HsaINT1028998 @ hg38
Intron Retention
Gene
ENSG00000153250 | RBMS1
Description
RNA binding motif single stranded interacting protein 1 [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:9907]
Coordinates
chr2:160286969-160300730:-
Coord C1 exon
chr2:160300651-160300730
Coord A exon
chr2:160287085-160300650
Coord C2 exon
chr2:160286969-160287084
Length
13566 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CTGGTATGT
5' ss Score
8.14
3' ss Seq
ATTTTTCTCTGTTTACTTAGCCC
3' ss Score
6.2
Exon sequences
Seq C1 exon
GATGGAATCAACAGAAAAATGTGAAGCTGTTATTGGTCATTTTAATGGAAAATTTATTAAGACACCACCAGGAGTTTCTG
Seq A exon
GTATGTTGTTTGTCTGAAACTTCATCAGTAGTCTTCTATATGATGTATGTTTAACTTTAGCACATGATGACTCTTCAATAGAACAAAAACCCCTCATTTCACTCTTTAAGATGCATTTTGTTGGATTTAGAAATAAGACTTAAAAATTCACCTCTCCCTAGGCATAGGCATTGGATGTTTAAATGTTAATGGAAGCAGTGGTAAGGAGCTGACTTGTAAAGCATTGTGCAATTCACTCCTCTTTTGATGCAGCAGCCAGCTTCTGAACCACCTTATCACCATCCTCAGTGAACCTCCCTTCATTTGATCATATCCGTTGAGCACTGTGGTACCTTTCTATCCCAGCAGTGCCTAGACCTCAGTTCCTATGGCCTTTATGTCCACTCCACTTTAGCCACTTTCTCCCATGGTTTTACATTGTGTTGTCATTACCAAGAACACCACACTTCATGGGTTTTTCATTCCAATGTCACACTTACTCTAACTCCCACAAACCCTGATCTGAAATACAAAGGGATCCTTCTCTTTTCACTGTTTATTCATCCTCCTTTACCTGTTTCTCTTTCCTACTAAGTCTGGTCTCCATTTTTGAGTGTTAAAATCATTTCTTAAGTGGCATTCTCCTTTTTCTTGCACCCCATCCCTTGTTCACACTGTCATGACAGAATGCTGAACCTGAATTAATCCTGCTGTAATTCACGCACACCACTCCTGTTATATCCATGCAGCCAAAGATTGGCACTACCACAAATTAAATGTCTTCAGCTTAATCAATTGCTCAGCACCACCAGTCCTCACTCAGCTTCCTTACCCTTCCCTAGCAGCAGTTCTCAATTTCCCCAGCCTGCTCAGTCCCCTACCTAACCCCCTCCCTAATCTCAAGTGGATGACTTCACTTCCTACTTGATGAATAAAATTGAAATCACCAGCTAGAAGCTCCGTCAGCTTCCTGCTCTCTCCCAGCAAGGGGACCTACACCCACATCCAGTCTTATCAGTCCCCTTTCTTAAAGTCTCATGTACAAGGGTTTCGAAGCTGTCCTTGAGGTGCCGTCTCATTGAGACATTGCTCTGCCAGTCATTGCCTTGCTCTCCTATAATTTCAGTCTCTGTCTTTTGCTTTTGTTCATTTTTTTTTTCAGCAAAGCCGAGAAATTTGATTTTCAGTTACTAAAATAGATATCTAGCAAGACTAATTGGTGACGAAATGGGGGGAAACGTGCAAACAAGTAACACTAGGAACAAAACTTGTGAACATAACTACAATAGACATTTTTTAAATCACAGGATTCAGTGAACAAAAACTATGAATTACTTCATGCCAAAAATATTCAAGAAGATAGCCATTTGTGTTTGAAATCATTTAAGTCTTTACAATCTAGAAACTAAACTAAGCACTCTGGTTCCTTACAGCACCTTCTCATGTCAACATTTAAAAGTGTAGTCTTCACTTCCTTACTTCCCATTTATGCATCACTCTCTCCAATCTGACATTCCCTGGTGTGTGGTTGAAATTCCTCTTGGTAAATGCGCAATATTAGTTAGCTAGACAGCCATAACAAAGTACCACAAGCTGAGTGGCTTAAACAATAGAAATTTAGTGTCTCAGGGTTCTGGAGGCCAGAAGTCCAAGATCAAGATGTCAGCAGGGTTGGTTCCTTCTACCCAGACACCCAAGCCAGGCTATGAGGGATCTGTTTCAGGCTTCTCTCCTTGGCTTGTAGATGGCTGTCTTCTCCCCGAATCTCCTCACAGCACCTTCCCTCTTTGTGTATCTGTCTCTGTGCCCAGATTTCCCTTTCTTAGGAAGACCGCAGCCATATTGGATGAAGGCCTACCCCCTCGCCATGATCTTACTTTAACTTTGATGACCTTGTCTCTAAGTAAGATCACATTCTGAGGGCTGGGTGTTAGGACCCCACACAGTTCAACCTGTAACTCTTAATTCCTGATTACCCCATCTGGAGAATTTCCCCTCTTTTTATCCTGTGTCTGTCTGCTGTATGTATTTGGGACTGCTGGCCCCTCACTCATCCATGAAGTGCGTCCTCCCTTGACTACTTTTGCACCTGTCTCCGTTTTCTTCCCATCTTGTGTTAATCCTTTCTCTTTTGTAAACTTATTTCTTCTATCTGCTTTTAATTGTTAGTGTTGCCTTGAATTCCATTTTTTGGCTCAGGATTCTGATAATTTCATCTACTCTCAAGGTTTTAACTACTACTTATATTCATAGTCATTGACTCTCATTCATCTCTCATCCTGGCTGTTCCCCAGAGTTTCAGACTGCCTGACCTCAGTTACCTTATATTCATCCTCTCCAGAACTACACTAGTCCCCCTTACCTCACTTCCCATCTAATTCTGCTCTTCCTCCTGTTTTCCTGCTCTCAGTTAGTGGAACCAGTATCTACCCAGACTCCCAAGCTAGAAACCCAGGACTGGACTCCCCTACCTCCCCTGTGCTTTGTATCTCACATACAAATAATCATTCAAGTCCCCAAATTTTTCTTTCTGATTATTTCTAGAATCTACCTTCTCCCTCCCTTTCTTCTGCCACTGCCTAGTTTAATTTCTGATCATCTCTCATCTGCACCATTGCATCAGCCCTATTTCTTCTTACCTCTCTAAGGTATTCTCCCTGACTGTAGCCAGAGAGACTTAGATAAAATATATACCTATGTGTCACTTTATTGTTAAAAATCGACCCCCTCTCAGTTAGAAGGAAAGATTGAGGATTCCTGGAATGGCATGGAAAGCCAAAGGTGACAGGAGCCCTTGCCTACTTCTGCAGTCCTGTCTCCCTCCATCCTCTGCCTTCCTGCTTATCCTCCTCCAACATTGAACTACAAATGGTATTCCCAACACAGCGTGCTGCATCATTTTTCTTGGCTTTCTCTCATGGTTTCCAATGACCCAGATCCCTTTGGTTCCCTTTAGCCTGGCTGTCTCTTCCTCAGCTTTCAAGACTGTGTTCAGGGCTTGCCTTCTCCCTGCAAGGACCTCCTCTGACCCAGTTGGGTTATGCTGTGTCTGCAGATCATCACCTTGAGGACACCTCCGTGTGTGCTGTGGCACTTAACATGTTTACATGTGTCAGTCCCACTAAACTAGAAGCTCCTTGAAAGTAGAAACTGTATCTTCAGCTTTTTATTTTCATGCCCACCACAACTTTTGAGCCATACTATGCAACAACAAATATTTGGTGGTTTTGAATAAATTTTACTACACTGTAACACCAGGCCAATACCATGTTCTTAACAAGCTACCATGTGGGGGGAAATTGAAATGTCTTCTGATCTGATTTGCAGCCAGCCACTAGCATGCCACCTGCCAGAAAGGAGAAAGTTTCAAAATTTAGAAACCACATCACCTTGCTTTGAGGGGGAGGTAATGAAATTGTTAAAATGGGGAAAAAGAAAAAAAGCCACATACACCCTCCTCCATCTTTCTCCCCTGTAATTTTAGTCATCTTATGTTTAGCTGGCATAATGCATCTGTAATTCTACTTCCCAATCTGTATCCCAGATCAGCAAGTCTTCTTTGAGCCTTAGGTCCATGTCAGCTAAAAGTCCTACTTTCCAGCTTCTGCCCAAGCATGCCCAAGGGTTAAAGTTGAGGTTTCACTTAGTGTTGGGTACAGGTCTGGAGAGGGAGCCTTTAACTGCTACCCTGGCCACCTGTTTGTTGGAGTGTCAAGTGGGTTCACCATATCAAGAAGATTTATCCCAAATACTCAGGCTGGGAGAGCAGACACTGGTGCTCATATCTGAATGGGGGAGGAGTCTCTAAAGTGAGCAACTGCCACAGAATCCACAAGAATTAGAACAGAGTGCCCCATTTGCCAAAACACAGATTTTTGCCACTTTTTCTATGCAAAAATATGTACACACTGAAGTTAATAGATTCAGTGAATTGAACCTTATTAAATAACATAAAAAAACAGGTCAGGCCCAATCTTGAAAGCAAGCACAGAGGCAATATAGAATATTTATCCCAGTTTTTCACATGAGACACAGCCAAGAAACATTGAGGTGTTTTGAAGTTAGATTCATTCCAGCCAGAAGTCATGGAAGAGAGCAGTTTCTCCAAGGCTGTGCACGTATAACTAGTGTTTAGTATTTATTCCGCCGTAGCTCCACTGTTTTATCTTTAGCTAGATGACTGATGTTTACCATTAGAAATTCACTTTAATTTTCTGTATTCAGTTGCTTTTCATTTCATAGAGAAACTAATTTGTATGTGCAGTTCCACAGGCTACACCTGATCTTGTAATACTAAAACCTGAGAGCACACTGCATCTGTGACTGTATCTGAAGTTGAACTGCTTACATACACAAATTTGGAGCATAAAATATAAAACCTGGAAGTAATTATTTCAAGAAACTCAATCTAGTGGAAGAGATTCCTTTTTTTGTTTTTTAAGTTAGTATTGTTTTCCCATCAACATCAGTAGAGTTGAAAAAAAATGGAAAGAGAAAATAATGTTTTTAACTTCTGCCCAAGTAAAGACAAAGGAGAAATTTTGTACGTGGGAGTCTTCTGTAAACCCTACCCTGTCAGCCTCCGGCATTGAGCACCTGTGCCCAGCTGGCGTTTTCTTGCTCCTACGGTGTCAGCCTTTGCACGAGCAGGGCCCCACACATTAGTCCCTTTGAAGGGACTATTCCACCTACTTGTGACCACCTATTCATCCACCTACTTGTGACCTCTTTGCTTTTTTAACTCATTCTTGTGTGCAACAAGGAAAGTTTGAGAAGGAAAAACATCTAGGACACTTTTGTTTTGATGGTGTATCAGTCTAAGATAAGATCTTCCCTGTTGAAGGAATGGTTTGCTAAATTAATAACAACAAAAGCTCTTCAGTTCCTTGAATACAGTAGATCTCAGGGTGTCACAGATCAAGGTTAGACAGTCTCTTTTTTTCTCTAAAGAACTTCGTGGTTTTGTCATTGGTGTTTTCTTTGAAGGGGGTTTGCAGACTATTGGTCACATCCATTCAAGG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Seq C2 exon
CCCCCACAGAACCTTTATTGTGTAAGTTTGCTGATGGAGGACAGAAAAAGAGACAGAACCCAAACAAATACATCCCTAATGGAAGACCATGGCATAGAGAAGGAGAGGTGAGACTT
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000153250:ENST00000348849:6
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.071 A=NA C2=0.623
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0007617=RRM_1=PD(32.8=78.6)
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Autistic and control brains