Special

HsaINT1026209 @ hg38

Intron Retention

Gene
Description
paired box 3 [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:8617]
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Seq C2 exon
GTGCCTTTCATTATCTCAAGCCAGATATCGCGTAAGTGAACTGTCCACTTGGAGCTAAAACTGGCCCTGTTTCTGGTCTTCGCAGCCTAGATATGAAGAATCTGCTCTGAAAACAAAAAAAAATTACCCTTTTGTTGGGGGGGGTGGGGCAGTGGTCCCAATAGGAGACAAAGGAGAGTGATTGATTTTCTTCCTCCAATAGTTGGTTTCAAATCCTTTTGAACACGTTCGACAAAAGCAGTGGAGAAGAGGAAGACCTGGAGCAATAAAAGACAAATGCAACATTTTAAGGCAATGGTTTCACATGGTTACATATCAAAACATCCCAATTCTTTAGTGCTGATCATCGAGGAGCTAGAACATTCCATTTGCTTGTGTGCGTGCGTGCGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTATTGAGATTTACCCAGACTGGTTTGGGCAAGCAGACTGTTCTAAAATATAATAGAATACCCTAAAGTATAACATGTCGATGTTCGATGCTGATACTTCTACAACTTTAAAACTGCTCATTTCATGAAGCAAGAATGGAGGAATCCTTGACTCTTACACACTGGAAATTGAAATAAAGATAAATGCAACCATTTTTAGGAAGCTAGACTAGCTGTAAAGGACCTCCTAAATAAATTATTTGTTACTGTATCCTCATTTGTAATCTAGTTGTCAATAAATGGCCCGGACATGTCTTGCTAACAGGATATGGGCTACCAGGAAGAAGGACTTGTTTCCCTTTCCTGTGTGGGGAGAGGTGTGTGACGTTTTTCCAGTTCACATTTATTTGGTAGCCCACCTGGGTTGGAGGAAGGGCACGGTGGAGAGAAAGTGACATGCATTCACATATCTGCTTATCAGTGTGCAATACTGTGTACCTCATGGATGCTTTGGCAATGCCCAAGGCGATATAAGCAAAATCAGAAGTATATTTTTGCAGGTGCTTTTATTTTCACAGCCCATAATTCATAGTGATAGAGTGCAGTGATGTTTGCCATTTGCTGGACAACCAACACCCGGGTTGCTCCTTTGATTAGAGACCAGATCAGATAATTATGCTTTTAAACTGATTACGTTTACATTCTTCTCTTTTCTATGAAAGGCAGGGCAAGAACAGAAGTGTTCACATGGCTCTCATGTACTTTTAAATTATACAATGATATCCAATATTAAAAGATTATAGGAACTGAGGTTTACATACGTTTGTGTGGTGACATTTTAGAATGTCAATAAATTTGCTTTTTGAGATGTTGAGAGGAACAAGAAGGTGGAAGGCAGTGTTATTTATTTCTTTCTATTCTTGGAACCACGAATGAGGTAGGCACAAATACATTCCTTTTAGAGTTAAGAACTATGACGTAGCGAGTTAGTGAGACTAGACATAGTACCGAATTTAGTTCATGCATTGGTCTTAGAGGGTGATGGAACAAGAGAAGTACTATCTTTGTGTTGCAGCCTCAACCAACAACAATGTGTTGTAAAAATGTCTTTCATGTAAAAAGTGCAGTAAATATTTACTATTTATAATGAATAAACAGTTATGAAAACTT
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000135903:ENST00000344493:7
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact

Alternative protein isoforms

No structure available
Features
Disorder rate (disopred):
  C1=1.000 A=NA C2=0.637
Domain overlap (PFAM):

C1:
PF123603=Pax7=WD(100=63.9)
A:
NA
C2:
NO


Main Inclusion Isoform:
NA


Main Skipping Isoform:


Other Inclusion Isoforms:


Other Skipping Isoforms:
Associated events
Conservation
Rat
(rn6)
No conservation detected
Zebrafish
(danRer10)
LOW PSI
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event


GENOMIC CONTEXT[edit]

INCLUSION PATTERN[edit]


SPECIAL DATASETS

  • Autistic and control brains