DreINT0114616 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000055591 | pipox
Description
pipecolic acid oxidase [Source:ZFIN;Acc:ZDB-GENE-110627-2]
Coordinates
chr15:24236311-24242424:-
Coord C1 exon
chr15:24242276-24242424
Coord A exon
chr15:24236525-24242275
Coord C2 exon
chr15:24236311-24236524
Length
5751 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTGAGC
5' ss Score
9.6
3' ss Seq
CTTGTGATTTTCCTCCACAGGCG
3' ss Score
11.67
Exon sequences
Seq C1 exon
TTTGTCTTGCCTCACTCCAGAGGGAGTTCTCATGGCCAGACCAGGATAATCCGTAAAGCCTACGAAGAAGATTTCTACACACAAATGATGCAGGAAAGCTACGAGCTGTGGGCTGAGCTGGAGAAAGAAGCAGGTGTCGAGCTGTACAG
Seq A exon
GTGAGCGTCCAAAGAAAGAATGATGAAATTTTCTCTCGGCAGTGCAACACGCAGACGCTGTACATCAACCCTGGCAGACTGTCACAGCCCTCGCCATAACTTTAAAAGAGCATTTTCATTCTAGTCCCCGAGCATCATCCAGGGACCGCGGGGCGCACTTGTTTTTACAGTGTCTGAGAGGTGTAATGGATCACAAGTGGATCAAGCCCACTCAGCCTTGATGCAGAATCAGTCGCCTTGCTCTTTGTCTCGCCGTCATCCATCTCGGCTCTCTGACGGATGAGTCCTGATGAGAGGACATCTGTGCCCTTGAGCATCTCTCACACGCTGCTGGCCGACCAGAGAAAAATCTCTTTAAAAATCCTGGATTTGTGCTTTTCTTTTCTTCCTCTTATACAAAAATAAGCACTATTGAGATGCCAAATACTCAAATGTTCCAAACAAATATTCTAATTCAAATATTCAATTTTAATTATTGGTTTGGCATTTGGCATGAGAAGGTCTGTTTTTTTTGTTTTTGTTTTTTTGTTGTTGTTGTTTGTTTTTTGTGGTAGTTTTGCAAAGTTTGATGAACTGGTCACAAAAGCCATAGACATAAACTAAACCTTCATTGCACATTAAAAGTGCGTTTTTTGACAAACTCTAAGAAAGGCTTGCAGATATCAGTTAAGTGTTTATTTTCTTTTTGATTGCATTCAAATCAGCCACTCCTAAATTATTCATTTATTTATTCATTCATTTTCTTTTTAGCTTAGTCCTTTATTAATCCTGGGTCGCCACAGCGGAATGAACCACCAATTTATCCAGCACATGATTTACACAGCGGATGCCCTTCCAGCTGCAACCCATCTCTGGGAAACATCCATACACACTCATTCACACTCATACACTACGGACAATTTAGCTTACCCAATTCTCCTGTACCGCATGTCTTCGGACTCGGGGGGGAAACCGGAGCACCCGAAGGAAACCCAAGTGATTACAGGGAGAACATGAACCAGCAACCTTCTTGCTGTGAGGCAACAGCACTATACTGCACCACCCCAACCCTAATCATAACCATAATTTTGTGGTGAAAATTTGATGACAAAAATATTTTTAAAAATTTGAATAATTAAAAAATTATGATATATGTTGATTTATACAGTGCTCTGCAGAAATGAGCTAACCTCTCACAGCTCTCTCTTTTAAATGACTATTTTCTGTAATATTATGTTCATATTAATTTAATATATATTATATTGATCTATATCAAAAGCAAAACTGGAACTACAAAAAAAGGTGAGATCACAGTCCAAAAATTAGCACACCCAGTTTAATTTGGTGGGGAAAAATATGGAATAAAAATGTAATAAACAGGGGAAAAAATCAAGAAAAACATTAAAAAATATATACAGTTTAGTTGAAATTTTTGCATTGCCCTTTTCTTTTGCAATAACTAATTTGAAAGTATTAGCTCTCTATTTCGGGCGTCACGTGGGGGAAACCGGAGCACCCGGAGGAAACGCAGGGAGAACATGCAAACTCCACACAGAAACACCAACTAACCCAGCCAAGCGCGAACCAGTGACCTTCTTGCTGTGAGGCGACAGCACTACCTACTGCAGTATAGATGAATTGAGTAAGCTAAATTGTCCGTAGTGTATGTGTGTGAATGAGTGTGTATGGGTGTTTCCCAGTGATAGGTTGCAGCTGGAAGGGGCATCTGCTGAATAAGTTGGCAGTTCATTCCGCTGTGGCGACCCCAGATTAATAAAGGGACTAAGCCGAAAAGTAAATGAATGAATGAATCTTTCTATTCCTAAAAATGCTAGGTCCCCAAACTCTTATTTTAATGGATAAAACTTTACTTGTGAAATGCTTTAAAAAAATTTACAATATTTAACATTCTTCAGATTTATCATTGTTGTTTTTGCACTAGAGTCCTGTAAACCTAAATGTAATATAATAATACATAACATATCACGACCTTTGACTTGACATGATCTTTTACAGCAGTGTTTTTTATTATTCTTCTGTTTGCGAAACTTTAAGGACTTTGACATATTACAGTATGAATATGATCATCAAAGAGTTAAGTGATTATTTTTACCTTTACACATGTAGCTCTATTAAATCAAATAACCATGATCAGATTATTAAATATATGTGACCAGTCTAAAAATCAGGGAAGTCAAAGCTTACTAATGCTAAATTTATTTAATGGACAAAATAAAGTAAAAGCAGCAAGTTCTTCAAAAATCATTGCAATGTGCTTTAGATACATTAATAATAATTATAATAATAATTATATATTTTCTTATTATCAGTTTTGAAAATATTTTGTCATTCATTTTCCTTTGGCTTAGTCCCCTTTTCCTCCAGGGGTCAACACAATGGAATGAATTACTAACTTATCCAGCACACAGCGGATGCCTTTTCAGCTGCAACCCAGAATAGGGAAAATATTTTGTCATACTTTATTTAATTTTTTTAATCGAAAGTTGTTACAAATATTTCACTTTCAATGAGCATTTTAAATACACTGTGCTGAACAAAAATACTAATTGCTTTAAAGTAAAACCTTACATAACCTTTGAATGTGTTTTCTGAATATTATGAAATATGATTTAAAGGTATTTTCCAATGCACTGATTACACCACAGGACAAGGATGCTTTATGCTGCATAATCCCAGTAATTTTGCCTTTTCATTTAATAAATTGCCATAGCTTATGCTGTTAGTGCAAATTCTTCCAAACTAAATCACATTTGAATCTGCATATTGTCCAAAACCCTACTTTGCCAAGGGAGCTTCCAAACATAATAATATTATAGATTTTATTTAGAGAGATTGCATTAATTAAGGTGAAGATCAAACCTGATGTTGTTATACAGTAGTGGCAGTTCTGGCTCTTTTTATTGATTTAATATTCTTTTTACATCAGATGGGATGCCAGAAGCTTGAATCACCAACTGTTATTTTATCCAGAGAGCTGCCAAAAAGGTCACTATCCACAATAAAGCTGTGACAAGTGGATGAATGATACATTTAGCTTTAGTTACAGTGTTCAATGAAGGACAAAGTAGACATTCATAACTGGATTAGACAGGACCCCTGAGTTTAAAATAAGCCCATTTTGATTGTGTAAAATGATTTGTTCAGTATTAAAGGACAATTCATGCAAAAATAAAATGTACAGCATTTACTCACTCTCAAGTTGTTCCAAACCTTGATTTCCTTTTTTTTCTTTTTTCTTTTTTACTGAACACAAAAAAGAGTAATAGTGTTAATTTTGACAGCAAATTTTGATTTACTTATAGTCAGTTTTTTGACTAAAGTTCCATTTTAGTTTTAGTCATATTTTAGTCTTTGAATCATTTTAGTTTCAGTCTAGTTTTAGTTGACTAAATTTCATAAGTTGACTAAAATATGTGTAAATTAATTAAAACATTGTACACATTTAGTTATACCAACTTCTAGAATACTATAAACAAGTTCATTCTAGATTATATAAAAAATTCGATACAAAATATTCTAATATCACCCATTTCACCCTTCACGTGCCCCACTGCCCCCCAAACCCCCCACTGCCCCTCCACCCTCGTTCTTAACTTTGCGCAACCATACGTCACCAAAACTCCACCATCACCACCATCCCCCTATGCGTCATGCATCATACACCAAGATTAATTATGATGGGAACAAAATTAGCACTTTATGAATGTCAGTGATTAGGTGTCCAAATTTAATAAAACAATGCATTTTGTATATAACAATATAGAAACTCATACAGGTTTGAAACAAGTAGAGTGCAAATGTTGACAGTTTTTTTTTTTGGGAGGGGGGGGGGGGGGGTGAACAGTCACTTTAGACAAGACTTTGTTTTTCTATATACATTTTTGAGTTTTCAAGCTCTTTAGTAATAGTAGTAGAAGTAGTAGTAGTAGTAGTAGTAGTAGTAGTGGTAAGCTTTATTGTCCTTGACAGGAAATTTGTTATGGGCGTCACCTTTTTGCTGCAGACATTCCATTAAAACAAGCAAAACAAACAATACAAAAATACAAAAGTTACAAAATGTATAATGCTAATTAAGATAAATAAACCCACTGAAAAAGGTACAAAAGATTTCTTATAACGGTTCAACCTACACTTTGGGACTCCTTCTCCTACCAGAGGGAAGCAGTTCATAATGTGGAAACTAGTAATGAGTTGGATCGTTCAGAATCCTTTCCACCTGATTGAGGTCACAATTCTCATAGAAAACTTGAGGATTAAAATATTCATCGTGCCCAACAATTTTCCATCCTTTCTTTAAGTGATGCGTCATCTTAGATTTACTTTGAACAGATAGGTTGCCAATCTTCTACTTCTAACATGGTCATGTACAACCACTTGATGATGGTCACCTATACACTTTGGGTCAAATACCATCTCTTCTGTTTTCTTAGTATTAATTTTTAACTTATTTTTATCAAACCAATCAATAAACTGGCTAGTTTCTGACTGGTAGACTTTCATAGGGTGTTGTAATACATATTTTAAAGGGCGTTTACTTGAAGAGAAAACAAGGCACAAATTAACAAAATAAAATAAATCTCCACTTTAAAAGCACTTATCAGACTTTACAATTTGTATTCAGTTCTGTTTTTACATTCGTTCATACATAATTTGCCTGGTTATATACAGTACATTTTATCCTACAAAAAAAAAGAAATCTTAATAAAACAAGATTCCTGAATTCATTCATTTTCTTGTTGGCTTAGTCCTTTTATTAATCCAGGGTCACCACAGCGGAATGAACCGCCAACTTATCCAGCAAGATTTTTTTCACAGCAGATGCCCTTCCAGCCACAACCCATCTCTGGGAAACACACACACACACACACACACACACACACACACACTTATACACTACGGACAATTTAGCCTTTTTTTTTTTTATTTACCCAATTTACCTGTACTGCATGTCTTTGGACTGTGGGGGAAACTGGAGCACCCGGAGGAAACCCACGTGAACGCAGGGAGAACATGCAAACTCCACACAGAAATGCCAACTGAGCTGAGGCTCGAACCAGCGACCCAGCGACCTTCTTGCTGTGAGGCAACAGCACTACCTACTGCGCCACTGCTTCGCCGATTCCTGAAATCCCCTCTGTAAATCCTTTGGCTCTATTGTGGAAATGCAAAATGTTGAACCTATTTCATCCAGTGTTCAGATTTTTGTGCCTGAAAAACATTTAAATTAGAACATATTTAAATAACACCTTACTTTCATATTTAAACATTACATCATTTGTAAATGTTTCCAATTCTTATTCCAATTTACCCGATTTGATATTCATCCTCTTGCCTTAAATCACAAATTTACGCTAATTTACCTAAGCCAGGATCGTGATGTGATCAGTTCTGTTGGTATCAGAGACAAGAGCGTTGACAAATCTGACATGAAGTCCTTTTTTCGGCGTCCTGAATCAAGCACACAGTAGGGATTCAGTCATAAAAATCTGATGAATGACTTGGAGCTGTGAACTGGTGCTCCCCATGCATCATGATGGCTGGCAGATGAGGTAGGCCTTGAAAAACAGTAGCCACAGAAAACAGCATGACCATCTATCATATATGTGTGAATTAAAGCTTGTGTTCCCAACCTCTCGTCCACAGCGCCATAACTCCTCTCATGAAGATGGCAGTTTGCACAATTTACACATGCCTCAAAGCAAAAGCGCTTTAACATGGTGATCTGAGTCTTCTTGTGATTTTCCTCCACAG
Seq C2 exon
GCGCACTGGTCTACTGGTTATGGGGCCAGAGAAATCAGAGGGCTTCTCAAAGCTGAAGGACACGATGCAGAGGCACAAGATTCCTACAGTGTTTCTGGAGAAGCAGGAGTTTAATGAGCATATTTCCAATGTCAATCTCTCTGAAGGGAATGGGGCGCTGATTGACACCTTCGCAGGGGTGCTATATGCCGAAAGATCCCTCCAAGCTGTGCAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000055591:ENSDART00000077980:2
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.020 A=NA C2=0.042
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0126619=DAO=FE(13.8=100)
A:
NA
C2:
PF0126619=DAO=FE(20.0=100)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Chicken
(galGal3)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]