DreINT0106174 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000100940 | nr5a2
Description
nuclear receptor subfamily 5, group A, member 2 [Source:ZFIN;Acc:ZDB-GENE-990415-79]
Coordinates
chr22:22636861-22645420:-
Coord C1 exon
chr22:22645301-22645420
Coord A exon
chr22:22637009-22645300
Coord C2 exon
chr22:22636861-22637008
Length
8292 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTGAGT
5' ss Score
10.67
3' ss Seq
TTTGTGTGCCTTCTCTTCAGGTG
3' ss Score
11.69
Exon sequences
Seq C1 exon
GTTGACGACCAAATGAAGCTTCTCCAGAACTGCTGGAGCGAACTCCTCATCCTGGACCACGTTTTTCGGCAGGTGATGCACGCCAAAGAAGGCTCCATCCTCCTGGTCACGGGGCAACAG
Seq A exon
GTGAGTGTCTCCTCCATCTCCTCCCTACAGAGCTCATCAGGCCTTTTTGCGAGAGTGGATCAACATCCTTTAAAGTGCTATCGACTGGCCTGGCCACTCCATTAAAAATAGATTACGCTTAGGTATAAACTAATGTGGCCAGAATAATCAATTGTACACTTCTTATCAAGTGCGTGGCGAAGGAATAAATAAAATGGTTGGTTAAGCATGCACGAGTCATCGGCGGCGAAGACGGGATGAGAGACACAGAGAAAGACAGACAGGGAGGGAAAGCAGAAGATATGTATGATTTACCTCAGTCGTCTCCGAGGAGCATCGCTGGACGGACGCCTCAGGCTCAGCTGAAGTTTTTCTGCACACGAGGACCTTTAATTCTGTCTTCGGCTCCAGCGCATGCACACACACACTTCCAGAAGATGTTTAAACTGCTTATAAATAAATATGCTTCTGTCTGCCTGTCAGTAAGGCATGGGTTTAATTTTTAATTCTGTGTTTTCCCTCCTCTATCTCCTGCCCAACAAAGTGATCTCCAACAGCAGTGACAGCTCAAACACTGGGACTCACGAATGGCAGAAGTTTTACAAACTGTTTTTCTTTTTTTGTTTGTGGACATATCCGACCATTGCCTATTAAATTATAGGTAGTAAAAGATATGACGAACATGATTGAGATACAGAGAGGTCAGTTTGTGACTTTTCATAGCTGTGGGCTAGCAGTTAGCGCTAGTAGATTTACCTTCTCGTAATTCGGCTGTTGTAGTTTCCACCAAGTCAACTACAGGATAGAAAGCAACAAATTTAACATCCAAGTTGTTGTTTATGACAGTAATTAAAGTATTTAAAAAAATAATGAAGTTTTTAATTTTTCTAAAGCACAAAAATCTCATAATATGTTTGGTGATATTAAAAATCATGCTAGCAAAGAACAATGCTAAAGTCTTCCTTTAAAAAAGTGCTGTCTTTGTTTTGGTCTGTGCAACTCAGCCCACTCCCAGTTTGGCCAATAATATTTTGTCACGTCAGGTTGAGTTGGCTTGGGGGAAAACAGCTTCACATTAGTCTTGAAGGCTTCCTAAATATATGTGAGTGCAGTTAGAAATCTGACCTCTGGAGCACAGAAGCAGCCTCTTTAAGAGGCATTATTTAAAATTCGCAATCGATACAAATAACTCAAATGTAGCTATTAGCTGATCATCTTAGATCCTTAGGCACAACCCTATCCAATATTTCGAATTTGGACTGCAATACTTAGTTGAGCAGTGGTCTCAAACTCAACTCCTGGAGGGCCACAGCTCTGCAGAGTTTAGCTCCAACCAGGTCACAATTCACATCTGCTTAATAGTTCCTATAGTAGTCTTGAACACCTTGATTAGTTGGATCAGCAGTGTTTGATTAGTGTTGGAACGAAACTGTGCAGTGCTGTGGCCCTCCAGGAATCAAGTTTGAGGCCTACGCCTTTAAGGAATGTAAACAATAACAATGATCCCAACATATTTCCTGTTTTACAATTAATTTCTATAGCTTCTGTGAATTCAAAAAGAGGCACATATTGATCAATAATGATATGATCGCTGTTTTAAACATTGTTATGATTGAATTGCCTCTTGCTACAGTTATAAAATAGTTTGATACAAGCAGGAAATGTTCATGGGTCAATGACATGACCACATTGAAAATAACAATACATACTGCACCTTTAAATAATGAACAAATTGATGATGAATATTCTGATGAACTGCGCAGTGAGTGATGTGACTTTTATCCCGACTTGTGATAGTCGTGTTTTCCATAAAGATAACCACAGGAGTTAAAAGAACAACTTAGACATCTCAAAAGCAACATCTCAAAAGCATCTCCGTCATTTCTTCTAGTTTTATATTTTGAGTATTGGTGCATGAATGATTCAGAGTTGCTAAAGTCTCGTTACACACGCTCAATAAAATTACACAATGAGCAATGCAAGTTTGAATCCAATTAGTGATGTAATTTCTACCAATCCAAACATCTCAGTTATTAGCAACTTAATTATTAATAATAAACACAAAATCAGACTTATTAAGGTCTATTAATATTATGCAGTCACAAAAAAGTCACTGTTTACAACAATATTGAAGAGAAGACAAAATATCAATGATCTCTTAAAATACCTGTTACTTCAGTAATAACAGTAATGAGATCAAATAATGAACAAACTAAGACTTGCTAAGGTCATGTGATTTGTGCAGTTGTTCTGTGAATGATGAGTTTGAATCCAATTTCCATCAAGTTAGCTATAGCGTCACACTAATGACACTTTAAGACCCAATCCCAATTCTACCCCTTAGCCCTACCCCAATTCTCTTTAGATTGAAAGCATAGTCGAAACCAAGGGGTACGAAAATTCAGGAGAAGCACAGATTAGTATTTTTGTCATTATTACAAATTTTTACAACAAACAAGCATATGTTTCAATATATTCATAACCGCGTTCATGTTTAACTGTCATGCTTTTAGAACAAAACGCTAAAATAAAAATCGCTAAATTCAATTAATATCTATAATCCCTAAGAATAACTCCTGTATAGCAGTTCCACAACATTCTGACACTCGAGTCCCCTGTAAGAAAAGTCTAGTGCAAGGGTGTCCAAACTGGGTCCTGGAGGGCAGGTGTTCTGCATGGTTTAGCTAAAACTTCCTTCGACACACCTGCCTGGAAGTTTCAAGTATACCTAGAAAGAGCTTGATTAGTTAATATAGATGTATTTAATTGGGGTTGGCAATAAAATATGCAGGACACCGGCCTCTAGGACTGAGTTTGAACACCCCTGGTCTAGTGGCTGAGAATGAGCTTTTTACAGTGTGTGCTTTGATGTAAATGTTGTTGTGTTGTTGTTTGTTATCTAAGGAATAGTTCACTCAAAAATGAAAAATATAATTTCCTCCTAAGTGGCTTCCTAAGGGTTGCTTTTTCTGTTGAGCACAAAACAAAATATTCTGAAGAAGTTTGGAAAAATTCTGCCATTGACATCTATAGTAGGAAGAAAAATACTATGGAAGTCAAAGGCTGTTTTTTTTTTCCTTTGTGTTCAACAGAGGAAAGAAACTTGAACAAGTTTGGAACTCAAGGACGAGTAATTGATGGCAGATTTTCATTTTTTGGGTGAACTATACTTTTACTTGTTGAACAAACTGAAACTTTCTGCACTCTCCGGGTGCATAGTCCAGTACTGTAAAATGACACTGCTTCCAGCTATTCAACTAATGACAGAGGATAGGCCATCTTTTAATATCTCAAAACAATCTCAATGGTTTCGTCTAGACATTAATAAGACTAAAGGACACACTTTATTTTGATTGTCCATTTGAGTATTAGTAGACTGTCTGCTTAATATCCGCTGATACTGCTCCTTCAACAGACATTTAACTGAGTATAAGAAACTTTGCAAGTATGTCAACTAACACTAACCCTAACCCCAACCTAACAGTCTACTTATAATCTAATGAGAATTACTTGGCATGTAGATGCAATGTATATTAAAGTCAACAAACGGACCATCAAAATAAAGTGTAATCAGTCTAAATAATAAACAAACCATTTTGCAAAAAACATACAGTACAGGACAAAGTCAAAATTTAGGAATACAAATTCATTTCTGAAATTGGAAATGTTCATTGGTGTTAAAAGTGTCTTCTGAGCCATAAGAACACAAACTCTAATTTGTAACAACTTAAAAAGTATGTTAGATGCCACATCTGGGGCTGTTTGGAGCTCGCAGTCTTTGATTTGTGTGGACTGCGAGTAGCGTGTCTCTATGTTTGATTAGCGAGGTCTGGCGGAGGGTTGGGGGCGGGTGGAGGAGGGCCAGACCTTGTTTGCATATTTTGCCTAATGAACAGCTGGTGCTGAAAAAAGCCTTTGGGGAGAGAGAAGGCAAAGACTCAAACAGTTCATTACGTCCTATTATTCCAGAGCAGACTACTGACAGCCCGGCCACACAGCACACTCGCGCAGGAACACACGCTGGATCCATGCATAACAAACAAATGCTCAGACAGTGGTTAAAGGAGTTTATTTCAGAGGACTATAACTTCAGACTGTCTCAGAATGTGGAGAATATTAGTATTAATATACAATACAGAGCTCAGCATAAATGAATACACCCCATTTTGAAAATGAATGTTTACCCATTTCTTAGAGTATAGAGGTAATATATTTTACTGCATTTTTACAAAACAGATTTATTAAATCAATTTATTCATTACAATAATAGTTTAATCACCAAACATCTTTAGAAATTGAAAGATAATCTGTTTAAACTCACAAAATTTTGTTTAAATTAATTTAATGTTGCCAAAAAACTACAGAATTTTCACAAAATCTGATATATTTTTTGTTTCTTTTGATTTTTGCTCGTTTTTAAATTTTGATTTATTATTTTTCTCTATCATAAATATTTGGGCTACTAGTTTCTGGACCGTTATCGTAAGTTATTTTGTTAGACTTCTGTGCTGACTAATCTAAAGTATATGCACAAATATAATATCGTAAAGCTTCCTGCAGTAAATATTCCAAATTCCACTGCATATTCCAAATTGAATTTAAACACAACATGGCCACTGTGTCTGGTCTTATTTGAGGACGTGTCATTGTTTCTCCCTAGTGTTGGTATGGCAGCAAAGTACTCTAGGGGATCAGTCCTGAAATGCTGCGACACATGACACTACATGGGCAAATATCCAATATTTCACAGACCTACATCTCCTCATCCAATCCTTTTTATTGCTGTGTTTGCTTGTGTGTCTCACTAAAGAGGCCTTCATCATAATCCTATTCTGATGACATTCAGTGCTTTGTCAAGACCAGAATGAACAGAAAATTTTGAGAACATTACTAAGAACATATGCTTAGTTTAAGCTTCATTATGGAGCATTTCCAGTAGGCAATATTAATTACATTAATTAATTTTTCTTTAGCTTAGTCTCTTTATTTATCAGGGGTCGCCACATTGGAATGAACCACCA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Seq C2 exon
GTGGATTACGCTCTAATTGCCTCCCAAGCCGGTGCCACGCTCAACAACCTCCTGAGTCACGCGCAGGAGCTGGTGAGCAAACTGCGATCCCTCCAGCTGGACCAGAGGGAGTTTGTCTGCCTCAAGTTCCTGGTGCTGTTCAGCTTGG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000100940:ENSDART00000166794:8
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0010425=Hormone_recep=FE(18.4=100)
A:
NA
C2:
PF0010425=Hormone_recep=FE(23.1=100)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
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GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]