DreINT0150329 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000017047 | slc27a4
Description
solute carrier family 27 (fatty acid transporter), member 4 [Source:ZFIN;Acc:ZDB-GENE-050417-248]
Coordinates
chr10:10817368-10822267:+
Coord C1 exon
chr10:10817368-10817532
Coord A exon
chr10:10817533-10822120
Coord C2 exon
chr10:10822121-10822267
Length
4588 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTAATC
5' ss Score
6.99
3' ss Seq
TATTGATGTTTTGTCCTCAGGTG
3' ss Score
10.52
Exon sequences
Seq C1 exon
GGGACGTGCTGGTGATGGACGACTTTGGCTATATGTATTTCAGAGATCGCACAGGAGACACGTTTCGCTGGAAAGGAGAAAACGTTTCCACTACTGAGGTTGAGGGAACACTGAGCCGACTGCTGGACATGAAAGATGTGGTGGTGTACGGAGTGGAGGTGCCAG
Seq A exon
GTAATCTGAGTTTTTTTTTTTTCTTCTCTCTTTTCTGTTTATTTTCGCTGTTTGTCTTCATATCAGTGACCTTAAATTCTTAAAAAAAGTTTTAATTGCTAGCTCCCATTGTTTTTCTTAAGGTGTATATATAATAGGTGCAAGTTAATACACTGAAAAAAAAGTTTGTTTTGGTAATCTTCAATGAATGTCTGAGGTTAATACCCTCTCTTAGAGTTAGTTTGCTATGATGGAATGATATGCAAAAGAAAGCTTTCCACCCTACTCAATATTGCATTTCAGTTTGAAGTAATGAATAAGTCTCAAAAACTTCCCAATCACGCAGACTTTAAATGTGTGATTTATTGTGCAGCAAACTTGAGTTAAGCTGATAACTTCCATTTGTATGTTGGGGACCAAATAACAAAAAATAGCTTAGTTTCAAATAATTTAGCTTTTTATAAGCCCAAGTGTTTTTAATTTTTTAAGATACACAGTCAAATACATATTCTTGTAAAGCATAAATCTCAAACTCAATTCCTTGAGGGCCACAGCTCTTCACAGATTTGTACCAACCCTAATCAAACACAGCTGATCCAACTAATCAAGGTGTTCAAGACTACTAGAGACTTTTAAGCAGTTGTGAGTTGGAAGTGGTTGGAGTTGAACTATGCAGAGCTGCGGCTCTCCAGGAATTCAGTTTGAGACCATTGTTTAAAGTAAACTCCATTTGATTGTGTGCTTTAACACAGATGCTAGAAATATATGCACAAGTAAGATACATATTTTTTAAGTGTTTGTGCTTGGGCCTCTATTAAGAGGGCATACAAATGGTTGAAACGTTTGTAAAGTTAATATATTGTTTGGTAACACTTTATTTTGATGGTCCATTTGAGTCTTGTCTGCTTAATATCTGCTGATACTGCTCCTTCAACAGACATTTAACTGACTATAAGAAACTTTGCAAGTACATGCCAACTTACACTAACCCCAATCTAAAAGTCTATATCTTGTATCTAATTAATTAGTTGCCATGTAGATGCAATGTAACTTAAATTCAACAAACGGGCCATGAAAATAAAGTGTGACCTGTTATTTTAACAGAAAGGGCTCTATTTTGACGGTCAAAACACAGGACGCAAACGCTTTCAGGGCATGTCAGGACGCGTTTTTGCTTATTTAAGGACGGGAAATCTGCCTTGCGCAGTGGCGCATGGTCTAAAAGGGTTGAGTTTATTTTATTAATGAGTTATAGGTGTGTTTTGAGAATAAACCAATTAGAGTCTCATCTCCCATTCCCTATAAGAGTCAGCTGCGTCGCGCCAAGAGCGCTTTCGCTATTTACAGGACGCAAAGTAAGTCTAAGTGGAAAAAATGAGCATTTCACAAGCAAACAGTTAACAGTTTTTTAACAGAAAACTGTTAAACAGAGCATCTACTGCGTGAGAATGAGAGATAATGGAACTACTTTCACATTCGCTCTTGGATAGGGAAACCTTTACGCACAGACATCAATTAGTCTATAAATAAATACTTTTGTTTATTAAGAGCAAATATTCTTTTCAAAACTATTTCTAAATTCAGTTCTAATTTCCAGCAAACGAATAAATGAATAATAATACCAAAATGTGCTCAAAAACCTGAGTTATATCCTCAAACACATGCTGTGCCCCTTATGGTCTAAAACCTGACAGGTGGACAAATCTAAGCTTGTTTTTAATAAAACAAATATAAATATGGCTATAAAAAATAATACTGCTAATAATAATAACATTATACAAAAGCAAATTGTTATGAATGAACTGAAAAAGCTTCCCGAGATGAAGACATAAAAGCAGTGATTTTTCATATTTATGTAGGCTAGAAAATAATATGTTTTGTAATATTTTAATCCTTTATATTTATGTCTATATCTATTCTTATTATATCCTATATATATCCTTAATATTTAATTTTTTTCATATGTAAAGATATTTGCCTATTGCTCTCTTGTGCGTATTAAGCAGTGCATAAGCTAGGCGCAACTCTGCGCCGGAGTTTAGACCGGGTTTGTTTTGGTCTAATGAAAAATCTATTATAGTTTCTCAAATTAGCAACGCGCCAGCGGTCCGCCTCAGAACGCCTTCCTTTTTAGACCAGAACGCCTATGGGTGCACAAATGAGCGCTAATGCATTTGCTATTTAAACAGCGTAGCGCAACGCCTCAAAATGACTCTTGCGCCAAGCTGAAACTACCAAAAGACTACTGAGCCACGCCTTGCGCCACACTGCGCCGAGTGTATGATAGGGCCCAAAGGCTCTGATTGGGGGATTTTGGCTAATAGCATCTGGCACAGCTTGTACAGCAGTCTGTGAAATTTTGACTACTCTTTTGTTAGAAAAAAAAATAAAAAGAGAATTTGGTCAATTTTAATTTGTAACTACATTTTTGTGTTTTTTTTATCAACAATATTGCATTGAAAAAAATCTTTGGGTATTGAACTACTTTTACTTTGATAAAAATGTGGTACATGCCTAGAAAAAATGTTAAATGTTGCGTAATTTTGATTGGGCCAAATGAAAGTGTGCTCTCTCAATTGATTAGTAAGACTGTCACACACAGACAGCAGTCACGTATTTGCTCTGAGAGGGGGAAATTAAATAATACATAAATATTTCATATCACAGCCTCTTGCGATTTAACTAATTGCGATTGCGATTCGATTCCGAATTATTGCACATCCCTAGAGAGGAGTGACTCAATGTGAGTTGGTCATGTGATAATGATAAATAACAGATGAAGTGCATCTGGATTCTATTTGTAGTCTTTATATTAATGCTATTTTGAATGTACTTTAACGGATGTGAAACAAGTTAAATGTAGTGCCTGCTTAATTTTGTGACTTAGAACACAGCTTATAATTTGAACTTTGTCTCGCTAAATAAAATTACTCTGCTCTCTTTAGTTTTGAGCTAACATTACAATTACTAAAGAATCTGCTAGGAATAAAGTGACATTTTAATATTGTTTACCATTGCTAAACAAAATTGTGCAAAGTCTAGTAATTCCGTATAAATACAGTCAGAAATTTGTGTTCTTCCAAAACAATATTCAAAGTGGAAATGATGTATTTTAGAGTCTTATATAAAACCATGTTTTTGCTGAGATCTATTCCTTTAAGTTGTAAGTCTCATGGATCCTTGGGATGTTCAGCCAGTATGTGGGGAAGATAATTAATTGCAACAAAGCTGACTGCAGTAGCTCCTGGAGGATTCTGGGAATGCTGAGCCAAACAAAGTCTCCTCCTCGCCTGTCTCTGGTTTTTGCTTACACTAGATCTATAAAGGAATGGCAGCAAAGTGCTGAATATAGCTTGGTCCATTTCAGACGTCCGAAAGAAAAATACAATCACCTTCAAAACAAAGTCATTAGCAGAATTATGATCTACAGCATGTAAGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTAGTATATATTAAAACATTTTTGGGTCAACATGCAAATTGATAAACTAGAATCTGTTTAAAAATCATCAGTGTTTTCTCACTCTTGATGTAAGAATAAACACACACACACCACATACTCACAAACTGAATTGCACGAATTTTAAATAGCTGAGACGATTTTTGGAATATGAAAGAGATTCAGGATAAATGGCAAATATTTTGCTCCATCAGGCTACAACCACACAAAGTCATTGATTTTCCCTTTTGCAATTTTTTTACATTCCTCACCAGTATGTGGCGCTGTAATTCTCTCATTGAGATACACAAATAGCGGTGAAGATTGCACTGTGAACAAAGACCATGAGATGAACATGGGGGAATGCATTTTAATAAAGCTGTTAAGCTCAGAAGTTTCTGCTGCACAAACACACTTATGTAGTCTGCCATTGTTATTGCTGTTACATGACAAAGCAGTGTCTGACTAGGGACGAGATGTGGCCTGATGACATCATCATTTCACAAAACACAGATAAGGTGTTCGCACCGATCTGAAAATGACATTTTCATCTTGCCATAGGATTTAAAAAAATTATACTGCCAATACGCCAGTTGCTTCTGGACAAAATGCATATATAATACAACTTTTTGGTGTATACTGCTAAACACTTCTCTATTTGAATGAGGCCTTCATCTGTTTTTACTTAAAGGGCTTATATTGTGCTGGGGGCTGGGGGGGTTCAAAGAGGTATAAAAAAAATATTTGGGGGCTATTTTGAGCTGAAATTTCACATCCACAATCTAGGGGCATCAGAGACTTATTTTACATCTTGTAAATGGGGCATAGTTGGTCCCTTTTCATGTTTAGTTCAATATGTGTCAGGACCAAAGAATCAATAGTTTATCTTGTACAATGTGCCATAAAACAGATTGCCAAAGAGTATAGACTGTTGTAAGATACAATACTCTCTATCTACCTTAGTTCAAAGATGTCTGTCCTTGTACCACTGACACTCGACCTGACCAGGCAATGATCTCCTTACACAGGTTATTTTAGTCCACAGGGGCTCAGGGTTCTTCATGCCTGTAGGCTTTCCTTATGCAGTTAAGGTTTAGGTTATAAACCAAGTTTGCCCTTGTGCGATTATTATTGATGTTTTGTCCTCAG
Seq C2 exon
GTGCTGAAGGTAAGGCAGGGATGGCAGCCATAGCAGACCCGGAAAACAATACTGACCTAGCCAAGTTTAGCAGGGACCTGGAGAAGGCCCTGCCACCCTATGCCCGTCCTGTGTTTCTGCGCTTTCTACCAGAAGTGGACAAAACAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000017047:ENSDART00000004181:11
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.054 A=NA C2=0.100
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0050123=AMP-binding=PD(5.5=42.9),PF131931=AMP-binding_C=PU(30.3=41.1)
A:
NA
C2:
PF131931=AMP-binding_C=FE(64.5=100)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]