DreINT0124589 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000075271 | rapgef5a
Description
Rap guanine nucleotide exchange factor (GEF) 5a [Source:ZFIN;Acc:ZDB-GENE-030131-7681]
Coordinates
chr19:2852291-2854810:+
Coord C1 exon
chr19:2852291-2852469
Coord A exon
chr19:2852470-2854719
Coord C2 exon
chr19:2854720-2854810
Length
2250 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
TCAGTGAGT
5' ss Score
7.68
3' ss Seq
CGACTGTGTTTGTGTTTCAGCTG
3' ss Score
10.38
Exon sequences
Seq C1 exon
CAAGAGCTGATCTTCTACACGTTCAGCCGTCAGGCGAGCAGTGGCCACACGGTGGCACTGGAGTTCCTGCTGCAGCGCTGTAATGAGGTGCAGCAGTGGGTGATGTCTGAGGTGCTGCTCTGCCCGTCGCTCAGCAAACGAGTGCAACTGCTCAAAAAGTTCATCAAGATCGCTGCTCA
Seq A exon
GTGAGTTTCTCGGTGCTTTACAGATGGGATATATCGCCCTACGAAGGGCACTTCGATGTAAACACAATCCTGGACGCTATATTGAAGTGTAGTTCAAAACTGACCCCTTTGAAGGGCCCTTTGAAATGAAAGGTTTTTAAAAATACAACTGATGGACACTTCGGGGCATGTTCATTTGAGCAGTGAAGTTGTTCAATAGTATCTGGATGCAGCCTTCATGACGCAAGCTGAGATGCAATGTCAGACACGATGCACTCAATGGAGTGAGTGACGCCACTGTGACGGGCGGGGTTAGGTGAGCGCATTAAAAAGCATTGGATGCAGCTCAGATTGCACTGCACCAGGTCTGCATCCAGACCCCTCTCAAGTTGTTTGGTGTGACACACTGTACTCAACTCAGAAGAGCTCATTTCTGTGCTGTAAATCCCTTCAGAGGGACCCTCCGAAGGGATTAGGGCTTAGGGATGAGTCCTTCAGATTGGAACCCGGTGTGAATCAGTAGAAATACATGTAGGATTTCTGTCAATCCAGACAGTTTTAGTTACAGATTATTTGACAGATGTAAGAGAAAAATAAGCAATATACAGTTCAGCTTTGATCAAAAGTACTGTTTTGTTTAGATAAATACCGATGAGGCTTAACAAAAATACTATTAAATAGTGTATAAAATGTAAAATGCTTTATTATTGAAAAATACATAATAATGTACTGTACTATAGTGATAGAAATAAAATAATAAATAAAATAATATGAATATATTTTATTTAAAAAATTATTATGTTAGTTTATATTTCATTATAATGTAATAACGCTTTTTTATTTAACATTAAATATTAAAATGTAATAATGCAATTTGTGACAGATATTGATTGTTTAGTAATGCTTTTACCAGGGCTTCATTTATATACTGTAAAACTTTATGCAATTTATATATATATATCAATTAAGTGTTTATTCTAAATTTTTCAGGGAAGTTTATTTAGGAATTAAAAATATGTTAAATAAGATAATATTATATAGTTAATATATATTATAGTTTATATTTGTATTAAAATATTGTAAAATGTAGTATTAGAATGATAGAGAATGTTTTTCACTGGTTTTTGTTTCCTAAAAAAATAACAATAAAACCCAATTTTATTAAAACATATTATTATTATTATTATTATTATTATTATTATTATTATTATTATATTAGAATTATATTATTATTATCATTATTATTATTATCATTATTATATTAGAATTATTATTATTATTATTATTATTATTATTATATTAGAATTATTATATTATTATTATTATTATTATTATTATTATTATCATTATTATATTAGAATTATTATTATATTATACATATTATTATTATTATTATATTAGAATTATTATTATTATTATTATAAAATTATTATTATTATTATTATTATTATAGAATTTTGCTGTAATTGTTGTTATTGCAAAGCTCACAAAACAATCACACATACAGTTGAAGTCAGAATTATTAGCCCCCCTTAATTATTAACCCCCTTTTATTTTTTTCCCCAATTTCTGTTTTACAGAGAGCAGATTTTTTCAACACATTTCTAAACATGATAGTTTTAATAACTCATCTCTAATAACTGATTTATTTTATCTTTGTCATGATGACAGTAAATAATATTTGACTAGATATTTTTCAAGACACTTCTATACAGCTTAAAGTGACATTTAAAGGCTTAACTAGGTTAATTAGGTTAACTAGGCAGGTTAGGGTAATTAGGCAAGCAATTGTATAATTACTGTATATTTATTATAATTATTGTATAATTGTATTGCTGGTTTGTTCTCTAGACTTTCAACAAAAATATATAGCTTAACATTTTGACCTTAAAATAGGTTTTAAAAAAATTAAAAACTGCTTTTATTCTAGCCGAAATAAAACAATTAAGACTTTCTCCAGAAGAAAACATATTATCAGACATACTGTGAAAATTTACTTGCTCTGTTAAACATCATTTAAGAAATATTTTAAAAAGAAAACAAAAGATGGGCTTCAAAGATGGGCTAATAATTCTGACCTCAACTGTGTTTTCAGTTGAATTTAATTCCATAAACCTTACAGAATGAATAAGTGAACGGTCTGTGTGTGGGTTAATATCAGCCAGCGAGGGTCTGCAGCTAACATCGCGTGATGTAATGCTTTATTCATCAGGTTAATTAGCGTGTGGGTGTTTTAACTCTCCGTGAGTCACGACTGTGTTTGTGTTTCAG
Seq C2 exon
CTGTAAAGCACAGAGGAACCTCAACTCCTCGTTCGCCATCATCATGGGCTTAAACACAGCCGCCGTCAGCCGACTCAACCAGACATGGGAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000075271:ENSDART00000112414:11
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0061714=RasGEF=FE(31.9=100)
A:
NA
C2:
PF0061714=RasGEF=FE(16.2=100)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]