DreINT0107590 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000016212 | nup214
Description
nucleoporin 214 [Source:ZFIN;Acc:ZDB-GENE-110203-3]
Coordinates
chr5:71180369-71182941:+
Coord C1 exon
chr5:71180369-71180387
Coord A exon
chr5:71180388-71182769
Coord C2 exon
chr5:71182770-71182941
Length
2382 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CCAGTGAGA
5' ss Score
3.73
3' ss Seq
CTCCTCTTCTTCTTCTTCAGCTG
3' ss Score
10.27
Exon sequences
Seq C1 exon
ACAGTGCAGGATAACACCA
Seq A exon
GTGAGAATGTGATCATGCCATTGATTTTTATTATCAGTATTAGATTTATATGTATTTTATAATATTACAAATATGAATTTTAGTATTCTCTGTGTTTGGTATTATTATANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATAAATAAATATAAATATTCAATTAACTTCTATATTGGTTTTGTTTTCACTTATGAACATCAACATTTTATTAATTTATTTTTCATTTTTCTGTTCCGTGCAGTACTAATAATAAATGTATCATTCTTTTTTCTTGTACTGTTTTATTTGCTGCTTTATTGTACGTTTATTGTTGTTTTCATTAATATTTTATACAAGAAAGAAATATTATTGTATATTTATGTGTATTTAAGTAGTAAATAATTTTCTATTTGTACATTACTTTATTAGTTTAAATGTATTTCGTCATTGTTCTCTTAAACTCCTAACAGAAATATAGATATAATTATCAACATTGTTGCCGTCTCTGTGTTTGATCATGTTAGACGCAGTCGTCGTCTTCATTTACACATTTAGCGCGTTTCTCTTCTGAAAACAGCCGATGTTTACGTTACGTTTACATTAGTGTGTGCGGCGAGCGTGTGATGCATCAGATGTAACTGGATGACGAGACTCACTGAATTATTCACTCAGGCGTGTTCAGCTGTAATTTCAGAAGCAGTGAGAGCTGTTCTGCAGTGCGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGACTGGGATGTTGTGTGTGTGTAATGTACTAGTGTGCGATTGTGTGATGAATGATTTTGTGTTAGTGTGTGTGATGATGGATGGATGGATAGATGAATGGATTGCCAGAGATGGATGGATGAGTAGATGGATGGATAGGTGTATGGACGGATGGATGGATGACAGTAGATGGATGGATGGACCATGGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATGGATGGATAGATGGATGGATGGATGGATGGATGGATGGATGGATGGATGGATAGGTGGATAGATAGATGGAAGGATGGATGGATGGATGGATGGATGGATGGATGGATGGATGGATAGATAGATGGATAGATGGATAGAAGGATGGATGGATAGATAGATAGATAGATAGATGGATAGATGGCCCGAGGATGGATGGATGGACCTTGGATGTATGGATGAATAAATGGATGGATAGGTGGATAGATGGACAAACTGATGGATGGATGGATGGATTGATGGTAGATGGATGGGCAGATAGATGGATGGATAAACCTTGTATGGATGGATGGATGGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGCGAGGATGGATGGATGGACCTTGGATGTATGGATGAATAAATGGATGGATAGGTGGATAGATGGACAAACTGATGGATGGATGGATGGATTGATGGTAGATGGATGGGCAGATAGATGGATGGATAAACCCTGGATGGATGGATGGATGGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATGGATAGATGGACAGATGGACGGATTGATAGATATTGTATGTGTGTTTGTGGGTGTATCTGTTGTGTGTGATGATGTTGGGTGTGTGTGAGATGTATGTATGTGCATGTGATGTTGTATTGACCTCTTCCTCCTCTTCTTCTTCTTCAG
Seq C2 exon
CTGGTTTTGGCACTGCTCCGGTGTTCGGCAGTCCTCCAACATTCGGTGGTTCTCCAGCGTTCGGTGGGACTCCAGCGTTCGGCTCGGCTCCGGCCTTCAGCAGCCCACAGAGCGGCTCCTCAGGGAAGGTGTTTGGGGAGGGAACCACAGCGTCCAACATGGGCGGATTCGG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000016212:ENSDART00000115182:43
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.429 A=NA C2=0.552
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]