DreINT0150299 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000006240 | slc27a1a
Description
solute carrier family 27 (fatty acid transporter), member 1a [Source:ZFIN;Acc:ZDB-GENE-050320-112]
Coordinates
chr3:52303505-52308964:+
Coord C1 exon
chr3:52303505-52303899
Coord A exon
chr3:52303900-52308799
Coord C2 exon
chr3:52308800-52308964
Length
4900 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
ACGGTGAGT
5' ss Score
11.45
3' ss Seq
GCCTTCCTGTGTTTATATAGCTG
3' ss Score
8.87
Exon sequences
Seq C1 exon
TGGTCTTTATGTGCTGCTGAGGGTTAAACTGGCACTATGGCATTATATGCGCAACCGAAACACCATACCCTCCATCTTTGCACAAACTGTGGCTCGGCACCCAGACAAGCCTGCGCTTGTGTATGAAGCCACTGGGGAGACGTGGACTTTCTCCCAGTTAGATCAAATCTCCAATGCTGTGGCCCACTGGGCACTGAGCCAAGGCTGGACCTCAGGAGATGTGGTGGCGCTGTTCATGGAGAGCAGACCCCTTCAGGTGGCACTCTGGCTGGGCCTGGCCAAAGTCGGTGTGGAAGCTGCACTCATTAACTTCAACCTGCGAAGGGATTCGCTCCTGCACTGCGTGGGTGTTTCAGCTTCCAGGGGAATTGTTTTTGGAGCAGAGCTTGCTGACG
Seq A exon
GTGAGTAGAAAATGTGCCCTATTTTTCATGGCCAAACCCACTTGCAGATTTTTTACAAGCAAAATGACAGATTTCAAGTTTTTTGTTTCCAAAAACAGAAGTATTTATTATATTATTAAAAACAGAAATGTGTATTTGCTTTATTTTTTTCTGAAATGTCTGCAGTGATTTAAAATTAGAGGCAACCAATGAATTTAATTCAAGATTCACACAAAGGTGCCACATATGTTAGTTCTGGACTGAGTTATACTACTTTGTTGAGTGATCAGCGCATGCCTTGCTGCGTACGCTGTAAAATGTAGTAAGTTGAACTTACTTTATTTGCCTTCATTTCAAAGTAAAGTAGTGTATTAATTTTAAGTGAACATAAGTTGAAACTGGTTGTATTTACAACTTAAGTAAACTTCAGTACCGTTGACTCAAAATAATTAGTTGTTTTAGCAACTTACTTCTGTTCACATTACTTGGAAAATATTAAAAACCAATTTTCTTAAAAATACTTAATAAGTTGAACTAACACATTTAAAAACAAAACAAAAATAAATACCTTACTTACTGCCAGGGCCGTTTATATCGAAGTTGATATTTAGCTATAACATCAAATTTTTAGAAGGTTAGCCCAACGCTCAACCACCAACTTGGAGGACCAGGACATAAACTACAGACAAAAAGGGTTTTCCCATTTCACCTATAGCTCATGTCTGCGTTATTTGAACTGTAGGGGAAACCGAAGCACCTGGAGGAAACCCACATGAACATGGGGAGAACATGCAAACTCCACACAGAAAAACCAACTGGCCCAGCCGGGGCTCGAACCAGCGACCTTTTTGATGTGAGGCGACATCGCTACCGCTTCGCCACTGTGTAGCCCTAAAAACCAATACCTACACTTTTATATAAAACATTTTTGTATTATATAGCATCTGTGCTAAAAACAACAACAACAATATAACACTTTAAAACAAATATTTTTCAACCAAGGTTTAAAGTAATAATAATAATAATAATAATTATTATTATTATTATTATAATTATATAATTATTAATATTATAATAATAATAATTATTATTATTATAATTTATATAATATTACTTATATAATATTATTAGATTATTTCTTATTATATAAATGTTATTTTATTATTATTTATATATAAATATTTTTATTATATACTTTGTTATATAATCATAATCATATTTTATTAATATAATATATTATAATATATTAATATATTTAGCTATTTTGAACATCAAAAAATTGAAAAGGCTGTCAGATCTATTATGTTTATGTCAGATTATGCTTAAGTTTTAATTCTTCCACCTGTTTCCTCAGTTCCCTCATCTCCATCATTAACGTGCTTTTGAAACATGGCCACACAAAAGTTTTAAATACATATTATTGTAAATCAAAATTACTTTAATTTATTTAGTTTAACAACCAATGTGCGGAAAAGTTGGGATAACTTGTTTAAATATTGTAAGGTGAACAATTTTATTCACAATAAGTTAACTGTATTTAATTTTATTAGTGAGAACAGCTATTACTTTTTCCAGTGTATCTGTGCAGTTTTACTACTAAGTTCTGATTTTGTCACTTTTTCAATGACATTTCCTAAGCACTAGCAGGCAGTGTGGTTGCTATGTTCCTCTGTGTTAAGTTTTTTCGAGTGTGTTTAGATTTTACATCGGAAATACGTGAAATGGTAACTTGCTTTAGAAGTAGTTAAAGCTCACAATAATTTAAGCAAGGGAGTCAGGAACAGGTGAATGTGCAATAATTTAAATAATGAAGTAAATACAAAACAAAATGATTAATTCATTTAAATTGAATCATATCAGAATATGAAGTAAAAACATAATTGTCTGACCATAGCTTTGTGAAATTATGCTACAAAAATATGTCTGCTCAAAACAAAAATGTTAGACGGCCAGCATAGAAATTTGAGCAGCCTGTGCATCTTGTTAGACAACAGGAAGAATAGCACTTCTTTTAGGGTTGTGCTTTAAATATGGTTTTAGTGTGGTTTATACTGAGATCATGTAAAAAGAAAACACTCTCTATACTTTTCCAAAGACACTGGGTTCCATTCATAAACACCTTGTGAAACCCCCACAGCAATATTTAGGACTTTATTCTCGTACTTCATTTGTCAGAAATACTTAGCTGCTCACTTTGTCATAAGCAACATTTAATGTATTTCCCTGTTGATTTTTCAAATACAACTATAGAGTGAGAGTCAAATGAGCAAGGATATTGAATAGAGCACAATTTATAGTACATTAAGTACTAGGGCTGCCACGGTTCTCAATATAATATTGAACTGTTTGGTACAACCTCCACAGTTTAATAAGCGCTTGTGAATTGCGGTTTTCTTGGTGTTGCATTTAAATAGTTTATGTGCGTTTTATATCTCCCCGAATTGACTGTGTGTGCCTGTAAGTCCATGAGCTGAGATGAGGAAACTCCTCCCCGCGAGTAAATATCCAATCACTACGCTCTAAAGTTATGGGGCACTTAACCATCATTCCACACTTTAACTTTGCGAGCGGCGGTGAAGTGAGGTTGAGGCAACAGTACAAGGAAGCGCCGGCAAAGTGAGGCAACAGTACGAGAAGGCTCTGGCTTCTTTCAAATCTGTGGTGTGAGGACATTTCGGTTTTGCCCGTAAGTATAATGCCAATAAAAGAAAAAATTTTGAACAAAAAATAACAGTGTGCATGCATTGTTTTACACATATAACCATGACTGCACATCTGCAGTGCCATCACTCACCAATATCACTCTCTGAAGGCAGGATAGCAGAGAAGGTAATAAAGTCCTCCAAATAGCAACAATCCTTTGCTGAATATTTCAAGCAAACATAACTGTAACTACAACTGTTTTCTGAGACACACATAAAAAAAAAGCCAGTGTCAAGCCATGAGAACGGAACTGAGCTAAAAACTGTGTTAAAAAACCGAGGTATGTATTGAACCATGAGCTAACTGTATTGTTGCATCCCTATTAAGTACAGATGATTATCCTAACTTTAGATAGAAATCTGTGTAAATGAGCAGATATTATTCTTTTCTTTTTCAAGACTTTGAAACGTATAAACCCCAATTGATAACCTAAACCTGAGCTATAATAAAAACTGCCCGATCACATATATTTGATGTACAATCTGATTAAAATGGAAGGCATGATCAGTTTCAAGGCCTTCAAATTTTTTTGACTGCTGCTGTGCACCTTTATGCCCAACTAAGCCAATATGTGTACTCTGTTTCCATCAATTGATGGAAATATTTTGCTCCTTGCGACTGCAATCTTTGAAAAGCAGCTCCACCAACCACAAGCAGGTAAGCTGGTTGTGGTCGGTGGAGCTGCTTTTCAGTGGATCATTTTTCAACAGCTGCAGTCTTATTAAACTAAACTGAATCAGTTCATCTAAGTTTTAATCTAATATATAATTACTCCAGAATTCTACCTGCCTGACATGATGAATGTGTCCCACAAAGTATATTGCTATTACTTTTTTTTCCTGTTCATCCATTTAAAAGCATCTTTGACACAATCTACATTTTATAAAGTGCTATAAAATAGGGATGCAACGATTTATAGATTTTGGTTGTACGATTATAGTCTGAGGAATAATCACAATTCAAAGTTTCATAGTTGTCACAATTAATATGCATTTATTAATTTAAAAAAAAACTACTAGTTTAGAAAATCACATGAAAAGCTTAATTACAATTTTAAAGTGTTATTTATTGCTGCTCAGTAACCAAATAATAAAGCACAAATGAATATTAAAAAAAACAATATTCAATTTCTCCTTGGATTTAAAATTAAGTGGCAAAAATGTTTTTGGCATTCAAACATTAGTAATTTTGCACTGAAAATAAATGACAGAACAATAAATAAAAAATAACTAAAAATAAAAATTTTGGTATTGGTATTGGTCTAATGTAAATGTAAGCTACATATTAGCTAAGTATTTTTCTTTTAAAAGAGAACAAATGTAGTCAAAGGCTGCTGAACCTACTGTATGTCTTAAAGGAATTTTTTGATCAACTATATTACAAACTTAATTGGTATTTTTTTATTATTATTATCGTTATTCCTATATATTATTATTATTTTATTATCCTTGGTGTTCAAGCTCAGAACTTTGAACTAGTGCACAATTGGCATAACTTTTAGTTGCAGCAGTTTTGTTCCATGCAGAAACACGGTGTTGAGAAGCCTTTACGATTAATTAATGGTGACAAATTAAAGCACAGTTAATAGTGAAATCAGTTTATGGTTGCATCCCTACTTTAAAATAAAGATGGCTTTATTTGAATTGACTTTTTCAGAATCGTAAATTGTACGTTTTTTAAAAACAATTGTGAGTATTTATTAATGCAGAATGGCTGATGTTTTCTTACTATACGCACAACCATTCTCACGTAGAGCTGGATTCTACAGTGTATTGTCAATGGTGCCAACCACAATACCATGATAAGCAGGCTCTTTATATGTATAAGCGCTCAGTGAAAAGCATGAATTGATGCATGATAATCATTGTACCAAATCACAGTCATATATGTTGAGCGTGATTGAAACACTGGCCAATCGGTGGTGTATAAGAATCTACTCAATAGTTCCACAAGTGTTCGTTGAAAATTGATATTTTAATTTCAGCTCTGACTGGTGTCAAATTTTAATACATTTGAGGTCACATCTGTTCCACATCTTCAGCTTCTCTGTCTGGTTTATGGGCTATAGTATACACTTTTTGTAATGCAGTTGGAGGGCAAATTGAAACAAAAAACAAGGAAAAACATCATCCAGACAGATTGATCTGTGCATTTCTCTTTGACAGTTTGCCCACTGGACCATGCAACTAATGGCAAATGCCTTCCTGTGTTTATATAG
Seq C2 exon
CTGTGTCTGAAGTGAGCCACTCCTTGAGTCAGACCATGGTGCGGTTCAGCACAGGAGACCTCAAACCAGACCTGATGGCCACTCTCAAGTGTCAGCCTCTTGACCCCATCCTGGCATCTGCCCCTCGACACCCACCATCCTGCACTGTGTCCAAGGGCTTCAATG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000006240:ENSDART00000018908:3
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.008 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0050123=AMP-binding=PU(24.4=79.7)
A:
NA
C2:
PF0050123=AMP-binding=FE(12.6=100)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]