DreINT0115980 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000099954 | plekhm1
Description
pleckstrin homology domain containing, family M (with RUN domain) member 1 [Source:ZFIN;Acc:ZDB-GENE-030131-2752]
Coordinates
chr12:4922100-4927925:+
Coord C1 exon
chr12:4922100-4922257
Coord A exon
chr12:4922258-4925139
Coord C2 exon
chr12:4925140-4927925
Length
2882 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTAAGG
5' ss Score
11.08
3' ss Seq
GTGTGTTTTCTGTCTTTCAGGTG
3' ss Score
13.75
Exon sequences
Seq C1 exon
ATAGCAGACGGCCACTACGAGTCTTACCTGCAGTCTCTAATTCAGTTTGGCTCCAAGCATGTGCACAACTGTGACCTTTGCACTCAGAGAGGCTTTATATGTCAGATCTGCAATGCCCCCGACATCATCTTCCCTTTCCAGTTTGACGTAACTTCCAG
Seq A exon
GTAAGGTCACAAATCTCACAACATAAACAATTGACGTCAGAATTATTAGCCCCCCTGTTTATTTTTTTTCCCCCAGTTTCTGTTTAACGGAGAGCAGATTTATTCAACACATTTCTAATCATAATTGTTTTAATAACTCATTTCTAATAACTGATTTATTTTATCTTTGCCATGATGACAGTAAATAATATTTGACTTGATATTTTTTCAAGACACTTCTATACAGCTTAAAGTGACATTTAAAGGCTTAACTAGGTTAACTAGGCAGGTTAGGGTAATTAGGCAAGTTGTTGTATAACAATGGTTTGTTTTGTAGACTATCAGAAAAAATATATCTAAAAGGAGTTAATAATTTTGTCCCTAAAATGGTTGTAAAAAAATTAAAAACTGCTTGTATTCTTGCCGAAATAAAACAAATAAGACTTTCTCCAGAAGAAAAAATATTATCAGACATACTGTGAAAATTTCCTTGCTCTGTTAAACATCATTTGGAAAATATTTTTAAAAAGAAAAAAATAATCAAAGGGGGGCTAATAATTCTGACTTCAACTATATGTATGCACAGTAGTGGCCACAATTCTTACAGCACCTGACAGATTTGAAAACATGGACCTTTAAATCATGATTCATTTACTTAATATTGATGAAACATGCAGATGATTGCTCTGAGCATAACAAACATCAGATAAGTCATACTGTTTACATTGACTTTTAGCTTAAATATTTGGACTATACAACTTTTGCAGCAAAAAGGATTCCTGTTTTGAGTAAGTGGTTAATTTAATGTTAATTGTGCAATTTGTAAGTTTATTAGGGCAACAAATTGTCAATCAACAAGGAACATGTGCAATCAGGATGTTAAAATAAACAAAAAACTCACATCTCAGATATCAGACAACACTGACTTTCACTTTTTTGGGGTCCCCAGACACACCTGAATTGTGGTCTGCTTTTTGCAGAGCATTTCTGTATTTGCATGTTTAGCTTGTGTTGTCAAAGTGATGAAAATGCTTTCTCAGTTCATTAGTGTTTTTCTATTTGCACATATTTTCTTAACTTGCAGACACTACGGCATTCGCATTTCAGATCAAAGCTCAATCTTTACAGCTGAACCAAAGGCTTTTTTTTTAGCTCTGGAACATATTGAAAATGCTGAAGGACACAATTTTATTTTTTTTTCTGATTCTAAATCTTGTCTACAGACATTGAATTCTTTTAAACTGGAACATCCCATTATAATTGACATTTTTATCAAAGTGAACCAATTACAAAGAAAGTTTTATAATATAGTCTTCTGCTGGATCCCAGGACATACTGGACTACTTGGGAATGAACAAGCTGACAAAGCCGCCAAAACAGCCCTAGCAGGAAAGCTGAAGGAGTGCAAAATCCCACCTTCGGATCTTAAGCCACTAAAAAAAGGCTATATTCTATATGCAAGCAGAATGGAATCAGTGCCCAGAAAATAAACTTTTTAAAATTCAGCCTGAAATAGGAAAAAAATCGAATTTATGTTTTAAGTCAAGACACGATGAGATTGTTTATAGAAGATGCCGCATTGGACACACGAGACTCACGCATGAACATTTACTTAAAGGAGAAGAACCACCAAAATGTCTATATTGCAACAGAAACCAAACAGTTAAACATATTCTTGTGGAATGCCCCATGTTTAATGTTCGCAGACAACAATTTTTATCTGGAGAGACTTTAAAGGAAATATTTTTCAATGTGAATCCATCTAAAATTGTAGAATTTTTATCAAAAGGAAATCTTAAACTGTTTTAGATTTTTTTTATATATATTATCATTATTATTATTATTTATGTATTTTACCTTGTACATTATTTATTGCTGTTGATTACTTTTAATTGATAGAATATTTTTATAATTATAGAAAATTGGTGTTTATTAAAAGTGATAAACTTGATCTATTTTCCTTTTGCCATGACATAGCCATAGAAGCTGAAATGGCAACAAAATTAAAACAAACTCTCTCTCTCTTCTTAACTTGCAGCACATTTGAGCTCTCTCAGTCATCGTATATGGGAGTACTTACTCTTAAAATGTCTTAATTTTAGGCCTTAAAACGTCTTGAAATAACTAAAATAGTGTCTTGTGAGTCCTAAATCGTTTTAAACTGGTCTTAATTTTCCTTTAATTTGTACACTGTTCTTAATTTGACATGTAAAGCCAATTAGGCCAAAACCCACCCAATCACCAACAATATAGCTCAATAAAACTTTAAAAAAAAAAACTCTAATTAATTATTATAGCTAATTTAATAGTTTTATAACCAATATGGTTTAATTTTCTTCCTTATATAATTATCTTAATAATTTTTTACGATTCGTTTACGAGTTCTCTTTGTATTTATAGACCATATAGGGTGAGCAGGCTAACCTGGACAGAATGTTGTGCATGCATTTAATTTTTTACAGAGGCTTTTTTTAATAAAGGTTATGATGAAACAAATGTATGTATACAATTAGGCTTTGCTTGTTTTCACACATTATTGAAAGAATGTGGCTAAGAACTGGCTTTTTTATCATCAGGAAGAGAATTTGAATAAGTTCTCAGCATTTAGCCCTGAAATATTATTCATAATTGCCTTAAAAAGACTTTGCAGAACCTGCAGAAACCTCGACTCAGTAAATCTGACTTAATGTTCCTGATATACACACATTTTCAGTTGATTACTCTAGAAGGGAACTCTTCATCTAAAGTCCACTTTCACATGTCGATGGTTTGTTTCAGACTGCTGTGTCTGCATTTTCCACTTCACTGGAGTCATATAAATGAGAAAGCGGTGGGAAATTCAGACACTTTCAGCACAGCAGTGTGATAAACCTCATGATGACGGTGTGTTTTCTGTCTTTCAG
Seq C2 exon
GTGTAACGTCTGCAAGACCGTCTTTCATTCCTCCTGTAGGGCTCAGTGTCCGGTGTGTCCACGCTGCATCCGGAAACAAAAATACCTGGAGAGAGACTTGGAGGAATCTTAGCTGTAAAATAAAAACATGAACGATTGCTACAGAGCTTAAAATACAGGGTTAGTATCAGATGTTATACTTCATATAAAGGGTTCAGTTCACCCAAAAATGTAAATGTGTTCATCGCTTACTCAGATTACGGTTACAGTCGCGATACTGGAATTCGGTACCAAACTGAAATTTTAAAAACGTCCATTTCCCACTAACATTTCAGCGGAGAAAGTTCTAAAACACTGCTGATTTGCCATTGTGTTAACATGCTCAACAGAAATGACTGTGATTGGCCGTGAAGGTCATCAGTTCACCGAACTCACTGCTGTTTACAGCATGTAAACACAGATACAGGGACAGTGGAGTGTTTCAAAGTCACGTCGATCAGCTGTATTGTCTGTAAGCTGACATTTGAGCGATCCACTGATGAATCTGATGACTTTAAAACGCTCCAGTGTCCCTGTATCTGTAGTAAACAGCGGTGAGTTCGGTGAACTGATGACCTTCACGGCCAATCACAGTCATTTCTGTTGAGCACATGAACACAATGGCAAATCAGTGCTGTTTAAAAATGCACTCAACAGCGCTCAAATGTTAGCGGGAAACGGATGTTTTAAAAATCTCAGTATCGATTGTTTCCGAATTCCAGTATGGTGACAACCCTAAATCAGACTCAAGTGGTTCTACACTTTTGTTTAGACACAAAACAAGATATTCTGAAGTATCTGCCATTGACTCCCATTGTAGTTTTTGTTCAAACTGTGGATGTCAATGACTACGCTCTTCAGAATATCTAGTTTTGTGCTCAACAGAAGAAAGAAATTGAAGTTTAGAAGCACTCGAGTGTACATTTTCATTTTTGTGTGAACTGCCCCTTTAAGTTATCCGACAGTTCTCAGTATCTGAACAACTGGAAGTGTTTGTGGAAAGTCCACCTTAAGTGCACTTATTGACAGATTCACATGTTTATTCCTCAAATGATGACCAACGAACACCTCTTCAACTGTTATCAAAGCTATCCTTTCTGCTTTTCAGCTTTATGGACTTTATAACCACTTTATAACACTTAAGGGTTCATTAATGCAGTGCTATAACTTAAAGGGATAGTTCACCCAAAAATACTTACACACACTCAAGTGGTTCCAAATCTTACTGAGTTTTTTCTTCGGTTGAACACAAAAGAAGATATTTGGAAGAAAGCTGGAAACCGGTAACCATTGACTTTCATAGTAGGCAAAACTAATTCTAAGGATGTCAATGGTTACAGGTTTTTAGCTTTCTTCAAAACATCTGCTTTTGTGAAGCAGCACAGAAGAAGACAGGTTTAGAACTGCAGAAAATGCTTTTGTTACTTGGATATTTTGTCTTGTTTGTTTGTTTGTTCTAGTCCAAATATCTATAAATTCCTAAATCAAGAAGATTTTTCTAGACAAGCAAAACATGTTGTCTTCAGAAATAATATGCCAATATTAAGTGAGTTTTTTCTTAAAACAAGTAAAATAATCTGCCAATGGGGTAAGCAAAATAATCTTACGTCAAAAGAAAAAACAATATTAATTTGCTTATCCCATTGGCAGATTATTTTACTTGTTTTAAGGAAAAACTCCCCTAATATTGGCATATTATTTCTCAAAACAAGACGATATGTTTTGCTTGTCTAGGAAATGCTTCTTGATATAAGAAATTTTAGATATTTAGACTAGAAACAAGACAAAAAATCTTAGCAAGAAAAGCATTGCAGTATTGGATGATGACAGAATTTTCATAACAAGGCTGTCAATGACCACGTTCTTCAGAATATTCTGCTTTGTGTTCAACAGCAGACAGAAATTGAAGTTTAGAAGCACTTGAGTGCGAGTAAACGATAAGGACATTTTCATTTTTGTGTGAACTGCCCCTTTAAGAATTGTGGGTGAACTATCCCTCTAAAAGGATCATACGTATAATATTTGCACGCAAGTAGCAATTTATGAGTCTTATGTGCAGTTTCTGATTGTGTTATAAAGCAACTTTAGAAACATTTATTAACACTTGAAGGTGTTATCAGTTCTCCGGGCTTCACATGTTATTCTAAGAGTTATAAATCATAAGTGTTTTCTTGTTCTCTGTTTTTATTTTGAGCATGTCACGGCCAAGGGACTCATATTTATGAAACGGATGGCAAACAGATGCCACGGATCTTATAACTTGTTTTTTTATGAATGTCTGCAGATTTATATGACGTTTACAAATCACTGTATGCATTAATAAGCATATTCTTCTGGATGCAGGAATTGTTTAATAGGAGTGTGGTTAATGAAGTGACAAACATGCACAAGCTCCTTCAACAGGTCATTTTTCTATTCTACTGTGCCTTTGTTTCAGTTTCCCTGTAGCATTCATTGTCACTGTAATGGGTTGTGCCAAAAATGTAACTATTGTAAGCAAATATAAGTTATTAATGTTTTGCATCCACGTCGGTTATGTGCAAAGAAACCTTCTGACTAAAGGATAAACTCTGTTTGATTCCTGTATTAACCAGTGTGTATTTGTGTTTTGTGTTCGCTGATGAAGGCTGATTCTTTAGCACTTGTTTTATATCGGAAACTGAATTGGGAGAGATTCATTTTTCTTCTTTCTTGCTTTTTTTTTTTTGTACTTTTTTAAAAATGCGATGTTTTATGACAAGCTAAATACATCCCCTATTGATGATAAA
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000099954:ENSDART00000171525:10
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
Alternative protein isoforms
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF139011=DUF4206=FE(25.5=100)
A:
NA
C2:
PF139011=DUF4206=PD(14.2=76.3)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Human
(hg19)
No conservation detected
Chicken
(galGal3)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]