DreINT0108709 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000053487 | osbp2
Description
oxysterol binding protein 2 [Source:ZFIN;Acc:ZDB-GENE-091113-18]
Coordinates
chr10:7963781-7968296:-
Coord C1 exon
chr10:7968193-7968296
Coord A exon
chr10:7963877-7968192
Coord C2 exon
chr10:7963781-7963876
Length
4316 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAAGTATGT
5' ss Score
7.44
3' ss Seq
CACTCTTTGTTCTGATGCAGTCT
3' ss Score
7.02
Exon sequences
Seq C1 exon
GCAACATTCACCTTAAGTTCCACACCAGCGGGAATCATTATGTGTGGAGCAAGGTGACCTCCACCGTGCACAATATTATCGTGGGCAAGCTATGGATTGATCAA
Seq A exon
GTATGTACTCGGTTTTACACTGCGTCTGTGCATTACATTCACCCTTACTTCGTTAAAAATAAAGTTTTATTAATCTTTCCTAATGTTGAGATCAGAAGGAAGGTTTGGTTTCTAGTGTAGACCTGCATTTGCCTCTTGTAATGTATATAGTGCAAAGTGAATCAGAGGGTGAGACTAATTGGCCAGCGAAGCAGAAGTGGGCGTTGATCTTCAGTGGAGGCGGAGTTTCGTCACACTATTACGTTATAAGGTGTTTGTAATGAAGTTAATGACCACCTGGCAGGGGCGGACTGCGACTAAAAATCAGCCCTGGGACTGTAGCCACATCAGCCCACATTATCACACCGACACTGCCCCACCCTCGGACACGCATATTCACTACTTTTATTGGTGTACAGATGGTAAAATAATATAAGCAGTACCATATGTAATAGATGTTTAATAGATATTTATTTTGTGTTTGGACTTGTGAGGGAAACCGGGACGAAACCCACACAAACATGCAAACTCCACACAGAAACACCAATGATCCAGCCGAGGCTCGAACCATTGACCTTTTTGCTGTGAGGCGGCAGCGCTACCCATTGTGCTGTCCCATTTTGAGACTATTTCAGTTAATTTTATGCATTTGGCAGCGTCTAATTTTAGAGCCATTTTTAAGTTTCTCTGAGCTTTTTGGCACCGCCTTTCCTTTTTTTACGGTCCATCTCTGACAATTAGCTTGTGTTTCACCTAATGTTTGTTTGACATTCTAGCCAGATTTTGATTATGTCCGCGTAACCTCTGATTGGGTCGGCCCATCTCGAAACCAGCTGGCCATCGCCGATTGGGCCAATGTTTCTCATTTATTATTATTACTATTATCATCATCATCATCATCATCATAATATTCACATCTTGCAAGAAACAAAAACTGCCTGTATGTAAAAGCAATACTTATAAAAACATTTAATAAAAAATAGTATACCGGCCCACATTTAAAAAATGGTCCAGCCCTTCTGGCATTTGCCAGAATTGCCAGGTGGCCAGTCCGCCCCTGCCACCTGGCCTATGGAAAGAAGGGTGCAAAGAACCGATCGTGAAATAAAACAAACAGGCCGCAGCTCCTCACGGAGTCTACCGCCAAACAAAAATGTCCAGGCTTAGTCTTTTCTTTGGTCTTCTACTGCTGTCTCTTCTTCTATTATTCTCATAACAGGTGCTTCTCGTTATCACTTAAGCACTGGCCTCACCTGTTCCCACGGTTCTCTGTGGAAGCATAATCTACATTATTATTATTTCCATCATTATTATGTATATTTTAGTGGATGGTAAAAATGCTCCTCAATAATAAGCGTCTATTTTGCTCGTAACGGTATATTTGTTTTTTGTTCGGATGATGAACTTACCGTCAACAAACATTCACCGCTGCGGCACATCTTGATGTTCATGTTACGGTTGTTTATTTCATCGAAACACCAGTAAAGACATGGATTATTGCTAAACAAGACTGAGATTTGATTGCAGCAATTGCATTGAAGGCTAAGTTATTTATGTTCTTCTGGATTTTGTATACGTGTAGTGGAGTTTGTATCTGATTATTATATAACACATTAACATGTAATACACATAGCTGACCTGTATATAATAATTATTAGCGCTGTCAAATGAACTATTGTGTCCGAAAAAGTTTGTACACAGAAATATATATTAAATGAATGTTTATTACATGCCGCCTTTTCTTCTGTTTTTAAGCCAATTTCTCGACATTTCCTTTGGCCAATTTAAACAATTATAAACAACACAAAACATAAACATTTGTATCTCCGATTCCAATGTAGAAGAATCACTTTCTGCTTTACATATGAGTCTCGCGCGTCATCAATGAAGTCATGTAAAAACAATCTTTATAAGCTGTTTTTAGACTAACAAGTGAGGCAGCAGTCACACAGCACCTTTAACTCCATAGACTTCCATTCATATGCAAGTGAACGCGGCAGACAGGAAATGCAAGCTTTTGCTACATTCGAAAGCTTGGTGAAAAGCTTGGTGAACTCTGACCTGCGAAATCACATCACTTGATTGGGTGAGACCAATAGAAGATCAAAATGTGACCTCTGTATAGAAGTTTAAAATATGAAGCTATCGCTGGCTTTTATTAACATCTTATCATATTGTTTTATCCCATCCCTTTCTCGCAGCAACGTACGACAAAATTTTGCAAGCGCAAACTCTAGTTTTGGCTTAAGTTTTAAGTTCTGTTCTGTTTATACAGTAAAAAACCTCTTATATGTTAAAAATGTCTCATTTTATGACCTTTAAAGTCAGCATGATACGGAACTTAAACCCTTTTTTCCCCTATTGTAATTTCTAAAACTAAAAAAAAATGTAGGGTGGTGCACGATTTTGTCTTTGGGAACCAATTGGATCATTAGAACAGTGGTTCTCAAGGTGGGGTCCTTTATGATTTTATAACACCACCAGGTTAAACTTTCTCTCCCATTTACATTCCTGACATACCTAAAAAAAGTTAAACGAAGAATAGACTTGGGTCTATCGGTGTGTGTGCACCATTGCATGCAATGTTTCTGTATTTATAACCACCTCAGAGGATATTGGGGGTCGCGAGTCACTGGCGTTGTCATTTTGGGGTCGCGGGTTGAAAATTTTAGGAACCTTTGCATTTGAAGATTGTTAACAAAATTGAGGAACATTGCTTACACACTAGTTGTGGAGGATTATTATGCGAGCAGCTAAATTTTACATATGGAGTGATAGTATATTAGTTCTAACCACTGCCTTTAGTGAAGGCAGGGCAGAAACTAGACACACTGATAGCCCCACCTCCCTAAAGGATTGATAGCCCCACCTTAAAGGCATTCCATGTGACCAGAAGTGCAGGAAATTTGTTTTGAGGGAGGAGGGAAAGTTATGGTATTTGATTAAAGATGATGAATTTTTACTAAATAATGAACTGCACAGATACATCATTTAAAACACTTAATACATGTAAAAATGCCGCCTTTAAACACCAAAACAATCATTCATTTATTTTCCTACAGCCTAGTCCCTTATTCATCAGTGGCAGAGGCGGATTTTGTGATTTGGGGGGCCTAAGCAACTCTAGCCATGGGGCCCCAAGTCATGAAATGCACCCTTTTTACTTTTATTTAATTTTAATTTATTTATTTATTTATCTACGTTTTATCTTAATGTAAGCTTTATATTTTAAAAAATTTGACTTCTTAAAATTAATTTACAACTAAAAATTATATATACATTATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATAATTGATTTATTATATATATATGCTTATATATAAAATTATATTTAGTTATGTAATCATTTTATTTGTTTGACTCTCATACACAATATGATAGAAAACAATGTTATATATAGTTTATAGGTATAATTTATACTTCTAGATATTTATTGGGGGCCCCCTGATGTCCTGGGGCCCAAGTGGCTGCTTACCTTGCTTTTTGGTTAAACCAGGCCCTGATCAGGAGTCACCACAGCGGAATGAACCACCGACTTATGCAAGATACATTTTACACAACGGATATCCTTCCAGCTGCAACCCAGTACTAGGAAACACCCATACACACACTCATACACAACGGCCAATTTAGTTCAATTTTAATTCACCTATAGCATATGTCTTTGGACTGTGGGCCTGTGGAAACCCACGCGAACATGGGGAGAACATGCAAACTCCACTCAGAAATGCCAGCTGTCCCAGCCGGGGTTCGAACCAGTGACCTTGCTGTGAGGCGACAGTGCTAACCACTGAACCACCATGCCACCCCCAACAACAAAACAGCTTTAAATAAATACTAAATGCTAATCTTTACTGTAGCTTTTATGGCACCATCTGATGTGTCACATCGGGTTTGACAAAGTCAAGAGTGTTTGAGGCAACACGAGGGTGAATAAATGATTACAGAAATTTCAATTTTGATTAAAATTTACAGTTTGATTAATCTGTGTGGTGTAGCATGACTCATCTTCAGCACTCCATCTGTTGGAGAAATTCACCATAGAGTCTGTTCTCCTCCATCTGTCTTCCCACTGCAGAGGAAACAGGAAGCACTTATTAGGCTTTAAAATTAATTCAGAGGGGAAATGCAGGTAAAATTAATTGACAATCAAAGCATGACATCAAAACAGACCATATTAACTTCCTTGATGAATATTCATTTCACGGCACTTTATTCTAAGCCACACTCGCCGTAGCTCTGTCATTATTATTAATGTACCACTCTTTGTTCTGATGCAG
Seq C2 exon
TCTGGAGACATTATAATAGTGAACCACCGGAGCAAGGACACGTGCCACCTCAAATTCTCCCCTTACAGCTATTTTTCCAGAGATGTTCCCCGCAAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000053487:ENSDART00000147368:10
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0123713=Oxysterol_BP=FE(9.0=100),PF042659=TPK_B1_binding=PD(56.2=77.1)
A:
NA
C2:
PF0123713=Oxysterol_BP=FE(8.2=100)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]