MmuINT0139044 @ mm9
Intron Retention
Gene
ENSMUSG00000038371 | Sbf2
Description
SET binding factor 2 [Source:MGI Symbol;Acc:MGI:1921831]
Coordinates
chr7:117495107-117505752:-
Coord C1 exon
chr7:117505554-117505752
Coord A exon
chr7:117495304-117505553
Coord C2 exon
chr7:117495107-117495303
Length
10250 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
GAGGTAAGG
5' ss Score
10.28
3' ss Seq
TCCCTCTGCCATTCCTAAAGCTA
3' ss Score
5.75
Exon sequences
Seq C1 exon
TTTCAGATGATAGTGAACTTCCCACAAGTACAACCTTGAAGGCCTCAGAGAAGTCGACAATGGAACAGTTGGTGGAAAAAGCGTGTTTCAGAGATTATCAGCGGTTAGGTTTGGGAACCATAAGTGGCAACTCCTCTCGTTCAAAACCAGAGTATTTCCGAGTCACTGCCTCCAACAGGCTGTATTCGCTATGCCGGAG
Seq A exon
GTAAGGATCAGTGGGCTTCAGAAAGAGACCTTTCTTTATTTCCCATTTGAATTATTCCAGAAACATGATTCTGGAGCTATGTAAACTTAAGAGAGATGTTTTGTGCAATAGGAGATGGCATCCCGTTGGAGTCTCAGAACAGGTAGCTCACTGAAAAGTACCTCTGCCTGTCCTCTCTATAGGCCGTTTTCCTTATTCAGCTTTCATTGTGTAGTTTGTCTGTTTCCTGGCATGTGTGAAGATGAGCTAGAGTAAGAATAGCATTTGCCCAGACAGATGGAAGAGAAGAGTGTTTGCTGTAGGCCTGAGCTCCACAGGCAGTTCCCAGGGCCAAAGAGTAAAAATTTGCATGTGCTTAGCTCTGCCACCAAAGCAGCCATAGACTAAGGAGTGAGTAGGTTTGGCATGTCTTGGCATTAAGATATAGTTTGTGACTCAGACATAGACAGAGGCTCTTGGGTATTGTCTACTTAGAGTATTTTTCAAAGAAACAGGGAATGAAAATGAACACATCTTTTCTGTGTTCTCGGCACTTATTGCTGTTTTCCAGAATGGTAAGCTCTCTTTTATACTTTACTGCATATAAAAATATATTGTCTCTAAACCTACATTCCACCCTCCACAAGTTTAATACTTTGATTACAAGGTAGGTGATTTTATTTATATTTATAAATTTCTAATTTCATTAAGTAGTACTAAAAGTAATTTGTAAATGGCAAACCTTGTATATTTTAGAAAGTTGCCTTAATGCTACTATTAGTCTCAACTCTACTTATTGAAGAATTATAGGTACATTGTTTTAAATGGTAATAAAGTTTCCATGAATTTATAAAATGATTACATGATTTTGTAAACTTGAAAAACAAGTTGGGAATATATTTTGAGACTGTGGCCAAGGAAAATATTCGTATGAAAACTAAAAATTTAGAATCCTATTCAGAATATACTGTCATTTTTCTGGACTTTTCTGTCCCTCATACTAACTCCTCTGTGTAAATACGTACAAGTGCAATTGTAAGTTTAATGTCATGCTAAGGAAAATGTTCTATCAGAATTATGTTTGCTAGTGAGAGAATAGATGTCATCATTTATCATTCCAATCTTTCTGAAACAGTTAAATCTCTTTGTTAAAAGCTTATAACGATTGTCCTGGTTACCTTTTTGGTAATTAAAATATAATTACATAATTTCCCCCTTTTTTCCCCTCTTCCAACCCCTCCCATGCATCACCACCCCCTTTTCTCTCATTTAAATCAATAGCATGTATGTATGTATGTATGTATGTGTGTGCATGