DreINT0131752 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000063097 | scube1
Description
signal peptide, CUB domain, EGF-like 1 [Source:ZFIN;Acc:ZDB-GENE-050302-78]
Coordinates
chr4:8936283-8943355:-
Coord C1 exon
chr4:8943266-8943355
Coord A exon
chr4:8936400-8943265
Coord C2 exon
chr4:8936283-8936399
Length
6866 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
TGGGTAACT
5' ss Score
4.34
3' ss Seq
TCTTCTGTTTGTTTACCCAGAGA
3' ss Score
7.42
Exon sequences
Seq C1 exon
AGAAAGATGAGGCTGCAATTGAGAGCTCTGAATTCAATACCACGTCAGTAGCTGATGTGGACAAGCGGGTGAAACGTCGTCTACTTATGG
Seq A exon
GTAACTCTTTTCTTCCTCTTTCTATGTGTTGCTATGGCGCTTGTGCTTCTACCCCCCTCGTTTCTTTCTGTCCTTTAGTTTGTTTGAGTTGCTTTCCTTGCCTTTGGCCTTCCCCTATATTCTGAATTAAAGATTTGTCCCTTCAAACATGACAAGGTTCCTTTTTGCACTCTCAAACTGTCTTCAAATCCGCCGCCTTTTTTGTTGTTGACAAAAAAACTAACAACTGATCGCTTCTATTTACTCCCATTTCCAAAGAAGGCAACCAAAATGACACTGGATTGCTCTACACTGGATAGCAAACCAATTCTCGCTTTTCCAGTTGAGCGCTTCACTGTATGACTTTGCAATCGGATACTATTTAGGCAGTGATTAGTTGAACTGGAGGAACATTTGTGGGCTGAACAAATAATGGCGAGATCATTTTTTATGGAGGAAGAATGACAAGAGGGTCGGTCCAGAACATTCCACATCATAGGACGCTGTGGCTTGTGGTGAACCGCAGCGGAAGACGCCTGACATCATTTTTTACGCTCTATTAATAGTATATGTTGTTAAAGATTAAACATTGGCGTTAATCATCTGCCCACAGTTACCCTCTGTCATCTGTGCTCCATAAACTAAACTATTTCTATTCTCCGTGTGTTTTCAAGTCAACATGAAACACCAAACCTGCTTTACTTTTGTAGTCTAATTAAAGAAGATTCAGTAGGGACCAAAAATGTAGGGTCTGATTTTATGATTATTATTGGCTGTCAATTGAAAACGTGGCCACACTTTATTTTGATGGTTCGTTTGTTGAATTTAAGATGCATTGCATCTACATGCCAACTAATTCTCATTAGACTATAAGTAGACAGTTAGGTTGTGTGTTACTGTAAGTTGACATGTACTTGCAAAGTTTCTTATAGTCAGTTAAAGGTCTGTTAAGGGAGCAGAATCAACAGATATTAAGCAGATAGTCTACTAATACTCAAATGGACCATCAAAATAAAGTGTTACCCAAAACGTCTTTGCCTGTGTAATGTATATTATTGACTAAGAAGAAAGTCTAGCTATTCTATCAGGTGTTATAGTTTCCTTCTGATAATAGTGTGCAGTGATGAATCGGTCACATTAAGGAACTCGTATTATGAAAGTAAATAGGGTCAATTTTGATATTATGTTGACTTTAATGCGTCTATAATGGAGGAATGATCATTTCAGGGTGCATAACTGTTTTAGTTTCCAGTCCATCTGCTACTCTCTCCTCAGAGACAGAAGATAGTTCACACAGACTCGAACCTTGAAATATATCAGCCATTTAGCCATTTGTCCTTGAATTCATGAACATAGGCCAAGATGTTGTCAGGCAGACAACAGATCTGCCTTTGTATGGCAGAGAAACTGTTTGTAAAGTATTTGGGAGGAAAGACTAGACACCTTTTTTTGACCTATGAGGTCGTGGACTAAATGGAAATTATAACGTTTTTTGGTTGTGGCTAAAGATTAAACGTTTATATTGGTGATATGTGTGGGAAATGATTATTATAACATAAAAATAAGTTATGCTTAGTATAAAATCTTAAGCCAGCTTTATTTTAAACATACCAATTTGACTTTTATTCTCAATGAGTTAAAAGAATATTCTGCCAAATTATGTTCAGTTCAGATTTCACACGACTCTCACTACTGATTGCTTTTGAAACTTTTAGGTCCACCCAGGAACCCGACGATGCAGATATTTCTGACTCTTACCCTTCATCATCTTTCTCTGATCATCTCTGAAATCGTGTCTTTGGTTTATGATAATATTTTCTCCTCCCTTTAGTCGCTGCATCGAAGAAAGACCAAAGGAAAACACTCCTTTGTTTCTCTCTCATTTCAGTTTCAGTTTTCTGTCCCCCTTGAACTGAATTAAATTATTTTCCTGTATTTTTAAACTGTATATAATCTATATATTACAAATACTAATATGTATATTAAATCTAAATATGTTTTATGTATATACATGCATACATACATGTATATACATATTTGGAAATAATTTACTTAATCATCACTTCTAATGATTTATGTAATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATATGACCATTTGGAGTGGTATTGTCAACAAGTCACATGTGATGTCATCCCCATCTTATACTCACTGATCTCATTAGTTCATCCATCTCAGATCATATTCCAAGTTTCATAACACGCAAATGGGCCCGTTATGACAGATTCACAGGAGTAGCTTGGCTTTGCATGTGAGTGTCTGTGCAAGTGTGTGTGTGCTCCATCGCACAGGAGCCACAGGAGAATGCTAGATTTGACACTCGGTGTTCCCGCTTCACCCTGCCCTCCTGTCACAGCTGGGGCCAACAGCACCAGGATGTGACCGATCCAGACAAATTAAACTGTACAGTCGGTGTCAGAAAGAAAGCTGCCATTGTGCCCAGGCATGATGCGAAACCCAGGGATTGGAGAGGAGGAGAAGAGAAATCAAAACACTGGGGTGTTTTTAAAATGCGCTCACTTTTCAGCAGGAGGGAACTGAAGGGATTTGATCTACGTAAATAAACTGCCTTGTGGGAAAGGGCTGATTTCTGATGCATTGATTCAAATAAAACATGTACAGCCGGGATTTACCACCTTGTATGATATTTATTAATAATTCCTTACATTTATATAGCCCTTTTCTGGACACTAAAGCGCTTTACACATTGGGGTGGTCTCCTCATACACCACCTGGATGATGTGACGGAAGCCATTTTGCGCCAGAGAGAAGACAGATTGATGAAACCAATTATAATATGGTGATGGTTAGGATGGACAGAGGCCAGTGGGCAAATTTGGCCAGGATGCCAGGGTTAAACCCCTTCTCTTTTCGAAGGACATCCTGTGATTTTTAACGACCACAGAGAGTCAGGATCTCAGTTTAACGTCTCCTCTAAGAGACAGCACTCACTGAGCAGTATAGAGTCCCTTTCACTATACTGGGATGTTAGGACCCACACAGCAGGTTGAGCACCCCCTGCTCGCCTCATTAACACCACTTCCGGCAGCAATGTAGCTTTCTCATGTGGTCTCCCATCCAGGTACTGACCAAGTAGCTTCAGTGGGCGACCATGTAAGAGTTGCAGAGAGCTAGCTGCTGGTGAAAGTTGTTGTAGGCACCAATTGTGTGGAAGGTCTACAGTATACCAGGGGTGCCCTATCTCGGCCCTGGAGGGCCAGTGTCCTACATATTTTAGTTCCAACCCCAATTAAACACACCTGAACCGGCTAATCAAGCTCTTTCTAGGTATACTAGAAACTTCCAGTCAGGTGTGTTGAAGCAAGTTGGAGCTGAACTATGCAGGACAGCGGCCCTTCAAGACCGGGGGAGCCCTGGCCTACAGTTTCCTCCACCCCCTAAAGAAGAGTTGCTTTTCCACAGTCAGAATAACTCTGGGCTTCTAGTTTAATCTGGCCATATGCCAACAGGAGCTGAAGAGCATGAACACGACGAGGGAATCTATATCTTCTGTTATGGAGAGCTCTATATAAACAAATCTATCAATCTAGAGAGTTGACCGTGCTCCTTTTTGAGAACTTCAGTGGAATCATTCGCAGCTTAATCAAACACTGTTTGTGTGCTCGCAAGTCCCATGTACATGTCCCTGGGCAAAATACAGTCCAGCTGTTCTTGGAGCAGTTGAATAGCCCATAGCATTAGACTCTAATAACAGGGTCTTTGACATGCTTAATAAATCATTAGCAGAAAGCGGCTTCATTCACTCCCCATCCCACAGAAGAAAAACAAATGTCCTGTTGAGGATGACACTGTATCTACGCTGTTAGTCTTTTGTGTCTTATTATGTGTCCTGGACTGTGTGATCAACAACAACAGAAGTTCCCAACACAGTTCTCAAATTGACTAATAGTTCATCTTAAGCAATGTGCTAACACCTGCATTTAATCCGGTTCAGTAAAGCATATCTGATGTTTCATATATGGATGTGGAAAGAGAACTTGGACCAATGAGATGTTGGAGCAGGCAGAGCTACTGATAATTGTGGCCTTTTTTTTTTGCATAAAACTAGCAATATATTTGAAGCATGGATGCAATGAATGTGTGATGACATCACATGTAACACTCTTAAAAATAAAGGTACAAAAGCTGTTGCTAGGGCGGTACCTTTTTAAAAGGTGCACTTTTGCACTTTAGAGCTGCACATTACCTTTAAGGTAGACTTTTGTACCTTTAAGATTCACTTTTGTATCATTAAGATACTATGAGGAGCACATTTGTTCTTTGCGGAGTGTATTTATAAACTAATTTCGAGAGGATCACATGCTTATAATTGCTTGCGACTGGTCCCACTTTATGATTCACCAGTCAGACTATTCCTAAGCCACTATAAATATCTTAAGTTCCAAATAGCAGCCATCTTCATTTTGAAGAATCCCCCCTTCCACCCCTACTCCTCCTCCTTTCCTAGATGGGTGGCACGGTGGCCCAGTGGTTAGCACTGTTACCTCATAGCAAGAAGGTCACTGATTTCAGTCCTTACCAAGCCAGTCGACGTTTCTGTGTGGAGTTTAACATTCTCCCCGTGTTCACATGGGTTCCCCATGGTCCCCCGGTTTCCTCCCACTGTCCAAAAACATGCAATTTAAGTTAATTGACGAATCCAAATCGGCACCATAGACATGCTCCTAGTAAGTAGTCATCTCTTAAAAGCAATCACTATCTGTATAGCTACTACAGCAGGAGAGTTCTCGAGATCTACCTGAGCTTAAACTTCACTCTCGCCTTGCAAACGGGAGGGAGCCTTAGCCTCGAGGATCTTATGAGCTCAGGGCTCTCTCCCGGGACAGCATGCTAAACAAGCTTTATAATCAATCATCAGCCGAGTGTGAACTCTTGAATTAGGTATTAATATGTACCTTTAAGGACCTGTTAGGCACAAAAAAGTCCCTTTTGACCCCAGGAACAGATTTTGTACCTTTATTTCTGAGAGTGAAGGGTAACTCTCATCTAAGTGTTTAAAAGCTTAAACCAAAGAGCTTATTTATTTAACCTCCAAACCTGTTGGAGTTTCTTTCTATTGTTAAACACAAAAGATGTTTTGAAGGATGTTAGAAACCAGTATCCATCATATTTGTTTCCTGGATACTAATGTTTACCTGTGTCCAATGTTCTTTAAGATTACCTTCATTTGTGTTCAACTGGAAACAGAAACTTGTAAAGGTTTGGATCTATTTGAGGGAGAGTAAACTTTAATCATTTCTGAGTGAACTAACAAAACAAGTTGATATTCTTGCCTCCACAGCACTCTGTGCTGTCCATTTTCTGATATCCTGTCTATTACTTTATCCTCAGGTAAAAAGAAAGCAGTTCTTGTTGTTTCTGGTTTTTCACCTTTCTGTGAATCAGTGGGCCTCGTCTTGATTTTGCAGAGTTAGACGTGTTACTGTGTCAGCATACTTTTTGTTTATCCTGGAACATCATTCCTATTCAAAAATGTAATCCAAACCTAATCCATACCCCTAAATCTAACCCTAACAGTAAATTATTGCTAAAATTAGATAGATTAAAGTGATAGTTTACACAAAAATGAAAACTTACTCACTATTTACTCCCCTAAAAGTGGTTCCAAACCTTTTTAGGTGTTTTTATTCTGTTGAAGACAGAAGCAGACATTTTGAAGAAAGCTGAAAAACTGTAACCATTGACTTCCATTGTAGGGAAGTTGATATTCTTGCCTCCACAGCACTCTGTTTTGACTTTTTCATGAGACGAGACTAACCGGCTCACCCTCTGCTTTTCACCTTCAGGAAAACTGTCCATTTTCTGATATCCTTTCTATTACTTTATCCTCAGGGAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAACAGTTCTTGTCTTTTTTTTTTAACCTTTCTGTGAATTAGCGGGCCTTGTCTTGAGTTAGGCCTGTTACTGGGTCAGCATACTTCTTGTTGATCCTGGAACATAATTCCTGTTCAAAAATGTATTCCAAACCTAATCTATACCCCTAACACTGACAGTAAATTATTGCTAAAATCAGATAAACTATTAAGTTAAAGAGAAAGTTTACCCCAAAATGAAAATGTACTCACTATTTACTCCCCTTTAGTGGTTCCAAATCTTTTTAAGTTTCTATATTCTGTTGGAGACAAAAAAGATATTTTAAAGAAAGCTGAAAAACTGTAACCATTGACTTCCATTTTAGGGAAGTTGATATTCTTGCATCCACAGCACTCTGTTTTGACCTTTCTCCACAGTCTTTCATGAGACGAAACTAACCGGCTCACCCTCTGCTTTTCACATTCAGAAACACTGTCCATTTTCTGATTTACTTTCTAACTTTTTCTTCAGGTAAAAAAGCAGTTCTTGTCTTTTTTGCCTTATTTCTCCCATGATTTGATTGCCAGAAAAGCCATTTTTGGCTTTAGGAATGAAATATGGTGTTATCAAACTCAAAATCCAGCTTTTTTCATGCGATGTGTGTGTTTTGTGTCTGTCATGAACCTTGTCATCTTCTAAGTTCAAGTTCTGTATTATTTTTGTGATTCCTGCACCCATTGGGATTCATTATTTACATGCACCTTTCTCCAAATAGTTGCAATCAAGCCCAACCAAACTGCACATCCTCACTTACTGTAGTTCTTAGTTAACTGTGTCAAGTCACTTTTAAAAATCGGATTTTGTGATTTTGTTTATGCTCCCTTACTTCCTCTGTCTGTCCATCTCTTCTGTTTGTTTACCCAG
Seq C2 exon
AGACCTGTGCGGTGAACAACGGCGGCTGCGATCGCACTTGCAAGGACACGGCGACTGGTGTCCGCTGCAGTTGTCCCGTGGGCTTCACCCTTCAACCCGATGGCAAAACCTGCAAAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000063097:ENSDART00000091876:7
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
PF146701=FXa_inhibition=WD(100=90.0)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
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GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]