DreINT0115094 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000045331 | pkp4
Description
plakophilin 4 [Source:ZFIN;Acc:ZDB-GENE-120411-14]
Coordinates
chr6:11969309-11975486:-
Coord C1 exon
chr6:11975355-11975486
Coord A exon
chr6:11969383-11975354
Coord C2 exon
chr6:11969309-11969382
Length
5972 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTGAGC
5' ss Score
9.6
3' ss Seq
ATTTGTCATTGTGTGTTTAGGGT
3' ss Score
8.97
Exon sequences
Seq C1 exon
GAGGCAGTGCCACCTCTTCTCCTGCCATGTTGGGTATAAGAGGTCAGCGTTTAAATCAGCGAAGGACCCAGTCGTCTATGCAACTTCATAACTATTATGGAGACGCCAACAGAAACACAAGTCAATATACAG
Seq A exon
GTGAGCTTTTTTGAAGTCCTCCAAACATTTCATAACTGGCCGTTTTAAGGAATAGCCACACTCCTATTGTGAACAGATAAGGTAAAAAGGCTTTCTGGAACTTTTTTTGGGGTTTAGCAGTACACTCAAGCAGCATGACACATTTAAAACCCTACCTATATGCAATTCGGGATGTCAGAATGTTTGGAAACAGTATAGCGTTACTCAGCCTTTTCTAACTTCTTGTTGACCCTCAAACAAAGAACAAAAAATAACTTAGTTTTGAAATATAATGGGACCTTTATGCCATTCCAAGACATTTGTTCATCTTCGAAACACAAATGAAAGTGTTTTCAGGTCTGTTTATATGCATTACTGACATCTGTAGATTCTAGTTTGAATGAGTGTGGCTGGACAAAAAATGCAAATCATCCTCTCTGTAGAAATCTTATATACGAAAATTGTATATGAAGAAAGATTTCGTTTTATCTACAGCGTGTGTCTTCATCTGCTCATAAACACAGCATGGGTGTATCCAGGTTTTGTCAGCAGCACGATAAGTAGTCTGAACTGATGCTAAAGAAAATAACATTTTGAATAAAGCCATTATATTTGTGTATGTTTTAACACAAACGTACACTATCTGACAAAAGTCTTTGTAAGTCTCGATCCTAGTTGTAAGAGCAATAAATAATAACTTTACTTCTTGTTAATTATTTGAATAAAAGTGTCAAAAGGTAGATTTTTCAGATGATTCATCTGTTAAACTGCATTCCAATCATCACAAATACTGCAGAAGACCTATTGGAACATTTTTGGACCCAAGATTCTTACAGAAATCAGTCAAGTTTGATGTAGGAAAAATCATGGGTTGGAGTTACATTTAGTATGGGGACGTGCGAGAAATCTGCAGAGTGGATGTCAACATCAACAGTCTGAGGTATCAAGACATTTGTGCTGCCCATTACATTACAAACTACAGGAGAGGGCAAATTCTTCATCAGGATAGCGCTCCTTCTCATACTTCAGCCTCCACATCAAAGTTCCTGAAAGCAAAGAAGGTCAGTATCTCCAGGATTGGCCAGCCCAGTTGCAAGATATGAACATTATTGAGCATGTCTGGAGTAAGATGGAGGAGGATGCATTGAAGATGAATCCAAAGAATCTTGATGAACTCCAGGAGTCCTGCAAGAACACTTTCTTTGCCATTCCAGATGACTTAATTAATAAGCTATTTGAGTCATTGCAGAGATGTATGGATGCAGTTCTCCAAGCTCATGAGAGTCATCCACAATATTCATTCTTTTTCCACTGCACCATGACTTTATATTCTATACTGTTCATTACTTCTGTTAGGTGACAAGACTTTTGTCTAAGCAAAGTCAGACCTTACTGTCCTTGTTAAATAATTAAAAGTCAATGCATGATCATATTTTATTTTGCTAAAATAAGCGTAATCTAGAGGCCTTTCATATAAGCCACTTATGATGCTAAATGATCAACTACAAGTCAAGTTATTATTTGTTGTTCCTAAAACCTGGATAAGGAAGCATTCACACTATGCAATCCGAACCGTGCCCAGGCGCATTTCCCGAATTGTTTGAGAAGTGTGAGTGCTCTGAATCGGGCTCAGGCGCAGTTCAGTTGGCCGGCCTTGGAAGAGGTGTGCCAGAGCACGGTTCACTTGGGCTTTGGCGCAGTATGCCTGTAGTGTGAGTGCAAAGCACGCTTGCGCCTGAAACTGAACATGTGACATGACTTTTAAGGATTCATTTGAATTTATTTATTATTCTTAATTTTCAATGAATGCGAACAGTTTATTAAAGACGCAAACCCCTCACTGCACAATAGCCGCACCTTCAGGAAACCTCCTAATACCTGCAGCACGAGGACTTTTATGATAACTTATGAGCATCAAAAGTTGTGGATCTGTTCGGCAAAGTATTTGACTGCGTGTCACTGCATCCCAAATGACTTAAAATAAAACAAAAAACGATATACCTAAAGCAATCTCCACTGTGCTGAGCGAGAGCGCTTTTCTCTGTTTAACTGAGCAGTCGCACCATCGATGATGTAAGCGTGCTCAGGTCTGTTTGGTAAAAAATGTGAGTGCAGGCCAAGGGAGAGAGGGGATAGGGGACAGTTGCGCTTTGGCACGGTTCAAGGCAACTGTACCTAATGTGAGTACACCCTAAACGACCAGACTTTTGTCAGACAGTGTGTTGATTAATTACCCTTTCGGCAATTTTTATTTTCCATCTAAATATTTTTTTTCTTCAGTAAAATGTAGTATCTTAGCTATTTTTAAGACCTCAATGCATTGTACCACCTACATATATTAAGTTTGGTTTGCCTGTGTTTTAACTTCATCAATCATCAAAGGACATAGTAATATACAATCATCTATAATATTCTACTGTTGACAAATTGACCCTGGATGCCTTGGGGTTGAGTAAATAGATTACAGATTTTCCTTTTTAAATGTACGATCCCTTTAAGTCTGTGGAAATGATTAATGGCATAGCACTCTTGCACAACAACAGAAAGATCTGTCTTTGAATTAGGAAGCTGGACTGATGCACTAATAGATATTTCACTCATGCTCTCGTCAGCTAATAGAGCAATCAGCTTTACTCTTCTGTCTGGCGGAAGCCGTAATGGTCATTCATTTAAGAGCACTTGACCTCCGTAGTTACTCTTCATTGATTGGTGGTACTTCAGGCTGGAGGGTCTGATTATGTGTCTGTGATTCTCAGTGTGCGTGAGGTCTTTATCGGGTCTGTTGAACCGTTTCCACCCATCTAACCCTCAGACCTGCTCTCCACCCTAACTGTGGTTCACAGAAATACAGCTTCACCACAGACTGTGCATTTAGATGTAAAATAAAATTGTACTTTTGCACAGCTCCAAGTAGCACAAATATTATAAGCATATTTTATTTGTTTATATACACCACATATTAAATCATAACTGTTCGATTAATTATTGTGTTGTCATTTACACCTAGCAGAAACAGGTCAAATTTGGTTACAAGGCCAAAAGATTTAAAGACATTTTGAACATCATAACTTTCTCTAATGCTGCTTTATGCCGAGTTTAGACTGCATGATTTTAAAAGTAGTCTTGTCACTGATGTTTTCACACTGCATGACTATCTGGGCTAGCGTTTTGTCGCTGCTTTGTTTACAGTGCAAGATGGATCTGCGACAGGGAGTTTCACATTGCATGATTTTACAATAGAAAGAATCGCCAACAACTTCATCCAAACTATGTCTCACAACCAAAAACACAAAGAATATCTTTTGTTATTGACAACATAACGAGAAAGAAGCATTTAATGGGGTAGAAAATGTACATAATTGCTCCCCTGGGTTTGAAGGGAATTAGCAATTTCACCTCAACTTTCTTTTTTACCCGGTTGTGATATTGCTCAGATGACACGTCAAACAGACACGGGGTGCTCCTGCCAAATATCCACTAGTTTTGCTCCATATATTGGGAGCAAATAAACTGAAAATGAGCGCTTTTAATTTTTCCCCAACCTCCCGCCTTTCGTTGCACACACTTGTGGTGCCCCCAGAAATTTTCTTAGGGGTGGCCGTTTGAGACCACACAAAAACATAATAAATTCATTGTAATGTTATATTTTTGTTTCTACATGTTATGAAATACTGTGGTTTTAATTCAATTTATTAATTACTCTCAACATATTGCAATTTATCCCTTGAAATAATTCAGCAAGTACATGTGCAACTGCAAACCAAATAAAAATCAATATTTAGTTTAAAAACAAATCGACAAACTGAAAAAAAGCCATTACTATATTACACATTCACTATACAAACCCTAATAATATCATTTATCCATATTACTCTTGAGCCACAATATTATTAATACGGCTTCTTCTATTGATGTTTTTATTTTGCAAAATACATCCACTAAATCAATGGGATGTCTGGCCCTTGTAAGTCAACCAGCAAAAAAGTAAGATGCTAAATAAACTAGGGTTTGTGGTTTTCAATCAGATAAAACACAATTTTTCATTAAAAAAAATTATAAATTCTTAATAAAAATCCCCACTTCTACCAATTTTGAACAACCCAGAGTTTTTACCAAGTACTCTAGATCTTGGCTTCAATCTTTGGCCAGCCTGTGGTATATATATAATGCATGATCTTTTTGAAGAGGGAAACTTACTACCTTTTGAAACTATTGTTTCAAAATTTAATTTGCCAAGACAACATTTCTTCAGATTCCTGCAAATTAGAGACTACATATTTAAGAACACCGAACTTACTTCTAAAAACTCATTAACGGTAATTGAGAAAATTCTGTTAAATCCCCCTAAACAAAACAAAAATCTGTATTCTATAAGGCTCTGTCCTCTTATAACACTGTCTCTAACTCCCATCTCAAATCAATTTGGGGAAAAGAGCTTGGGGTGGATATTTTGGAAGAAGTATGGGAGATAGTTTGGTCTCTAGCCAATAAGCTTTCAGTTTGTAATAGGGGCAGAGCTATTCAACTCAGGATCCTTCATAGAATTCATATCACACCTCAATTAAGACATAAATTCAATGCAACCCACTCACCTTTATGCCTTAAATGCAAATCAAATATAGGGGATTATATTCATTGCATATGGCACTGTCAGGTGATTCAGGCCTACTGGAACAGAATTGTAGCCCAAATAAACTAGATTTTTGGACTGGACATAGATATAGACCCTTTGTCCCTTCTCCTGGCTTTTCCTTGCAAACTAATAAAGAACAAGTATGAACAACGAATCTTCTGCCTGTTAACTTTTGCTGCCAGAAAGAACATTTTGATGTCATGGATCAATGATAAGCCCCCTTCCATAAAAGGATGGTATTCAATAACTCGAGAGATTATTCCCTTGGAATACCTAACATGTCTTAGCCACTCCACAACTGATGCATTTATTCGCACTTGGACACCATATCTGGACAGTATAAACCTTGCTTTATGTGACATTTTGAAACTCGGAATAACATAATGTC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Seq C2 exon
GGTCTGGGAAGCAGTCAGCCTATTTCATCAGTTCCTTTCCCTCGCCTTCAGCGGAGGAGTCCCGCAGATCACAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000045331:ENSDART00000155685:20
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.844 A=NA C2=0.680
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]