DreINT0106989 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000014973 | ntng1a
Description
netrin g1a [Source:ZFIN;Acc:ZDB-GENE-091118-13]
Coordinates
chr24:29501126-29528401:+
Coord C1 exon
chr24:29501126-29501298
Coord A exon
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Coord C2 exon
chr24:29528267-29528401
Length
26968 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
TCTGTGAGT
5' ss Score
7
3' ss Seq
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3' ss Score
10.58
Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq A exon
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Seq C2 exon
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VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
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Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
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Domain overlap (PFAM):
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A:
NA
C2:
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Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Rat
(rn6)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]