DreINT0106976 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000076748 | ntn2
Description
netrin 2 [Source:ZFIN;Acc:ZDB-GENE-050310-2]
Coordinates
chr24:38845550-38850397:-
Coord C1 exon
chr24:38850209-38850397
Coord A exon
chr24:38845700-38850208
Coord C2 exon
chr24:38845550-38845699
Length
4509 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AAGGTAACA
5' ss Score
8.92
3' ss Seq
CTCTCTCTCTCTCTCTTCAGCAT
3' ss Score
12.52
Exon sequences
Seq C1 exon
CGTGTAACTGTAACCTTCATGCGCGGCGCTGTCGCTTTAACATGGAGTTGTACAAGCTGTCAGGCCGAAAGAGTGGAGGAGTGTGTATGAACTGCAGACACAACACTGCTGGACGCCACTGCCATTACTGCAAAGAGGGATTCTATAGGGACATGGGCAAAGCCATCACACACCGACGGGCATGCAAAG
Seq A exon
GTAACACGCGCACAAACACGCAGGCTTGTTTCTCTGTCTTAGTGAAGACATTACATTGACTTCCATTGTTTCTATATAAGGTTACAGTTTTTTCAAGTGCTTACACACTACAATTTTAATTTTCCCACAATTAGCTCAATCTTAGACTTTTACCACCATCTATGGACTGTTTAATTTGTTTTGCATCCTGAAAACTGCCGACAAATATGACTTCATAACTTTTCTCTGTGGCATAAGAGTCTCTCATGTTTATTTTCTGACTCTGGCTTGTAAACACACTGTTTATGAATGGGTTAAATGGGTATTAATGTGTGTCAAATGTTTTCCGCGCTGTATTTTCCACATGAAATCAGTAGCACACAAATATATAAATTAGAGTCTAAAAATAGAGGCGAGTTGAATAAAAGCGCACGGAGCCCGCTGTGTGTTGGATGGGCTGTACATGAAGCTCATATATCATCCTCCGTCACTGCGGCCAAAGCAAACACAGCCGGGGAAGAAAACACACATCAGAGGCTGCGCGCATTAAAACATCCCTCTTCTTGTAAGTCGAGAAATTCTGGAGGGAAAAGTCGATATAAGTAAGTGGAGGGTTTTCTATAACGTTGAATTACAGGCAGTGCAAAACCTCTGCTTCCCAAAGCTGATCAATTTATGTATGTATATATGTATGTATGTATGTATGTATGTATGTATGTATGTATGTATGTATGTATGTATGTATGTATGTATGTATTTATGTATTTATTCATTTGTTTATTTAATCTTAATTTTTATTTTATTTTATTGTTTACTTATTTATTTACCTAATTATTTACTCATATACTTATTTTCCTGATTTTTAATTGACCTTATTTACCTGATTGTTGTAGTATTACTTATATACTTATGTACTTACTTATTTAATTATTTATTTTGTTTACTTATTTACTTATGCATTTATTTACTTATATATTTACTTATTTACGTATCTATTTACTTATTTACCTAATGATTTCCTTACTTATTGATTTAATTTTTACTTATTTACCTACGTATTTACTTATTTGTTTACTAATTTATTTACTTGTTTACTTAATTATTTACTTAATTGTTTACTTATTTAACTATTTATTTACTTATTTACTTACTTATTTACTTAATTATTTACACACTTTTACTTATTTACATACTTTTTACTTAATTATTTACTTATTTATTTTGTTTACTTATTTACTTATGCACTTATTTACTTATCTATTTACTTATTTACTTACTTATTTAATTAATTATTTACTTATTTACTTGTTTACTTATTTACTTAATTATTTACTTGTTTACTCATTTACTTATTTACCTACTTATTTACTTAATTTTTTACATACTTTTTACTTATTTATCTACTTATTTACTTTACCTTATTTACTTATTTATTTACTTGTTTACTCATTTATTTACATACTTTTTACTTATTTAATTAATTATTTAGATACTTTTACTTATTTATTTGTTTGTTTATTTATTTACTTATATACTTACTTATTTACCTACTTATTTACTTATTTCTTTACAAACTTTTTCTTACTTATTTACTTAATATTTACTTAATTTTTTACTGATTTACTTAATTATTTACCTTTGTTTACTTCAATTATTTACTTATTTATTTACTTATTTACTTAATTGATCACTTATTTATTTACTTAATAACTTGTTTACTTATTTAATCATATACTTAATTATTTACTTATTTATTCACTTATTAACCTGTTTACTTATTTACTCAAATACTTACTTATTTACTTATTTATTTACATACTTTTTACTTATTTCCCTACTTATTTACTTGTTTACTTATTTACTTACTTATTTACTTACCTATTTAGTTATTTATTTACATACTTTTGTACTTACTTACTTACCTACCTACCTACTTACACAGGAAAATCTCATAAAGATACAAAATCTCGTCTACCAAAGAGTCCTGGTCAAGGCAGGCCAGACAGGTCAAAGAAATCACAACACATAGGGACAGTGAGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGCGTGCGTGCGTGAATGTGTGTGTGTATGTGCGTGCCTGCGTGCGTCTTAGTATGAGTGTATGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGAGTAGGAGTGTGTGTCTAGGTATGAGTGTATAAGTGTGCATGTGTGTGTGCGAGTATAAGTCAGGAGCTCTTTTGTTGTGTTGCCAGTGTTAATTTGATAACGTCCATGTTGAGTGCTGAGACCTCGTATCAGTGTTACTGCGATACAGCACCTGAGAATTCCGCACATTCCACATACACACACACACACACACACACACGCACACACACACACACACACACACACACACACACACAGATGAAGTCACAGCTCAGTCTCTGGATCTTCCAGCTCTCACCTGCAGCCTCCTCAGCTGTTCAGTCTGTATCTGTGTGTGTGTTTGAGAGTCTCGACACAGAAAGGAAACGCACATTCTTGAGTCAGTACACATAGCAATTGTAGACGTGATCAAACAAAATGTTATTTCATATTTAACACAACAGTTAACATTATTTTATCTGCTCTAAGTCACCTCAATCGTATACCAGCACTTTATTTATTTATACATTTTTACATTTCTTTTTAAACACTCCTGCCCTGTTACCCCAAAATTGCAATTCTGACATTAATTACTCACTCTTTACTTGTTCCATACCTTTATCACTATCTTTCTTCTATTTATAAAATAAAATTAAATTAAAGAAAAAATAAAATTAAAGAAAAATTCAATTCAATTCAATTCAATAAAAAAATTTATTAAATAAAAAAAATGTAAACTTAAAAATAAAATTAAAAAAAATTTAAATAAAAAAATTAAAGAAATAAAATAAATTTTTTTTAAAAAAATTATTAAAGAAAAATTTAAATTAAATAAAAAATTAATTAAAAATAATTAAATTATATAAAAAATAAAATAAAAAATAAAATAAAAAAATTATCAAATAAAACATTTAATTAAATTAAATATATTTTTAAATAATAAAATAAAAAATTTAATTAAATTAAAAATGAAATTAAATAATAAATGAAATAAAATAAGATTAAATAAAAAATTAAATACAAATAAAAATAAAATTTAAAATAAAATAAGAAATGACTTAAAATAAAAAAATAAAATAAAATATATTTTTAAATAAAATAAAATAAAAAATATAAAATGAAATAAAAAATATAATTAATTAAATTTAAAATAAAATTAAATACCATAAAAAATAATTAATTTAAATTAAAAATATATAAAACAGTAGTAAAAATTAAAGAAAAAAAAATGTAATTAAATTAAATTAAAAAAAAAGTAAAATAAAATAAATATAAGATATTTAGAAGAATGTTGGAAACCGGTAACCATTGACTTCCATAGTATTCAATTTTCCTTCTATTGAAGTCAATGTTTACAGGTTTTCAGCTTTTTTCGAATTATCTTCTTTTAATAAAGAATAATATAAAGAAAAGAATGAGACGGGAACAAGTGAGCAAACAATGACAGAATGGACATTTTAAACAAACTGTCCCTTTAATTGCCCATCGTTGCCAACCTTTAAAATATTTGACTGTTGTTTGCAGTAGTTTTTACAGTCATGCACAACAAATGTCCGAATGTCTTTTTTCTACTGTAATGTGAGTCCAGTGTGAGCGCTGGAGTCTGTCACGGTGTGTATGAAAGCTGTTTTCCATGCTGTGACTCTGTTTGTTGTTGTGTGTGAGTTTGGTTACTATGTGTAATTCCTGTAATACAGCTCATAATGTAATCGAGCACTGAGCCATCTGACTCTGTAAATGAGATAGAGCAGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTCTGAGTGTAAGAGTGTTTGTGAGTGTATGTTGGACTATGTGTTTGTCTGAGTCTGTGCATACGAGTGTGTTTATGTGTGTGTGTGAAAATTAAATACAAAGGGTGGCGAGGTGGCTCAATGGGTAGCGCTGTCACCTCACAGCAAGAAGGTCGCTGGTTCGAACCCCGGCTGGGTCATTTCTGTGTGGAGATTGCATGTTCTCCCCGTGTTGGTGTGGGCTTCCTCAGTTTCCCCCACAGTCCAAATACATACGCTAGAGGTGAATTGGGTGTGTATATGTGTGAATGAGTGTATGGGTGTTTTCCAGTCATGAGTTGCAGCTGGAAGGGCATCTGCTGCGTAAAACATATGCTGGATAAGTTGGCGGTTCATTCCGCTGTGGCAACCCCTGATGAATTAAGGGTGTGTGTGACAGATTGAATGTCATGGCAGTGTTTACGGCTCCAGACGGGACTCAGGCCATTATTTGGACCTCCATCCTGCTTGTGTGCCAGAGCTGATCACTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTTCAG
Seq C2 exon
CATGTGACTGCCATCCGGTGGGAGCTGCAGGTAAGACGTGTAACCAGACGACGGGTCAGTGCCCGTGTAAAGACGGAGTGACCGGCATCACCTGTAACCGCTGTGCTAAAGGCTATCAGCAGAGTCGATCGCCCGTCGCCCCGTGCATCA
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000076748:ENSDART00000154461:5
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0005319=Laminin_EGF=WD(100=95.3)
A:
NA
C2:
PF0005319=Laminin_EGF=WD(100=94.1)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Mouse
(mm10)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]