DreINT0130782 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000058102 | sardh
Description
sarcosine dehydrogenase [Source:ZFIN;Acc:ZDB-GENE-040426-996]
Coordinates
chr10:10458947-10474592:+
Coord C1 exon
chr10:10458947-10459051
Coord A exon
chr10:10459052-10474462
Coord C2 exon
chr10:10474463-10474592
Length
15411 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
GATGTGAGT
5' ss Score
7.77
3' ss Seq
TATTTTTCTGTGATCTGCAGGTT
3' ss Score
9.68
Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq C2 exon
GTTTCTGATAAATTTGCCTTCAGCTTGTTTGATCTGGACTGGGATGTTTTTATGCAGCACATTGATGGCGCCGTCAATAGAGTTCCTGCTCTGGAGCAAACTGGAATCAAATCCACTGTCTGCGGTCCAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000058102:ENSDART00000080904:7
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.006
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0126619=DAO=FE(9.4=100)
A:
NA
C2:
PF0126619=DAO=FE(11.9=100)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]