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTATAGCCTTCTCAGTCCATATAAATGTTACTTGTCTTAGTTGGGGTTTCTATTGCTGTGATGAAACACCATGACCAAGTTTGGGAGGAAATGGTTTATTTCATACATACTTCCCTGTCACAGTTCATCAAAAATAATGAGTATAGGAGCTCACACAGGGCAGAAACAGGGTCACAAGAACTGATGCAGAAGCCATGGATAGGTGCTGCTTACTGTCTTGCTTCCCAGGACTTGCTCAGACTGCTTCCATACAAACCCAGGACCACCAGCCCATGGATGGCACTACTCCCAATCTGGGCTCTCTTACAACAATCACAATTAAGAAAATGCCCTACAGGCTTGCCTACAGCCTGATCTTATGAAGACATTTTCTCAATTGAGATTTTTCTCCTCTGATGACTCTAGCTTGTATCAAGTTGTCATAAAACTAGCCTGTGTGTGTGTACACAACATATGTCTGTATGTTTTTGTGTATTATTTCAGGGCTAACCAATTGGTATTGGATAACCATTGTAGGGGCCCTTCCCTAAGTAAGACTATGTCTCCGTTCTCAACATTCTTGAGTTGCCTATAGTTTTTTATGTATGATTGAGGCCTGGTGGTCTTTCCCCACCCACTTTACATGTCTATTGTTGTCCTAATAGAGGACTGTTGGAACACTTCTTATTAGAAGGCATTTATGGTAGTGGATGAAAAGAATACATATCAACCAAACTACTAACAGGAAATACAGTAACAGTCTAGAAGGAGAAAAGAGGGGGAAGCATGTAAAGATTTAAGTTAATGTTCTGATATATTAATTAATGCTGGAAATTAATATGGTGGCAATTATTAATTGACCAGCTAATTCCCCAACTACTCACACTGAGACCTTTTAATATTTCAAAGCTTAGGCCTTAGCTGGGCAGACTCTCAACTAAAGCTCATCTAAGTTAACCGACCCACCTAGCCCCATCCAGCCACATGGTTAGCTATAACTTCCAGGCCTAGGGTCACATCTGTCTCCCCCATATCTCCTGTCAAAAACTTTTCTTTATTCCCAGAGTTCCTTTCTCCCTCCCAGGAAGTCCCGCCTTTGTCTCTCTACTGGCCAATCACAGGCTTTATCCTTTTATTGACCAATTAACTTGGAGGCAAGGTTTGCACAACAAAAGCTGGTATATGTAAGAATTTGCTTGTCTTGGAGCAACCAGGGGTACAGAATTTAACATTGGTATGCATAGCAGCATCAGTCCAAACCCACCAGAAGGAAGAAAAGTAAGACAGAAAATGCAGGTATGAGGTTGAAGACTTAAAAATCACACAAATAAGTAATTATAAATTGACTGAATCTCAATTAAAAAAAAATAGGGAGGCTCTCTTTTTTTTTTTTTTAAGTATTTTGTGGCTATTAAAGGACCTAATTGGGGGGCCTGGAGAGATAGCCGAGTTTGGTTAAGAGCATTGTGCTTGCAAACAAGAAGCCTGGTATGACTGTCCTCTGAAAGGCTATACCAGCAACTGACTGAGACAAATGCAGATACTTGCAACACCATTAGACTGAGGTCAGGGACACATATGGAAGAGTTAGAGGAAAGACTGAAGGAGCTGAAGGGGATGGCAACCCCATAGGAAGAACAACAGGGTCAACTAACCCAGACCCCTCAGAGCTCCCAGAGAGCTCTAAGCCAAAAACCAAGGAGTATACAAGGGCTGGTTTCTGGCCCCCGGTAGATGTGTAGTGGAGGAGGCCCTGTGTGGCCTCAGTGGGAGAGAATGCACCTAATCCTGTGGAAACTTGATGCCCCAGGGAAAAGGGTGATGGTGGTGGGTGGACTAGTGGGAGGGGGAGCACCCTCTCAGAGCTGGGGGGATGAAGAACTTGAAGAGAGGGGATCATTTCTGAGGATCAACTTTTAGAATATAAATAAATAAAATAATTTAATAAAAAAGGAATTAATTAATGTACAAAAATGCAAAAGATCTGGGCCTAAAAGGTTATAAAATATACCATATAAAACTTAAAACAAAACTATTGTCACTATAAAAATGTCACAGTAGACATTAAAGAAAAATTACTATGAAACAAAAATACTAAAAATAAAAAGCATCACTAATAATGAAGTCCAAGTAGAGTTACTACAGAATTAAGAGCTGCCTTCACACTTGACATTCAGTCGGAAAAAAAAAATTACCACATTGATAATTTAAAAGAAAAATATGTAATAAGTAAAATAAAAAGTATGTACTACATGGAAAAATATTTTAGATCAATATACATAATGATTTTTACTTTTAAAAATCTTTCAAAAACAGGAAATAGAAACTATTCTCTGTAGCTCCTGCTCTGGCCAGATCTTACAACTCTCTGAGGAGAAGTCATTTAATGCTAAAGTATTGAAAGTTTTTCTCTTTCAACTTCAGGGCAAGAATTCCCATCATCACTCCTGTATAGTGTAGTGCAAAAAACTAGATAAAATGGTAGGAAACCTGAAGGAACCTAGAGGTAAAATTTTAAAGTAAGTAAGTAAATTTGGTAAGTGATATAAATTGGTGATGCAATAACTAGTCAGATGACAATCAAAACCAAACTTTTACAAAAAGAATTTTTTAATGATGATATTTAGCTAATGCCAGTTCTATAAACAATGACATTAAGAAATGCTCACTACTTCAGAGAAAATATAATGGAAGATGTTCAGCACTACACTATGAAACATTCAAACTATTAAGATCATTAAAAGTTCAAATAAATTGATATTTCAAGTTCTTAGATACTCCATATTCTAATATATGCAGTTCCTCCAGGAGTTGACCTGTAGATACATTGAAGCCTCAGTGTAAAGCCCACCAATGAAGACTGAGAAAGTGCTTATAAGACTTTAAACATAGCAATACAGAAGACCAAGAGTAGTCCAAGTAGACTTACAGAAAAATACAACAAGCTATAACGGTTTTATGTAACAGAAGTAAGTAACCATGGAGAGAGACTCAAGGATGGACTAAGCATGTACTGTCCTTGCAGAGGACATAAGTTTGGTTCCTATAACCCATGTTGCAAGAATTCACAGCATCATATAACTCTAGCACCAGGGATCTGATGCCCTCTTGTACACCATGGACACCTGCACTCATACACAGACCTATACAGACACATGATTTAAAACATACCACAAAATGTGGTACATCTACACAATGGAGTACTACTCAGCTATTAAAAAGAATGAATTTATGAAATTCCTAGCCAAATGGATGGACCTGGAGGGCATCATCCTGAGTGAGGTAACACATTCACAAAGGAACTCACACAATATGTACTCACTGATAAGTGGATACTAGCCCCAAACCTAGGATACCCAAGATATAAGATACAATTTGCTAAACACATGAAACTCAAGAAGAATGAAGACTGAAGTGTGGACACTATGCCCCTCCTTAGAATTGGGAACAAAACACCCATGGAAGGAGTTACAGAGACAAAGTTTGGAGCTGAGAGGAAAGGATGGACCATGTAGAGACTGCCATATCCAGGGATCCACCCCATAGTCAGCATCCAAACGCTGACACCATTGCATACACTAGCAAGATTTTATCGAAAGGACCCAGATGTAGCTGTCTCTTGTGAGACTATGCCAGGGCCTAGCAAACACAGAAGTGGATGCCCACAGTCAGCTATTGGATGGATCACAGGGCTCCCAATGGAGGAGCTAGAGAAAGTACCCAAAGAGCTAAAGGGATCTGCAACCCTATAGGTGGAACAACATTATGAACTAACCAGTACCCCGGAGCTCTTGACTCTAGCTGCATATGTATCAAAAGATGGCCTAGTCGGCCATCACTGGAAAGAGAGGCCCATTGGACACGCAAACTTTATATGCCCCAGTACAGGGGAACGCCAGGGCCAAAAAGGGGGAGTGGGTGGGTAGGGGAGTGGGGGTGGATGGGTATGGGGGACTTTTGGTATAGCATTGGAAATGTAAATGAGCTAAATACCTAATAAAAATGGAAAAAAAAACATACCACAGAGAGAGATTAAGATAGTCTTGAAGTAGTGCAAGCAAACTAAGGAAAAAAAGAAACATTGTATCAGCCTAGAACATGGACATTGGTTTTAGAGAAAAGCAGTGGATGGAAGTTTTTTTGTATTTTTTAATAAATAGTCCTGAAGATACATATATATGAGGAAAATTAATCTTGACTCCTAGCTTATACATAAAAATCTCAATTCTCATTGATTTATAGACGTACATATAAAATGTTTTTAAAGTAAAGCTTCTATAAAAATTAGAGAATGGCCAGGTGATGGTGACACACACCTTTAATATCAGAAGGCAGAGGCAGACAGAACTCTTGAGTTTGAGGCCAGCCTGGTCTACAGAACAAATTCTAGGAGAGCCAGGCTACACAGAGAAACCCTGTCTTGAAAATACTGATACATATATTTTTTCAAGAACTTGAGATAGATTCCTTGAGACAGGGTTACCCACCCTGTAAAACAAAAAATAACCCCTCCACATTAGGGCATTAGGGCATTAAGAGAGCAAAACAGAGCACTTTTTTGAGGCACTGTTCACACCTATAATGACAGCACTCTAGATGCTGAAACAGGACAATCTCTAAAATTCAAGGACTACATGGACTACAGTGAGAACATGTCTCAAAAACAAAAGGAAGAAAGAAGAGAGGAAGGAAGGAAGGATAAGGTGAAGTTAAAATGATAGCAAGAGAATTTAATAATAAATTTTTCATAAGAAAATGATTATTTAGGGAGGAAAAAAATAAACACAAAATCATCCATTCAATTGTCTACATCCTTTTGGGTCCCAAATAACTGCAGGGTGTTTCTTTTTTTTTTAATTTCTGGGTTTTTTTTATTAGATATGTTCTTTATTTACATTTCCTAGTTTCCCCTCTGAAAACCCCCTATCCCCTCCCCCTCTCCCCCTGCTCACCAACTCACCCATTCCTGCTTCCTGGCCCTGGCATTCCCCTATACTGGGGCAAAGAACCTTCACAGGACCAAGGGCCACTCCTTTCTTTGATGACTGTAGGCCGTCCTCTGCTACATATGCAGCTAGAACCATGAGTCCCACCATGTGTTTTCTTTGGTTAGTGGTTTAGTCCCAGGGAGCTCTGGAGATACTGGTTAGTTTTTATTGTTCCTCCCGTGGGGCTGCAAACCCCTCCAACTCCTTGGGTACTTTCTCTGGCTCCTTCATTGGGGACCCTGTGCTCTGTCCAATGGATGGCTGTTAGCATCCACTTATGTATATGTCAGGCACTGGCATAGCTTCTCAGGAGACAGCTATATCAGGCTCCTGTCAGCAAGCTCTTGTTGGCATCCACAATAGTGTCTGGTTTTGGTGGTCCATGTAACTTCTTCCATGGATATTTTGTTTCCCCTTCTAAGAAGGATGGAAGTATCCACACTTTGGTCTTCCTTCTTCTTGAGTTTCATGTGTTTTGCAAATTGTATGTTGGGTATTCTGAGATTCTGGGCTAATATCTACTTATCAGTGAGTGTATGTCATGTGTGTTCTTTTGTGATTGGGTTACCTCACTTAGGATGATATCCTCCAGATCCATCCATTTGACTAAGAATTTCATAAATTCATTGTTTTTAATAGCTGTATAGTACTCCATTGTGTAGATGTACCACATTTTCTGTATCCAATCCTCTGTTGAGGGACATCTGGGTTCTTTCCAGCTTCTGGCTATTATAAATAAGGCTGCTATGAACATAGTGGAGCATGTGTCCTTCTATGTACACTCTAGCCCATTTTAGCTCCTAGATAAAGAAAGGCACATAGATATCATATTTTTATTAACAAGCCACAAGCACTAATAGCTGGACAGATTCTGATCTATTCTAACCTGACTAGGCTGCTACTACCCAGTTAAATGCCCTCTTACTGGCTTCTGGTCTTGCCCTGTTCTCTCTGGTCCATGTGTGTCTTCATGGCTGCTTTCTCATTGACCTCTCATGGTGAATCCTCCTTGTGGGGTCTGGAAGTCATCTCACAAACCACTCAGACACCAATCTCAGTCAAATAGGGATGGTTTATTGAATGCCATACCCCAAGACTGATCTATCGGGCCACAGGACAGATTTGGGAGTTTGACTGTGACATTGAGTTAAGATTCTACAGGGCTTTTTAAGCCTGATATCTACAAACATCTGTGCCACATTATTCCACCAATCAGGATTTAGAGATAGGGGATTTCCTTAAGAACATGACTTTGTTGTACACTTACCCTGCTCCCATCGGTTGGGGGTTCAACTGTGGCAGGGGACTTGTCTAACTTTCATGTCTTGACTTGCCAACCAGATGTCAGTTACATATACATGGCTCTTTCTCTCAAGTGGGATGTTAGTTCTCAGGGAGGTCTTGGGAACTTAAACTTTATTCCACCCCTACTCAAAATGGAAGTCTTGTAAATAGATGCAGGTGTCTCTCTTATGTTGGGACCCATCCCAGCAGCAGCTTATAAAGCCAAATACCATAAAAGCTCACACACGGGTGCAGGAAGTGCTTCTGGGTGGTTGATTTGGGCTCAAGCTTATTGTAGCTAACTAGAACAAAGCAGCTCTAACTGACTTCTGTAGTGATTGGTTTCCACACCAAAGCACAGAACATAACAGAATATGCAATCAACTTGAGCATGAAAAAGTTTCCTAGTAACAGCAGAAACAACATTGAGAGAGTCTCCTTATAACATTAGTAGCAGCACAAATGGCAGGGAAGCCGGGTAGCAGTTACCTAGGCCTTAACACTTTCCCTAGGCTTTAACTTTCCATCTGGGCCTTAACACTCCTGCCCTCTCCATTTGGTTTCTCCTTGTGTTCTTCTCTACCTCTAGGAACCCCCTGACTGGGATCAGAAGTCTCCCCCTATCACCTCTGCCCAGCTAACTGGCTGATTAGCTCTTTATTACCAATCATAACATAGAAACCAGAGATGCGTGACCATGTCAGCATCTGAGCTGCAACCAGTTGTCTGAATACACAGTGCACAAAACCATCCCCCAGTAATTCTGACCCCAAAAGAAGAAATAGAAATAGAAGTGTCTAGTAAATATATGAAAAATTGTTCATCTTTAGTCCTTACAAAAATGGGCCAAAGTGGGATTCAGCTCCAGAGGAGGCCCCCATGGCCTGACACTATTACTGAAGCTCCAAAAAGGGATCTATCATGACTGCCCTCCCAAAGACCCAGCAAGCAGCTGAAAGAATCAGATGCAGATATTCGCACCCAACCAATGGACAGAAGCAGCTGACCGCTGTTGTTGAATTAGGGAAGGCTGAAAGAAACTAAGGAGAAGGGTGATCCTGTAGGAGAACCCCCGGGATCTCTCAAACACTGGACCACCAAACAGGCAGCATACACCACCTGATATGAGGCCCCCAACACACATACAGTAGAGGAGTTCTGGGTCTGTGCTCATTCAGAGATGATGCACCTAGCCCTCAAGAGACTGGAGGGCCCAGAGAGTTTAGAGGTCAGGTGGGGTGAGCTGGGGAGGAGGTGTGAGATGTGGAGCAGTCGGAGGGTGAATGGGGAGCAGGGGGCAGGGAATGGAATATGGAGTGTAAAAAATAAATTAAAAATAAATAACATTTTTTAAAAGATATATGAAATTCCCTGAAAATTAATTGTAAGGTTTTTTAATTTAAAAAAAATTTTTTCTTTTATTGAATATTTTTTTTCTTTTTTCTTTTTTTTTTTCTGTATAGCCCTGGCTGTCCTGGAACTCCCTTTGTAGACCAGGCTGGCCTTGAACTCAGAAATCCGCCTACCTCTGCCTCCCAAGTGTTGGGATTAAAGGTGTGTGGCACCAATGCCTGGCTGAATTTTTTCTTTATTTACATTTCAAATGTTATCCCCTTCCCTGGCTTCCCCCCATCCCCGGAAACTCCCTATACCATCTGCCCTCCCCCTGCTTCTATGAGAGTGCTCACCCACCCACTCTCACCTTCCTGCACTGGCATTCCCCTACACTGGGGCATCTAGTCTTCACAGGACCAAGGGCCTCTCCTCCCATTGATGCCCATAAGGCCATCCTCTCCTACATACATATGCATCTGGAGCCATGGGTCGCATGAGTCAGGGGGGGCTGTGGGGGGGGCTGGTTGGTTGGTATTGTTGTTCTTCCTATGGGTTGCAAACCCCTTCAGCTCCTTCAGTCCTTTCTCTAACTCCTCTATTGGAGACTCCATGCTCAGTTCAATGGTTGACTGCGAGCATCCACTTCTGTATTTGTCAGGCACTGGCAGAGCCTCTCAGGAGACAGCCATAGCAGGCTCCTGTTAGCAAGTGCTCCTTGGCATCCACAAGAGTGTCTGGGTTTGGTGACTGTATATGGGATGGATCCCCAGGTGGGGCAGTCTCTGGATGGCCTTTCCTTCAGTCTCTGATATAACATAAACTTAGTTAATCTTTAATCCAAACCTTTGGGTCTCTGGGAGTTCAAAGACAGGTTGATCTCCATCAAATTCCAGGCTAGTATTTAATAAGCCCATGACTGTAAATAAACAAACATTACTATATGGTGTTAATGAAATGGTTAAACTTGGTTTGACATTTGCACATCTTGTTGTCATACCAAACCATTTGGTTTTGATTTTCAATCCTTTTACTTCTCTAGCAATCCCAGTAGCGGCAGGTGGGTCTCTGTGAGTTCAAGGCCTTCTTCCTGTGTATGGCAAGCTCCAGGCCAAACAGAGCTACATGATAAGACCCTAGCACAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAGAATTTAAATGAACTTCCAAATTTTATGATACATCTTAGCCAATATGTTTCTGCATGTTTAAATTCAGTGATATTATGCTATTTACACTTTTACATTATCTCCCCCCCCCACCTTGTTTCTTACCCTTCTTCTCCCCAAACACTCTTATTCCCTCTGCCATTCCTAAAG
Seq C2 exon
CTATCCTGGCCTTTTAGTCATACCTCAAGCTGTACAAGACAGTAGTTTACCAAGAGTAGCCCGCTGCTATCGACACAATCGCCTGCCCGTCGTATGTTGGAAGAACTCGAGAAGTGGTACTCTGCTCCTCCGATCTGGAGGATTCCATGGGAAGGGAGTTGTTGGTCTATTCAAGTCACAGAACTCCCCTCAAGCCG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSMUSG00000038371-Sbf2:NM_177324:26
Average complexity
IR-S
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.211 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF066029=Myotub-related=PU(13.3=91.0)
A:
NA
C2:
PF066029=Myotub-related=FE(14.4=100)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
Associated events
Other assemblies
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Pre-implantation embryo development
- Muscular differentiation time course
- Spermatogenesis cell types
- Reprogramming of fibroblasts to iPSCs
- Hematopoietic precursors and cell types
Other AS DBs: