DreINT0138322 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000092881 | si:ch211-223c9.2
Description
si:ch211-223c9.2 [Source:ZFIN;Acc:ZDB-GENE-050208-365]
Coordinates
chr22:29788051-29795343:-
Coord C1 exon
chr22:29794344-29795343
Coord A exon
chr22:29788113-29794343
Coord C2 exon
chr22:29788051-29788112
Length
6231 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AAGGTGAGT
5' ss Score
10.47
3' ss Seq
TGTGTGTGTGCTGTTTTCAGGAC
3' ss Score
11.46
Exon sequences
Seq C1 exon
TACCTCAGGGGAAAAGCTTGATAATTCGTCTGCTCCTCTGGGTGGTGCTCATGGTGGAGTGGGCCAGAATCTGCTGTTGAGTCCTGCCAGTCTCCAGCTGGCTCAGCTTCAGGCCCAGCTCACACTGCACCGCCTCAAACTTGCCCAGACCACCAACACTGCCGCCGCAGCCACTGTCCTCAATCAGGTCCTCTCCAATGTGGCAATGTCCCAGCCTCTCTTCAACCACCTTCGGGGTTCAAGCATGGGTCAGTCCCATGGCGGAGCCTTTCCACCTCCACCTATAGCCTTCCCACCTCCGAATGCTGCTCTGGGACAAATGGTTGGTGGTGGCTTTACCCCAAATCCCACTGGGATCAGGCCCAGCACCTTCAGCGGAGTGTCCATCCAGAAATCTTGTCAACACAATGACTTCAGCAAGAAATCTGGAACATACCCAGCAGATATGGACCGTCGCTTGCAGTTTGGATATCTGGGAGGATCTTCTAATAAAGTATGTGATGGGGGACAGTATGGAGGAGCCAACACACAACCCAGAAACAATGTCCAGCCTAATTTCCAGAGAGACTTCTATTCTTCTGAAAGCCCAGTAACACAAACTGGTTTCAAAGGAGGATGCAGTGATCAGAGTCTGGGATCTCTTTCCTCGTCTGGCTCCAAAGATCAATGGAAAGGTCCGATGAACTTGGGAAAGATGGATATAGGAGCAGTTTCTGGGGGTTGGGTTCCACCTGGACCAGGATTTGTTGGTCCGAGAGCAGAATTGTATAACCCAGAGGAACCCACAGCAGATCCTAAGTTCAACTCGACTTGTGGGCCAGGGATTGGCCCACCCATTGGGCAACAAGGGGGATTTCAATCACAGCCACAGGTTGCCCAAGTGGAGGAAGAGAGGACTTTGTCATTACAGCCCCACCAGTTTAATGACTATCACGGGACAACACCTTCACATCTACCCCATCAGTGCACCATTTGTGAGAAGAAGGTTTACAACTTGAAG
Seq A exon
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Seq C2 exon
GACTGGGACCAGCATGTGAAGGGCAAGTTACATCTGCAAAACTGTTCGCTCTACAACGAAAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000092881:ENSDART00000125017:2
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
NonCoding
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=NA A=NA C2=NA
Domain overlap (PFAM):
C1:
NA
A:
NA
C2:
NA
Main Inclusion Isoform:
NA
Main Skipping Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
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GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]