DreINT0151551 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000044808 | slc4a4b
Description
solute carrier family 4 (sodium bicarbonate cotransporter), member 4b [Source:ZFIN;Acc:ZDB-GENE-091030-1]
Coordinates
chr21:5992205-5998341:+
Coord C1 exon
chr21:5992205-5992366
Coord A exon
chr21:5992367-5998270
Coord C2 exon
chr21:5998271-5998341
Length
5904 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
GATGTGAGT
5' ss Score
7.77
3' ss Seq
TGTGTGTTTGTTTCTTACAGGAG
3' ss Score
11.36
Exon sequences
Seq C1 exon
ATCCTCGCACTGGTGGCTGTGAGAAAGGCCATGGATTATGTGTTCTCGCAGCACGATCTCAGTTACCTGGATGACGTCATGCCGGAGAAAGACAAGAAGAAGAAGGAGGACGAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAAGGCAGCATCGACAGCGACATGAATGAT
Seq A exon
GTGAGTCTTGAGTCTATATGTGTGCGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTATCAGTGTGTTTGCGTTTGTGTAGTGTCTCAGTAACTTCAGCGGAATGAATCTCCACACCTGCGTTCACAGTCGGATTTTCCAGCCATCGAGACCATTCCCAGTATAAAGATCTCGATGGAGGACATGGAGCAGGACGCAGTGCTGAGGGAGAAACCCTCAGACCGTGAGTATACACAGAAGCCAGGCTTTCACACAGTGGTGGATGAGAACGTAAATGAAACACGTCTGCGGTTTCAGCCAAAAACGGGAAACTTTTGTCTGTTCATTTACGTGACAATGTTTTTTTTTTTATTACATTTTACAAACAGATAACTTGACATTCCATGACATCAGCAGTAGTTCAAATAATAAAAGAAATAACCATTTAAAAAAAAGACACATGCAATATTTTCAAAGAATACAGCTGGGAATAAGTGAAGGTTTCTTAGGGATAGTACACACCAAGCTGACGCCAAACAACTAGCACAGATGAAACCAAAATGTGTTGTTGCCTCACATTGGCTCACATCTGTTTCCATCTGGACCGTCATGAAGCTACATGGCAAAAGTAGTTTAGCGACCTCTAAGCTATTTTTACAGTTTTCATTTTTAAATCGAAGCAAATTAAATCCAAGTCAATCATATCTTAGTGATCAATAAAACTGTCAATGAAACATATGAGGCAGAATAGTTCAGTTCAGTTATTCACTGTAAATAATATAGTAAATTATAGTATATAACAGCTAAAACAAAAAACCCAATAAAACCAGGTGTTACACATTTATAATGCTATAGTAATTTATAGTAAAGGGAAATATTTTGGAATAAGCATTATATATAAATACTAAAGTATTTTTGGTCCCACTTTATATTAAGTGGCCTTAACTAATATGTACTTACACAAGAATGAATAGTTTGTTACAATGTACTTATTGTAAAAATACATGTATTACAGTGTACTTATGCTTGAATAAATATCTGTTTGTTACTACAATTAGGGTTAGAGATAGATTCAGAGAGTTGGGAAGAAGGCCTTGAGAATATACATGCATGCTCAATTAACGTAAGACATCATTTAATTCAATTTAAAACCCTGCATAGGTTACACTTATCTAAGGAGAAACTACATAAGATTTCTCTTGGGTATCTCCACTCTGTAATAGGTGTAAAACAGCAGAAGGATCCCTAACCCACTTGATATGGTTGTGTCCTAAATTACAAGAATATTGGGAAAATATATTTGAATGTTTTTCTAAAGCCCTCAAAAGAAATCTTAAAGCATGTCCACTTATAGCTGTTCTTGGGATATTTAGTAATTTAGAGATGCTTAATAAATATGAAAGACAAGCCATGTTATTTGGTATGGTAATTGCCAAAAGGGTGATTTAAAGAATGTGGAAGACTGAATCTGTACCTAAATTTGGTATGTGGGGTAGAGATATCGTAAACATGCTTGCTTTGGAGAGGTTGAGATATATCAATAATGACAAATTGCGGATGTTTGATAAACATGGGGACAGATATTAGAACACCTTAGTGCATTGGAAGAAGCACTAGCTAACCAATAACCCAATAACACAGTAATTAAAAATTGAGTTTAATTGATATTCACAATTTATAATCTATAATATTCTTAATAATGTGCCCAAACTATTATTTGACAATAACACTGTAGTCGGGATAATGCATTTTTCTGGTGATACAAAAACGTTACTTTATAATTGTTTTATTTATGCATTAACCTGACCAGCTAAATTATATTTTGCTTTCATGTGCATTTGTCCCTCGGTGTTCTGTCGTTCGTTTGTTCTGTCATAGGTTAGGTTTTTTTCATATATATATGTATACTTTTTATGTATTGTATTTTATATGTATTATATTATATTGTAGTGTGGTTTTTTCTATATTTTGTTGCAGCAAAAAGCACATAAATAAACGTTTAAAAATATAAGAAAAATCTTAAAAAAGGGGTAAACTAGGTGCCCTTTAAATCTCTTGTTAATTCTAGAAAAGGTGAAATCGCATCTGTCCAATTCACTAATTCATAGTTTAGTGCTATTTCTGATCCAGTCGAACAGGAATTCAGCTCATTTACAAACCGGACACTGTTATCACGTATCTAATTTCATTGGCTCAGAGATAATAACTTACATTTTTTTCATTGATTTGTGTAACTCTTGTGTTTTGAAAAATTGTTAAGTAATTGTACAAATGTCAATTTTATTTATATAGCACTATTAAACACAACCAAAGATTGACCAATGTGCTGAACAATAAATCACAAAGAACAAGTATAAAATTATAGCTAAAACAAACAATTCTCACAAATAGTTATTATAGCTAAAAACAAACAATTCTCACTGATAAAATGCCAAATCAAAAAGGTAAGTTTTCAACCTAGATTTAAAAACAGACAGCGATGATATAGACCTAATACAGAGGGGCAGAGCATTCCACAAAGTAGGACCAGCTACTGCGAAAGCCTGGTCACCCCTGCATTTCAGCCTCGACTTTGGAATGTATAAAAGTCTCCGGTTTGATGACTGAAGAGACCGACCAGGCTGATGTTCAGTCAACAGGTCTGACAGGTAGGAAGGAGCTAAGCCATTTAGAGATTTAAAAACCAGGAGAAGAATTTTAAAAGTTACACAATAGTGCACAGGCAACCAGTGCAGAGAGCGCAGTACTGGTGTGATGTGGTCATATTTTCTGGTGCTGGTTAAAAGCCCTACTAGCTGTAGGTGGGATAGAGTTGTCTCACTGATCCCAAAATATAGCGCATTACAGTAGTCCAATCTTGAAGTAATAAAAGCATGAACTATTTTTTCAACATGTTTTCTAGATAAAATAGGTTTAAAAAGTCGAAAGCTTTTATGTTCAGATAAAATAAAAAGATGGATGTGTAAAAATATATTTATTTCTTGTCCACCACTGCCTGAACCCATGCGCTGTGTCGTTTTCAAAAACCTGACTAATGTCTTTTCTCTCCTTCTTCTCACTGTCATCTCACAATCCTCCAGAAAACATCTCTAAATCCTGTTTTTCTCTTTGTTTTTGCGGTGTTGCTTGGTTTCCTGGTCTGGTGTGGATCGATAATCCGTTCTCAGCAGATAATTTAAGATGCCTAATCACTATTTGTGTGGATGTATTAAGAAAGTCAACATGAAGTCGAAATGCACCCTGTTTGCTTTAATAATTCCTGTTCCTGGTCTTTCAGTGCATGATTCATTCGGTGTCTTTCATCAAAGTAACTTGATCTGTGACTTTATTTGTTTTTGTCTGATGTCTTCGAGTCTACTCTGGTCTGTAGAGATGGGAATTAGGTAGAGTTTAAGAAGTAGCAATTCTTTGTTGAGAATCTTAAAGAAATCAACAATACAAGCAATGTTTAATAGAAAAACCGTTGAGGAACAAGCAGTAGAAACAAGGTTTAAGAGAAGAAATGAACTGCTATTGTAGTCAGAAAACATTAATTATAATTTAAATTTAAATTGTGAAATATTATATAAAATGAATGATCGTTATTTTCATTGATTTTTCTTAAATTGGAAATCACAGTACACAAAGAACATTCATTCATTGGTTTTCCTTTGGCTCAGTCCCTTTATTTATCAGGGGTCGCCACAGCAGAATGAACCTCCAACTATTCCAGCATATGTTTTACACAACAGATGCCCTTCCAGCTGCAACCCAGTACTGGGAAACACTCATACACACTCTTCACACACACTCGTACACTAAAGCAATTTTAGTTTATTCAGTTCACCTGTACCACATGTGTTTGGACTTGTGGGGGAAACCGGAGCACCCGGAGGAAACCCACGCCAACACGGGGAGAACATGCAGACTCTACACAGAAATGCCAACTGGCCCAGTCGGGACTCGAACCAGCGACCTTCTTGCTGTGAAGCGACAGTGCTAACCACTGTTTGCCAAAGAACATCCATTATTATGAAATTTTATAAATAATAAAAAGTTTTATAGAATAAAAGTTAATAAAAACACAATTCCTAATGTGATAATTGTGCAGAAGTTCAGCGGTTTTTTAAATCATAACACAATATTACCAATTCCAGGGTCAAAATAATTTTCAAATGGTTGCCATATTTTGTAGAATTGATCCGTTTTACAGTGATTTATGGATGTAAGGGCGGCACGGTGGCTCAGTGGTTAGCGATGTCGCCTCACAGCAAGAAGGTCGGTGGTTCGAGTTCCGGCTGGGCCTGTTGGCATTTCTGTGTGGAGTTACTGTAGCATGTTCTCACGATCTTGGCGTGGGTTTTAGATAATAATAGACATACATGCTCCGGTTGCTCCAGTGTCCCCCACAGTCAAACACATGAGCTATAGGTGAACTGAATAAACTAGATTTGTCGTAGTGTATTAGTGTGTATGGGTGTTTTTCCAGCACTGGGTTGCGGCTGGAAAGGCATCCGCTGTGTAAAACATATGCTGGAATAGTTGAAGGTTCATTCCTCTGTGGCGACTGTTAAAATATAGATTAAGCTGAAGGAAAAAGAATGAATTAATATACTCCATTAACGCTTTTTGTCAGACTTTTCTCAGATGTCCACTGCAATGAATAACTAAATAAATAATATATAAATTTACTCCAAAAAAAGTGATGGCACTAAAGATCCTCCTGTTTGCTGCAGAAGACGGGTATTATAATAATTATTATTAAATAATTGATTCCATGCTGGTTTAACCACAGTAGCAAATATGAATAATAAATTAATTATAAATTTATTATTAATTGTAAACTGGGATGGGCGATGCAGTGGCGCAGTAGGTAGTGCTGTCGCCTCACAGCAAGAAGGTCGCTGGGTCGCTGATTCGATCCTCGGCTCAGTTGGCATTTCTGTGTGGAGTTTGCATGTACTCCCTGCATTCACATGGGTTTCCTCCAAGTGCTCCGGTTTCCCCCCCACAGTCCAAAGACATGCGGTACAGGTGAATTGGGTTAGCTAAATTGTCCGTAGTGTATGAGTGTGTGTGTGTGAATGTGTGTGTGGATGTTCCCCAGAGATGGGTTGCGGCTGGAAAGGCATCCGCTGTGTAAAAACTTAATGGATATGTTGGCGGTTCATTCCGCTGTGGTGACCCCAGATTAATAAAGGCTCTAAGCCGACAAGAAAATGTATGAATGTAAACTGGGATGTCATTAAAAATAACATTTGTCATAAATATGCCTGGTGACGCAGTGGCGCATTAGTTAGTGCTGTCCCTCCGAAGGGATTAGGGCATAGGGATGAGCCCTTCAGAATGGAATCCAAATTTGCTTGCAAGATAAACTTAAATATATATACATAAAGGGCAGCATGGTGGCGCAGTGGGTAGCACAATCGCCTCACAGCAAGAAGGTCGCTGGTTCGAGCCTCGACTAGATCAGTTAGCGTTTCTGTGTGGAGTTTGCATATTCTCCCACCATTCGCGTGGGTTTCCTCTGGGTGCTCCTGTTTCCCCCACAGTCCAAAAACATGCGGTACAGGTGAATTGGGTAGGCTAAATTGTCCTTTGTGTATGAGTGTGAATGAGTGTGTATTGATGTTTCCCAAAGATTGGTTGCAGGAGTATGAGACTTTTTTGATGCTTAAAAAATGTCAACCATTTTCATCTTTGACCAATATTAATGTTCTTTTAATATCCGTTTTTACATTACGGAAGTAAACTGAGTTGTAAACACACTCTTGTTGACTTTAACCTGACTGCAGTACTGAATTTCCTCTTCTTCACTACCTCTAATCACTAACTAATCAACTCTCCTTTTTAGCTGCCTCTTTATATGTTAACCTTCTGGGATTGAACAATCTGCCGTGTTTATGTGTGTGTGTGTGTGAATGTATATTAACAGCATGTGTGTGTTTGTTTCTTACAG
Seq C2 exon
GAGATAAGCCCATGTCCTTCCTCACTCCCTACTGATGCAAAGCACTTTTTCCCTTCCAGGACTGTGTCAAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000044808:ENSDART00000048399:24
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.380 A=NA C2=0.143
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]