DreINT0124245 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000068370 | ralgps1
Description
Ral GEF with PH domain and SH3 binding motif 1 [Source:ZFIN;Acc:ZDB-GENE-070720-16]
Coordinates
chr8:32907714-32913659:-
Coord C1 exon
chr8:32913554-32913659
Coord A exon
chr8:32907806-32913553
Coord C2 exon
chr8:32907714-32907805
Length
5748 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
GAGGTACTG
5' ss Score
7.67
3' ss Seq
ATTCTAATCTTTGGTTTCAGGTA
3' ss Score
9.6
Exon sequences
Seq C1 exon
TATAAATCTAGGCCGTGTAAAAAGATAACGCTCACAGGCTGGATGGTGGTGCTGCCAGACAACCCTGAACATCCAAACATTTTCCAGCTCACTGATCCTGATAGAG
Seq A exon
GTACTGATTATGCTTGTTCTGTCTTCATTCCTCAATGTATTATTTACTTTTCCATTGATTAGTAATTCTAATGATCTAATAAGTGTACTTTGGGCCTGGAAAAAGAGTACCATCATCCATTATTTATTAATGGATTTCCCATTAATTTGATCATTTTGATCATTTAAAAATTAATATATGTATTTGAAGCAGTTGAAGGAGCTTCAGGTGCACCAAACCCTTATCTTATGGATTAATAATTTTTGTAGGTTTTATGTATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATTAGGGATGTGCGGAGCAGCCGGTATTTGTATTTGTTTTTGTTGAGGTTGGAAAAGTATTTGTATTTGTATTTGTATTTGTATTCCAGTACAATTCAAAATGCCGCAAAAATATGTATTTTTTCTATTACACTTCTAATTTACATTATAGTGAAAGTATTGTTTAATTATACCTATTATATAAATTATAGATATGCAATATTGGTTGTTGTTTTTGAACATGTGATAAGAAATGTCATTGAAAAGAAAATAACATAGACGCCATTATCTCACCCATGGTTAAACCAACAACTAATAAAATACCATTGTGAATATTATGAACCCCACCACCACCGTTCTTGTTGAAGGACACTGAATAGACAGAATAAAAACAAATAATACTTCAAAAAACTGTTCTTCTTCTGAAAGAACTTTTTTCCAATGGACATAATTCCAAAAACTAAAATTAACAAAATAAATCTAAATAAAACCCTGCCTGGGAGATCTGGCAGAACAAAAGTATTCTATATAATACTAAAAGATACAGCCCTGCTATTGTCATCTGCCTGCCACAAAACAGACTCAAAGTTTGTTTTTTGTTTTTTTGTTTTTATGTTTGAAACTGACTTGCTGGGGCAGAATGTGGCTGTGTTGATGGTTTGGTGCTTGTGGAGGATTTAGCAGAACATAGCTGGGCTGATTGAGGGGGTTGATGCTTGTGGGGGGTTCACAGACAGTATCAGGAGAGGATGCTTTTAGTGCATGTGATACTACATTACATAGAAGGTTGCGAGGTGGCACAGTGAGTAGCACTGTCGCCTGACAGCAAGAAGGTTGCTGGTTCGAGCCCTGACTGGCTTCTCCCCATGTTGGCGTGGGTTTCCTCCGGGTGCTCCGGTTTCCCCCACAGTCCAAACACATGCAATACAGGTGAATTGGGTAAGCTAAATTGTCCCTATTGTATGTGTGTGAAAGAGAGTGTATGGATGTTTCCCAGTGCTGGGTAGCAGCTGGAAGGGCAGCCACTGCGTAAATCATATGCTGGATAAATTGGTGGTTCATTCCACTGTGGCAACCCCATATTGATAAAGGGACTTAGCCGAAAAGAAATGAATGATTATGCATAGAAGATGTTGACAGATGTTTAATATCTCTGCCTCTGCTGATTTCACTTTTGCACACATTATACAGTATCAGTTTGTTTTATCTGCAGCACCACTGACTGTAAAATTCTTCCACAAAGAACATGAAGTTTTTAGTTTTTTTTGACTGGTGGAGAACCAAGAAATGGCTCAGCAGTAGTCTCACTCTTTTTCACTCTTTTTCTGGGTGCCCAAATGTATTTGAGGAGTTTCAAGTTAATAAAAAGTGACGGGAAGCTATGCTAAGGTTAACTAGCCTATAGCATATATCTTGTTGTCTGCAAAATCTCCATATCCTGCATTTTGCATTCTGACAAGCTCTGAAGAATGTTGCTTCGTAACTCATAAAAAAACCTAAAAAAAAGTCCTACATAAATTGTAAGTTAAATATTAACTTTGATCAAATTAAAAATAAGGGAGTACTGGAGTCTGGGCCAAGCATATGAATGATCTCATGTGCAACATATACTGTATCAGTCTGTGTTTTCCTGGTGACACAGCTGCTCATCAGGATTGGATGACTTAGAACTTGATCTAAAGTACATGCAAACCTTGACAGTGTGCAACTAAACAACACAACAGTCTGTATTGTTTTCTGATTACCTTGGTTTCGCATGGGTTTTACATTTGCAAAGTTTATATGAGAATAATGCTCACACACTATAGCCATTTGCATGTACTGAACTTTATAATATGACCTGAATGAATTTGTCACATCAGGCTTGTTGCTTTAAATGGATGGTTGATTTGGTAGAATGTTTATTTCAACTGCCATTGGTAATTTAAATAAAATTCTAAAGTGATTATTTGTATAGTTTTGCCAGACTGAACCTGTTTTTACGCTAGGTTTTTTGTTTGTTTGTTTATTTGTTTATTTTATTTTATACATTTTTTTTTACACAAGGTCCTTTTGTTCTCTCTCTCTCTTTCTCTCTCCCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTTTGCATTGTCACTTGCTTGCTTTGTTGGTTTCTGTAGCTTCCCTACAGTTGAATCACCACATTTCTTACACATTTCACAGCTGTTTTCGGGTAAAGTCTTCAGCGAGCAGCAAGAATTTTTAGTTTTCTCAGAAAAGATAAGTATGACAATGGCAACACTTAATCTTACCAAACTGTTTGCATGTTAAGCCACAGTTTAGAAATCAACTAGCTGTTAAGTGACACATAAAGACTAATGCTGTTTGCAACTGAAGATAACATCTACATTAAGTCTAACTGATAAAAAAAAAGTTTTTGCTGAAATGAATGAATGAGTGAAATAACCTGTTACCATTTTCCAAATAGAAACACATTTCCATTCACACCGGGTGTAGGCCCAATCCCAATTCTACCCCTTAGCTTTTCCCTTTACCCCTCCATTTGTAAAGCACAATAATCTGTCACTCAATGACACTTGAATACCCTATCACAAAAGTCTAGTGGCTGGGAATGACCTTTTTGCAGTGTCTATGCAACATTAATGTTGTTTTTGTGTGTTTACATCAGGGGTCACCAATCTCGGTCCTGGAGGGCCGGTGTCCCTTCAGGGTTTAGCTCCAACTTCCTCAACACACCTGCTTGGGTGTTTCAAGTATACCTAGTAAGACCTTGATTAGCTTGATCCTGTGTGTTTATTTAGGGTTGGAGCTAAAATCTGCTGGACTCCGGCCCTCCAGGAACAAGTTTGGTGACCCCTGGTTAACATATAGATGAATATGGCCGTGGTGTAAATCCTATATGTATATGATATACAGTTGAAGTCAGAATTATTAGCCCCTCTTTGAATTTTTTTCTCTTTTTTAAATACTTCCCAAATGATGTTTAACAGAACAAGGAAATTTTCACAGTATGTCTCATAATATTTTTTCTTCTGAAGAAAGTCTTATTTTTTTATTTCGTCTAGAATAAAAGCAGTTTTAAATTTTTAAACACCATTTTAAGGACAAAATTATAAGCCCCTTTCAGCTAATTTTTTTTAACTGTCTACAGAACAAATCATCGTTATACTATAACTTGCCTGATTACCCTAACCTGCCTAGTTAACCTAGTTAAATGTCACTAAGCTGTATAGAAGTATTATATACAAATATTATTTACTGTCATCATGGCAAAGATAAAATAAATCAGTGATTAGAGATGAGTTATTAAAACTATTATGTTTAGAAATGTGTGAAAAAAACTTCTCTCTGTTAAACAGAAATTGGGGGGGAAATAAACAGGAGGGCTAATAATTCTGGCTTCACTGTATGCCTTTAGTGATTTCCTGAAGAAAAAAAATCAACTGGAATACAGCAGTTGCCATCGTCGATCTCATGTGATGTTAGAGCTCACTATAGCATATGATCATGTGTGCAGGTGTTGTAGTGCTGACCCATTTTTTAGGGGTACATTTTGAAGCCCTTTCCCTTCACACTTTGTTTCAAGGGCCATGAGGAAGGAGTAGGGGTACAAAAATAGAATTGCGATTGTGCCTTAATCTGTCTGTCAAGTGTCTTTTTTCACTTTTCACCAATTTCCTGATTCTCAAAGGGAAGGCTGTATTTTCTGATCCATTTGTCTAAAAGTGCAAAATAATATATGAATGCAAAAGGAGACAACAGAAAATAACATAGACAGCAGTAATGGTAATGAGTCAATAGGCAGAGATTATGTGGAGTTTAGTAGCTGTACAAACACATTTAACTTTAATGAGTGTCTATGGAAAGCAATCCAGTTGAATGCTAGAAGAAATTAAAAGTGGACAAGCTAAAAGCAATGTTTAGATCACTCAAAGTCCAGAAAGATACCATAAAACATCCGTTAAACAGGCCATAAAGCTTTCAGTGGTTCTCCCTGAATATTATCAGGCATTGAGAATACTGTTCCCTTGTGTGCACATAAAAACAAGAAAAAAAAATGTATTCAACAGTTGCTACACCCCTGGGTGCACATGCACAACTTCCTTATTTTGAAACAAAGCACATGCATGTTTGAGGTAAAATGTTAAATCAAAGTGTGATTTGTGAACATGTGCCCTAGACACTGACAACTAGAAACTGATAAATAAAGTCATTATTTAATGTGCAAACAAAAGCATTCCCGTAGCTTAAAATATTCCACTTTTGTTTAGAACAAGCTGGGAACCTTGTTGTCTTATTACAAATGAATGTCTCAGATATTTAGAACAACATGCGAGTGAGTACTTACTAACATCATTGTCATTTTTGGGTAAACTAACACTACCAATATGAACAGGGCATACACACTGCTGGCGGTTTCAGGAATGGAAGTTTATAAGTATTGTTGGAGTTCCAAAAATTATGGTAGAGCATTTTTTTCCCAGTGAGCCTGGAAAGATTAAAACAGCTGTTTTTGTTTAAATGGTTTAGAAGCCATGGAAGCTTAAACTTAATAATAATGGTAAGGTTGACATTTATGACACACACTTGAGGTGTTAGCCAATCATAGTTCATTATGTTTCCAGCTCCAATTTTTTTATTTTACTGTAGGGCAGCTCCACTGACCCCAACTAAATAAACCAAAGGCAACAAAAGCAAGTA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Seq C2 exon
GTAATGTTTACAAGTTCCAGACTGGGTCACGTTTCTCTGCGATTATCTGGCACAGACACCTAGCCGAGGCTTGCAGGAGTACAAGGCCGCAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000068370:ENSDART00000098840:19
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.083 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0016924=PH=FE(31.2=100)
A:
NA
C2:
PF0016924=PH=PD(22.3=80.6)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Human
(hg19)
No conservation detected
Chicken
(galGal3)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]