DreINT0134218 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000028099 | sh2d3ca
Description
SH2 domain containing 3Ca [Source:ZFIN;Acc:ZDB-GENE-080102-1]
Coordinates
chr10:10289616-10296740:+
Coord C1 exon
chr10:10289616-10289744
Coord A exon
chr10:10289745-10296312
Coord C2 exon
chr10:10296313-10296740
Length
6568 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
GAGGTGCGT
5' ss Score
8.42
3' ss Seq
TTTATTTTTCTCCAACACAGGCC
3' ss Score
8.54
Exon sequences
Seq C1 exon
TTCTCCAAGGAGAAGTACCTGCTGGAGTCTCCTCCAGAGAAACTCAGGAAGGAGCTGGAGGAGGAACTCAAACTCAGCAGCAGTGACATGAGGAGCCACGGCTGGTACCATGGCCATATTCCACGAGAG
Seq A exon
GTGCGTTTTACAATGTTTGCAGACTTATACACAGCTAGAGCTATTTTTTTCACCTTTAGGACAGTGGAGATTTACAGATAAGGCAGTGTGGAGAGCAGAGAGAGGGGAGATTTGCACCTCAGTGCTGCATGTGTTGACACTATTGGAGCCAACCACAGCCAAAATTTTAACCTAACAGCAATGCCTGCACTTAAAAAATGACTGCTTGTTCAAACTCCTTATTTAAAATGAACTTAAACAACACATTTTTTTTGGAAAAGAATTATTGGAAGAATAACTTACACATCATTAAAAACAGATTTAAGTTTGACAATCGAAAGTATATGTTTTTTTGAAGCCTTCGGTCAACATTATTTGAACTTATTTTTAAAACAGTAGTGTTAATATACAAACTAGTGCAAAAAAAAACTAATCCGTAGAGAAAATTCCACCAATCAGAGAGTTGTCACAAGTTAATTCCATGAAATAAGCTCCGCCAACTCCTATGAAATACTGTGAATAAATAGTCAATATACCTACACTTTCAAAACACTTCTACATTAAGCAGGTACAAGCAACCACTTTAAGCAAATGATTTTCTAATAGTCTTTTTAATTTAGTTTCATTTATTTGCAATGATTGTACCAGGAAAAAATCACATTGAGACTACATAAGCTATTAGAAGTTCACAGCTGAGTATTTTTTTCTTTTTGCCCAGTTTTTAATTACTTATTGGTTTAAATCGAAGTTTGTAATGTTGTGTTTCATCTTATATTCTGGCCTAGCATTAAATATTCAGACCGACACCCCAGTGGGCACCTTGAGATGTCAAAACAACATCAAATCGTAATCAAGTAGGAGGTCAAAAAAACGTAAAAAAAACATTTGATGTCAAAACCTTGACATCCATGTGACATACAAACCTTAATACCTATTTGATCACCAAAATAAAGACACAAAAGTATCATAATATAAGAATAGTTGTATTAATCTGAAAGCTTAATAAATTACAGGTCAGTCCTATGACTGTTATTTTAAGAGTTCACACTCAGCTGAGGATTGATTATAAAGCTTGTTTGGCATGCTGTCTCGGAAGAGAGCCCTGAGCTCATAAGATCCTCGAGCCCTGGGCTTTTGCAAGGTGATGGGAGAGTTTGAGCTCACTCCACTTTCAAACAATCTCTGGTGTGGTTCGACTGAAATATAAACACAACTCAAACCAAAGACATCAAAATGAACCACGCCATAGTCATGATGTTGCACATTACAGTTCAATACAGACACAAGAAACGCATCTCTTTGCAGCAGATATGTGTGAAGGAGGAATTCCTGTCACACTTTGGACCACTTTTACACATCTCATAAGCTCTTCACAAGTTCACAACTGATAAAAATACCACATGAACGCATACAAGATGTATGAACACATCCTAAATATACACTTCTTCACCAAGAAGAAGAGCTTCAAACAAGACTCTGAATATCTTTAAAAGACTTAAAAGCACTAACCTGGCAAACTGTGTAAAAATCCAGTCATTCATTTCATACTTTAAAGCAATTGTTGCATCATCCTGGTACCTTTTTTTGTCAAGCCGACCATTGAAAACTCAAGTCGAAAGTTATGTAACGCTAACCAAAATAATGTTTTCAGTCAGCTTATGTGGGTTAAATAAATCACATGTTGAGTGTAAGAACTGTAGACCATCTATGCACTGTAAAAAAAAATGTTGATTTAACAGGTGTTGTATTTCATGATTCACAGGTTTTTATCCATAAAGGTTTGCATTAGGGGCCTTGATCTCTGCTGTGTGGACTTTTGATTATGAGAATTTAACACTGCAGCTTAAGTGACTTTTTGACAGTTATTGACAACTATTATAGCAGCTTGTAATGGAGAGGGGCACAAAGTAACACTTTTGGGTTTGGCCAAATAATGAAGTAATGAGGTTAAACAAACCCTATTTTTTTACCAACAACACACAAAGGCTCCTAAAAATGAGCACTGAAATTATGATCGCCAGAACTATCGTTTCTGTGCAGTATTGCCAAAAGTGCCAGGAGTGAAAATGTTACTATTTACCCCACCTTCGAGGCAAGATGTAACAGACAGAGAGTTAGATAACACATGCTTAAACAAACAAATTTCATAAAACTAATTAAAATCCAGTTTACTTTAAATAGTAGCTATATTTCCTTAGTAATTGGCTCATTTTCATTTAATTCTGCATATTTTTTTGCATTATTAACAATAAGATTATTTTTTTTTCTATTAAAACATTTTAATATAAAAAGTTCTCAACATTATACTCAAAATTCCAAAAAAAAATTTGTTGCTTTAGTTGGTGTCCAACAGTGTGTGGCTTAAATTTAGTACCATGTTACAACTAACCCCGTTTTGTCCTGTTTTCCTCAAAACTGGCAAGCAGTCATCTATTAGCCTAGAAGACGGCAAACACAACAATATAAGATTTCACTTACTGTTCATACTTTCACAGATTCTTTTAAAATAAAAAAATATAAACCATAATAAAAAATACTTTTATGCTGCAAAAAGTGTTTTCCAAATTTTGTCAAACGTTTTTAATGATTGGCAGGAGGAGGTCTGCTGACACTGTGGTGAAAACCTCGGAAGCATGCCATGGTTAACCCTGAGCAAATACTTTAAACTTCGTGTTACATTTAACCTGCTTACTTTGTGCCCCGCACTACAATAACAATACATTTCAGGAAAAATTATATAGAGAGAATTAAGTCAAAAACAAAAACAGTACGGCAGTTTATTACCAAGTTTTCGTATTGTAACGTACAACGCCAAATCAGATATTGTGGAGCTGTGCATCGATGGATTTGCTTTTCAGTGTTTGGACTTTCGGCAGTGAAAATTAAACCACACTGAACTAAACTACAACTCTGAAAACTGGACTGACAGTTTCAATTTCAATTTACAACAACTTCTAGCTGCTTTGACACAATGTAAATTGTAAAAGCGCTATAGAAATAAAGATGGATTTAATTGAATTATATAACTTCAAACTAATAAAAATGTCAATAAAATGACTTTTCAAACTTTTCAGCATTAAAAGTTGAAGGATAGATCAAGGTTCAAAATCCAAAACCATTAATAAATGAGAAAAACTAAGTTGAAAAATGTGAAAAACTGTTAATAAACAAATATTTTTACAGTTTTATATTATCAGCCTTCCCAAAATCCTAATCTATTACTCAAATAAACTGAAGGAAAAGACTAGTTTTCACCCCTTGGTAGCTTACAGAAAAGTTACAGTTGTCTTTTCATGTTAAACTATAATAATAAGAATATATTTTAACTTCATAATGATTACACACTTCATTTTTTTGAGGACAATGGACGTCAAAGAGAAGTCCATACACCGATATATAAACCAAACTAATGAGTAGGTGAAGGAAAAACTTTGTTAGCCATTTTAGATGTAGTTTCTTTATGTATTTGTTTTGTAAATGTGCTTGTTTTTGTGTGCATTTATTTGGGTTTCTCTGTAAGTGTGTGTGTGTTTTGCACCATAGAGCCGTCAAACTGCAGCCCACGCCGTCTCTACTCTGAGATCCGCCATCTGCGCATTAGCATAATGTATTCCTGCTGGAGCTGCAGAAAAGACAAACTCCAGCCCTCTCTATTATAAACTATAGCCAGTCACCATGGCGATACGCCCCCATGCTGCACTTCTGACCTCACCCAGTGTACTGTAGCTCCATCTGCTGGAGCACAGGCATAAAGCACGTCCAGTGTCTTTAATGTTTTTTAAAATGCACGTGGGTAAAATACAAAGATAAGTTTTTTTCAGTTGAAACACACTTAACTAATAATATACTTTACAGTTCAAAAATATGTTAGATTAAAATATTGTAAATAGAGTAAAGTAAAAATCGGATCAGTAATAACACCACACAGCAAAATTACACAGTTAAAATCCTGGTGTTACTCTGTTTTAGAGTAAAGTGTTGTTTAAAATAGATAGTGTAAACAGTATCCTCTGACTGGTGTAATTATTGAAAGCCTGAGCTCATTAACACTGGTAGTATGACATACAGTTGAAGTCAGAATTATTAGCCTTCCTTTGTTTTTTTAATATTTCCCAAATTATAATTAACAGAGCAAGGAAAATTTTACAGTATGTCTGATAATATTTTTTCTTCTTGAGAAAGTCATATTTGTTTTATTTTGGCTAGCACCATTTTAAGGACAAAATTATTAGCCCTTTTAAGCTATATTTTGTTTCAAATGTCTACAGAACAAACCATCGCTATACAATAACTTGGCTAATTACCCTAACCTGCCTAGTTGACCTAATTAACCTAGTTAAGCCTTTAAATGTCACTTTCAGCTGTATAGAAGTGTCTTGAAAAATATGTAAAATATTATTTGCTGTCATCATGGCAAAGATAAAATAAATTAGGTATTAGAAATGAGTTATTAAAATTATGTTTAGAAATGTGTTAAAAAAAATCTTCTCTCTATTAAACAGATATTGGAGAAAAAAAATAAACAGGGGGTTGAATAATTCTGACTTCAACTGTATATGTACATATATGTGTAGGTAATCAACCATATATTCTAGCCATGGAGAGAAGTCAAAACAAAACTGACTGTTACTACATTGCTGTGGATAACAAGTTTGAGGTGTTTCTGCTCTCCTTAGTGAACAGTATTTTAAGAATATCTTATGACATTGCTCTGGGAACCAGCGAAAACCATTTGCAACTTTCTCTTTCTCAAATGTGATTTGGGGTTGGTTTGTAATGAAACTAATAAGCTCTGAACCAACAATAATTAAGTTTAAATGTTTTATAATCCAAGACTAGAATAGCATGTATTGCATTTTTTAAGTATATGAATAATTACTGATAAAACAAGAAATAAATATTTAACTTTTGAGTTAAATTGTTTACACTGTTGAAAATATTCATTTAACTCTGGCCAGTGTGGATTATATTTACACTGATGAAGTTTGAAAATTAAAGGTAACACTTTATTTTGATTATCC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Seq C2 exon
GCCTCTGAAACCTTGGTCCTACGCAGCGGCGACTTCCTAGTACGGGACTCCTTGTCAACAGTGGGCGACTATGTCCTGACCTGTCGCTGGCAGCAAGAAGTGATACACTGTCGGATCAGTAAAGTCCTGGTCAAAAGCGGACAAACTAAAATCCAGTACATGCTGGAGAATGAGAGCTTCGATTCTGTCCCCACGCTGGTAAGGCACCACGCTGGTACAGGTCGAGCAGTGTGTCCACGAACAGGAGCCCAGCTGCTGTGTCCGGTGAACCGAACGCTGCCACTGAGGTACCTGGAGGCCACGTTTGCTTTAGCTGGAGGAAGACCTGGATCTGCATATTCACCATCTGCCCAGAGGGGGGCGCATATCAAAAGACGCAGTGTTACTATGACAGATGGACTCACGACAGAGAAGATCATTCCTCACAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000028099:ENSDART00000144214:2
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.023 A=NA C2=0.262
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0001719=SH2=PU(10.1=18.6)
A:
NA
C2:
PF0001719=SH2=PD(87.3=48.3)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
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GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]