DreINT0111793 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000051915 | pde5ab
Description
phosphodiesterase 5A, cGMP-specific, b [Source:ZFIN;Acc:ZDB-GENE-060824-4]
Coordinates
chr7:57255411-57267655:+
Coord C1 exon
chr7:57255411-57255548
Coord A exon
chr7:57255549-57267587
Coord C2 exon
chr7:57267588-57267655
Length
12039 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
GCTGTAAGT
5' ss Score
8.56
3' ss Seq
TAATTGTGCTTGTTTTACAGAAC
3' ss Score
8.67
Exon sequences
Seq C1 exon
GTGTTGCTGGATCTGGCTAGTCTGATCTTTGAGGAGCAGCAGTCACTGGAGGTCTTACTGAGGAAAACTGTGGCCACCATCTTATCTTTCATGCAAGCCCAAGAATGCACAGTGTTCATTTCTGACAGAGAAACAGCT
Seq A exon
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Seq C2 exon
AACACATTTGCCAGTGTGTTTCACATGGAATATGAGGAGATTGCTGGATCCACAGACTTCCCAAACAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000051915:ENSDART00000138188:6
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0159021=GAF=PU(19.7=67.4)
A:
NA
C2:
PF0159021=GAF=FE(14.0=100)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Chicken
(galGal3)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]