DreINT0110771 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000052150 | pbx4
Description
pre-B-cell leukemia transcription factor 4 [Source:ZFIN;Acc:ZDB-GENE-000201-18]
Coordinates
chr3:52807096-52816935:+
Coord C1 exon
chr3:52807096-52807252
Coord A exon
chr3:52807253-52816848
Coord C2 exon
chr3:52816849-52816935
Length
9596 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTAAAG
5' ss Score
9.65
3' ss Seq
GTTGCTGTGTGTTTCTCCAGGTG
3' ss Score
10.64
Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq A exon
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Seq C2 exon
GTGGATATCCTGCACCGTGCTACACACCTGACGGCAGGCTATGAAGATCTGTCAGCAAGTCCTCTTTACACCCCACACCGTCTAGAC
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000052150:ENSDART00000104683:6
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.269 A=NA C2=0.372
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF070346=ORC3_N=FE(17.4=100),PF0004624=Homeobox=PD(23.3=82.4)
A:
NA
C2:
PF070346=ORC3_N=PD(1.1=6.2)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
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F:
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R:
No suggested primer sequences
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INCLUSION PATTERN[edit]