DreINT0111635 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000003449 | pde10a
Description
phosphodiesterase 10A [Source:ZFIN;Acc:ZDB-GENE-040426-1115]
Coordinates
chr13:4435453-4444626:+
Coord C1 exon
chr13:4435453-4435481
Coord A exon
chr13:4435482-4444505
Coord C2 exon
chr13:4444506-4444626
Length
9024 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AGGGTAAGT
5' ss Score
10.45
3' ss Seq
GTGTTTGTTGTGTCCAGCAGTAC
3' ss Score
5.38
Exon sequences
Seq C1 exon
ATGACTCCTCAGCTAAAGAAGTTAGCAGG
Seq A exon
GTAAGTGAGGCATCGCTTTTGAGTGTGTGCTGTCTATGTGTGTTTCATTAACCCTGTAAAGACTGACATATGAAATAATGAAAACATTTGTAGGCAAACAATTTAAAAGGTTGAATGAAGACCTTGTTCAAGGATGTTTTTCACTTAAGGCAACCCTACTGATTCCTCGATACTGTAAGCCAATGCAATACAGCAATGAAAAGTGAACAAATAAATGTGTCTTAAAGGCCTGACGTATTTTATTTGATATTTATTTTTTAACATAATTCATGTAAACACTGACATAATCAGTAAATTCTAATTAAATGATCATCTTAAAATGTTAAAAACAGTATATAAGTGGTGTAAAACTACATAATTGCTATGTTCTGTAAATACTGTACAGTATCTGACAAAAGTCTTGTCTTCGATCCCTGAGCAATAAATAATAACTTGACTTCTCGTTGATCATTTGGAAAAGTGGCAGAAGGTAGATTTTTCCCATTAATCATCTGTTGAGCTGCATCCCAATCATAACAAATACTGCAGAAGACCTACTGGAACCTGCATGGACCCAAGATCCTCACAGTTATCAGTCAAGTTTGGTGAAGGAAAAATCATGGTTTGGGGTTTCATTCGGTATGAGGGCGTGCGAGAGATCTGCAGAGTGGATGACAACATCAACAGCCTGAGGTATCAAGACATTTGTGCTGCCCATTACATTACAAACCACAGGAGAGGGCAAATTCTCCAGCAGGATAGCGCTCCTGCTCATACTTCAGCCTCCACATCAAAGCTCCTGAAAGCAAAGAAGGTTAATGTGCTCCAGGATTGGCCAGCCCAATGACCAAACATGAACATTATTGAGCATGTCTAGGGTAAGATGAAGGAGGAGGCGTTGAAGATGAATCCAGAGGATCTTGATGAACTCTGGGAGTCCTGCATGAACTCTTTCTTTGCCATTCCAGATGACTTTATTAATCAGTGATTTGAGTCATGTCAGAGATGTATGGATGCAGTCCTCCAAGCTTATGATGGAGTCAGACACAATATTCATTCTGTTTCCACTGCAGCAGGACTTTATATTCTATACTAGACATTATTTCTGTTACGTTACAAGACTTTTGTGTAAGCAAAGTCAGACCTTACTGTCTTACTTAAATTTAAAAATCCCAGCATGATCAGATGGTAAAATAAGTGTAATCTAGAGGCCTTTGACTTTCAAATAAGTCACTTCTGATACCAAATGATCAAGTCCAGTTATTATTTGTTGTTCCTAAAACTATATATATATATATATATATATATATATATATATATACATTTTACATATACATTTTGTGTGTGTGCATTTATATTTGCATAATAAATACACAGTACAAACCTTTATTCTGTGTGTAATTAGGCAGGATTAATCGTTTAACAGCACTATGATATTAATTTTTTTATGTTTCCGTTATAAAATTGGGAGCATCAGTTGGCATTTTTGTGTAGAGTTTGCATGTTCTCCCCGTGTTCAAGTGCTCTGGGTTTCCCCCACAAGTCCAAACACATGCGCTATAGGTGAATTGGGTAAGCTTATTAGTCCATAGTGTATGTGTGAGTGTGAATGAGTGTGTATGGATGTCTCCCAGTGATGGGTTGAAAGCTGGAAGAGCATCTGCTACATAAAACATATGCTGGATAAGTTGGTGGTTCATTCCCCTGTGACGACCCCAGATTAATAAAGGGACTAAGCCGAAAACAAAATGAATGATGGAATGAATGAATGAATGAATGTATGAAAGAATGAATGAATGAATGAATGAAATAGGCATATCACATTTGATGTCTTATAACTAAGCAGTAAGTTTACCTTAAAGAGACAGTACACCCAAAAATGAAAATTCCGTCATCATTTACTCACCCTTTACCTGTTTCAAACAGTGTTGATTTACTTTCTTCTGTTGAGCACAAAAGCAGATATTCTGAAGAAAGCTGAACACCACTGACTTCCATAGTATTTGTTTTTCCTACTATGGAAGTCTGTGGTTTTCAGCTTTCTTCAAAATATCTGCTTTTGTGTTTAATAGAAAATAAGAAAGAGATATTGAGTAAATTTGAGGTGAACTACCCCTTTAACTTAGTTACATCATGAGAAATCAATGTTGGAATGAAGTAGACCTCAAGGGGGAGCTTTTTAATGTAAAATGTGACCCCGTTATTAAAGTTTGTAGCAAAAGTGTGAACATTCATGCCAAAAGGCACAGTGTCCCAAGTGGGGACAGTTCTCAAGGGAGATGCACTCATGGAACAGCGAAAAGTTTCAGCTAATAATTTCTCAGCAAGCACACACACACTCTCACAGCTGCTAAATATGAAAGTGTCTGTTAAATGACAAATGACGTGGAGAACTCAAACCATGTGACAGATTTATATGAGCAGAGGCAATGACCTGATAATGAGATCATTGGCACTTAAATGGGCTGATAGCGCAGACACACACTCTCACACACTTAGGCCTGCTGATTTAGGGGACAGAGATGGAGAAGTTAAAGGGATAGTTCACCCAAAAACGAACATTTAGTCACTGTTTACTCTCCCACAAGAGGTTACAAACCTTTGAGTTTCGTTCTTATAAGTGTCTTTCTGTTGAAGATGAAAGAACGATTGACTTCCATAGGTTGTCAAAACAAAGTAAGGTTGCTCACGAGTGCTCAAATGTTAGCAGGAAAAGGCAATTGTTTAAACTGCAGTACCGATTGGCATCAAAGTTGATACTTTTGACAAGCCTTATCCATAGTAGAAATAAACTATAGTCAATGGCTACAGGTTTTCAACATTTTTCAAAATATCTTACATTTACATTTAGTCATTTAGCAGACGCTTATGTCCAAACAGACTGAAGAGGCATTTAGTGATACAACAAGAGGAAGTAATGCACACAAGAAGTGCTAATTATACAAATTAACTATTAGAAAGGAAGAGAATTTACAGTGCATCCGGAAAGTATTCATAGCTATTCACTTTTTCCTAATTTTTTTATGCTACAGCAATGGGGAAATTTTTTTTTTTTTAAATTGTTGCAAATTTATTAAAAATAAAAAACTGAAAAATCAAATGTGTCATCAGTATTCATGGCCTTTGCTTAATACATTGTTGATGTATCTTTGGCAGCAATTACAGGCTTTTTGAATATGATGCCACGAGCTTGGCACACCTGTCTTTGGGAATTTTTGCTCATTCCTCATTGCAGTCCCTTTTAAGCTCTAGGTTGGATGGGAAGCGACAGTGTACAGCCATTTTCACATCTCTCCAGAGTTGTTCAATAGGATTTAGGTCTGGGCTCTGACTGGGCCACTCAAGGACATTCACTGAGTTGTTGTGAAGCCACTCCATTGATATTTTGGCAGGGTGCTTTGGGTAATTGTCCTGCTGGAATATGAACCGCCGCCCCAGTCTGAGGTCAAGAGCACTCTGAAGCAGGTTTTCATTCAGGACGTCTCTGTACATTACTGCATTCATCTTTCCCTCTATCCTGACTAGTCTCAGTCTCAGACAAAGTGACCATCAGGTTATTGATCACCTCCCTGACTAAGGCCCTTCTCCCCTGATCACTCAGCTTAGATGACTGTCCAGCTCTAGAAAGAGTCCTGGTGGTTCAAACATCTTCCGGTTACAGATTATGGAGGCCACTGTGCTCATTGGAACTTTCAGAGCAGCAGAAATGTTTCTGTAACCTTCCCCAACCTTGCGCCTCGAGACAATCCTGTCTCTGAGGTCTACAGACAATTCCTTTGTCTTCATGCTTGGTTTGTGCTTTGACATGCACTGTCAATCTTAGGCCCTTATATAGACAGGTGTATGCCTTTTTAAATCATGTCCAATCAACTGAATTGACCACAGGTGAACTCCAATGAAGCTGCTAAAACATCTCAAGGATGATCAGTGGAAGCAGAATGTACCTGGGCTCAATTTAGAGCTTCACGGCAAAGGTTGTAAATACTGATTTACATGTGATTTTTCAGCTTTTTTATTTTAAATAAATTTGCAGCAATTTTCTCATTGCCATTATGGGTTAGTGTGTGTAGGATTTTGGGGAAGTAAATGATTTAATCCATTTTGGAATAAATAAATACCAAAATTTGGGAAAAGTGAAGCGCTATGAATACTTTCAGGATGCACTGTATTTATTTATTTAAATGCTCAAGTGTTCATTGAACAGAGATGGGTTTTTAGTTGTCGTTTAAATGATACCAGTGAATCAGCAGTCCATGTGGGAACAGGAAGATCATTCCACCAATGAGGAACAGTGAATGCAAAGGTTCTGGAAAGTGACTTCTATTGTGTTTGACAGAAGAAGGAAACCCATGAAGGGTGAATAAACGATGAGAAAATTTAGATTTTTGCGTGAACGCCACTTTTAAAGGGCACCTATGATGAAAGTCAACTTTTGTAAGCTGTTTGGACAGAACTGTGTGTAGGTATGGTGTGTCTACAATCATACTAAAGTGATAGAAACATAACAAGACTCTTTTTTTTTAATTTTGTGATGTTAAAATATGATCCAAACCCCAATGATTTTGAAGCCTACCTCAACATGATGTAGGAGTGCAGTTTTTCCCGCCCACTGAATGGTTGACAGGTGCCATGTTTCTATAATAACATGTATACAAGTGTCCGGAGGACTTTTTTTTGCAAAGAAACTGAAATTGAAATACAAAAGTTTTATAAGTTTAAAATGTTTTTAAACAGAGCATGTCAGTAATAAAGACAGTAAAATCGCTATGTAATTCTTAACCGCTATAATCATGTATATGCATGTGTGTGTGTACATTTGTGTGTGACTCATCATTTCAGAAAGGCTTGAATAAACTCCACCACAAATCCAGCAAATAAACTTACTTGGTATTTTTGTCTAATGAGCTGTATTTCAGCTTCATTCAGACTTGCACGTAGGAACGATGGGTGGGGAGAAGCAGCTCATTTGCATTTAAAGCCACAGGCTACAAAAACAGCTACACTGTACTCAGACACCAAAA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Seq C2 exon
TACCAGGACACAAATATGCAGAGCGTCGTTTATGAGCTCAACAGCTACATGGAGCAGCGGCTGGACACTGGAGGAGACAACAAACTACTGCTCTATGAGTTGTGCAACATCATTAAAACAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000003449:ENSDART00000144312:3
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.900 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
PF0159021=GAF=PU(9.2=31.7)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Chicken
(galGal3)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
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GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]