HsaINT0116408 @ hg38
Intron Retention
Gene
ENSG00000162631 | NTNG1
Description
netrin G1 [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:23319]
Coordinates
chr1:107395154-107407708:+
Coord C1 exon
chr1:107395154-107395326
Coord A exon
chr1:107395327-107407681
Coord C2 exon
chr1:107407682-107407708
Length
12355 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CCTGTGAGT
5' ss Score
7.21
3' ss Seq
ATTGTTTTCTTTTTCTCCAGGTA
3' ss Score
11.51
Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq C2 exon
GTATCCCCAGTATTTCCAGTATTGGTA
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000162631:ENST00000370074:4
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0005319=Laminin_EGF=WD(100=79.7)
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
Associated events
Other assemblies
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Autistic and control brains
- Pre-implantation embryo development