GgaINT0037819 @ galGal4
Intron Retention
Gene
ENSGALG00000002182 | NR5A2
Description
nuclear receptor subfamily 5 group A member 2 [Source:RefSeq peptide;Acc:NP_990409]
Coordinates
chr8:1609664-1620041:-
Coord C1 exon
chr8:1619922-1620041
Coord A exon
chr8:1609812-1619921
Coord C2 exon
chr8:1609664-1609811
Length
10110 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAAGTGAGT
5' ss Score
9.1
3' ss Seq
AATATACCTCTCTTTTACAGGTA
3' ss Score
10.82
Exon sequences
Seq C1 exon
GTTGATGACCAAATGAAGTTGCTTCAGAACTGCTGGAGCGAACTCTTAATTCTAGATCACATTTACCGGCAAGTGGTACACGGGAAAGAAGGCTCCATCCTTCTGGTTACCGGGCAACAA
Seq A exon
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Seq C2 exon
GTAGATTATTCCGTAATAGCGTCACAAGCTGGAGCCACCCTCAACAACCTTATGAGCCATGCACAAGAACTGGTAGCAAAGCTTCGCTCCCTGCAGTTTGATCTACGAGAATTTGTATGTCTCAAATTCCTGGTGCTGTTTAGTTTAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSGALG00000002182:ENSGALT00000003418:6
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0010425=Hormone_recep=FE(18.4=100)
A:
NA
C2:
PF0010425=Hormone_recep=FE(23.1=100)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
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GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]