RnoINT0138506 @ rn6
Intron Retention
Gene
ENSRNOG00000003134 | Slc4a4
Description
solute carrier family 4 member 4 [Source:RGD Symbol;Acc:68936]
Coordinates
chr14:20481026-20488449:-
Coord C1 exon
chr14:20488288-20488449
Coord A exon
chr14:20481106-20488287
Coord C2 exon
chr14:20481026-20481105
Length
7182 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
GATGTAAGG
5' ss Score
6.35
3' ss Seq
ATTATTATTTTTCTTCCCAGGAG
3' ss Score
8.44
Exon sequences
Seq C1 exon
ATCCTGGCCCTGGTAGCTGTCAGAAAAGGTATGGACTACCTCTTCTCCCAGCACGACCTCAGCTTCCTTGATGATGTCATTCCAGAGAAGGACAAGAAAAAGAAGGAGGATGAGAAGAAGAAGAAAAAGAAGAAAGGAAGTCTGGATAGCGACAACGACGAT
Seq A exon
GTAAGGAACTCCCCACGTTTCCCACGTAAAGCCAGTTAAAGAGACAAACGTGGGAAATATCACTTTCATTCCTGTTCTGAGGGCTCCACACGCTCATCAGATCGACCACTCATCACACCAATTTACCCTTTGTGATTTTTAATCTCATGTTTTGTTGTGTTTTGTTAAACATTTTCCAAAGGTCTTCCATAACCAATAACATATCCGTAATGACAGAATGGCTGAAAACAAAGACACAGGACACCACATGCAAAGAACCCAATCTCATAGATGAGGGACATTTGTTCAGTAGTGCTCCAAAATGTGTTACTGTGCAGATTATAGGCTATTTGACAGAATAACTCAGTTTTTAAACAATTAGAGCATAGCGGGGACTGGTGTCGGTGATTTTTTTTTTTCTTCTGAGACTATCAGGTAACTTTCCCTGAGAAGACTGTAGCTCTGCCAGGCACTGGACCTATATCGATTTCTGCTGCTATTGATGAGATGAGATCAGCAGCATCCTTACGACATCATGTGGTTTACTTATGTCACTGGGTTCCTAAAATTAATTTGTTTTATTTGAACCAGGTCAAAGTTTTTAAATTTTATTTTTCTTGGGTATTTTATGTATTTACATTTCAAATGTTATCTCCCCCCCCCGCCCCCCACATACCATCTCCTCTCTCCCATTGCTTCTATGAGGATGCTCCCATTCCTACCCACCCACTCCAACCTCAACGCCATAGCATTAACCTAGATTGGGGAAACGAGTCTTTACAAGACCTAGGGCTTTTCCTCCTATTGATGCTAGACAAGGCCATCCTCTGCTACATATGTGGCTGGAGCCATGGGTCCCTCCATGTGTACTGATTGGTTGGTGGTTTAGTCCCTGGGAGCTCTAGTGGGGCTCTGGTTGTTCTTCCTATGGGGTTGCCAACCCCTTCAAGCTCCTTCACTCACTAACTTTGGCTAAGCGTGCCTTATCTTCAGCTGTCACAATGGCTCCTTAGAGTACATATTTTTTTGTTCATATTTTACAGATAAAATTTAGAATGATAAATGTTGACATTTTTTATTTTTTAAAAACTGAAAACATTAGCTTAAGGTGTCACTAACCAATGAAACTGTCTGTGCTTAGAGGTGCTTTAATGTAGATATTACAGCTGGGAGTGGAGGAGCCAGAGCTCTCCTGCGAGCAAATCTGTGTGTTTGCAGCTCATCAGGCTGTCTGCTTGTATTCCTCTTCTAGAACGTGGACAGAGTGCAGCAAAGGGAAGCAACAGACAGAACTGGATTTCAGATAAATTGATCCAATAAGAAAAGGCTAAATATACCGGACACATTTAGCTACGGAGAAGGGGGGGTCTGGGGCACCTTCTGCCACTGTCCTCGTCCATCTTCTGAGAAGCAGGTGGATAGATTTTCTGTTTCCAATGATGAGAGAAGAGTAGAGCGTGTGTTTACACTGCAGCAGAGATTAACGTGCTGTGTTAAAAAGAAGAATATACTCGGATGTTGTCTGGAAGTCAACGCCTGAAGTGAACATTTGGACCATCCGAGCCAAACCCCAAAGGTTGCCTGAGATATTGAAATGATTAAAGCAGTATTCAAATCTTAAATTTTAAAATAGACTCCTCGTGTCATACTCACGAACACCAGACTTAAGATCATTACACGTTGCTAACTTGGAGACTAATACCGTAAGATGTTCTCTGTTATTTAAAATAATATACAACCTTTGGGCACTGTTTTAAACTCACTCCTCTCCCCTGACAGAGGTCGGCTCTAATAAGCTCCTTAAACTAATTCCAGAGCTCTTTGCCTCATTTCTGATGGCTTATACTCATACAATGCTCCTGTCTTGGTAATATTTACAGCTTTCTGTAGGCTTTGTGTTTGTTTCTGGAAATGACTCGGGGGATGCCTTCTCTACCACATCTGGGTCAAGACGGCAGATACGTCATGTGCACTTGTTCACGCACAGTGAACACGCTTGGTCCTATAGACTATATCAGGGCAGAAGGTTCTGCATGTTGAGCACATTGTTTGAAGACTATGCATTGGAATATATCTCTTGATATTCAGGTGACATGGGGTCCGCAGTCACATGTGGCCATATTAGGACTCCAGGGCCACACTTTTTATGTTTATGGGCAGACTTGGTGAAACTTATGTCTTGTTACATTTGATCTGTTCACAGTCACTTCTGAGCCTGTCTGGTAATTAAGTCTGTAATTAAGAGGTGGCTGCCTAGGTATCTATAAGTGCTATTGTTTGGGGGAATGTTTGAAAGGAGACTTCTTCTGTGACATGGCCACGAAGGAAGGTAGATGTGGCATCCTAATTAATTTAATTTTTTGTCAGTTAGCTATATCATCTTTGTTCCCAAATGATGTTATAACTCATTACTACTGCATATTAACCATGAGGATTGAGTTCAAGGTCTCACAATGATAAAGTAACATTCTACTACTGAGACATATCCCAAGCCTCTTCCTCCTCCCTTCCACCCCCCTCCCTTCTTTCAATTAAAGATTATTTTCTTGAAATATTCAGTTTAGAGATACATAGGACCTATTCACTCCAAATATAGACTTAGAGTTAATATGGCGACTTTTAAATTAATTAGGTTTTAGTGTTCTTGTGTGGTGTATATTACATGTTGAACATCTTCCTCCCCATAGCCCTGTTCTCACTGGTCTTCCTCCATTAGTCTCTACTATCTCTACAGGTTTATTTCATGGTTTTATATATCTATATAAAAAATCTAAAAGTGATGTGAAAGAAAACATCATTTTGTCTTTCCGAGACTGACTTAATTCACTTACTATGATTATCTCCATTTGCATCTACCTTTTAAAACAACAATGGGCAAAAAAGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTATCTGTGGTGTGTGTGTATGTAGTGTTTGTGTGTGTGTGTGTATATATATCTGTGTGGTATGTATCTGTGGTGTGTGTGTATGTAGTGTTTGTGTGTGTGTGTATATATCTGTGTGGTATGTATCTGTGGTGTGTGTGTCTGTGTGTATGTGTGTCGGTGTGTGTGTCTGTGTGTGTGTCTGTGTGTGTGTATCTGTGGTGTATGTGTATATATCTGTGTGGTATGTATCTGTGGTGTGTGTGTATATGTTTGTGTGTATGTGTGTGTGTGTGTGTATCTGTGGTGTGTGTGTGTATGTGTGTGTATGTCTGTGTGTGTGTCTGTGTGTGTATCTGTGGTGTGTGTGTATATATCTGTGTGGTATGTATCTGTGGGGTATGTGTGTGTGTATATGTTTGTGTGTATGTGTGTGTGTGTATCTGTGGTGTGTGTGTGTATGTGTGTGTATGTCTGTGTGTGTGTCTGTGTGCTGTGGTGTGTGTGTATGTAGTGTTTGTGTGTGTGTGTATATATCTGTGTGGTATGTATCTGTGGTGTGTGTGTCTGTGTGTATGTGTGTCGGTGTGTGTGTCTGTGTGTGTGTCTGTGTGTGTGTATCTGTGGTGTATGTGTATATATCTGTGTGGTATGTATCTGTGGTGTGTGTGTATATGTTTGTGTGTATGTGTGTGTGTGTGTGTATCTGTGGTGTGTGTGTGTATGTGTGTGTATGTCTGTGTGTGTGTCTGTGTGTGTATCTGTGGTGTGTGTGTATATATCTGTGTGGTATGTATCTGTGGGGTATGTGTGTGTGTATATGTTTGTGTGTATGTGTGTGTGTGTATCTGTGGTGTGTGTGTGTATGTGTGTGTATGTCTGTGTGTGTGTCTGTGTGTGTATCTGTGGTGTGTGTGTATATATCTGTGTGGTATGTATCTGTGGGGTATGTGTGTGTGTGTATATGTTTGTGTGTATGTGTGTGTGTGTATCTGTGGTGTGTGTGTGTGTGTGTATCTGTGGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGCTCGCGCATGTTTGTGACACATTTTTTGTCCATATTCTGCTATAGGTTAGTTCTATATTTTGCCTATTGCAAACAACACTGACACAGTCATTGAGACTTTAAAATGTAAAGTAGTAATCTTATGGAAACCTACGATATTTTGGGCTTCAGTGGTCTGTTTTAAGAAGTTCTACAACTGCCTAATTTTATCATTTTCCTGGTTATGATTCTCTACTTATCTGATCAGTCTTTTGGTTTTATTTTCTTGTTTGTTTTCCCCCCTTACGTTTAAAAAATATTGTTGACACAACAAATTGGAATGAATCCTTAATCAGAAAATAGTTTCTGGGAGTCCTAAAGTAAGGAAAGGAGACTTTAAGTTTGTAGAGAGATCCTTGCTAGTGGATGTTAAAAAGGTCTAAAGATTGTTTTGGACAGGAATGTGGGTCATGATTTTCCTGGAGACAGAATCAGAGAACACTGTAAAACAAAGCATGATTTTTAAGACCATATATAGTTTGGAAATTTTCCTGGATTTGATCTGTTTCCACAGGGAGTGTTATCCCTTCACACATACAACCACCACAGTTTGCCAACGGGGAATCTAGCTGTGGAGCGCCTCACGGTTGTGTGTGGCTTGTCGATTCAGAATCCAACTGCAGACTACTTCCCAGTCAGGCTGTAGGGATCCTCTTACGGTGGCTTGAGCCTCGAGGAACTCAGTCCCAGTAACTCAGAAGAGGAGAAAGTAAATGCGTAGAGGACTTGAGGAGTTCAGCAGCCCGAAATAATGCCTAATGCTTTAACCTTTACTAGGTGTACAAGATAGGAGGTCAGTTTGCGTAAACACCGGGAAGCAGGAAAGAGAACACATTCTAAAAACTGTTGTCCGTTTTTTTCACAGTCTGACTGCCCATACTCAGAAAAGGTCCCCAGTATTAAAATTCCAATGGACATCACGGAACAGCAACCTTTCCTAAGTGATAACAAACCCTTGGACAGTGAGTAGAACTAACCTCCTTGCATGCTTGCCTGACTGATCCACATTCTTCCCAGGATCCTCTAGGGCTGCCCTTGACTTAACTTTCCCTTACTTTGTCTCTTTTCTTTTCTGGGTGAAGATTTAAGTAATTTACTTCCTTAAAACAAAACAAAATAAAAAAGCTATCTTTTCTCTTCCTTAAGGTCTACCTCTCTTCCTTTTATTCATAACCTCTTACCCTTTTGTTCAATAATCTTTTTGCCAAGTCATCGCCAAAGTTCTTTGCTTTGATTATTTTGTTTTCAAGAACTAAACCTATAACCATGTTTTTTTAATTGTTTTTTCCCCACTTATATTTAGAACTGCAGCTTATATAGTATTACATCACTGTCTGTTATTGTTTGTCCTCCTTAGGTTTCAGTCAATCATCAAGTTTATTAAAAGAGAGAAATAATACCCGGGGTCTCTCTATGATCAATGGCTTGATTGTTAATATTTAGAATTTGGAATAGTTTCAATTAAGTTGGAAGTCAAAATATTATCAAAACTAGATTTAAGTGATATATGTTTTCCATCCCAACTTCTTCACTTCTCTTCTGTTATTTCATAATCACAGTTATAACTGTTCTGGTCTTTCCTGAGTAATAGGCTCATAGCTACATTTGGCAGTGCAACTGGATCTAAAGGGATACGGTTTTTTCACATGAGTACTCCAGGCCTGAAGTGCTTTGGAGACAATTGCTTTATGCTGCTGGGAAAGCTTCACATGGCCACTAATGTTACTACAAAGTGGACTGTCAATCACAGGGGAAAAGATAACAGTCACAAGCTATTACACTGTAGCCACCAGCCTATTACTTGAGAAAGACCAGAATGTACTATGAGAAACAACAGAGACATTTTTTATTTCTTGTATATAATATCACCCATTGTCAGTAAGAGGCTAAAGTTACCAAGAAAACTTGAATTGAAACCAATGATTAAATATGGGGACGATAGATAGCTATAGCTATATAGATAGATATCAATTTCTCAGTAACAAATTACCCTAAAATATAGCATAAACATGTATCTTTTTCTCATACTTTGAGATTAATTTTAGGAACTGTTGAGTTGGTGCCTCTGGTCCAGAGTCTCATAAGATTACATATCAGTTGGGACTAAAGCTCTGGAGACTTGGTTGGGCCTGAGGATCTGTTTCCAACCAATGGTATTGGGCAGGAAGTTTCAGTTCCTTGGCCTATAGAGATTTCTTTCCATAGAACTGTCATGGCACTGTGGCATGGTTCTCCCCAGAGAGAGCTAGGAATCCAAACAGAAGCTCTGGTGTTTTATAATGGACTGTAAGAGGTAACAGTCCATTATTGCCATAGTATATTAGCTGTGAAGACAGCTCTGTGGTCCTCTGAATCACACAGGACCATGAGCACCAGCAAATATGAATCCCTGGACATCATTTTGAGGCAGGATACCCACCCACTGGATTTAAAGGGCAAGCAACCTTGCCTTTGTTGTCCAACTTGTAAATCTTTTATTTCTATGTTTATTTTAGAATTGTTTACATATAATTTTATAATTATATAATTATAATTGTGGCCATCTTTATCAACAGAAATTAGTTAAGAATTTTGTTTACATTATCAGTTCCCCTATCATATTCATTTCACTTTTTATTTCTAGATAATGAGAAGCAAAAGAAGGCTCTAAAGGTTGTCAGTCCAGAACTTAAGACTTGTGGAAAAAAAAAACCTATGTACCAGCTGTTTGGCCTGTCAAACTCTCTTTACAAGTTAATTGACAGTTGACATAGAAGCTGATACATGACAGTTTTTGACTGAACCTTTTCTAATAATGTGGTAGTCTTTATAGGCCAAGGGAGAACCAAATTGATTAAACTGGAGTTGTAATACAAAGACCTTTAAAGTCTCCTTTCCTTTTGAATAGCGACAGCAGGACAAGACGCAGTGTTGAGTGTGGAGGGAAGCTCAAGGACATGCATGTGCTTTACAGGAGCTGTTCTAGCACCATGGCAGAAATTATGCTCTGGCTTTTAAAGGAGAAGGAGGAACTGATTTGGGCTCCATTTTGCAACTTGCATGCTTAGCTAGATACAATGTTACAATCTTCATCGACACATGCTTAGCTTGATACAGTGGTGCAATGTTCATTCACACTGTTGAAACCTGATTTTCCTACTCTTCTCAGTTCTGGAAGGTGCCTTGGTTTGCATGGAGATTTTCTCATTCACTCTAAGTTTCCATTTTCCCAAAAAGCGCTACATCGTTTCATTTGATTATTATTTTTCTTCCCAG
Seq C2 exon
GAGAAAGATCCTCAACATTCCTTGAACGCCACACATCATGCTGATAAAATTCCTTTCCTTGAGTCACTGGGTTTACCCAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSRNOG00000003134:ENSRNOT00000004391:24
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.417 A=NA C2=0.463
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF103594=Fmp27_WPPW=FE(68.8=100)
A:
NA
C2:
PF103594=Fmp27_WPPW=PD(27.3=77.8)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]