GgaINT0046218 @ galGal3
Intron Retention
Gene
ENSGALG00000011132 | O73664_CHICK
Description
NA
Coordinates
chr7:23334608-23342776:+
Coord C1 exon
chr7:23334608-23334687
Coord A exon
chr7:23334688-23342669
Coord C2 exon
chr7:23342670-23342776
Length
7982 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CTGGTATGT
5' ss Score
8.14
3' ss Seq
TACTCTTTCTTCTTCCTCAGTTC
3' ss Score
9.38
Exon sequences
Seq C1 exon
GATGGAATCAACAGAAAAATGTGAAGCAGTGATTGCTCATTTTAACGGAAAATTCATAAAGACACCAGCAGGAGTTTCTG
Seq A exon
GTATGTTGCATGTATTTCTAACGAGATGAATGGATGGGTTACTGCTTACATAGTGGGATCCTGTTAGACTGATTGTTGTATCTGGCTTCTCATTCAGAGGCAGCCTTATGAAAATTAAACTGTTTCTTGTTGGATGACTGTAATAGTTGCTCAATTGTAATATGGTTTATCACTTCCCTACTCTAAGTCTTTTCTAGGAATCTGTTCTCGTAGCAGGTAGATGACCAGCTAAGATACCTTAGGCCGGTTACGCATGAATTATACCCCACATAATTCCAGCCGAAGTCAGGAAACAAGGATGTGTTGTATGTGCATCAGAACTGAATTTGGCTGATTTTTCCCTGAACAATTTATCTTTGTAAAGAGGTGAAAAATGGACAGCTTTTGCCATCTGTTGATGATTTTTTCTAAACTAAGTGTGAAAAAAAGATTTGATTAAAAAAAGTTAAATTCTGTAGCAGTGCCTTTATGCCAGGCGTTTTCTCTCAACTCAAAGCAGGCTTTGAGGTTCTTCAGGAAGGTAAAAGGAGGTAAACAAAGATAATTCTAGAAATATTGTGCAATGCAAAATGCAGAGATGCTGCAGTTCTTTTGTCGCATCAAGTTCCCCAGTGTGCCATCAGTGTGCCAGTGTTTTGTCAGCATTGTTTCTAAAATAGTAAACTTAGCATTCCATTAGCTCAAAAATGAGGGAAGGAAATTCAGAGCAGCAGAGTAAAACAAAAAGAAATCAGGATAACATCGGAGAAAAGAATGCATGCCTGACATTCCAGCGTGCTTTTGGTAGCCATTTTATTGAGGGTCCCAAGTGGGAATTTTACAAATTACATAGTTGACGTGGTTACTGAACCACCTTTATGCCACTGGTGGAATGCTTGCCAGAGCCCGACCTTGGCACAGAGGAAGAGGGAAGCAGCCATCAGCAGGCAGCAAAGAATGCAGCTTGCTCAGTAAGGCTGCATACATGTCTCATCCCTAAAAGATTACTCCAGTTTGAGGCAGTCTGTGCTGCGGTAGGGATGGCAGGCTACTTCAGAGCACAGGAAACCACTCCCTTCACCAGCGCTAATCTAATGCAGGGCTTTGACTTTGCTGGCTTTTGCAGACCCTCTGCACTGGGATTGATTGTCAAGGCTACAATTATTTTGTTGAAACTTTGTTACGTGTAGGAGCTTTAACATTTATTTTTCTATTTCATATATTCGGCGATCTGGTTTATGAGATGGAAAATCCCTCTAGGGGTAAGGAGATAATGGGGTGATTTTCTCTGAACGTTGACTGTGCTCTGATCCACCCTCCGTGATTAGTTTTACAGCGCTGCTATTGCTTGGACATAATTAAGAGTAAAATGTACAGAAAAACCAAGAGTTCAAATTAACATATAGGGAATTCTATTCAATTAGAGCTAGTAAAAAGCTGTAATAGAACCTCCTATTAGTGTTTTTAGTGTTTATTCTCACTTGCATTGTGCTGTTCTCAGTGAGTGAGCCATTGAGTGTATCACGCTTACCATAGTCTCAGTTAAGTGAAATGAGTCACGTGCGCCCTGGTGCTGAATAACTTTACAAATGACTAGATGAACATTCAAACCAAGATCCCCGATGCTGTTGTATATGCTGTAGCCTTGGCTGTATTTAGCTGTACTTTTCCATGCTGGTGCTGTGAAGTTTTGTTGCTCCATGGGATGATTTTTACAGAGTTCCATTTCTTCCTGGATGTCCTCACCACGTAGCAGGCGTGTGCCCAATAATGCAGGCTTATGGGAAGCTGCAGCTTGACAATGCCCTGCGTCCTGCCAAAAAGTGAGGCAGAGCCGCAGGGCAGCTGTGGTTTTAGGCTACCTGCACACAGAGAGGAGGATGCAGCAGGGAAAGCTCTTGCATAAACAAAGATTAGGAAAATGTTTCAAAATGGATTAGCATCTTTTGGGGTTACAGAGCAGCAAGTTCAAGTACATAGAAAATAAAACCATGGAACTGGAACTATGTTTAAATTAAAACACTGTGTCCTCGAAACTTGGCTAAAATCAGCAAAGGGAGCTGGCTATAAAAACACTGTTATCAGGACGAGGAGGGTAGGAGAGAAGGGCCTGTAATGAAATAGGTGTGGGAGGAAGAACATCTGTTTAACAAAAACATGCTTTCATAATGCATCTTTGTTGTTTTAACTAAGTTTGGGCTTAAGTAGTGGAATGGGTTAAACATGGTTATAAGAAGCATAGGAAGACAGAACAGAAATTCTTTTGTGAGTCTGAGAGGGCCAAGGGTAGCACAGGGGGTTCTCAAATGTGCCGACTGTGGAACTTCTGAGTGACAGAATGCCTCACACTGAGCACTGATGATGTGAATCAGCAACAAGCTGCTCAGACTTTATTTCCCTAGTCCATAGTAGCTTAATGAAATATATTCAATATTTAGTGTGTCCTTGTTTGTCTTCTGTCAGGAAGTAGAAGGTTTTGCTCAGAGAGCAATTTCAAATGCACTGCAAGTTGATATGATCCTAAAACTCCTAGAAATGGTGCATTCGTTTCACTGCTTGCTCTCATCTACTGATTGTACTTTCATTAGGCAAGTCATTGCAATACTTTTTTCTGTTTTGTGGATTGTTAACATCTAGTCCAATTCTCTCAGAGCTTTGACTTTTGTATTTCATACCCTTCTGAACTGAACATTTATGCTATTGCTATAGTCATGAAAAGTACTTTTTAGCATTTAGTTCTACTCTTCTCTGTAAAGAATTACTGATTTCAGTGAGTTATTTAAAGGTTTTTTTTTTTTTTTTTCTATGAAACATAAACCTTGTGAGGTACATGGGAGGAAAGAAAGATTAAACCCTCATATGGAGCCAGAACACAGAAGAAGAGTAGTGAGGACAGATATAGCATACTTCTAGCATCCTTCCTTTAAAAAACGTATTTAATATTTGCTATCTTTGTGCTTTGTGCTGGATCTATAACAGTTGCAGAAATGATCTGCTGGGCAAAATCATGAAAGGCATCTCCTCCCTACTGCGGGAGCGTGTAGCTGCATGATGATACATGAGAATAATTATATAAATAATTACATAAAGCAGTTATTCTGTAGAATACATAAGGACACACCAAGGTATGTAAGTCTGATTGTATTCATCTTTCTTAACTTTTTTTTTTTTATTATAAGGTGAAGAGTTACAAGAGCTTTCCACCTCTTGAATTATTTTGTGGCTCTTTTACTGAAAAGAGCTTTTTTGTTGTTTTGCTTATGTGCATTTTTTTCAGTGGAAAAAGGCAGAGAGCATTCTTGCTAAACAGCCCATAGTATTTTTGCTTTTGCTCCAGACATGATGGGTGACAGCGATGACCCAGATGTCATAGCTTATCCTTGTCTCACCCTCCCCTTCCCTTTTGCAGCAGGCACTGATCACTTGGACTTTGTTTCAGGGAGAAAACTGGGGGCAGGTGTGAGAGCCCTGCTCCTGCCACATTCTTAACATTGGCCAGGGAGAAGTGTACCACATGTGGCAGACACCGTTTGAAATGCTTCTAGTCTTGATTACCTGTCTAGTGCAGGAGAGGAAGGAAAATGGACTGCTGAAATTATCTTATTTGCTTACCCTTTAGAAGTATCCAGAAATCTATTGTTGTAGAAATCTATAAAGAGACTTCAGCCATTTCACCATAAACTCACCTTTTTTTAGTCATATTTCACAGACCCTTTAGAAATAATCCACAATCCACTGTCTGAAAACCATGGCCAAAGGGTATCAAAAGGTCACTGTTCTGGTGTAACTCCTGATTGTCAAACTGAAGGCATCAGAGCCAAGATTTTACCCATTAGATCAAAGATTAGGAGCTTTTCCTGTTCTAGTTCTCATAGTTTGTAATTGCTCCTTAGTTTGAAGGATCACCATTGGAAATGAAAAGAAAAATACTTATTAAACTACTCAAAATATCAAAATGTTACTCTTGTGACAGATTAGTAAATCCTGTGTAAATTATTAAAGAAATGTAACCCTGAATGCTGTGTATAAATGAAGATTAGGATGGTGTGAGGAATATGTATTTTGTTTCTCTTGAAACCTACGAAGCTCCTGATATTTGATATCTTGGATTGCACAACTTATTTTTTAATTCCCACTGCTTTTGGCAGAAGTTTCTAGCTGTACAGGCTTGCCATATCATTAAAGTGATGTTTTAATGTTAAGATTCATTAATCTCATATGCTTTGTCACTAGCAAATATGTAATGAAAGTCTTTAAAAGGTGTAGTTTAACAGAAGACTGATTACAAGAATAGTATTTTAAAACCTGTGTTACATTTTTGAATATCTGAAAGCAGATCTTACTGAAATGTTGTCAAATTAGCCATGTAAAGTCAAGAGTGCAACCATGAAGCCCGATCGTATCACTTGATGTGATCAGTGTAGACATTGAGCAGATGAAGGTTGAATTCTAACGTACACATGTGCACAACGTGAATGGCAGGGAAGTATTTTCTCTCTACACTAACATTTTATTCACTCCTTCCTTCTGTTAAGATATTGGTCCTGAAAGGGGGACGATTCAGGGCAGGGGGAGCTGCCCAGCTCTTCCCACAGCCAGGCTTCAATGCACTGAAAAGTGTGTGTTTGTAGACTGTCTCTGTGGCAGTAGCTCATCATCTCCATCCCACCTAGATGTCTGCTGGTTTTCATTAAGCATCAGCAGAGTGGGCATTTTCCATATCTTAGCTGGAGATGCATAAATCCACTGTAAGTCATAGCCTTTTAAATCAACCATCTCTTAGCTGTGAATGCAACTCTGAATATTTATGCTGTGCCTCTCTGTCTTGCATATACAGACAAATCACCGAGTGATTAACAGTTCCCTTCATCTGGGCCTGCAAACTTCCCAACAATTAAACAATAAGAATGACTCTCCCTTCCTTCCTGGATCACAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAGATTGCCTGCCTGGTCTGTAGGGCTTGCTGCAGCTTTTTCTTGTGTATATGTAATATATTCA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Seq C2 exon
TTCCTGCAGAACCTTTATTGTGCAAGTTTGCTGATGGAGGACAGAAAAAGAGACAGAATCAGAATAAATACATACAGAATGGAAGAGCATGGCACAGAGAAGGCGAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSGALG00000011132:ENSGALT00000033119:6
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.442
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0007617=RRM_1=PD(31.8=75.0),PF072716=Cytadhesin_P30=FE(16.6=100)
A:
NA
C2:
PF072716=Cytadhesin_P30=FE(23.3=100)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Human
(hg19)
No conservation detected
Zebrafish
(danRer10)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
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GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]