DreINT0151605 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000073952 | slc4a7
Description
solute carrier family 4, sodium bicarbonate cotransporter, member 7 [Source:ZFIN;Acc:ZDB-GENE-140106-104]
Coordinates
chr16:42816777-42821949:-
Coord C1 exon
chr16:42821834-42821949
Coord A exon
chr16:42816935-42821833
Coord C2 exon
chr16:42816777-42816934
Length
4899 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AGAGTGAGT
5' ss Score
7.36
3' ss Seq
CGCTAATCTGTGCTCTATAGGTG
3' ss Score
7.44
Exon sequences
Seq C1 exon
GTCTTCTTGCGTCGCCCCAGTCGGCCCCGGGCATCCTGGAGAACAGTAAGTCCAGTGAAAGCCGAATAAATGGCACCGGTGGCAGCAGGGAAAATAGCACAGTGGACTTCAGCAGA
Seq A exon
GTGAGTTTCTTTCAGCTAGTTGTAGATGTTGCAGATGAGTTAAGACTGTTCAGACAACAGAATCACACAAACACAAATCAGCCCATTTTGACATAAAAAACTCAAATAATAATAATAATAATGATAATAATATTTGTATCATTTTATTTTTATTTGATTTATTCTGGAATGCAAATTTTCTTAAAAACAAAGCAATACGGTAAAAATTTTAATGCACTAAAAATACAACATCAATTAAAAACAGCTAAAATAAATTGGCTAATTAAAAGTGATCCATGTGCCTTTATGATATTTAAAAGTGAGAGCATTCCTTAATTTGCAGGCTTTGAATGAAAAAACTATTTTTACCACAGTCTTTTATAAGTTTACATGGTGGCTGATGATCATGAGACCCCCACATCATTTCACATTGTTTGTAAGTTTATTATTGTATTCCATTTAATCATGTTATTTGTTAAATTATGTTAAAAAATTTTTTAATTTGCATTAAGTGTAAAATATCAAATAAATATAACTAAAGGCATTGTACAAAATTGATCTGAAAAAAGCTAATATATACATACAGTGCTCAGCATTAATGAGTACACCCTTCACAGATACTGCTTTTAAATGAATATTTTCTATAGGATGCTTAACAATAGTATAGTGTTTGTCCATACACATAAGATTAATCAGGTCCAGAGCCAAAACTAAAACTAACCTAAGAAAAAAGCTTTTCAATTCAGTTTCAGAGTACAAAATATACACTACCTGAAATAAGTCTTGTCATTGATCCCAGTTGTAAGTGCAATAAACAATAACTTGACTTCTAGTTGATCATTTGGAAGTGTCAGAAGGTAGATTTTTTTTCTGATAAATGATCTGTTGAACTGCATCCCAATCATCACAAATACTGCAGAAGACCTATTAGAACCAACATGGACCTTAAGATTCTCAAAGAAATCAGTTAAGTTTGATGAAGGAAAAATCATGGATTGGGTTTGCATTCAGTATGAGGGCATGCAAGTGATCTGCAGAGTTGATGGCAACATCAACAGCCTGAGGTATCAAGACGTTTGTGCTGCCCATTACATTACAAACCACAGGAGAGGCAACATTCTTCAGAAGAACAGCGCTCCTTCTCACACTTCAGCCTCCACATCAAAGTTCCTGATGGCAAAGAAGGTCAAAGTGCTCCAGGATTGGCCAGCCCAGTCACCAGACATGAACATTATTGAGCATGTCTGGGATAAGATGGAGGGGGCATTGAAGATGAAATCAAAGTATCTTGTTGAACTCATTGAACGCTTTCTTTGGCATTCCAAATGACTTTATTAATTATTTTATTAATTATTAAGTTATTTGAGTCATTGCAGAGAAGTATAGATGCTGTCCTCCAAGCTCATGGGAGTCAAACACAATATTAATTCTTTTTCCACTGCACTATGCCTTTATTTTCTATACTGTACATTATTTCTGTTAAGTGTCAAGACTTTTGTCTGATCAAACTCGGATCTTGCTGTCCTAATTAAATCATTAAAAGTCAGGGCATGATCATATATAATTTTGTAAAATAAGCGTAATCTAGAGGCCTTTGCCTTTCAAGCCACTTCTGATACCAAATGATCAACTAGAAGTTATTGTTTGTTGTTCCTAAAAATTAAATAGGCGACAAGACTTTTGTCAGGTAGTGTAGTACACCTAAATTAATATGTTGGGTAAAAATATTTAATTTAATTTTAATAAACAGGAAAAATCAAGAGAAATATATATTTTAAAAAAAATCTAATTTAGTTTAAATGGCAAAAACTCCTTTGAATTAAAATTGTATTATCTTTTTATTCCTAAGCGTGTTCAGTGACCAGACTCTTATTATAATGCACAAAACTGCTAAATAAAATGGTCTTGTTTCAATGCACCAAAAAGTGTTGACTATATTCTCTGGGGAATGAATACAAATACTCATTTTCAAGGGGGGTGTAATTCTTTATGCTGAGCTTTGTATAGCAAACACTGAATGCTGTTCGTGTCTGTCTGGTTGATATCAGGACAGCCAGTCGCCTTTTCACTGTAGTTGCGGCTCTCTGGGAGTGGGCACCAAAAGGCCTGCTGTGAGTCTCTGCACGGTTCTAACTTCATGTGCTCCAGTGTGTGGCCATTGAGCGTTTGATGAGGTTGTGTTCGTGACTCTGTGATGTCTTCTCGAGTTGTTAACCATGTTATGATTACTGCATTATGTGTTGTGTTCAGTGATGTCGGAAGTGTCTTGTGAAAAAGGAACTATGATTCTGTTTTGATTTAGTTTAGTTTCAGCCTAGCAGGGAAAATAAGTATTGAACACATCATGTTTTTCCCTGGTAATAATATCTCTAAAGGAGCTGTTGACTTGGAATTGAACCAGATTTTGGTAAAAACCCAAACAGTACAAACATAAAAATATAACAAAACAAAACAACAACCCAAAAATGAATATGTAATAATAATGGAATGACACAAGGAGAAAGTACTGAACTAATGATTTAATACTTTATGTAAGAGGCTTTTTGGGTAATGGCAGCTTAAAGACGCCTCTCATATGGAGAAGAAGACAGACTTCAACAGAGTATAAAAATCTTGATGGTTCTGTGGGTTTCATCTATCAAATCTGAGCTTTATTTTGTATTCTCTATTGGATTCAAGGCAGGTGATTGGCTGGCCCATTCTACAGCTTGATTCTCTTTTGCTGAAAGTATTTGAGAGTTTTCTTTGCTGTGTTTTGGATCATTGTCTTGCTGAAATGTCCACCCTGGTCACCCTGCTAATGTAGATGTTGGACTGAAGCAGCTAATATTAATTTACAATGAGAAAGGGCAGACGGTTGCTGAAGAACTACTGAGAGATTGCAGCTGCTGTCTGGGCTTTTACTGTTTTTCTACACCTTTCTTCATGTGTTCAACACCTAGTTCCTGCATCATTTAATTTTATTATGCAGAACCTAATTTGTAAACTAATTAGATTTTTCTTTGCATTTGTGGATTTTCTTGGTTGTTACCAACATCCAGGGAAAATTTCAACTTAACAGCACCTTTAGAAATATGTTTTCTGAGAATACTTATTCAATACTTATTTTCCCTCTGTATATCAGGCTCTTTAAAGACATTGACAATTGGAAAATTCTGTCATCATTTACTCAGCCTTTACTTGTTCAAAACCAGTTTGAGTTTTTTTTTCTGTTGAACACAAAAGAAGATAATAAAGAATGTTGCAAACCTGTAACAATTGACTTTCATGCTGGGAAAAACAAATACTGTGGAAGTCAAGGGTTTTTCAGAAATATATTCTTTTGTGTTCAACAGAAAAGGAAAACTGGTTTGGTACAGGTGAAGGGTGAGTAAATGATGACCGAATCTTCATTTTTGGGTGACTTATTCCTTTAAAGCGAGACCTTCAGACACACTGGTATTTTTGTGATGAATCCAAAATAGTGGTTTAGTGAAATGTTTTTTTTATTGGATGTAAAGTTGTAAAAGTACCTACTTTTATTTGTTTATGTAGTAGATATCACACAATGAGCATAATTTTGTTTCTAATGTTGATTTATAAAACACTGTTAATTCATACTTTTTAATAATATATTTGTATTAATACATGATAAAACCTACAATAATCATTTTTATGAGACTAAATGCATTTAAAGCTTGTTTAATTTAAAGTATCAGTATTATGTTGTGACACACACAATATTTGGAATATAATACTTTTATTTACATATTTATTTACTCAACCTGTATACACACACACAAGAAAACTTCATCAGTGAATCAGTTCAAAGTTTTTCGTTCTTGTAACATTTTGAACAAATTCTCATGGTCTTATGTTTTAAACTAATACAGAAGCTCTAGACTAAAACATTTATTTTCTTCAACAAATGTCTTATAAGTTGCACACAATATTTAAAATATAATATTATTTAGCTATATATTTATTTACTCAACCTATATACACCCAAAAAAAAAAAAAAACGTCATCATTACTATATCAGTTCAGTCAAAGCAGTGATTCATACTTTTAGTAATGTTTTGAACAAATTCTCATGGTTGTATTTTTCAAACTAAAACCGAAGCTCTAAACTAAAACATTTGTTTGCTGTTTTTCAAAAAATGTCCTACAAGTTGAACATAAAATATTTGGAATGTAATATTTTTACGCTACATATTTATTTACTCATCCTATATACACCCATAAAATAAACGTCATTATTAGTAAATCAGTTCAGTCAAAGCAAAGTGTTTTGTTCTTTTAGTAATGTTTTGAACAAATTCTCATGGTCGTATGTTTCAAACTAAAACAGAAACTCTAAACTAAAACATTATTTTCTGTTTTTCAACTCGCGCCCACCTGTTTTGGACCATTGTCTTTGGGTGTTTGTAGTAGCTGTTTATTTGATCTCTTTTTCTGACTCTGCAACTGATGCTGAACTTTAGGTGAAGTCCTATTTTGCTTGGCGTTAGGTGACATCTTCCCATGAATACTGATCCTGGTTAGACAAACGTCACTCGCTAGGAGGAAAAACATTTCTCTAGACATGACTGGTTTGCATTCTGTAGCCTGTGGATTGTGAAAGATCACCTAATTCTCATGTGTCGCTGGTTTGGTGTAATAGTTTGTTGTGCAATTGTTTCTTTTGTTCATTGTCAGTGGTTTACTGTAGAATATATATATTTTTTTGTTTAATAGGACTTATGTTTGTCTGTGTTTCCATTGTCACTGATCACCACGTTAAACTGGCCTGACTAGAGTTTGTTTTATTTCCTTTTAATTTTTGCATGTTTACTTAAAGGAAAGAAGTGTTTTTTTCTGAATTTGGTTTTCTACTACAAACCTTGGTGTTACCCATTAGTGTCCATTATGAATGATCTTCCGCTAATCTGTGCTCTATAG
Seq C2 exon
GTGGACATGAATTTTATGAAGAAAATCCCGCCTGGGGCTGAAGCTTCAAATGTTTTGGTGGGGGAGGTTGATTTCCTTGAGCGTCCAATCATTGCCTTTATCCGACTCTCGCCTGCTGTTCTTCTCACCGGACTGACCGAAGTGCCCGTTCCGACAAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000073952:ENSDART00000112879:7
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.754 A=NA C2=0.011
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF075658=Band_3_cyto=FE(14.2=100)
A:
NA
C2:
PF075658=Band_3_cyto=FE(19.8=100)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]