GgaINT1021019 @ galGal4
Intron Retention
Gene
ENSGALG00000011537 | PDE10A
Description
phosphodiesterase 10A [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:8772]
Coordinates
chr3:42566292-42576582:+
Coord C1 exon
chr3:42566292-42566320
Coord A exon
chr3:42566321-42576461
Coord C2 exon
chr3:42576462-42576582
Length
10141 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AGGGTAAGT
5' ss Score
10.45
3' ss Seq
TCTTATCTTTCCTTCACCAGTAT
3' ss Score
8.19
Exon sequences
Seq C1 exon
ATGAATCGACTCCTAAAGAAGTCAGCAGG
Seq A exon
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Seq C2 exon
TATCAGGATACGAATATGCAAGGTGTAGTGTATGAATTGAACAGCTACATAGAGCAGCGTCTGGATACAGGAGGAGATAACCAACTACTTTTGTATGAACTGAGCAGCATCATTAAAATCG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSGALG00000011537:ENSGALT00000018810:4
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=1.000 A=NA C2=0.037
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
PF0159021=GAF=PU(10.4=36.6)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
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Fruitfly
(dm6)
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INCLUSION PATTERN[edit]