DreINT0110770 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000052150 | pbx4
Description
pre-B-cell leukemia transcription factor 4 [Source:ZFIN;Acc:ZDB-GENE-000201-18]
Coordinates
chr3:52798354-52807252:+
Coord C1 exon
chr3:52798354-52798489
Coord A exon
chr3:52798490-52807095
Coord C2 exon
chr3:52807096-52807252
Length
8606 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTAAGG
5' ss Score
11.08
3' ss Seq
TTGGAGTTGTTTCGCTTCAGGTC
3' ss Score
6.68
Exon sequences
Seq C1 exon
ACGTAAGAGACGCAACTTCAATAAGCAGGCCACAGAGGTGCTGAACGAGTACTTCTACTCTCACCTCTCCAACCCGTACCCCAGTGAGGAAGCCAAGGAAGAGCTGGCCAAGAAGTGTGGGATCACTGTCTCTCAG
Seq A exon
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Seq C2 exon
GTCTCGAATTGGTTTGGCAACAAGAGAATTCGGTACAAGAAGAACATTGGTAAGTTCCAGGAGGAAGCAAACCTGTACGCCGTTAAAACAGCCGTGGACGCCGCCAATGTGTCGGCACAGGCCAGCCAGGCAAACTCTCCAGCAACACCCAACTCAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000052150:ENSDART00000104683:5
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.014 A=NA C2=0.269
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF070346=ORC3_N=FE(48.9=100),PF0004624=Homeobox=PU(75.0=97.8),PF035088=Connexin43=WD(100=19.6)
A:
NA
C2:
PF070346=ORC3_N=FE(17.4=100),PF0004624=Homeobox=PD(23.3=82.4)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
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GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]