DreINT0110562 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000010192 | pax3a
Description
paired box 3a [Source:ZFIN;Acc:ZDB-GENE-980526-52]
Coordinates
chr2:47526762-47539401:-
Coord C1 exon
chr2:47539181-47539401
Coord A exon
chr2:47528016-47539180
Coord C2 exon
chr2:47526762-47528015
Length
11165 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTCAGT
5' ss Score
8.94
3' ss Seq
TTGTGTTGTTGTGTGTTTAGGTG
3' ss Score
9.31
Exon sequences
Seq C1 exon
TCTCGGAACAGCCCAGCACTGTGCACAGGCCCCAGCCTCTTCCCCCCACCTCAGTGCATCAGTCTGGGCTTGGCAGTGGACCGGGGGCCCAGGAGGGGAGTTCGGCCTACTGCCTCTCCTCTGGACGTCACGGCTTCTCTGGTTACTCAGATGGATATGTGGCCGCACCGGGCCACGCAAACCCAGTGAACCCCTCCATCAGCAACGGCCTCCCATCACAG
Seq A exon
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Seq C2 exon
GTGATGGGGCTGTTGAATCCAGGCGCAGTTCCTCATCAGCCGCAATCTGATTTCGCCCTGTCTCCGCTGACGGGCGGTTTGGAGCCCAGCACAGGCATGCCCGCCAGCTGCCACTCCTCTCAGAGACTGGAAGCTCTGCCAGGCCTTCCCAGCATGCCAGCTCTGCCCAGCTCCCAGTCCTACTGCCCGTCCAGCTACAGTTCACCCGGGTACAGCGTCGACCATGTGGCGTCTTACCAGTACAGCCAATATGGGCAGAGCAAGGTGAATACCAGCACTGTTACTACTGTAGAAAGACTGTCACGTGTTTATCCTCTAAAAAGGGCTTCATTTGGATTGGTGGAATAAAGCAAAATATTACTTAATTGAATTGCTCTCAATAATGTCAGAAGATTATTTATGTTCATGAGACTTTGTCAAAATTTTTTGCAACATACTATGTAGTCTTAATTATGTGGAAATTTTTACACAACATTTACATCATTTTAACCAAAGAACCAAAATGCAATTAGCCACCTTGTTCAAATCTATATGATATTTTGGAAAGATGTTCTACTTGGTTATACACTGTAAAAAGTGATTAGTTACTTGATTAAAAAAAAAAAAAATTGAGGTAACCTGTTACCTTAAAAGTGACAAGTTGACTTTGAGTAAACCTGTTGTAACGCAGAACTGTTATTATTACTCACATAGTTCATTTACCTAAATTTTTTTAACCTCTTAAGACCAAAGGTGTTTTTTTTACATGCATTTTTTATTTCTCTTTGCTATTTGGGCTCATTGGAACCTAATTAGAATAAAAACCTAAGTATCATCTTTTGATATGATTATATGTGGACCGAATTTACATAAAACACTTTTTTTCTGAATGTTTTTTAATGCATATTTAACATCTAATTTTTTTGGACATGTTTTGACTATCAGAGAGTAAAAACAACATTCCTTTTTCCATTTTGGACACTAAAAATAGTGTTTCAGGCAGTTCATATGCCGCAAAACAGTTGCAGTATGGCCCTGTATGCAGTATGGCCACTGAGTTGCAGTATGGTCTGTAACAAAATATAAAACATTCAAAGTATTTTAAATTGCCACTTCAGAGCTAAAATGTGCGGTCCACGTATAATAGTAACAGGTTCACTCACTTTTTTAAGTCAACTAATTCCTTTTTACAATATCAAAAGCGACAGATTATTTTCATTATTCTGACATATGTTTGGGTGTTAACAAACATTGAAATAAAACAAATTAAAATAT
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000010192:ENSDART00000038828:7
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
Alternative protein isoforms
No structure available
Features
Disorder rate (disopred):
C1=1.000 A=NA C2=0.933
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF123603=Pax7=WD(100=62.2)
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Human
(hg19)
No conservation detected
Mouse
(mm9)
No conservation detected
Chicken
(galGal3)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]