DreINT0124791 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000029372 | rasa4
Description
RAS p21 protein activator 4 [Source:ZFIN;Acc:ZDB-GENE-060526-349]
Coordinates
chr5:58687781-58691766:+
Coord C1 exon
chr5:58687781-58687880
Coord A exon
chr5:58687881-58691612
Coord C2 exon
chr5:58691613-58691766
Length
3732 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
TCGGTCGGC
5' ss Score
1.37
3' ss Seq
ATAATGACTGTTAATTATAGGGA
3' ss Score
4.65
Exon sequences
Seq C1 exon
AGGTACTCTGGGCTCCCTGAGGCTGCATCTCCGGCTTCGAGACGAGGTTGTGTTGCCATCCAGCCATTACAAGCCACTCACAGAGCTACTCAGCCAGTCG
Seq A exon
GTCGGCTCTCAGCTCAACGTGAGTCTGATGCCATTTGGACTGAGCCTTATCTCAGGGAATATGCCTCTGTATTATCTCCTAAATTCACAAGGCATATTCCACGGAACAAGATAACAAGGCATAATTTGGTGCACGGATTGCGAAATGCACTACTCATTGTTATCTGATCTCATTTGTATGCATGTGGTGAATTCTCTACTCATGCCTGCTTGTGTTAAAGGGACAGTTCACCTAAAAATAACAATCTCATAACATTCTTTTAGTTTGTTGTTATGCTGTGGAGCATAGAAAGTGTAATTCTGTACACCCTCAGAAATTACAATACAATTCTGTCATGGTGGTAAATTTTTAAGGGTTAATAATGGGACATTAAGTGAATTTTGCCAAATGATGTTGATATTTGCAAGCAGCAAAACAAACACACACTGTAAAACATGCTGGGTTTCACACATTCCATAATTCAGTCATGTTGTGTAAACACAAATTCGTTAAGTTGACGTAACAAATTTAGGTGGATTGGACACAAAACAATTAGGTTTCCCAATAATATCTCCAGAATTGTGTTGTTTCAGCTCATTTTAAATGCGTAGTTTGAACAAGCAGCAAAAATCATGTCTATCCTTAATAGGATTTGTGTATATACATTACATTAGTGAATACCAAAGCCAAATTTGGAACTAATCTAACAAAATAATTGAAGATTATGGTGCAAAAATCTGTACACCCCATTGAATATGTTAAGGAACATATATAATATTAAATAAAAAATTTAAAGGGCACCTATTTTACCCCTTTTTTTTAAATTTAAGACACGTCTTTTGTGTCTCCAGAATGTGTCTGTAAAGTTTCAGCTCAAAACATCCATTAGATTATTTATTATACTTTTAAGAATGTGGGAAATGTGAGCTGTTAGGACATTGTAGCTGTTTTTATTGCCTGTGCCTTTAATGCAAATGAGCTAGTTCTCCCCGCCCACTGTTCTCACTTGCATCAGAGTCATAGATATCTCCTTTCCTATTGCTGTAACGGGTGTAGCCTTCACCTGCTGCATCACACGTAGATAAACAGCACATTGACAGACAAGAATGACGCAGATCTCCCTTACTACAGTACGAACTTTCCCAATGGTTATTTGATGTATTTGTTGTGGAGTTAATTTAAGCCTTTCTGCAATAATGAGACGCACACAATGTCCTTATAAAGTTTGCGGGCACACACACGCATGCATACATAGGTTTAACTTGGCACTGTTTTTGCATGGCAAATGTTACAGGATACATGTTAATATACACTGCAGTATGGACATCCGTTACGTTAATGTGCAAAGTAAACCTGATTTAATGTCCACAAACCGGGATTGAAGCGTCTTCTTTTATAATTGTACTGACACTATGCAGCACTCCTACATCACACACACCCTCAAAACGGGAGGGATTTGGAACCTATTTTAATGTCAGGAAATGTAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAATTTTTATTGTGTTTCTATCACTCCAGTATGACTTTGAACGCACTATACCTACACACAGTTCTGTCCACAACAGCTTACAAAAGATGATTTTCATCATAGATGCCCTTTAATTAATAGTAAAAATCAAGAGAACCAAAATGTTGACCACATTCCTAATTGAATCAATATAACTGTTTAATTAGTCATTTTTGTTTAAATGCACCAATTTATATTATTCAAACTCAATGAGAAGAGGATAGAAATATTCATTTTCAAAAGGAGGTGTTCTCATTTATGCCAAGCATGGTATTAGCAATGTAAATTGTACACATTATTATCTAAAAGTGTCATTTTGAACTGGTACCTTCCCAGTTGTACTTTTATTTTTGACAGTGTATTTTTCTGGCTGCTTGTTTTTGTACCTTTGTGTCATACAGGTTTTGAACAACACAAGCGTAAAATTATTAGTGACCGAATAAATGTTTTTGGGTGAACTGTCTTTTCAAATTGTTGCACAACAGAACATTTTAGTATGTTTGCTTGTAGGGCTGCACAATATTATGAAAAAACTTTCATTGCGATATTTAGATTTTCTACAATTTGTATTCTGATTTCAGCAGATAACTTAAATTGGTCTATTTGGAAAGAATTAACACTTTTAGATTGCACCAAATACAATAACCAAAATACAAATATAGATAAATACAGTGAAGGAGATTAAGGGCTCTATTTTAACGATCTAAGCGCAAAGTCTGAAGCGCAGGGCGCAAGAGCATTAAGGGCATGTCTAAATCCACTTTTGCTATACTAAGGCAAAACATGCATTAAACCAATCAGAGTCTCATCTCCCATTCCCTTTAAATATAAGATGCGTCACACTGTGGTGCATTTGCTATTTACATGGCGTACTTTGTAAACTGAACACTTCACTAGCGAGAAAGCAATTAAACAGACCATCTGCAGTAAGGAAAAAGAGCAAGCTTCCTCCTTTAAGCCTCTTTACTTTCACTTTACTTTACTTTTACTCTTTACTCCTTTACCTTCATGGAGTAAGGAAAATGGTGGAAACCGCTAAATACATCCATTAGCCTACATATTAAATTTTATTTGTTAAGTGCAAACATTTGTTTCAAAACTATTTCTAAATTCAGATCTAATTTCCTGCGAACAAATAAATTTACAATAATAACAAAGTTATAGATATATAACGAAGAGTTATATCCAAACACACATCTTATTCTTATGCCTCATATGGTGATGTATACATTTCCAAAACCCGACAGATAGACAAACCTAAACTTGTTTTTATTAAAACAAATATAAATATGTATATAATAAATAATACTAATAATAATAATAACATTATACAAATGCAAATTGTCATAAATAAACTGAAAAAAGCCACCCGAGATAAGGCATAGAGGCAGCGGTTTTTATAATTATGTAGAAAATAATAATTTTTGTAACATTTTAATCCTTTTTTTTTCATAAGTAGAGATATTTGTGTAATGCTGTCCATGTTGTGTGTATTAAGCAATGCGTAAGTGTCTGGACCTGCATAGGTTCATAACTAAGACATTCTGCGCGAGACTTTAGTGCAGCTTTTAATTGGTCAGTGGCACGGCCTATTTCAGTTCCACAAAATAGCAACGCGCCAACAATGCGCCGTTACACACCTCCTTTTCAGACCAGCACACCCATGAGTCCACAAATTGGGGCAAATGGGTTTGCTATTTAAACAACATGGTGCAAAATGTGAAAATGACAGTTGCGCTGGTCTTAAAACTACAACAAATCACGCCTTATTGCATCGGGTGTATGATAAGGCCCTAACAATATTCAGGTACAGAAATAAAACAATCAATAGTACAACAAAACTGTATATACTACACTGTATATATAAGTAAATACTATTAACATTTATTAAAGCTAAAAATGTAACAATTCCTAGTAACTCCCAAATGCTTTAAAGTTTACTTACTGTCACAGGCCTTAAAAACACACATACATAATCGGTAAACTTTCACTTTTTTATGGTTAAACTGAAATGGCTCCACAACTCGAATCCTGACTCTGCATTACAGATCCTGTGATGTGACTATTGTGGATTCACAGATTGTAATATCGATGCTGAAACGTTATATTGTGCAGGCCTACTTGCTGGAGTTAATGGTTTTAGCTCACAGTGTTGCATTATATATTAGAAGCTTAATTGTGTAAGCATAACCTCATTTGTGATCATAATGACTGTTAATTATAG
Seq C2 exon
GGAAACTGGCCTGATTTCATCATGCTGATTGATGAGACCACTACAGCGGAGAGCAGACAGGAAGTAGCTAATAATCTAGTAAAGCTGTTTTTGGGTCAAGGGCTTGTCAAGGAGTTCTTGGACGTTCTGTTCAAACTGGAGCTGGACAAGACTA
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000029372:ENSDART00000097374:9
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
PF0061614=RasGAP=PU(6.8=25.0)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Human
(hg38)
No conservation detected
Human
(hg19)
No conservation detected
Rat
(rn6)
No conservation detected
Chicken
(galGal3)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]