAAACCCTGGAGACTGAGCACATTTTTACCAGTCTTAACGATTCATCCTGCGATATCATTCTGCTTACATGTGTTTTATTAATTAAAGCCGCTCCCATTCTATAATCACAAGCGTATCCCTGACAAACACAAAGGCAACGTTCTTTTGCCATCCCTTCGCAAGCTGTTTTTCCTCTCTTTGGCCTTCATGTGGATTGATGTTTTTAAATCGACCAAATCAAGAGCCGATCTGGGAATAGCTATTCTTTTGAAGCCGAGAAGCCCCTGTCGAAGTCAGCAAAGAAAGCAGCTTCTCAAAGGTGATAATGCTCAGTTTTACCAACGGTTGAAGTTTCAAAGTGTGGCCTGCGTCTCTGAGCTTTACCAAACCGCCACGCTTGATTACAGTCGGTTATCGAAGCGATCTGGGGTGATTCAGAAAAGCAGCACGTCAAATCCAACTTCGATTTGTTTGTTTCTTTGGTTCGTCACTTAGAGGGAAACGTTTCTTTAGGTTTGCTGTGAAACTAGCTCTGCTCTAAGGAAATACTTTGGTGTGGGAGTGGAGTTTCATTTGTTTTAGACTCTTTTTCCTCAAATGTTTAGTAAGTAACAATACATACTGGGATTTTTGTGGAAATTATATGGATTTTAAAAATGGTCAACTTTATCTTCATTTAATCGCTTTTTTTTCAGACCCTTTTGAGTTTCTTTTTTATTATTAATTATTTTTTTCTGCAGTTGATCAGAAAAAAAAAAATCAAAGGGGGGCTAATAATTTCAATCGATAGACCTTATCAATGACAGATTAAGCATGGACATTTAAAGGATATGCTTGCTGTGAGACGTGTCCACTACTTTACACATTAAAATAGTAATCAAGTGTGTGCAGTTTATGTTACCTTATGGAGTTTCTGTCTTGGCATTGAACACACATAAAACACGGTTGTGCGCATATCCGCAGGTGCTGCAGAGCATTAATAGATCATGGTTACATCTGCTGGTGCAGCCATTAATATGCGGGTCAGGTAATCAAAAAGTACTACATGGTGTACGCAAAAGGCTACATGATGTTTAATTATGGGTGGGTTGCGGGTGAATAAGATTAATAATTGGTCATGCAAACTTTTAACTACATTGCATAAAATATAAAACGATTGTATGAGCAATATCACACGAGTAGCAGTGTGATATGGCTGTATATCGGCCATATCGCACTGCTACGAGTGTGATATTGCATTTATACAACAGTTTGACGGCATAATTGTGTATATAAAAACAAAATTAAACAGAGTCTCAAAAACACTTTTGTATGAGGAACTACTTTCTTCCACCTTGGATTCAAATCATAAGCTGACAGTTAAACAGCTGAGCAAGCATCTTTTAAACTTTAGATCTGTAGTGTCTGCTTGTTGCTGGCTGTATGTGGGCGGAGTAATACACAAAGGGTAAAGAGGCTGTATGGGTGCTGATATTATTTAAATATATCACGGCTATCAGTAAAAATATATAGCTTAAAGAGGCTAATAATTTTGACTTTAAAATGGTTTTTAAAAAATTTTAAACTGCTTTTATTACAGCCGAAATAATACAAATAAGACTTTCTCCTGAAGAAAAAATATTATCAGACATACTGTGAAAATGTACTTGCTCTGTTAAACATCATTTGGGAAATGTTTTAAAAAGGAAAAAAAATCAAAGGCAGCTAATAATTCTGACTTCAACTGTAAATATATATATATTTAAACGAACAATTTGATTAAACGAAAGCAAAACTGACCTGATCAATGGATGTGTTTGTCACAGTGAAAACAGTTTAATATAGGCTACTCTTTTATTTTTGATGATACAGTTGAAAAAGAGACATTATTCAAAACTGAATAGTTCACTTCACCTAAAAGTTTATTCGTTCTTCTTTTTTTCATTTTGTAGATGACTGACCAACAAAATATATTAAAATTAAAAAACAAAACGAAATCCGTTCCAAAAATATTTTTCTTCCGACAAAAATATATGAATTGTATATTTTTGTAAGTCCCCGTCCTTTACATAATTGTGCAGTGTTTGTTTCGCTCTATCGGGAAAAAAAGGATTCATTTATTGCTCCACTGTAATTGTTGCATCACAAACCTCTGGGATATATATTGGCTACATTTTTTATACTAATAGTTTTAATAACTTATTTCTAATAACTGATTTCTTATCTTTGGCATGATGACAGCACATAATATTTTACTAGATATTTTTCAAGATACTAGATACTAGCTTAAAGCGACATTTAAAGGCTTAACTAGGTAAATTAGGCAGGTTAGGGTAATTAGGCAAGTTATTGTATAATGATGGTTTGTTCTGTAGACTATCGAGAAAAATATTACTTAAAGGGGCTAATAATATTGACCTTAAAATGGTTTTAAAAAATCAAAAACTGCTTTTATTCTAGCCAAAATAAAACAAATAAGACTTTCTCCAGAAGAAAAAATATTATCAGAAGTACTGTGAAAAGTCCCTTGCTCTGTTAAACATCATTTGGGAAATATAAAAAAAGAAAAGAAAAAAAGGAGGGCTAATAATTTTACTAGAATACTTTAGACAGCTATGAACTATCCGACTATAATAAAAATGCATAACAGACACTTTCTCTCTCGTTTTCCCTCTCTAG
Seq C2 exon
ATGGCTTTACTCCTCTGATGATTGCGTCCTGCAGTGGAGGAGGGCTCGAAACGGGAAATAGCGAGGAAGAGGAAGACGCTTCAGCAAACGTCATCAATGATTTCATCTATCAGGGCGCCAACCTTCACAACCAGACAGACCGCACGGGTGAGACGGCTCTACACCTGGCTGCCCGCTACGCCCGCTCAGACGCCGCGAAACGACTGCTGGAGGCCAGTGCTGATGCTAACATCCAGGACAATATGGGCAGGACTCCATTACATGCCGCTGTGGCTGCTGATGCCCAAGGCGTCTTCCAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000052094:ENSDART00000130888:30
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.964 A=NA C2=0.400
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
PF127962=Ank_2=PU(83.3=75.0)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]