DreINT0130978 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000059460 | sbf2
Description
SET binding factor 2 [Source:ZFIN;Acc:ZDB-GENE-030911-10]
Coordinates
chr7:66890248-66893864:+
Coord C1 exon
chr7:66890248-66890449
Coord A exon
chr7:66890450-66893667
Coord C2 exon
chr7:66893668-66893864
Length
3218 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGCAAGA
5' ss Score
3.01
3' ss Seq
GAATGGTGTGTTTTTTGCAGCTA
3' ss Score
7.69
Exon sequences
Seq C1 exon
TCTCAGATGACGGAGAGCCTCCCTCCAGCAACACACTAAAGGCCTCAGAGAAGTCCACTATGGAGCAGTTGGTAGAGCGAGCCTGTTTTCGGGACTATCAGAGGTTGGGTCTGGGTACCATCAGTGCTAATTCCACACGGTTGAAGAGTGGAGAGCAGTTTCGCGTTACAGCAGTCAACAGACTGTATTCACTGTGTCGCAG
Seq A exon
GCAAGAAAAAGCACAACACTGAGACTTGGTGAAAAAGCTTAGTGAGCATCCCTGCAGTGTATTTTCGATATAAACAGCAAATATGCAAACCGCAGAATAAGTGCTCTTCACTCAGCTGACACTAAGTGGTCTGGATTTGGCACATGTGTTTGAGCTAACCACACAATAATGAAAATGGTTTTAGATTTTTATCAGTACTGTTTATAATAGAAGTTTCAGTCAGGATCACTTTCGTCAAATATATACAGTTGAAGTCAGAATTTTTAGCACCCCCTCGTTTATATTTTCCCTGATTTCTGTTTAAAAAGAAGATTTTTCATACTTTGCAATCAACAGTGTAGAATAAAATGTCACTCGAATGTCAATTGAAGTGAAATGGCAAAAAAATATAGACACAAACTGATGGCTTTACTAGCTATAGGCGTACAGCAGAATGAAATGGCCAAACTAATTTAGACATTAATGCAAGATATCCGCACTTTGCTGAAGATTTTGGTATCAAACTGTTGACTTGAAACAGCATGTGTGTAATACAGGTCTCAGAGCAGATACAGGTGAGTAAAACACAAATACGCTCCAGCCAAAGAATGCTGGGAACAGGCTATTGTCAGACCACCTGCTCCCAGGGCCGGATTAAGAACACATTGGGCCCTGGAGCTACAGTATAGCAAATCCAAGGACCCCCCTTTTATTTTTTTACCACACAAAAGTATATATATATATATATGTTATTATAATTATTGTTATTATTATTAGATAATATTAATTAGTAAAATCCACTTTTAGTAATTTCCACTTTTTGATTTACTTTTGATTATTATTATATATTTTTCTATTTTATTTAAATATATATAGTCATACAAGTATACAAAATGAAGTAATGACTAGGCACACACGGAATCTGCGCGCGCAGAATTCCGCAGAATTCCGCCGATTTCTGCAGATTTTTTAGCCCATCATTAATTCTGTTTATTTACTTGAGTAAATGTGTATATCTGAATTTATTCAGTTTTTATTCAGTAATTTATTACTTTTTATTTCATATATTAAGGTTTTAGTTATGATGCTCCGCTTGATACTCCCAAAATAATTCCGCAGAAATCCGCAGATTTTTACCAAAATTCTCAGCAGAAATAGCAAAAAACGTCCGCAGATACCATCTGGCCCTGGTAATGACATATGAACTTTAAAGTTTAAACGGGCTGCAAAACTCAGCTAAAAAAACTTCCTAAGTTTGTGCTGTAAAATAAATACTTTAAATAGGGGTTTACCTTTAAAAAGCTTCTTTAGAACTTTGGCTGACCATAAATCCCTAATGATATATCTTTAATATCCATGCCTCTATTATCCAAAATAGCTTATCATTATTTTATTTATTTATTTATTTATTTATTTATTTGTTTGTTTGTTTGTTTGTTTGTTTGTTTGTTTGTTTGTTTGTTTGTTTGTTGCATCAGATATATTATCTGATGAAAGTCAGCACCAATATTTCATTGCTCCATATTATTACTGTCATTTTCATAAAAGGGGCAAAGTAAACATTCATTATAAAATGTTTGGGTAACACTTTATAATTACACACTATGAATCATTTACTAAGCATTAGCATCTAGTGAGTTCATAATCTGTAAGGCATTAACTCCGCATTAATAAACGTTAGTAAGCAGTTTATAACTGCAGCTAAAAATGCTGTATTCTTGACTTATTAGCACCTATATAATATGCTTAATAATTGTACTTTCATACTTTGTTAATGATTTATTTTTCATTACTAAATTAAGTATTGCATTATTTACAAACCAGTTGTATTTAAGAGTAGTTGAGGGTTTTTGAATCATTCAGAATGAGTTAGTAAATAATTAATAAACTATTGAAATTTACATTTATATATCTTATCATTCAGTCATATACTAATAGTTAACAAATATGTTAATAAATGCTTTATTAACTCAACTCAGAATAGAGCAGTTGTAGCTGCAGTTATAAACTGCTTACTAACGTTTATTAATGTAGAGTTAATGCTTAACAGATAATGAATTCACTATGCTAATGCTTAATAAATTATTTATAGTGTGTAATTATAAAGTGTTACCGGAATACATCACATTATCGACTAGAATAAGCATAACACAAAGAGGCGTTTCCTGCGTCATAGCACAAATTAATTCTTCAGCCAATCAAAGGCCCCCTTCTTCCATGGGCTCTGGGGCTTCAGCCATACCTAGCCCTTATGTTAATCCTCGCCTGCTCCAATTCAAAGTACTTCAGATTTTGGAAATTATACCAAATACCAAACCTTTTATTTGGAAATATATGTCATTTTATCTAGAAATTGAAGTCCGTACTGCAAGAAGTCCCACTGGAAAGTCCCACTGAAGAGCCACTTGAATGCAGAGCTTCTACCTTACAGTATTCTCAAAGGAAATGTGATGCTGCTTCAGAATTTGGCAAAATCCAGGCGTACTAAAAGAAATTGTACTTGTATATTATTTTATAAAATAGCCATTGTGTTTGTGATGCCTGATGAAGTCGGCGTGAATTAAAATCTTTTTCTAAATGTAGGTTGTAAATCATCAATGGCTGTTTTTTCTTCGGCTAAAAACAACAGATATCTTAAAGGAATAAAAAACTAAAAATTGTCCTCATTTACTCACACTTGTTCCAAACACTTAAAAAATTTTTAGAGTAAGCTGGAAACCTGTAACCATTGCAGTTTTGTTTCCTACTATGGTAGTCAAAGGTTAATAGTATTTCAGCTTTCTTTAAAATATCTTATTTGGTGTTTAACAGAATAAAGAAGTTTATAAAGCTTTGGAACCACTTGAGGGCAAGTAAATAGTGAGTTTAAAGAATCAAATAGTACGAGTAAACAATACATTTCAATTTTGGGGTGAACTATGCTTTTAAGGGTTACATAAAGAACTTCTCCAATTGCTTACTTCAAGGGTGGCCAACCCTGTTTCACTTCTATTAAAGCTGACTTTTTTCATCAACAACCCATTAACATTCCACAATTGATTAACAGTATCAAGTCCTTGCCTTACTCTTCATTATTTTTAATAATATGTTTGAAAATATGGCCTCGATGTACTATCTACATTTTTGTAGGTTGCTCACTATCTATGTGTATCTCTAAAAAACAATGATCAAAGTTTCTGGAGCAGTTTCCATGCTATGACTTCTGATTCATAATCTTCTGAATGGTGTGTTTTTTGCAG
Seq C2 exon
CTATCCTGGTCTCCTGGTGATTCCTCACACTGTGCAAGACAGCAGTCTCCAGAAGGTGTCCCGCTGCTACCGGCACAACCGTCTGCCGGTCGTGTGTTGGAAACACCCTCGCACCAAAGCCGTTTTACTCCGTTCAGGAGGTTTCCATAGCAAGAGTGTGGTTGGCCTTTTCAAGTCTCAGAATCCTTCGTCAGCAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000059460:ENSDART00000082664:26
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.265 A=NA C2=0.045
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF066029=Myotub-related=PU(12.6=89.7)
A:
NA
C2:
PF066029=Myotub-related=FE(13.7=100)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]