DreINT0133592 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000079414 | sez6b
Description
seizure related 6 homolog b [Source:ZFIN;Acc:ZDB-GENE-110628-3]
Coordinates
chr15:24565274-24584505:+
Coord C1 exon
chr15:24565274-24565412
Coord A exon
chr15:24565413-24584308
Coord C2 exon
chr15:24584309-24584505
Length
18896 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AGTGTATGT
5' ss Score
4.8
3' ss Seq
TGTGTATTTTCTGTTCACAGTCT
3' ss Score
8.9
Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq A exon
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Seq C2 exon
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VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000079414:ENSDART00000155502:9
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0043115=CUB=PU(40.4=93.6)
A:
NA
C2:
PF0043115=CUB=PD(58.7=95.5)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]