DreINT0112345 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000060753 | pear1
Description
platelet endothelial aggregation receptor 1 [Source:ZFIN;Acc:ZDB-GENE-091230-1]
Coordinates
chr16:30520680-30525700:+
Coord C1 exon
chr16:30520680-30520787
Coord A exon
chr16:30520788-30525598
Coord C2 exon
chr16:30525599-30525700
Length
4811 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AAGGTAGGA
5' ss Score
9.45
3' ss Seq
AAATCCTTGTTCCCTTCCAGTTT
3' ss Score
7.96
Exon sequences
Seq C1 exon
GATGAAGACGGCGGAGATCTGTGTGGTCCTGTTTGTCTTGGGCTGTGTGTGTGAACTGTCATTGTCTTTGGACCCCCGAGATCCAAATGTGTGCAGTTTATGGGAAAG
Seq A exon
GTAGGACTCATCTCTGATGTAGAGTTCAGAATGACAGGGCCAATACAGTGGATCTGCTCCACTGCACAATGGCAAACAAATTGCTATTGTAGATCATTGCCTGCAAGTCAAACAACACTGCAAAAAGAACGCTCTTTGCCAGTATGTGCTTCTGGTTTCTTCAGAAATCTAAAATGTATAAATATTAAGTTACCCAAGATGCACAATTCTATAATAAATCAAGGTCTGTTTCAGGGGGAAAGTTTATTTTCCTGCTGTTATTTTACTCATCCTTATAGGCCACAGGTGTCAAACTCAGTTCCAAAAGGGCCGCAGCTCTGCACAGTTTAGTTCCAACCCTAATTAAACACACCTGATCAAACTAATTGAGTCCTTCAGGCTTGTTTGAAATCTACAGGTAAGTGTGTTGGAGCAGGGTTGGAACTAAACTGTGCAGGGCTTCGGCCCTCCAGGAATTGAGTTTGACACCCCTGTTATAGGCCATACAAGATGTACACTCAAACACTTTTTGCTGTTTGTTTAAACTACTTATTTAAAATTAGTTGAAACAACAAAATTCTTGAGATTTTTTGGAATAATTTACTGTTTTTATGTTCAATCAACTTCAGTTTGTTATGTTAACATAATCGATTTCCATTGGAACAACATGAATGAATTGTGTGGAACACTGCATTTTTTAGTGTAGTAGACTGTTTTCTTTAGTAGAAGATTAAATCATATTTTTAACTGAGGTTGTGGTGATTCATAAGACACAAGACAAAAAGCAAAACAAAAATAAAAACAAACAGGCATAAGAAAATTAATACCTGTGGCTTCTGGTAATATGTTGAGGTTTAGGAAGAAAAATATGTTACAGTAGTCTTTTCCTGGGCTGCTATCTATTTAATAATATGTGATTACAATTGTGTGCATTAAAAGCTGATTTTTAAGAGTTTTAGTAGCATGAAGCTTGGACTCCACGCAGTCAGGATCATTTGCAGAGGCTTGCATTATTATTATTATTTCCTTTATTTAGCCAGGAGATCACATTGAGACAGAACTGTCTCTTCTTCCAGTGAGATCTGGGGTACGTTTTCCAAACAACGGTGTAACTCACGGCTGAACTATCACTGTACAATGCATCAGTTGGGAAAAGAACGATGTTGTGACGAGTGTTTCCCAAAACCCGTAGTTTCTCTGTCGCTTATCCATTGCTTGAACCACGTTAGTTATAATGTAAAATGCCCATAATGATGCTCTAAACTGGGTGGAGTAACTATTTCTGTAGAGAAGAACACCATCATTTTTTTGTGCAAATTATATTGTTTTACACAAACACGCATTGAAAAAAATATATGTAAATGGCACACATATGTTTCCTTTACAAATATTATTGAGAATATTACATATTCTACTCTAAAACATAAAATCACTTACAAAAGCCAACACAAACTCTAATATCATATATAAATCTTAGAAATAAAATAAATAATAAGGCTATTTATTCAAAAAAATTAATTTAAAATCTAATATTTATTAGGAAATGACAAAAATCCTACTTTAATAATAATATTAATGATGATGATGATGATGATGATGATGATGATGATGATGATGATTATTAAGTAGGATTTTTATTTTTATTTTTTTGATAAGTCAACTTTTACAATTTTGACACATGTAAACCACAGCAGAAATATCTAACCAGCAGGCCCATGTCATATACAGTACAGATACTTAATAAATAACCTACTATAAATTAAAAGCATTAGCATATGCTATATACATGTATATTGGTTTTCACAAGCTTTGGAGACGTAACATAAATTCTGCTTTTAAAAAAAAAGTCACCTATGGCTTTCGTCAAGAAGCTGTGTTCAAAATGACGTCAATGTTTTCAAAGTGCACTGCGAAAGGAGCACAATTGTAAACATGAAGATTGCTAAAACTGAACTGTAAAAATACTTTGAACGCAAATTACACCTAAGAGAGATGACTTTAATGATTTTTATCTTTAATCATTCAAAGTTTAAATGTTAGAATGTTCTAAATGAATAGGGCATAGGGGGATAAGTGGGAATAGACCACAGCCAGGAACTATGTTTCTAATTACAGCTCCAGAGGTGTAGTTGCAAGTGCACAAGTTTGCAACGCAGTTTGCGAATGTTTATTGGAACAATAGATTTGGGAAATGGCAAATCAACGAACTATGTTTTTAACAACGGAACTTGCAACCTTAGTTGGCTAACGATGGTTTTGGGAAACACACCCCTGGTCAAGATTACAGGCAAGACATACTGTAACGTTTCACATAAAAATGACAAAAAAACAATACCACAAAAAATACAAAATCACTAAAAAGGTCAGATCATAAAAACAATTACAAGTGTCGTCTAAGATGTTGTACAGAAGATGTTTAAAAGTACTCAGAGTCGGAAGTGTGTCAAGATTAAGCTGATATTGCAGGTCATTCCAAGCCCTAGAAGCATTAAAGGAAAAAGCACGTTTGTCAAGTTCTGACAATACCCTTGGGACTGTTAAACGAATACAGGAATCAGATCTAGTGTGTTGGTTATTTATGTGAAAAGTTAACAAATTAGAAAGATAGGATGGTAGTTTACCTAAGAGAGCCTTTAAAGTAAATAAGTACAAATGTAATTTTTTCCTTTGATACAGCGATAACCAATCTAAGAGTTGTACAAAATACAGTGATGCGTCTGAGTCTGCACCTGTGACAATGCGTATTGCTGCATGATAAACGGAATCTAGTTTTCTGAGTAGCGGCTGCATGCATATATAAATGATCACCATAATCATTTATAGGCAAAAATGTACTCTCTACTAATTTCTTATAGGCCTTAAAAGGAAAACTATTTTTTGACTGGGATAAGAAACCTATTTTTGGCCTAAGCTTTTTCAATAACTTATCAATGTGTATATCAAAGGTTAATCTCTCGTCAATCCAAATACCTAGATATTTGTAAGAGCTATTTCTTTTTGTACACCATTTAAAGATGTAATTGTCTGGTCTGTCCCCTTAGTGCGGCTGCGGCTAAAAATCATACATTTAGTCTTTTTTTAGTTTAGAACCAATTTTAAATCCTGCAACGTACACTGTAATACTTGAAAATGTATTTTATACCTTTAATAAGGATTTATAAAAATAAGTTATATTAAATAATAATGTTCAGTTTCTTGCACAAATTGATAATTTTGCTTCAAAATACATACATATAATATTACAATACATATAAACAATACTATATTAATGTATTGTCAGAAGCCAGAGGTATTACTTTTGTGTTTCCTGTATATTTGTTTTGACTCTTGAAGTGCCAGACTTGCAATTAATGATGTTTTTGGTTAAAACACTTACATAAAAATGCCACTTACATATTTGTTTTCCTAAAGGTAAATTACTGAACTGTCTCTTTAAGAGCTGAACATGTCTACAGTAAAATGTACAAATATATACAAATGTTCTATTCCTCTAAATTAAATTGCATTAAAAGCCTTAGTTTCTTTCATTTCAAATACTTACTCCAAATATATTAGTTACAATAAAAAAATATGCTTGGGAAAATTTGTTCTTTCTTTTTAACATGGCCAGACAAAAAGTAGTCTCATAGTAGTAGACCAGTATCATAGTTGTCTTGCTTTGATTTCTAATAACATTCTTTCATCCGTTCTCCATTTAGTGTTTTGACTCTGGTTTTAAACTGATGGCTACTAGTTTTCAGATTTACGCCAAGCATACGAATATGCATCATAGTAAATAAGAAGCTAAAAATGTTTTTGCTCAATTTTTATAACAAAAATGTAAAAATTTGAAATTCATATTTGACGTATTTATTTCACATGAAAAAAATAGCATATAATAATTATTTTATTTTATTTCACTTCTCTTTTGAATACGTGATTCTGACTGGTCAGTCATGGCATTCTATGGTATGTTATTCCCAGATAACAACCTCTGAAAATAATTACATAAACTCTTTCGGGTACTTTGAATCAACATGCCTATTTGTGAATTTGTTCATATCCATATGTACAGTATATGCTTTTTTCATGGCAGTTATCTTGCAACTTCTGTCAGCTTTACGCTTGATTCATCAATTTATTAAATAATTAATATTTTACTGCAGCTCAGATCTATGTTTTGTGTCTAAATTGTTTAGTTCTGTACCAAGTAGCCATGTAATGAAAAAAAATTCATAGCGTAATTCACTTCAGTCTTATACAACAGCCCTCCACTTTGCATTGAGCCGCTAATTATCCACATTATCCTGTTGTGCTTTATTTTGCGAGAACAATTGCATATATGTACATTATCCCTTACTTCTTTTTTAAACGAATGCAATGCTAAATAGGACAAATTGTTTAGAGAATGGATAATTGGGAACTTTAAAAATATCAATTATTTTAATAGCATAAAACTGAATCAAATGTAAAATTAAGAATAAGTCACAATATCAAAGAGTTTTTTTTTTTTTTTTTTACGTAAGACTCATTTAGGGTTTAGGACCAACAAAGAAAACTCTTCCCAAGCAATCCTAACCACAGGCCGTAATTAACTAATAAATCCTTAACTGTCATTCCAAAAACTCATTATAAATTCCTGAGGGAACCCATGGCTTCAAAAATGCCAGTTCTCTTCTTGAATCTAGCCTTAAAAACTAAACTGCTTTATGATTCCCTCGAGCAACAAAGTATATGGGGACAGATTCAGCAATTACTGTGTAGTACCATACATCATGTTGAATGATATGAATGATACAAATAACAAGTGACTGATATAAAGATAGCATGACTAAATCCTTGTTCCCTTCCAG
Seq C2 exon
TTTCACCACTTCAGTGAAGGAATCATACGCTCAGCCTTTCGACCAAATGTCTGAAGAGCCCTGCTCTGAACCCTGGAGCGCTAACAAATGCACCCGGCACAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000060753:ENSDART00000137977:2
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion (1st CDS intron)
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Chicken
(galGal3)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]