DreINT0108882 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000063730 | osbpl6
Description
oxysterol binding protein-like 6 [Source:ZFIN;Acc:ZDB-GENE-070912-206]
Coordinates
chr9:1411302-1419544:-
Coord C1 exon
chr9:1419452-1419544
Coord A exon
chr9:1411471-1419451
Coord C2 exon
chr9:1411302-1411470
Length
7981 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTACAT
5' ss Score
7.79
3' ss Seq
TGTGTCTGTGTGTGTTTCAGGTT
3' ss Score
13.7
Exon sequences
Seq C1 exon
AGTAACTGTGTAGACTTGTCAAAGAAAGAAAAGCGCGTCAGCAGAAGATGGAGGACTAAAAGTGTCAGCAAAGATGCAAAATTGCAGCAGCAG
Seq A exon
GTACATCTTCAAGACACCCACAATCAACACCGAGGACAGTTCACTTGTAGTTATTGGTCATTTATCATGCCGTCTGCATCAGTTTAGCATCTGGAATTATGCTAATCAGCTAGCGGTGCTGTAAATCTGTGCTGAATGCAGTTTGTAGGCTGCAGTTATTCTTCTTGCTCACTGGTTTTACTTACTGACACAATTCAGGCTCCTTAATTCTCATTTGTTACCTACAGTTGAAGTCAGAATTATCAGCCCTCCTGTATTTATATATATATATATATATATATATATGTTCCTAGGGTTTACCCCCCCATTAATGCTTATGTGCCTGACTTAACCTTAACAAACAAATCATAATATTGCATTGGAATATGATCCACTTACATTGTATTTACAAAATTTTTACAAATTACAATTTGTGACCCAGTGTGAAAACCAGGCCACATCTAATTCTGAGATAATGTTTGACTGTAGCCATTAATTTCCCTGTGATTTCAGTTGTTGACATTGTTTTACTCAGTTAATATTAAATACATATATTATTATCATTATTATTATTATTAATTTTTTTTATTTTTTTTTTTCACAGACTGTTCTTTATTTCATGTAGAAAACAGTAAATTACAAAAAAAAGCTATATTTTCCCAGGCTAGGTCACTGTCATTACCATGTCTGCTTCGGGAGAGAGGCACGGAGAACAGTCTGACTGCTTTGATTTTTGCGAGCTGTCACTGCGGGAATGCTGCTCTGCAGAGGCATGTTGTCCCACAGACCGCATGGGCCACAGAGAACGCTCTCCGACAAATCGTGCAGTAGCTTAATAATAATTCCTCATACTTAATAGTAATAGTAATAGTATTAAGTATAGTATTACTTAATAGTAACACTCTGCAGCCAGGTATCTGTTTCCTCCCACTCTCTGCGGTACTTTTGCAGTCGATTGCGTTTAAACTGTGAAACTTTAAGACGCGGCGGGTTACCTGGAGAAGCATCTGCCATTAATCTCTGTCAAGACTTGACAGACTCTGCTTAGAAGACCCGCCCTCCTCACTGGACAAAGACCAATCAAACTAGCGATGACATCAAGTATTACCCAATCAAAAGTAGGACATGAGGCATATTCAGTAAATGCTTGTGGGATGATTTGCATGAAAAGCTACTTTTAAAGTATTATAAAAATACGGGACAAAACCCATCCTGTATTGATTCAAAACGGGGCGCGCAATTTCTTTCTTAAATACGGGACGATTCTGTATTTCAAGGGACGGGTGGCAACCCTTTATATTTCCCAATTTCTGTTTAACATTTCTTCAACACATTTCTGCACATAATAGTGTTAATAACTGATTTATTTTCTCTTTGTCATGATGACAGCACATATTATTAGACTAGATATTCTTCAAGACACTAGTGTTCAGCTTAAAGTGACATGTAAAGGCTTCACTAGGGTAATTAGGGTAAAGTTAGGGTAATTAGGCAAGTCATTGTATAACAGTGGTTTGTTCTGGAGACAATCCAACACTAATAATATTGAGCTTAAAATGGTGCTAAAACTATTAAGAACTGCTTTTATTCTAGCCAAAATAAAACAAATAAGACTTTCTCCAGAAGAACAAATATTAGAGGAAACACTGTGAACAACTCCTGAATCTATTCAACATCATCTGCAAAATATTTGAGAAAGAAACTAAAAATCACAGGAGGGTGAATCCTTTAGTCTTCAACTGTATATCCTGTTTTTGGACCCATAATCCTTTCTTTTGTTTACTCTTTCCATCACTGTGCATGCTACTGGAAAAACACAAAGCTGTAAAACACACAGTAAAAAACTGACAGCTCTGAATTAATCAAGATAAAACAATCGTTGCGTTATACCTATCCTCCAATTTGGATTTTAATTATGCATTAGTAAATGTCGAACTATGATTAATAAATGCTGTACAAGTATTATTATTAGTTCATGTTTATTAATCCGTTAATACTAGTGACAGCTAATAAAACCTTATCGTGAAAGCTGATTTTACAAAACACACACATGTTAAATCATATTTTAGCTTAAGCTGTGCCTAAATGCTCATATACATGCATAAAGTGTGTCAAAACAAGGGGAAAGAGCCGTCGGCACAATAGCCTTGTGGTTAGCGCGTTGAGATATAGTGCATTAGCACGTCAGGGCGTCCCGTGTTCGAATCCTGCCTCGAGGACATTTCCTTAACCTACCCCCATCTCTCTCTTCAACTTCGCTTCCTGTCTAAATACTGTCCTATCTAATAAAGGCCAAAAATAAATCTTAAAAAAAAAATAAAAACACTTGGAACGAGCCAAATTGTTGGGTTCACGCTAAACACCAAGCACTGCGTCACTAGCTCTCGTTTACTCACGGGGTGTTTTTCACATCAGGCTCATTTTCCATCAGGCTTTATTCATCAGGGGGTCACCACAGCGGAATGAACCTCTTAACTATTCCAGCATATGTTTTACGCAGCAGATGCCCTTCCAACCGCAACCCGGTACTGGGAAACACCCATACACTCTTATTCACACTCATACACTACGGCCAATTTAGTTGATCAGTTCCCCTATAGTGCATGTGTTTGGACTGTGGGGGAAACCGGAGAACCCGGAGGAAACCCACACCAATATAGGAGAACATGCAAACTCCACATAGAAACGCCAACTGCCCCAGCTGGGACTCGAACCAGTGAGCTTCTTGCTGTGATGCCACAGTGCTAACCACTGAGCCACCGTTCCATCTTGTATTATTAAAAAACAATAACAAGGAATTATTAAACTGCTGTTTTTTCGGCTATTAAATAAATTAAACTCGAGCAGCAGGACACTGGTTTTGTGCTTCAGGGTCAGAATTAAGCAAAAAAAAAAAATCTGAATTGGGTCACATTTATCTGGCAGTGTAAATCAGGCCAGAGTGTGCCTGCATGCAAAGTGCTTCAGCTGTTCAGTGCGGAGAGGTTAGTGTGTGTGTACGTCCCCTCAACCTTCACACACACTTACCCTCTGCACAACCTCATTATTGCAGTCCTTAACCTCAGCCGTAGTGTCAGAGAGACGTCCTGCTGCGCTCACACACTCTGAAGGCCTGACATTTGACTCAGCGGATCCATTATTAACTATTTAAACTGAGTCTCCAGCAGCATCTCACACCATGTTTAAAGGACGTTTCTGTTTATAATGGATCTCCAATGACTGAGAGAGAGTGTGGGTGAATGGGACATTGCAGCGTCATTGCTTTTGTGGGAATGCGTCATTTATTTGATCATTAATCAAATCATTAATATTGCGCCACCTGCTGGAAATCCACCTTTATTTTCATACTTTAATCAGGTCATTAGTACTAGTCATTAGTGGTTTTCTGCAGTGTTTGACCTGCGTATTTGTTAATGAGATGTGTGTGTGTGTGAGTTACTGTGTGTAGTTCAATTGTATCTGGCTCTTGTGTCCTCCCCCAGGTCCAGTCTCTCCCCCAGTCGCACAGTGCTAAAGTAAGCCTAACTGCAAGGTTTTCTTGTATTTTTTTCATCATCACATCTCCGTTCTGCAGTCTCTCCAGCTCTTGCATACACTTCTGCTTTACATTCTCTCTGCAAAACATGACGGCAGCCTGACGTTTTTAGAAGAGACTTCTGGTTATGATTGTCGCTCCAGTTCTTAAAATGCAATGCATTGTAGACTACACATCTAAACTGCAATTTGTATTGCTATTTAAAACCTCTATTAATAACTACTGAGCCACATAGTGAGGTCGCCGTAATGAACTGGGGTTACAGTTGTATCCAGAAGTTCACCTTTAGTCAGCTTGCTCACATCTTGCTCTCAAATATATACACACTTATTATTGAAGAAGTCATGGAGGTTTGTAACAACAGGCAGGTGAGTAAATAATGTACGTATTTTTTTCTGTGGTCACACTTTAGAATGAGGTTTCAATAGTTAAAGGCGCAATATGTAAGATTTGTTTATTAAAATATCCCAAAATGCAGGAGTCCAGTAAGATGATAAAGACAGACAACAACTCCCATGATTCCATCAGACTCCCACTCAGTCATCAAACTATGCCTTTGTTTTGAATACACGCCCTCTAGTGGCCGAAAGTACATACTGTGGCTTTAAAGGGTCACGAAACACCATAACACATGTTTTAAGCTGTTGACAGTGGTATATGTGTCCAACACTGCTAAAAACACTATTAGGACACCTATATTTCACTGGAAAGTGTAAATTGGTTGTTTTTGCGTTATTTCAAGCAAATTCGTGCTTCCAGTTTGAAACGAATTTTTGAAGCTGCGTCACGGTCATGAGATAATAGCGTGTATTCCAGCGTGCAGACTGGACGTCTGTGCCAGAGTGAGTCTTATTACGTCTTACAGTGTGCTGCATTAATGCATGAGTAAGGCTTGGTTCAAACCAATCAGCGCGCTCTATTGTGCAACTTCATTAATATTCATTACTGTCACAGTATTTAGACGACAGAGACGCCACGTTGTGTTGGCAAAACAAGCGTGAAGTGTTGCTTTTATAGTTTGCTGCAGTGAAGTTTTGTTTTCATTTTCTCTCTGTGAGAGCGCAGCTGGAGTCACGTGTGGATTAACAGTGTACGCGACGCTCGACAACAATAACTTGCGTGTCTAAGGAAGATTATTGTTTACCTGAGAGCTGTTCTCGTCTGCAAACGCTGAGATCCGGATTCTCTTTAGTCTCTTCTTAATAAAGACGCGGCTCTAGTTGCTGGTGATTGTCCTGTCTCTACAGATTTGGTAAGTGAGTGACCAGTGCTCTTTGTTTATTCAGTTTGTTCGTATCGAACTGAGTTAACTATTGCACCGAGTGTAAACATGTTAGCACCACAACCAAACTTTAACCTCGTGTAGGATTTCACCGCATTTAGTGACCGGAATAACACACGCGGCTTTCTGACACTACCTGCCGTGTGCATCTAAGTTTCCGGGAAATGTGGAGGGTTTTTTTCTCTCATTCGCCGTGCGGTATCA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Seq C2 exon
GTTCCCCTGAGTGCAAGCATGTCTCAAGTGCGCCTCCACTCCTCCAATCCTAACCTGTGCGCGGAGCTGGCTGATTTCCAGGCCCCCGTCACGCGTCTGACTGACGGCATCGACAGCGCCGGCGACTACATCAAACTGCAGGAAGATTTCTGCATCATTGCGCAGAAAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000063730:ENSDART00000124777:9
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.129 A=NA C2=0.018
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]