DreINT0107462 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000030022 | nup188
Description
nucleoporin 188 [Source:ZFIN;Acc:ZDB-GENE-030131-7184]
Coordinates
chr21:4425192-4426944:+
Coord C1 exon
chr21:4425192-4425337
Coord A exon
chr21:4425338-4426774
Coord C2 exon
chr21:4426775-4426944
Length
1437 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
ATGGTCAGT
5' ss Score
6.57
3' ss Seq
TTGAATGATTATTGTTTCAGGAG
3' ss Score
6.18
Exon sequences
Seq C1 exon
TGTGTTGGTGTCGGCTCCAGCTCTCCTGCCGCCTCTGTCTCTGATGCTGGAGAGCGTCCTTCATGCCGAACAGCAGCTCATGGACCGAACCAAAGCCAAACTCCTGTCAGGCCTCATCCTCGCCTTGCAGATTCAGGGACTCAATG
Seq A exon
GTCAGTACATTCAATTCATCTTTATTTCTCTAGCGCTTTAACAATGTAGATTGTGTCAAAGCAGCTTAACATAGAAGTTCTAGTAAATTGAAACCGCTTCAGTCCAGTTTTCAGAGTTGAAGTTCAGTTCAGTGTAATGTAAATGTCACTGCTGAACGCCCAAACACTGAAGAGCTCATCTGTGCATCATTGGATTTGATGAGGAACAGAGGATGTAGTTATGTTATTTACATAACCTTTCAAACATATTGGATGTTTTTATTATGAGTTTTTTATGTTGTATGTTATATTTTATTTTATTATTTATTTAGATTTGTTTTTATTTTATTTATTTTTATTTATTTATTGTATTCATTTGAATTTATTAATTTATAACCTCATCATATATAATCTGTTTTTATTATGAATTTTTTAAATGTTATAATCTTGCTATCTTTTTATTTTATTTATTTTTCGTTTTTTTTTTTAAATATTTATTTAGATAATATTTTATATAGTTTAATTTAGTTTTCTTTTTACTTTTTTAGTTTTTTGATTTAAATAACTTTTGTTTTATTTATTTTGATTTTATTTATTTATTTTCATTTAATTTTTATTTATTTATTTTCATTCAATTTGATTATTTTCATTTTATTTATTTATTTATTTTCATTTTATTTATTTTCATTTTTTATTAATTTATTTTCATTTTTTAAAATTATTCATTTAAATGTTTTTATTTTTTTATTTTCGTTTTATTAATGAATTAATTAATTTATTTATAAAGATTCATTTTATTTATTTATTTTCATTTCTTTATTTATTTTCATTTTATTTCCTTATTTATTTTAATTTCATTTATTTATTTATTTTATTAATACACAATACTTTTGTATATACACGATATATATAGGCTGATAAATAATTTCTGCAATTAATATGTGAAAAATGTCAATAAGCAAATTACCTTAAATGTATAGGATCTGATTTTAATTATGATTTTTTTATGCTATTATTTTTTTATTTAGTTTTGTTTTAATTATTTATTTTATTTTGTTTGTTTTTTATTCATTTCTTTTAGTAAATTATTAATTTTATTTTATAAAAAATATTTTATTATTTTATTTATGTTTGTATTATATTTTTATTTTATTTCATTTATTTTTTGCATTTGTTTTATTTTAATGGTCATATTTTGGTTTATTTTAATAAATTATTGAATTTATTTTAATTAATTTATGTTTTATTTGTTTTTATTTATTTTTGTATTATATATTATTTTTATTTCATTTATTGTATCAATTAATTTTATTTTAATTAATTTTCTTTCTTTTATTTATTAATTTATTTTATTTTATAAATAAATTTTTTATCCAGCAAGGATGCATTAATTGCATGAATAGCAATAGTAAAGTCATTTCTAATGTTAAAGTGTCAATTGAATGATTATTGTTTCAG
Seq C2 exon
GAGGAGAGATTTCCCAGCTGCCCCAGCTGCTGCTGTGTGTGTGTGAGATGGTTCAGGATGAAGCCCTCGCATTGATTGACAGCACACGTCATATGATCCAGAGAGGTGATGTTCAGGAGGACAGTATGGAGACCGACAGTCCACATGTCCAGAAAGACCAGCAAGACTCT
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000030022:ENSDART00000043431:33
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.263
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
GTGTTGGTGTCGGCTCCAG
R:
GTCTTGCTGGTCTTTCTGGACA
Band lengths:
312-1749
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]