DreINT0110587 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000103379 | pax6a
Description
paired box 6a [Source:ZFIN;Acc:ZDB-GENE-990415-200]
Coordinates
chr25:14948743-14953319:-
Coord C1 exon
chr25:14952968-14953319
Coord A exon
chr25:14948893-14952967
Coord C2 exon
chr25:14948743-14948892
Length
4075 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
GAGGTAAGT
5' ss Score
11.08
3' ss Seq
AATCTCTGTTTCCTTCGCAGGGA
3' ss Score
10.85
Exon sequences
Seq C1 exon
TTTAAAGAAAGAGGTATTTTGAACTCAAGACAACACGGTTAACGTCCGAGGTTTGCGTGTCTCGTAAGAAAGAAGAGGGAGAGTCCAATATTCGACCTGATTTCATCTGTTAAACAGGCTAGTATTTTCGTCGACTTCACAAAGGGGTTTGCAATCTCTCACAACCTTTTCCGAGGTTCTCTTTTCGAGGTTCCCTTGTTGGACTGGATATTATTTACTTTGGGACTAGTTTTGTGATTCGGATCCGGAGGGGCTCCATAGACACTCATTACTCTTCACTTGAAACTTGGAACCGTGCGTCTCATAACGAAATCCATTACGAATGTTTTGCTATCGGAACGGGTTTATTGAG
Seq A exon
GTAAGTTAGTTTAGTTCTAAATTCTACTTTACACATTTGCCCCATGTTACGACATCACATTATCGCGCTGACAAATTGAGTTAATCACGAGAATACTGTAAATTTGACTGGCATATACTTTCCAATGAAACTATGCCGTGAAATTAATTTATTCTCTGCCCAGTGCACAATACTCGCCAGTATGCTAAATTGCTTTATGTACAGCATAATATCGTATTATTGATTTATTAAGTATTGAAAGACATTTATAAAACTGAAGACCGTCACCGGGAATGATGAGAAATGTTATGCCATATGAGAGTAAACAGTTTAATAATTAAAACAGTTTGCTGAGTTGCTAACTTCTGTGCTGTTTTAAAAAAGCATTTTTATTATCATGAATCGCTCCGGATCAGCAAGTCTTTATTTAATTGTAGCATATTAAACAAAGCAACTTACATATTGGACGTATAACTTTGCGATTAAGTTGCATAACATGGTGTATTTGTTTCAAAATACAATACCGTTTTATACTTTTTAAAAATAATTAATAATAATATTAATATTACAATATTGCATTTATAAAATAATTTTTTGTCGTGTTTGCCATAAAGTTACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACCACAATGTAATGCAGTTCTTTTCATAAAGCAGTTATTGCATTTAGAGACTATTAGATTATTAGAAATATAATCACGTGCTTTCATGCAACTGCATTTTCATAGCCTAGTAAAATACAGCAAGAAACTTCAAAAATAAAGTTCCCACTTAACCTCCTATGCATAAACTTTGCCCTGAATGCAGATTACATGGCCCATAAACTCTGTCACAACTGAGACACGTCAGGTTATCGAAATAATTTAAATACTACCTTTATATCACATTCAATAACTAAAAACAATTCAAATCTTAAGGCTGCAAAACAAATCTCCGCATCTCTCCTCTAATCTGTGAAAGAAAGAACAGAAATAATTATGAAAATTATTAGCCAGCCACATCTTCTGTCTATTATAGCTTAATGAAATAGAATAAGGTGTAACTTGCTTCTGTTGGAACATGGCGTTAAACAGAAGGGCCCTTTTGCCAGTGCGGTGGTCTATGTCGCTGTGGGCAACCGCATCAAAAAAGCCCCATCCCCCAGAACATGGTGACTGGATGTGGGTCTTGCACTGGCCATAACGATAAACCTTTCCCACATTGCCTTAATAAGAGCCAGTCTATCTCACTCGCTCTCACTGACGTCATTTGCATTCAGTCCTATCCCCGCCCCTTATTATTATTATTTCTCCCTGTTTAAAACTTTTAGTGAGAGGCGAGGCATGGTGTATTCTGCCCGAGGGAAATAGCGACAAGATTAGGTTCTTTTTCATGACCAAACACCGCTGACTGCTAATCCGAACTGTGCTAATTGATGGGAGGACTACAAGAGTCCATCCGTGTGAAAAGTCTAAAACTAGTCAAATATATGACGTCCTTTTACAAATGCTACCTTGTTTAAAGGTGGATTAAATATGTGGACAAGTCTCATAAAAGTTATTTTTCTGAATTTAAGTAATAGCCTATAGCCTGTACCTCGTTTCAACACTGTAAAAAATACAGGGTTTCACACAATTTATCCATGTTGTCCCAACACAAATCGATTGAGTTAACTTAACACTTTTAACAAATTTATGTAGATTGAACATAAAAAATTAAGTTGTACGAATGAAATGTGTTATTTTGGACAATCCACGGGCTAATAAAATGTCCAATTTTAAATGTCCAAAAAAACCCAATATTGGGAGGATAAGGCTTTTTGTCATGAACACATACGCTACAAAAAGTAAAACTTTTACACTGCCCGTATTTTAAGGGCAGTGATTTGTGAGCTTAAATGGGAGTTTCACAGTACAGTCCAAACAAAAATATAAACAGAAAAAAATCTCAGTACAGTCGCACAACGTGTTGCGTTTCGAGTTGAACTCTTTACCAACAGAGGAACTAACTTTGAAACGGGAGGGGAGGGGAAAATTATTCGAAATATCAAACGGCGTGGCGGGGTCGCACCGCGGGACCCGAAATGACAGTGCATGACGGTCGCGCCAGCTCATTATCCGACTCCCATTCAGGCGGCCTTTCATTGCGATGCAGACTCTTTGGCAGTGTCGTTTGTTTCCTCATTGTGCTATAGTGGGGAATGCAATGGTTGTCAGAGCTTGCATTCACTTTAGCGATAGTTTATTGATGAGCTCCGACTTTTAGCACTTTTCACATGTCAAAACGAAGTCAAGTGTATGCAACCACAGCTTAATTTTATGCTCCGTGCGTCCCAACACATTTTGTCTCTCTTTAAAGCTGTCCCACCATGCTATACGTGACCCCCTCCCCTCTACATTTCTTGTATCCCAACCCGGAATCTATTCCACTCCAGTGAACGGGTGGAACACCCCAAGCTGCGAGTGGCGAGCTGAGAGTGCAGCGCATGTAACCTCAAACACAGGCGCGGAGGGGTTGCTTTGGAGTTTACCGAGGTGTGTGCTAATGTCCAAGCAATCAACAAATGTAGTTTAAGTGTCCGGCCATGGACGTAATGATATTTTCATTTCCCCCCTTGGCAACCCACGACACGGAGTTTCTTTTTCTCCTGCTGAAAAACGACAACAAATCACGCTATTAATGTAAATAGTATGGGGTCTCCCAACTGATCATTGAGCGTGCGCCGTAAAGGCTGATGACATTCTCAGACACCGAATCAACAATGACACGTGGAGAAAGTTTGCGCTTGTTTCAAAGGACAAGAGCAGCATAAATTGACACAAGAGTTAATTACAAACAATAATAAAAATCAACAACTGAGTTGGCCTAAATGGTTAAACTCGCTTGCTATTTTGACTTGTACTTTTAAAACAAACAAACAAAAAAAAAAACGTGGAAGTTTATTTATACAACACACATTAATGGCATTTTTTAACCTTTCCTCAAGTGTCTTGTCAACTACAATAGAATTTTATAGCTCAAACAACTGAAAAGTATTTCAATTGAAAATTTGTGAGAGAACCATGATTATGAGGAATGATTATGCTAAGATTAAAACTAGTTTTGTGATCGGATTACAATTATTTAAAATAAATATACTTTAATATGTGTCTGGAAACACTTAAAAGACTCTTAAAAATAAAGATCCTTAATTGTTGCTGAGGGTGAAGAAACTTTAACATTCTTGGAGCCTTCCCATTCCACGAAAGCTTCTTTCGATTATTAAAATTTTCTTCGCACTGAGATAAAAAATACTTTAATGGTTTGCAAACAGATTTTTTGGGAAACCAAAAAGTGTTTTATATTGTGGCACTGTGTGAACATCTTGAAAGATTTAGAATAATTTACTTTTCGTCAAAAAAAATTGCTATTGTACTCTTTTTGGAACTTTTTTCCTAAGTCAGGAATAAAAAATATAAAGAGAAGCATATGCATAAAGAGTCGTTGGGCCAGGTTAAATACAAGCTATTATTATTTAAACTCGTTTACTTTATTATGTAATTACAAAAACGCTTTAGTGCCGTGGAGTTACTATGGTAAATAGGGAAAATAGATGTGTAAAAAAGCATTTTTTCATGGTACCTTTTGATACCCTTCAAAGTTTCCAGTCACACAAAGTTCAATAGTCCAAATGCCTAAAGATATTGCAATGGAAAAAATGGTGAGAGAATTATATGCTTATGAGGAATGATTAAGTAGGGTTAAAAAAATAGCTTTTTGCTTGGCCCTGTTTCCCGCTCTGTCACCGGGGCAGGAGGAAGTGTTTTGCTGGGAGATGATGACAGAGGTCAGGCTCAGCTAATGGGCCACTGAAGAGGAGAGGAGGCGAGGCACAGACCAGGAACACATACATTAATACACGAGTGCTATCACCAATCAGCATAGGTGCGCGCCCTCTCTCTCTCTCTTTCATGCGCGCTCCCTCTCCCTCTCTTTCGCTCTCTCTCTCACTCACTCCCACGAGCGCACATTTTTCAGTCTCGCACAGTCTTGACATCCCATTTTATTGTCAATCTCTGTTTCCTTCGCAG
Seq C2 exon
GGAATTTAAATTTTCCACCCGAGATCAGTTGGAAACTATAAAAGACAAACTGTTTGAGGACGATTTTCTAGAACTCCAGAGTCTTCTCGTTATTGTAAACGAAGAACTTCAGCGAGGATACAAAGGCTGTTGGAACTATGCCTCAAAAAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000103379:ENSDART00000164384:1
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
5' UTR
No structure available
Features
Disorder rate (disopred):
C1=NA A=NA C2=1.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
NA
A:
NA
C2:
NO
Main Skipping Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Mouse
(mm9)
No conservation detected
Chicken
(galGal3)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]