DreINT0114944 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000060184 | pkn1a
Description
protein kinase N1a [Source:ZFIN;Acc:ZDB-GENE-061207-17]
Coordinates
chr1:45107686-45111124:+
Coord C1 exon
chr1:45107686-45107986
Coord A exon
chr1:45107987-45110975
Coord C2 exon
chr1:45110976-45111124
Length
2989 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
ACGGTAAGT
5' ss Score
11.81
3' ss Seq
TTTGCGCTTGTTATGTGCAGATG
3' ss Score
7.71
Exon sequences
Seq C1 exon
AGTGATCCCGGTGGGTTGTCTGGATTAGAGCGGCTTGGCTTGGACCACAGCTCTGATTACTCTGACTCGAGCGTACAACAGCGACTGGATAAAGAGCGCGAGCGAATCCGTCGGGAAATCCGCAAGGAGCTGAAGATTAAAGAGGGGGCAGAGAATCTCCGCAGAGCCACTACAGATAAACGAAATGCTCAGCAGGTGGACAGCCAGTTGCGCTGCTCAAATCGGCGTCTGGACTCACTCCATGCTGAATTACAAGAACTGGACGCTCATATTGTGGTCAAAGGGACCGATGATACACACG
Seq A exon
GTAAGTGGAGATTCAGACTTATTTATGCGAATGATAGCGGTGTATGGATGTCATTAATGAGGAATTGTGGATGTGACGATTGCGGGAAAACTTGAAACATAAATTCACAGAGATTGTATATGTTAACTGTATATTGTTTTTATTCTCCAAAACAACTAGAGATCAGAAGAAAATATCAATTTGTAAATGTATTTTATATTTTGAATTAGGAAAATAAACATGCGTTATGGAATTGACCAAAAAAAGTAGCAGAGAGCGGGGACAAAAGTAGCAATTTTCATAAAAACCTAATTTTGAACGATGATGTTTTAAGCAGAAATATTTTTGCTGTGGTTACTAACTCTCAAGAGTGCTCTATGAAAATCAGGTGTTATTTTGTATCAATGTAAAACAGCTCTAATATAACTTCACTTGTTGCACAGTGTTACTTTTGACCCTGTAGGCAGGGACAAAAGTAACACACGGATGGGTTGAAAGTAACACAATGATATTTGCTAGATTTACTGGCTTAAAGTCTTGTTTATTTTAAATATATCTGACTATGACCTTGTTAATATTAGCTGCAAACTAGGAATGTCCCGATCAGGTTTTTTTGTCCTTAAATCCGAGTCATTTAATTTTGAGTGTCTACCAATACCGAAACCTGATCCGTATTTCTATAGAACACTTCTGTGAGGTAGCTTGAACAATCAAGGAATAAATAACATAATTTTTTTCTCTTGGACTTTAGTGCAACAGTAAATATAAAAAAAAAAATCTAAAATAAAAACAAATAGCACCTCAACTTAAAATACCTGGCAGACAATCCCAAGTTTACAAATCTCGCAGTTTGCTATGGCAATGTTGTCATCATGAACTTTATTATACCTCCACCACAGACATACTTGCGGTTTCTGCTTCAAGCTGCTTCTGTGTTCTACCTTGCCGGCATTTAACCAATAGCGTCTCTGCAACAAAGTGATGTCATGCCTAGGCATGAGCCGGTATAATATTCTGACGGTATAATATTCTTATGATAACCTTGGACCTAAATATCACAGTTTCACGGTTTCGCAATATTGTGATTACTGCTCTAAAATATATTGTTTTTAAATGGGTAAAAAAACAAGTATATGACAGTATATTTTGTTTTAAGAAACATTTAAAATGTTTTGAAACAGTAAACATGTCAGGCTAAATTAATTATTGACTTCTGCTGTCTTCGTTTGTTTCAAAAACACAGATTTAAAAAAAAAAATTTAACTGCATTGTTGGATTTATTTTTTGCTGGAGATACTGTTGTCCTAAAAAATGACATAAAATAAATGTAAATAAAAAATCGTACACATACCTTAGGAACGGCATTGCAGAAAATTCTGACGGTTTGAAAACCTTGACTTTTCTAAACCTTGGCATGCCTTGAAAACGGTTATCGTCCCATGCCAAGTCATGCCACACGCACTGCTGTTTCTGTGTGAAGTCGAGAAAGAGGTCTAACTCTGTGCCACCACATAACTATAGATATGTTAAAAATAATGAGATCATATGAATGTTAAACGACAACAAAGACACTTTTTCCTAATAAATGTGAAAATATTAAATTAAATCAAATCAGTCTTGTTTGTTCTATAGAGAGCCAACTCTTATCCTTTTGATTATCATCATTTCTTTTGGGCTGTGCAGTTTGATTCACAGAATTTCTCAAAAGTATTGTATACTGTAAACCCGCAGACTTTTTTTTGTCACATCCATAACGCATGTTTATTTTCCTCATTTTAAGTACAAAACATGTGTACAGATTCATATTTTTGTGATCCCATAACTCTGTGGTCAGTTGTTCTGGAAAATATAAACAAAAGTTTCAATAAAACGTTAACATTCACTTTCTATACAGATTTATGTTTTGAGTTTTTACTGCAAATGTCACATCCATAACACTGGAATTGCTCATTTATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATTTGCGTCCTGATCTGGAGGTAACGTCCGATTCCGATCATCTGAAACCGTGTGATCGAAGCGGATTTCCGATCATCGGATCTGGACTTCCCTACTGCAAACATATTTTGTCCTTTATTTTTGGCAGAATAATAAACAGCATTTTTAAATTTCAGCTCCATCAAATGTTCAAATGCAATCCAACAATGCAAAATGTATTTTTTTTATTATTATTGGCAATATGCATTCACTTTTTAAAACATTTGAATCCAAACTCTGCAAACTTTTATATGGAAGTGAAAAATAAGGTTTGACTATTAGCATTATTCATTTTTAGGTGAACTATCCCTTTAACTTGCCAATTTGGTTATTTAAATATATGTATATTTTATTTAACAAATCTTTTTAATTCATGTCTGATTTGGGATAGTTCACCCAAAAAAGAAAATGCTGTCATACCTTATTTCTCGTTTACAGCTGATTGAGTTAATTTTTTCTGTTGGACACAAAAGAAGATATTTTGAAGAATGACGAAAACCACTGGCTTGATCAATGAATGAATGTCTCGGTAAATCAAAACATGGTTTAAAATTATTGATTAAACAAAATGAACATTTATTTAAGTTACCAGATGGGAAAGTTAAAGGAACAGTTTTCAACATTCTTCAAAATATCTTCTTTTGTGTTCAGTAGAAAAATAGAAACTCAAACAACTGTAAACGATAAATAAATTATGACAGAACTATGGGTGAACTTTCTCTTTATCTTGCCAATTTGGCTATTTAAATATGTTTATTTATTTAATCAATCATTTTAATTCATGTTTTGATGTACTGAGACATTTGCACATTCATTATTTCACTGCTCATAAATACTTAAATCCAACAAAAAACATATGTTTAAAGACATTAATTATAGATGCCTAAAATAAATTATAGATGGCTATCAATAATTCACGTTTGTAAGCAAAAACTGATTTTACAAGTTGCCGAATCCCTCAGCTGACTGTAAGTTTGCGCTTGTTATGTGCAG
Seq C2 exon
ATGACGCTCCTCAGTCTCCGGGAGCGGAGAGCAGGTCATCGGCACACAAGGAGAGAATTGCTGCTTTGGAAAGGCAGTTAAACATCGAGCTCAAAGTCAAACAGGGGGCAGAAAACATGATCCCCATTTATACCAACGGTTCCACCAAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000060184:ENSDART00000132555:2
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.891 A=NA C2=0.620
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0218511=HR1=WD(100=67.3)
A:
NA
C2:
PF154561=Uds1=PU(50.0=78.0),PF0218511=HR1=PU(43.8=64.0)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Chicken
(galGal3)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]