DreINT0110767 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000013615 | pbx3b
Description
pre-B-cell leukemia homeobox 3b [Source:ZFIN;Acc:ZDB-GENE-000405-3]
Coordinates
chr8:33922297-33931474:-
Coord C1 exon
chr8:33931385-33931474
Coord A exon
chr8:33922414-33931384
Coord C2 exon
chr8:33922297-33922413
Length
8971 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AATGTAAGT
5' ss Score
8.62
3' ss Seq
TTGTGTTTGTGTGTTTTCAGGGT
3' ss Score
10.99
Exon sequences
Seq C1 exon
GTGGATACCCTGCGCCATGTTATCAGTCAGACGGCAGGATACAATGATGTCCTGGGGGGGAATCCCATGTATAGTCCACATGGCTTGAAT
Seq A exon
GTAAGTATAGTCTCAGTCAGCCTTGAAGAGGCATTAATAATAATAATACACTTACTACACTATTAACTTTTTTAGTGTTTTGAAAAGTGTACCTCTTACATTTAAATACAGTTAAAAATATTCCTGTAATAGAAAAGGAGAATTTTTAGCAGCCATTAATTAAGTCTTCAATGTCAACTGACCATTCAGAAATCTTTCTACTGTTATGATTGAGTGGTTGAAAAACATGTTTTGATTGAGTGATTGATTGATTGATTGATTGTGAAATGATGATAGTTGTTTTTATTTTAGAAAGCTCAAAAGTACAGCATTTACACTCACAAGTCACTTTATTAGGTACACCTTAATAGTACCGGGTTAGACTCACTTTTGCATTAATGCTCCATAGCATAGATTCAACAAGGTGCTGGAAATATTCCTTAGAGATTTTGGTCAATATTGACATAATAGCATCACACAGTTGAAGCAGGTTTGTTAGCTGCACATCTAAGATGCAAATCTCCCATTCCACCACATCCCAAAAGTTCTTTATTGGATTGAGATCTGATGACTGTGGAGGCCACTTGACTATAGTGAACTCATTGACATGATCAAGAAATCAGTCTGAAATAATTCACGCTTTATTATATGGCACATTATCCTGCTGGAAGTAGGCATCAGAAGATGGGTACACTGTGGTCATAAAGAGATGGACATGGTCTGCAACAATACCCAGGTAGGCTGTGGCATTGAGGCTATGCTCTATTTTTACTAATGGGCCCAAAGTTTGCCAAGAAATGCGCCCACACCATTACACCACCAGCAGCAGCCTGAACCATTGATACAAGGCAGGATGGATCCATGCTTTCATGTCATTCTGACAATTAAAATTCGAAAGTCACAGCAGAAATTGTTTTTCCAATCTTCTATTGTCCAATTTTAGTGAGCCTGTGCGAATTGTAGACTCAGTTTCCTATTCTGAGCTGACAGAAGTGGCACCCTGTGTGGTCATCTGCTGCTGTAGCCCATCCGCCTCAAGGTTGTTGTACATTCAGAGATGCTCTTCTGCACACCCCTGTTGTAGCGAGTGGTTATTTGAGTTACTGTTGGCCATTTTCTTCTGGCCTCTGGCATCAACAAGGCATTTGTGCCCACAGAACTGCCACACACTGGATATTTACCTTTTTTTTAGGCCATTCTCTGGAAACCCTTGAGATTGTTGTGCCCGAAAAACTCTGAAACACTCAGACCAGCCTGTCTGGCACCAACAACCATGCCAAAGTCACTTAAATCACCTTTCTTCCCCATTCTGATGCTTGGTTTGAACTGCAGCAGGTCATCTTGACCATGTCTCTATGTGCATTGAGTTGCTGCCATCTGATTGGCTGATTAGAAATTTGCATTAACAAGCAGTTGTACAGGTGTACCTAAAAAAGTGGCCGGTGAGTGTATATTGCCACAAAAATGTCAACAAAATATAATAAATAAACTGAATCCAATTAGAAAGTCTTTTTAATGCATCCTCGTTGAAAAAAAGTATTTTGATTTTACTTTATTTAGTCATTTAGTACAGTTAGTACAGTTCATTTAATAATGCCACAGATTGGGACACATCATGTCTACAGTAGGCTGGTATTTACTTCAAATTGTTTTATTTATTTATTTATTTTTGGTAAAACTCCATAATGTGCAGTACATTTAGTTATTATTATATAAATCATAAGTATCTGAGAGAGACAGCAAGAAGCCACCATAAATCCAAACTCCACGACAAACAGAGTGAAGATTCAGAGGATGACAGGAGTGTCTATCCCATAATATGCATAAAGCGGAAAATATGGCAGTTTTTTTTTTTTAAGCAGAAATAAATGCTTTGCTCAGTAAAAGCTCCTGCGGCTCAAGTATTAGGGAGTGGTGTGAGGAAAATGAGATTCGGAAACATATTAAGTCAGTTTGTTGCCTGTGTAAACAGTTCCTATTACAGTAACCTATAACGTGGTAAGATGAAAAGGCTTTTACCAGCACGCCTTGCCTCTGTTTGCCTGTTTTGCAATGCTTCAAAGAATTTGCAATATCCTTATCTACATGATGAAATATGAAAGTATGATTGCCTGCAGCCGTCTGCAGGCATGAATTTTATCTTCCTTGATGAGGTTTGATATGATGTTTTTTTTTTTCCCCCACTATACACTGCATAATCTTGAACCCATCAGAGTAAAGACTCATTTATTTGATGAGAGAGAGAACAAGTGTTTGAGAAATGCAGACGTAAATCTTCCTTGAACTAAACACAGGTTTAGATGTATCTATTACCTTGCTTGTCGGGACGCTGTTCATAAAAGTATAAAGTTAGGTGCAATAGCTTTAAACAAAACTACAACTGACTGAGGCTATCTGTACACAAAAAAAGATTTTTGCAAACTCTGCAGACTTTTGTTTTGTAAAATCGAGGTTTGCGTTTCAGTTTAGATGAAACAAAACCATACTGCTTTTGAAATCGCCTCCTACTCAGTAGGTACTGCATTTGAAGTTGAACTTACTACTCGACTGTTAGAAAAGTACATTCTATACAGTGTGAATGTAAGTAGTATGAATGGAACTCAGATATACTACATCCTCCATTTTGTTCTTGATCACATGACCTACATATGTAAGTTGCGTAGCTTTTCCCCATTCATGAATTCTCTCACAGTGCATCATGGGATATCATAGCGTCCATCAGATTGCATCAGATTGTGCATTTTAGAATCTCGCCGGAAAGTAGTAGGTCATCTGAATACTTATCGGATACTATTTTTCGAATTCTATAAATTCAGACATAGCATCACCTTGAAATTATAAGGTTCTATCTGTTCTCTGAATGATTTTGAGCTTCAAAGTTTTTTCATTCTATACAGCAAACAGTGTGTGTGAAACATTTGTTTTTTTTTTAAATAACATGTCTAAAAACATCCCATAATATAAGTTATCATTTAATAAGAATATGCTAATAACTCAATTTTAACAATAATGTCAGATAGAACCCTATAGTTCTAAGGTTAAGATACTTCTCAGCTCGCATTCTGTTTTTAGTGTACTATATAGTATGGAAGTATGCGATTTTGGATGCAGCTACAGACTTTTGAAAGTGTTTACTCTCTGATTGGCTCATGTCAGTCATTGTGTTTGCTGCTTTAATTCGTCAAGTCTTGTCACATGACCATACTCTGAATTCTGTTACATCTTAGGTCACATTTTACATTAAGGTTTCATTAGTTAATGTTAGCTATTGTAGCTATTACCATAAACTAATAACAAGCAATGCTTGTGCAGCATTTATTAATCAAAGTACAACATTTTCTAATGCATTATTAAAATCCAAATTCATACTTGGTACAGTTAATTAGTAACAAACAAGGAACAACTTTATTTCTATTAACAAAAATGAATAAATACAGTAGTAAATGTAGTGTTTATTGTTTGGTGATGCTAGTAAATACATTAGCTAATACAACCTTATTGTCAAACTGTGACCCATTTTGATGACAAGCTTAAGTTCAAAGAAAGCGAGATGGCCGTAAGCACATCCTGTATATTTTTTGTATATTAAAATGCCACAATGTTTTATTGTGACCAAACCATGCACAAACAGTAGAGAACTTTATATTAAAATTAAACTTACTACATTTACTCACACTTTTTAAATGAATAGTAAACTCACTAAATTTCCTCATTCTTATCTGTCCAAGAAATGGTGGAAATTTTCACTCATTTCCACTTTGTCTATCGTGCCTGAGCCTTTCACTTGCACACAATATAGAGTATCATAATATAATATGCTAAGTTAATATCGTAGATATGATTAAAAAAACACATACATAGAAAAAGTTACTGAATTGTCAGTTGTTATTGCATTGATCATTCTCGCTGCCAAATAATGATATTTTATTTAATAATTGTATAGCCGACAGTTTTGTGGGTAAGGCTCGTATACACCAGCACGCTTTTCGTTTGCGTTTATCGTCATCATTTTTTAAGACGTTTTTCTGGATTCAAACCCAAGCGATTTTTACTGGCGTCGAACAAAAGAGTATGCAAAATCACTCTTTGACGTTAGATGGTGCTACACAACTTTAAGCTTCTGACACCCACTTGTAACACAGAAGAAGAAGAAGGTTGCCACGCTTGTTGTTATGGATAGTTCAAGTAGCTGCTCCAGCTCTAGCGATGAAGAATTAATTATTGTTCACCCAGAGCAATAAGCAGCTTCACGTTCATATTGCCTTTTGGCATTTTCTCGCATTAAAAGTTTGAGCGTCTCCAAGTGCTGTTTACTGTAACTTCAGCAGCTCCGTGCACATGAACAAAAGTGCCAATCTGATTGGTGGAGAAGGTTTTGATGTGGTGCTGCAAAGAAAAAAAAAAAAAGAGCATGAGGCGTTTCTGTAAAAATGTAAAATGAACCATTTGATGCCATTTATTTAGTCATGAGGCGTTAAACGTCGACGGAAAACGCAAGCAACACTTTATTTTGATGCTCCATTTGAGTATTAGTAGGCTGTCTGTTTAATATCTGTTGATATGCTCCTTCAACTGATATTTAACTGACAATAAGAAACTTAGAAAGTACATGTCAACTGAACTTACCCTAACCCCAACCACAACCTAACAGTCTACTTATAATCTTATGAATTAGTTGGCATGTAGATGCAATGTAACTTAATTTAACAAACGGACCATCAAAATAAAGTGTGACAATTTTGTGCTACAAATGTGTAGCTATTTTTAACTGCTTACCTCATCATTTCAGAAGCGTAGCAGAAACGGCAATATAAATAAAGATTGTTTTCATCTGAAAACACTCTTTAAAATGAAAATGTACAAGCATAGCCTGACAAAACTTGTTGTGCTGCCGAGCTGATGAAATAGGAACATTTGAAAATTTTGAGCATTTTCCGGATTTGTTATTTTATCAAACGAGGCAGTAAAATCTGCATAGATTATTACATATTCCTTATCCAAAACAGCTTATTTATCGGTCC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Seq C2 exon
GGTAATGGAGGATGGCAGGACGCTACGACTCCATCCTCTGTGATCTCCCCTACAGAAGGCCCTGGTAGTGTGCACTCTGATACCTCGAACTGACACGCCCCTTCCCAAACTGTGGAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000013615:ENSDART00000105204:9
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
3' UTR
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.443 A=NA C2=1.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
NA
Main Skipping Isoform:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]