DreINT0121661 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000052148 | ptgs1
Description
prostaglandin-endoperoxide synthase 1 [Source:ZFIN;Acc:ZDB-GENE-020530-1]
Coordinates
chr5:64226423-64231702:+
Coord C1 exon
chr5:64226423-64226512
Coord A exon
chr5:64226513-64231585
Coord C2 exon
chr5:64231586-64231702
Length
5073 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CTGGTAAGT
5' ss Score
10.65
3' ss Seq
CTATGGCTTGTTTTTTCTAGCGA
3' ss Score
7.06
Exon sequences
Seq C1 exon
AGTGTAACTTTTTGCTGAAGTGGACGGTGATTTTGCTGCTGAGTGTGTCCTTTTGTGCTGGTGAAGAAAGCCCGACTTCATCAAACACTG
Seq A exon
GTAAGTAACGTTAACGTTATATAAAGAAAAGGTTATAAGACTTATTAAATGCTCATTACTTAGAGAACAGTGTATCAGTCACTATTGTGGTATTTTCAGTTGTGCACTTCCAGAATTACAATATATTTTAATGTGATTTTCTGAGTATTTCTTTTCAGTTGTTTCTAACTAAAATTATCACCTAATAACTGCATCCTTTTAGCTCAAAGATGTATTCACATATATGTATAAAATCTCTAGGTATTTACACTGTAAACAAATTCTTGCTGCCTTAAATTTTTTTGTTGAATTAAATGAACTTTCTCAACTTACATCAATCAAACGCTCTAAAGATATTAAGCTTGGTATAGCTTTAAAAACGTAGTTAAAACCCGATTAACTTATTAAACAACATTACATTATGTATCTTGACTTTTTGTTATACATTGTGTACAGTGTGTCTAGTAATAAACATTTTCAAGCTGCGTATCAATGAGATTTCCAGCATGACTCTGCACTCACTTTCGTCCTCATAAAGGTATGCCTGTGAGGCAGCGAACAAGTCTGATCTTGGTTAGAAAGTTGTGTATGGTATCTTCCTGTCTGTCACTCTGTTTACATAGTTTAGATTATTAGACTAAACTAGGATTTTTGTGTTTGGTTAATAGATTAAGAAACTTTGTCAGACACTGGTTGTGTTTCTCTGCTCACTAATTAAAACCAACAAAGACCAGACAGAAGGAGATTCTGCTTATCTGCTGCACGGTTTGTGCAAAGCTACCACATTTCATTCAAAATTTCCTCTATTTTTGGATTGTTGCCGCCAAAATGTCAAGAGCTGTAGACGGTCACGCACTCCCCTAACAACCACAAGCTGAGATATGAAGCATGTTGTATTTATGATATGAAGCTTGTTGTATTTAAGTCTTATCAGGGAAAACCTGCTGTCTCATTCTTATTTCAAATAAACAACTTAAAATAAAGTAAAATAAAAATGGGTTACAATTTATTTTAAGTCGCATTAACTGCTATGTACATTCATTTGAATGAATCATTTAGTATAATGCACATGCACGTTCTGCTTATATTTTAGATTTATTAGCATGTAATACATCTGTAATTAATTTATGGAATTATATTTAAAATGAAATCTACCCAAACCACCAAAGCTGTCCCTAACCCTACCCACATCCCATCTTAATAGCCGCTTAAGTCATTTTCAATACAATATGAACACAATAAGTGCATTGTGCTTATTAATTTTGATGTAAGTACATACTGCAGTAGTTAATGTCTCTTAAATTAAAGTGTAACCAAAAAATGTAATCAAAAGCGCAAGTTAAACAACCTGCTGTGCAGTGCATGTAGATAACTTGGCTTATTTACAATGTTTAAATAGACATTGTTTTTTTTGTCGGCTTAGTCCCTTTATCAATCCGGGGTCGCCACAGCAGAATTAACCCCCAACTTATCCAGCAAGATTTTACGCAGCGGATGCCCTTCCAGCTGCAACCCATCTCTGGGAAACATCCTCACACATATTCACACACACACTCATACGCTACGGACAATTTAGCCTACCCAATTCACCTGTACCACATGTCTTTGGACTGTGGGGGAAACCAGAGCACCCGGAGGAAACCCACACAAAGGCAGGGAGAACATGCAAACTCCACACAGAAACGCCAACTGAGCCGAGGTTCGAACCAACAACCTTCTTGCTGTGAGGCGACAGCACTACCTACTGCGCCACTGCCCTGCCCTACGGCTATTTAGGTTATGGTTATTTAGGCTAATAATATACAAAAGACAAGGGAATGGTATAATCAGGGTGTTAAAATATAAAAATAAGCGCTCACCTTTTAGAGATAACCTACAAACTTCACTGAGCAATAGTCACACACAATAAGCAAATCCCAGCCAGGCCCGTCACATTTTTGGGCCCCCTTTATTGCATGTGTTGTGAGAAGCATCACAGCACGTGTTTGCACATTTTCTTAATGTGCTTGCGTTGTGAGGATTTGCAACACATTTCCTGTCAAACCGTGGAAGATTTTTTCTTAACCCCTTAGACCCGAATTATGTTACAAGTTTCTTAAGGCTCCTATAAATGTAAATTGCTTCCTTGTCCTCATTTGTAAGACGCTTTGGATAAAACCGTCTGCTAAATGACTTAATGTAAATGAGACCAAATTATGATAATCAAAATTCAACACCTTTTATATTTTTTGTCCAATTCAGTGGACATCAGGTCAGAGCAGTTGTACTTCCTGAACATTATAACAACATAAAATACAAAAAAAAAATACATAATAATCTTAAGATAATCTTGAAAATTATTTTCAAAATCACAAACATTAACATTGTAACATTTATACTTAAAATTTTGAGGTTTTTGTTGTATAGATTGCGCCTTGTTTATAATAAACTTTATCTTCATCTTCCTCATAACTCCACATAATGTCCACATCTGCGATATTTCCATCTGCTATATGCTCAAGAACATTAAGATCTGTATATTCTGCATATGAAATTGTTTCAGCAATGAGTTAGTACATCTATATAGTTTTTATTGCAAAAAAGTTCAATCAGTATTACTGGAAATGTAATTTCAGTAACAGATCTTGAACCCACCGTACATCCTAATGGACAGACATATTTGGAAAAATCCTCATCTAAAGCTTGCAATGTTGCATAAGATCTGAAACTTTAATTATTAAGTGCAATCCCTCTTTTTTTAACATAAAATCTATTAAATATTGGCAAACGTTAATAAATCTGAATAAAAACATTGTAAATCTGTTCACGTCTGTGTCTGAAGTAAATTGATGCCATGCTGCTTTTCAGTGTAGTGGATTCTTTTCAAATGACAACATGCCGAGCCTTTCCGCAGTTTGATTGGATGACAATCGTCCACTCTTACGGACTGCAGGCTTTAAATCAGATGAAATGCTCAGGAACCAGAAAAAATAGGGGCTGACGTGACGTCTATTGTAATAGGCACAGGGTCTGAATGGGTTAATTTGCTGGTGTTTTTAGTAATTGCATGTGTTTTCTTAAATTGCAGTGCATTAAGCACTCTCGGCCACTGTACAGTAGCATAGCCTAGCATGTATTTTTTGTAGTTAAGTCCAAAGCACTTGGATTTTGATTTAAAATTGAATCTAAATGATTCAATTAATGTATTGTTTATAAAAACAATGTTTTACCATTGAGTTAATGCATTTTTTCCCCTTGGGCAGAATAAATATTTAGATTCATATTAAAATTTCATTTTCAACCAAGTCAAAACTATATTTTGAGTTCAATTATAAATTTACCTGTAACAAATTACAGTATATTTTAGGTTGGTCTAAAGCTAAATCAATCTTTTTGATCTAAGGTTAAAAAAAGATAGTTTCCTGATTTGTGCTTAAGTAAAAGATATACACTCACCGGCCACTTTATTAGGTACACCTGGATTTTCATGCACAACCATCTCTAGGTTTTACAGAGAATGGTCCAAAAAAGAAAACGGAATGAGAATGGCCAGAGTGGTTCCAGCTGATATTAAGGCAACAGTAACTCAAATAACCACTTGTTACAACCGAGGTATGCAGAAGAGCATCTCTGAACACACAAAACATCCAACCTTGAGGCTAATGGGCTACAGCAGCAGAAGACCACACCCGGTGCCACTCCTGTCAACTAAGAACAGGAATCTTTGGATGATAGAAGATTGGAAAAGCGTTGTCTGGTCTGATGAGTTTCGATTTCTGCCTCGACATTCAGATGGTAGGGTCAGAATTTGGCATCAACAACATGATGAAAACAAGATCCATACTGCCTTGTATCAACAGTTCAGGCTGGTAGTGGTGGTGTAATGTTGTGTTTTCTTGGCACACTTTGGTTCCATTAGTACCAATTGAGCACCAATTGTGTCAATGCCACAGCCTACCTGAGTATTGTTGATGACCATGTCCATCCCTTTATGACCACAGTGTACCCATCTCCTTATGGCAACTTCCAGCAAGATAACACACCATGTCATAAATCGCGAATCATCTCAGGAGTTCACTGTACACAAATGGCCTCCACAGTCACCAGAGCTCAATCCAATAGAGCACCTTTGGGATGTGGTGGAACAGGAGATTTAAATCATGGATGTGCAACTGACAAATCTGCAGCAACTACGTAATGCTATCATGTCAATATGGACCAAAATCTTTGAGGAATATTTCCAGTACCTTGTTGAATCTATGCCACGAAGGATTAAGGCAGCTCTGAAGGCAAAACAGGGTCCAACCTGATACTAATAAGGTGTACCTAATAAAGTGGCCGGAGAGTGTATCTTTATTAAACCATGTTTTTACTTTGTGTGAATGTAATTTTTTTTTTTCTTGACCACAATAAATATTTCTGATTTAGATTAAATTACATTTTAGACTTAGAACCAACGATAAATTTTAGTTTGAGAGAAAAAAAATAGCTGTAAAAATTCACAGTAATTTTTATAAGTTGGTTCAACGTTTAATTTTTTTCAGTGTAGGGTTAGAATACATGTTAAGTTCAGGGATAGCCGCATGCAGTTATGTATAATGTATATAAAAAGGACAAATTCATAAAGTGTTACCAAACTTGCTTATCGGAGCATGTTTATAATGAATGAACTGAACTGAATTAACAATTAATCACACTGAATACTATTTCTACATCTGCTTATTTATTGCACAACTTTGATTTACAACATTTTTCAAGTTTGACATCATTGATATCTTTTACTTTCTTGTGTAATACTGTTTGGATCAAACTCTTATTTTATAGAGCGTTATATAAATAAAGGGGATGATGTGACCTTTTGTACGGTACCAGCATCAATCCATTATTTAGTTTCCGTCATGCAAGAATGCAAGGAAAATCCTAAAAACCGCATGATGCAATTGCCCTGATGAGACATGTTGCAGTGGTTGCGTAATATTCAGATGTAATCTAACATCCAAACTATGCCTGAAATTTTGTAGTAAATTAGCTTGGGGAACGCTGAGGAGGATGTTAACTCAACCATTCAGAGTCTTACCTTTTAAACTGAAATGCTCTATGGCTTGTTTTTTCTAG
Seq C2 exon
CGAATCCTTGTTGCTATTACCCTTGTCAAAACCAAGGGATCTGTGTTCGATATGGCCTGGACAGATATGAATGTGACTGCACCAGAACGGGCTACTATGGAGAAAATTGCACTATAC
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000052148:ENSDART00000122863:2
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0000822=EGF=PU(2.7=3.2)
A:
NA
C2:
PF0000822=EGF=PD(94.6=87.5)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Chicken
(galGal3)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]