DreINT0125522 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000044574 | rbms3
Description
RNA binding motif, single stranded interacting protein [Source:ZFIN;Acc:ZDB-GENE-060929-244]
Coordinates
chr16:39735166-39792506:-
Coord C1 exon
chr16:39792427-39792506
Coord A exon
chr16:39735273-39792426
Coord C2 exon
chr16:39735166-39735272
Length
57154 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGCAAGT
5' ss Score
3.1
3' ss Seq
TTGTTCCCTCTTCTCAACAGCCC
3' ss Score
9.74
Exon sequences
Seq C1 exon
AATGGAGTCCACTGAGAAATGTGACGTGGTGATTCAACATTTCAACGGAAAGTTTCTCAAAACCCCACCAGGAGTTCCAG
Seq A exon
GCAAGTGTCAACAACGCAGTGTGTTCTGACAATATTGTGTGCTAACCAGGTGCAAAGCCATAAAATGACAATCAACCAGACATTTTGTGGCCCAATTGCTGTCTGTCTTTTTTTTTCTGCTCTGTCCCCAGTAAAATCCCTTTGCTCTAAAGTCCCTCTCCATATAACTGTAAATTGAAAGAATAGTTCAGCCAAAATAACATCATTTACCCGCCCTCATGTTGTTCCGAACTCATATTTTTTTGCGAGTAAATTATGACAGAAATCTAATTTAATATGTTTTGGTTTGCTGTGATTCCGTTTTTGATTTTGACAGCATAATTACACCTTATAGCGTCAAGCTTTAGATATATACTAAACCCTGGAGTTCAGCGTGAACCAAACCTCTAGTGTGAGGAAGTACACGTCTCCCCGCTTTGACTCATCAGCTTCATATGACAGGATCTGATTTATAGGTTGATTAAGGTTTAATTTAAGCCTGGTGTGCCTGAGGAAAACAGCTCCCAGAGGGCAGCAGAATGTGCGGCGTATACCAGAAACAAACATTTATACTGAAGACAGCTTTTAGGACACATTTAACTTGCATTGTGTGATTTATTTCAAAGCGAAACACAATTTGACAGAAATATGATGGAGGATCAGACTTGATTTTATTTATATGGAATAAATTGGATTGTCAAAAAGGCTTTGATATTATTTATTAACATTTTTGGGGGGGGGGATTTCAGTCATTATTTCAAAGACTAACCAGTCAAATAAAAATCAAGTATAGTTTTTACAATGTAAGTGCTTTAAAATAAAATAAAATAAGACTTTCACTTTTCTGCTTTATGCCGCGTTCACTTCAATTGTAACTGCCATAATTCTGTCTTTGCTTATTTTAATGGAGTCATGAGTTTTTACGATAAAGATTTTGACTATTTTCTTTTTTTAAAAAGCTCATTTTTGTCATGTTGTGTTCCTCCTCATCAGGACACACCTTTTGAATAGGCATTACTGATTGTAGACTTAAACCTCATGTACACTGGGACATTAATCACTTGAGCTTACTGACTGCTTTTTACTTTTTAATTTTTACTGCCTGTGAGCTGAACCAATGTGCAAAATCATTCCCTGTCATGAGATGGTGCTTAATTAAAAACAGAAATACTCCAATACACAAGGTGGCACTGCACAACTTTACGTTTCTGACACTCGCTTGTTGTGTGAATGGCACTCTATACACTATGCACTTATGCACTTACACGCTCTACAGAAGAGTGTACTCTAATATTCTTTTACTAATGAAAAATTCTAATGTTTTCCTAGATGTTATTCGACAATTGCCAAATTAGTGAAATAAATGACCAAACTACCAAATAGTAGCTTACATGAGTATAATCACATTCACCATCAGGAGGCGGCATAATCACTTATGTGGGAGAATTTTGCTTTAACAATCCAAAATAAATAAAGTAATCAAAGTCAGTGCTCAATAGCTCCGCCCCTTCTGCTACTTGAGCAAAACTGCAGACGCATCATCAGTTTTTTCAGAAAACATATTTCTAAAGGTGCTGTTGACTTTTTCCCCAGATGTTGGTAACAACCAAAGAAATCCATGTATGCATAGAAAAAAAACGAATTAGTTTTCAAATGAAGTTATGCCAAGTAAAATGAAATGACATGGGGAAAAAGTGTTGAACACATGAAGAAAGGGAGGTGTAGAAAAGCAGTGAAAGCCCAGATAGCAGCTGAAATCTCTCAGTAGTTCTTCAGCCACCCTCTGCCCTTCCTCAGTGTAAACACCTACATTATCAAGATGATGAAGATGAAACCAGGGTGGACATTATAGCAAAACAATGATCAAAAACACAGCCAAAGAACTTGCCTTTTGAATCCTATTTGATCAGCAATTCTTGCGATCTCTGCTAGACTATTTTTTGAGCACCACCATGTCATGTTTTACTGTTGCTTCAGCAGCTCATGGCACGTGAGTAAAGCACCAATCTCGTTGGTTGGCAGCTTTTTAACATAGCACGTCAAACCAAAATACAAGTGTTTTTTATGCTTTTATGCATGCTGTTTTGCATGTTAGTGTGAACTCAGTAGCACCGTTTCTTTGTCATGTGGTGTTAAATGTTGGCGATAATTGCACATGATAATCTTCCCCTGGTTGGCACGAGCCTTCAGAAGTAAATGGCCACTCACTGGCTAGTAGTTTGCATATTAAATTAATTTGAAAAGTTTGAAAATGATTTTAAAAAAAAAGTTTGAGCATCCTACATAGACGGACACTGATGTGATTTAGGTTTAAAACAGATAAATGCTCAATACATGTCAAACAATCCATAATTGCATAATGATAACAGTATTACTGTTGTATAAAATGTAGTCTGTACATAACCACCTTACTTTAAAATGAGGATTCAGTCTCGAATCATCCCGTGTTTGTAAACAAATTTGCTATAAAAAGAACAAGAACAAAAGACCAATTTCATACTGAAGCAGTCTGAAACTTCATTCAAATTAAAAGATCAAGCAAATATTGTTTTTCCAGTACATGACCCCAAAAGCAGGGGGGGTGCTTGGGTGCAAAATTACTTTACAATATAATGACTACATTCTGCCATGAATATTCCTTTAAAAAAACAATCCAACTTTTATACAGTGACAAACACTCACAGTGCACACAAAAATATTGTGTAAACAGTGTTGTTTAGTAGTGTAGTTTTGCAAAGCTCAGGGTATTTTCCTCAATACTTAGTGTTTGTTCCACCCCTGTTGCAATTTTTTTAGCAGCTTTTTCTCAAGTTTTAGCATCATTCAAAGTACATTTTTGACTACTTATAAATGCATCATGATTATTAGTAGACTATGAGTAGACTACTCAAGTATGACTATTAGGCTGTTTTGCTGTTTTATATTTGTGTTTTTTTTTAAGATTTTTGGATGAATAGAAAGTTGCAAATATACTATTGATATCTAATAAATCTAAATGTAGAATTGTTGAAAAAAATACAACAACTGAAATAAAATCATACTGAGCCCAAACCTTTGAATGACCTATTAAATGTCAAATATTTTCTGATTGCCATTTTTATATGAATAACAGGGTAGTGCAGAAGGAAACTGTTTATTTTAAAAAGTGTATTTGTTACTTAGCATCTCTGTTCAGAAATTTTGAATTGTTTCTCAATCAATAATTTGATTGTCCTGACTTACGAACAAATTATTTGTTTGCCATTTTGCCATTTAGAGCAAGCGGCTTTTCAAAAAGAAAAAACAAAATTACTTTCTATTATAATGTCTAAATACTGTCATGGTATTTTAAGAAACAATCACACTTTTATACCACAACAAACACTCAGTGCACGCACAAATAATGTGTAAACAATGTTTTTAATAGTGTAGTTTTGCTAAGCTCAGGGTATTTTCCTCAATAATGTGCTTGATGTTTGTTCCCCCGCTATTGCGGAGCTTTTCTTGTTTCCCTAAGAGAGAGAAAAGGCGAGCAATAGCTGCAGAAATTCAGCTGGAGAGGTTAGGGAGGATGAGAAAGAGAATAGGTGATTCCTCTTGGATACTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTTTTATGTTTGAAGGAGGCAACGGCAGAGGGCTTGGGGGGGGGTGTAAAAGCAACTGACAAGACAGAGAGAGAGAATAGGAAGAGAGAGATTGGAGAGGGCAGCCTGCAACTCTGGCAGTTGCTGTGTGATTTGTGGGGTGTAGCGTGCGGCTCGGTGTCAGACCCAAAGACAGAGGGATGATGGATGACTTCATCTATACCTCTCTCTCTCTTAAAGTCTCTCCCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTGTCTCCTCAGTACTAACAGACTCCTGGCCAACTCCGTCCTGTCTGTACGTTTACACCGTGTCTTAACCTGGTGCGACAGGAAAAAGGCGACAAGCAATAAAAATGTCTTCCATGTAAATCTGAGTTGCTGCTAAACAGCTGTGACTGCAACAAGCACTGAGCGATTTTGTTTTTTCAGTAACTTGGTTTCTATTTCTGCTGCATTTCAGTGTCCTCAGATGACATATCACATCTCTAGACATCATTCGCCTAAGATTTAGCATTCATTTAGCTTTCAAAAGTTTAGGGTTTGCAAGTCTCAAAAAGGCAAAAGAAACACAGCATAAACTGTAATACTCAAATATTGTGACAATTTTGCGATACATTTTGGGGTGGCATGATGGCTCAGTGGTTAACACTGTTGCCTCACAACATTCTGGTTTGAGTCCCTGCCATACATGTCAACACTCCTGTTTTTCCTGGGATTGTCCTGTAATTTACAATTCTATCTCGTTATCATACAGTATTGGTATTTTCCCATAATTCTCCTGTATTTTCAATCTTTTCTATGAAAGGTGGCAATAAACATTAAAAGGCCGATCCTCCCTATATGCAACCCATACAGCCGAACCACTGGGGGTGACCTCTTAAATGCGATTCTATTCTGTGCTTTCATTTTATATATGCATGAAAACACTATGAAATAAATATAAAAATGGCAGGGTTCCCTTCTTTTCTATCACAGACACTGTTTTCCCTCCTATGCAATCCATCCTACACTTCCGAAACACTAGCTGGCAGTAGGTTTTTATGTTCCTCTGTGTCGAGTTTCTTCGCTGGTGTTTTGTTTTTTTCTGAAAGCTACCCTAACAAACAAGCAGCTAAAACTTGCTCATTCAGAGGCAGGAACCGGCGAACGTGCAACAACTTATCATAAGGTAAAGACAACTCAAGTTTCCATCTGAAGCTCCTTCATGGGACTTGACATTTGTAAACACTCACTCCAACAGAATAGAGCAGCTCTCAGCACCGCCCACACTGGTCACAGCTACCAAGCCCACCAATCACAGAGCTTGCGCTAAGCTAGCGCGTGAAGGCTGCGC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Seq C2 exon
CCCCGACGGAGCCGCTGCTGTGCAAGTTTGCAGACGGGGGACAGAAGAAGAGGCAGAGTCAGAGCAAGTACCCTCAGAATGGACGACCGTGGCCCCGGGAAGGAGAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
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Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.137 A=NA C2=0.861
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0007617=RRM_1=PD(32.8=78.6)
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Chicken
(galGal3)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]