DreINT0150312 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000104949 | slc27a1b
Description
solute carrier family 27 (fatty acid transporter), member 1b [Source:ZFIN;Acc:ZDB-GENE-061013-672]
Coordinates
chr1:57817642-57822107:-
Coord C1 exon
chr1:57821946-57822107
Coord A exon
chr1:57817712-57821945
Coord C2 exon
chr1:57817642-57817711
Length
4234 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
ACGGTGTGT
5' ss Score
6.96
3' ss Seq
GTGTGTGTTTCTGCTCTCAGACA
3' ss Score
9.8
Exon sequences
Seq C1 exon
TGGTGCTGGAGGTGAGGGAGTCTCTGCGCAGTCTCTCGCTCTTCTCCTGTGGTTCTGCTCCTGCAGAGATGCTGGACTCGCTGTCGGCTGCAGATCTGGACGCTCTTCTTTCCAAATCTCCTGAAACACCACCCGCTGTCGCACACAACAAGGGCTTCAACG
Seq A exon
GTGTGTATTCATACTTCTCATCCTATTTGTGTGTTTGTGGAAGATACTCTGCATATGTCTTGTTTGTGAGTCATGTTAGTGTAATGGAGGTCAGCTAGTGGAGTGCTGTGCTGGTAAACCTCACTCCTCTGACTATTAAAGGTGCTCTAGCGGCAGATGCTAGAGGTCATGGTCTTTAACCTCCTTGGTAGAGCAAGCGACTCCCATGCGGAAGGTCGCCGGTTTGATACCAGCTCGGAGCGGGTTGGGTGGCGTAGGACCGGCGGGGTTACATTAGCATGCTAATTTGTACTAAATCTATCTTTCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATATCTGTCTGTCTGTCTGTCTGTCTGTCTGTCTGTCTGTCTGTCTATCCATCCATCCATCCATCCATCCGTCTACTGTATGCTAACGGGTTAAAACTTCAGGCTTCTTGAAAACTGCTTCAGTTATTAAAACTTTCTCAAGCTACCATAACGTTTGTCTACGTACGTTACTTCTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGAGAGAGAGTGGTGAGTGTGTATGTTTATGGAATATTCTCTGCATATTGCTGTGTGCGTGAGTCAGTTTTTAATGACAGGTAAGCGTCTCTACATGTCTGAATACATATTTCAGATGCCACAACTGTTTGTTGTTTCTGGTGTTGTGGTTCATGTATAAAGGCAAATCCACATCACAAACTTGGGGATTTTTTGTTTTTATTTTGTGAAATTTCTCTTTTTCTTTTTTTAATAGAACAGGTTTACCCTGTTATTTATCATTTTAATTACTACATCATATATATCTATCAAATTACAGCTATTGTATATAAGGCATATTAATATAGAATTTAAGATAATATAATATAATATAATATAATAATATAATATAATATAATATAATATAATATAATATAATATAATATAATATAATGTAATGTAATGTAATATAATATAATATAATTAATATAATATAATTTAATATAGTATAATATAATATAATATAATATAATTTAATATATATAATATAATATAATTTAATTTAATATAGTATAATTTAATATAATATAATATAGGCGTTACGATGGTAGAGTGGGTAGCACGATCGCCTCACAGCAAGAAGGTCACTTGGTTCGAGTCCCGGTCAGTTGGTGTTTTTGTGTGGAGTTTGCATGTTCTCCCCATGTTGGCGTGGGTTTCCTCTGGGTGCTCCAGTTTCCCCATAAATCCAAAAACATGCGGTATATGTGAATTGGGTAAGCTAAATTGTCTGTAGTATGTGTGTAAATGAGTGTGCTTGGGTGTTTCCCAGTGTTGGGTTGTGGCTGGAAGGATTTCCGCTGTGTGAAACATATGCTGGATAAGTTGGTGGTTCATTCCGCTGTGGCGACCCCTGATTAATAAAGGGACTAAGCCGAGAAAATAAATAAAACAATGAGTAATAAAATATAATGATTTAATTAAATAAATTAATTTATTAAACCTTGATTCGGTGTATAACATATATTACATTTAATCTTAATTCTTATATATCATATATCAATGCTGCAATAAATATACAAATCTTAATAGTTTTGTTCTCTTTAACATGTATTAAAATTGCATTATTTATATTTACGAGAATGAATTAACACAAACTTGATGATTAATATTTAATAAATAAATTGTGTTATAACGTGTAACATAAAATGCAACATATCTTAAAATACTATTTGTAGTATAGTTCGTTGTTGTGTGGGAAGAAGAAGACAGGGTCGGCGATATCAGGTAAGCAATATATTTTATTTTGCTTTTCCACAGCACTAGCAAACTGTGTGCGTGTGTGTGTGTGTGCTCTCTCCTCTCCCGACTGCTCCTCCCGTTCTCCTTAAGAAGGGAGTCTCTCCGGCCCAATCACTAGAAAGACAGGTGTTATTTATCATTTCTGATTGACCCGCTGATTAGCCGCCGGGCTCCTAGCATGCTCTCCCCCCTGATTGGGTGTTCGATCACGCTTACCTCTCCACACTATTATTATTATTATTGTTACATTAGTTAATCTGAATATTAAAATAAAATACGATTCATTATTTTAGGAGAGATGTGCTCATCTCTGCTCAGTTGTTTCAAATATTATGCAAAAATCTCCCAAAATGTAAAGGCTAATGACTGTCTGTGAGCTCCGGGTGATTCTGTTTCTTCCGTTGAGTTTGGTGTGTGTGTGTGAGCCTGTTTTGGCTATGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGATTCCCCCTTCACTGGGGTTTATGTGTGTTTAGCCATTGGTTAAAGTGGGGAAAAGGTTACATTCCTGCCCAGAGAGAGAGGGAGAGAGAGCTAGTTAGAAATACTATTGCAGACCATCTGAAGGACTGTAGAGGTGTGTCTTGTATTTTATTTTCTTAAATTTTAACAACAATATTTATTCGTCATCTTTTTAATCCTCTTATGAGTCTATTTTCTTCCGTATTTGTCTTTTTATCAGAATTTAAATCTGTTCTTCTTTTTCTGTATGCATATATGAAGAGTTCAGATGCAAAAAGCTGAGAGTGCCGTCTGAAATTTCCATCGAAAATCAACATTTTTCTCAGCCTCCTTTGTTTATGTTGAGTTATTTCACTTTAAAGACCAGGGAAAAGACTTATTATTTGCCATAACTGTGATATTACTGAACATGCACACAGGAGCCTGATAGAAATGCTCAATTTAGAGGAAAATTTCAGACGGCATTCAGAGGTTTTTGCATCTGAACTCCTTATATATTATAACTTTATAATTATATTTATTGTTTATGTAATCTGCAATGATTTTTCAATTCTCGATAAGTCACGCCAATAAAGCTCTGTTCAATAGAGGAGACTCTAAACTGCAAAAGCAAGTTTGAATTGAGAAAGAGAGAGAGAGAGAGGAAGAGAGAGGACAGCAGTAGAGTCTGAGCTACAGCAGCAGAGAGTGTGTGAGAAACTCAGTACAGGAGAAACACATCTGCTGTGAGGAGAAACACAGATGAGCAGAGGAGTGTCGATGAGTCTGGAGTCGCTGCTTTATCCACCTCTGACCCACTCAGCTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGCACTTGCACTTGTGTTCAGTGTGGGTGCTTTATGTATGTATGTATGAATGTTCAGTGTGTGTGATCATGGTGTGCGTGTATCTGTGTTCACTGTGTGTTTTCAGTCGGTGTGTTTCAGTGTGTGTTTGTTTCAGTGTGTGTGTTTTCAGTGTGTGTTTGTTTCAGTGTGTGTGTGTGTCAGTGTGTGTGTGTTTCAGTGTGTGTGTTTTCAGTGTGTGTGTTTTCAGTGTGTGTGTGTTTCAGTGTGTGTGTTTTCAGTGTGTGTTTGTTTCAGTGTGTGTGTGTGTCAGTGTGTGTGTGTTTCAGTGTGTGTGTTTTCAGTGTGTGTGTTTTCAGTGTGTGTGTGTTTCAGTGTGTGTGTTTTCAGTGTGTGCTTGTTTCAGTGTGTGCGTGTTTCAGTGTGTGTGTTTTCAGTGTGTGTGTGTTTCAGTGTGTGTGTTTTCAGTGTGTGTGTTTTTCAGTGTGTGTGTTTTCAGTGTGTGTGTGTTTCAGTGTGTGTGTTTTCAGTCGGTGTGTTTCAGTGTGTGTGTGTTTCAGTGTGTGTGTTTTCAGTGTGTGTTTGTTTCAGTGTGTGTGTTTTCAGTGTGTGTGTTTTCAGTGTGTGTGTGTTTCAGTGTGTGTGTTTTCAGTGTGTGTTTGTTTCAGTGTGTGTGTTTTCAGTGTGTGTTTTTTTCAGTGTGTGTGTGTTTCAGTGTGTGTGTTTTCAGTGTGTGTTTGTTTCAGTGTGTGTGTTTTCAGTGTGTGTTTGTTTCAGTGTGTGTGTGTTTCAGTGTGTGTGTTTTCAGTGTGTGTTTGTTTCAGTGTGTGTTTTTTCAGTCGGTGTGTTTCAGTGTGTGTGTGTTTCAGTGTGTGTGTTTTCATTGTGTGTTTTAGTGTGTGTGTTTTCAGTTGGTGTGTTTCAGTGTGTGTCTGTGTGTGTGTGCAAATTGCTGTATTACACTGAAGAAAATATCACGAGAATCAATCCAACGGTATTGTTGTGTGTGTGTTTGTGTGTGTTTCTGCTCTCAG
Seq C2 exon
ACAGGTTATTTTACATCTACACCTCAGGAACGACGGGTTTACCTAAAGCTGCCATCGTGGTGCACAGCAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000104949:ENSDART00000159070:4
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0050123=AMP-binding=FE(12.4=100)
A:
NA
C2:
PF0050123=AMP-binding=FE(5.3=100)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]