MmuINT0111283 @ mm9
Intron Retention
Gene
ENSMUSG00000050836 | Ntng1
Description
netrin G1 [Source:MGI Symbol;Acc:MGI:1934028]
Coordinates
chr3:109654683-109675290:-
Coord C1 exon
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Coord A exon
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Coord C2 exon
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Length
20408 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CCTGTGAGT
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Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq A exon
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Seq C2 exon
GTATCCCCAGCATTTCCAGTATCGGTA
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSMUSG00000050836-Ntng1:NM_133488:4
Average complexity
IR-S
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
No protein impact description available
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=NA A=NA C2=NA
Domain overlap (PFAM):
C1:
NA
A:
NA
C2:
NA
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
Associated events
Conservation
Rat
(rn6)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Muscular differentiation time course
- Spermatogenesis cell types
- Reprogramming of fibroblasts to iPSCs
- Hematopoietic precursors and cell types
Other AS DBs: