DreINT0154648 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000076763 | sp2
Description
sp2 transcription factor [Source:ZFIN;Acc:ZDB-GENE-080410-1]
Coordinates
chr11:11999844-12004757:-
Coord C1 exon
chr11:12004564-12004757
Coord A exon
chr11:12001068-12004563
Coord C2 exon
chr11:11999844-12001067
Length
3496 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CGGGTAAGA
5' ss Score
9.84
3' ss Seq
CACTTTTTCTCTGCTTTTAGGTG
3' ss Score
11.64
Exon sequences
Seq C1 exon
GCCGGGAGAAGTGGGGAAAAGAAAACACATCTGCCACATAGCAGGCTGTGAAAAGACCTTTCGAAAGACTTCCCTGCTGCGAGCGCATGTCCGACTGCACACAGGAGAGAGACCTTTTGTCTGCAACTGGGTGTTCTGTGGAAAACGATTCACGCGCAGTGACGAGCTCCAGCGACACGCCAGGACACACACGG
Seq A exon
GTAAGAAATCTCCAAATATCAGGGTTCCCACAGGTTTTAAATAAGTAGTTTGAATGAACAGCAAAAACACATTATTAATGTATTTCAGATATTGAAAGGCAGGGGATTTGTTTTTCGCTTTAATTTTAGCTTTCATTTATCAAAATGTATCTTTATCGGAATGTTTCACTTTTATGGTTGATCTATTTTATGTTCCATTTTATTTCTGTCATGCTAACTCACTGGTAGTCACCAGATTGTGTCTGTTAATTAAGGCCAACATGTCAGGATCATGTTTATTTTAGGAGTTTTCAATTCAAAATGACCGATTCGAATACTTCACAGCCTTGCAAACATGAAGTACCTCAGATTTTGACAAAAAAACTTAGGTAAATTATCCATTGCTGTCCGTATAGTGGCTAATATGCTGATTTGTCACAGCCATGTCACCCTGCAGCCCAAGACCGGTTACTCACTGAAGCTAAGCAGGGCTGAGCCTGGTCAGTACCTGGATGGGAGACCACTAGGGAACACTAGGTTGCTGTTGGAAGTGGTGTTAGTGAGGCCAGCAGGGGGCGCTCAACCTGTGGTCTGTGTGAGTCCTAATGCCCCAGTAAAAGTGAAGGGGACACTACACTGTCAGTGGGCGCCGTCTTTCGGATGAGACGTTAAACCGAGGTCCTGACTCTCTGTGGTCATTAAAAATCCCATGGCACTTCTCGTGAAAGAGCAGGGGTGTAACCCCGGTGTCCTGGCCAAAGTCCCTCAATCGGCCCTTACGATCGTGGCCTCCCAATCATCCCCTTCCACCGAATTGGCTCTATCACTGTCCCTCCACTCCACCAATAGCTGGTGTGTGGTGAGCGCACTGGCGCTGTTGTCCTGTGGCAGCCGTCGCATCATCCAAGTGGATGCTGCACACTGGTGGTGGTGTGGAGAGACCCCCCTCATGATTGTGAAGCGCTTTGGGTGTATTGCCATACACAATAAATGCGCTATATAAATACACATTACATTTTTACATTTACATTTTCAAGCTAAAAACATTTTATTGTACTTTACATATAAAATAGTTGTTGACTTTTATTGCTTTTTTTGTTACTTTGACTTATTTTAATAAGTTCATCAGGTTTCAACTAAATTTAAGTTATACAAAGTTTAACTTAATATTTTTAGTCTGCTTGAAGTACATTCAGATGACTAAATTGATTTTTACTGGCGTTGAGCAGAAGAGTATGCAAAATCACTCCTACACAACTTTAAGCTTCCGACACCCGCTTGTAACACAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAGAGAAAGTTGACACGTTTGTTGTTACTGGCGATTCGAACAAGCATGAATGGTTCAAGTAGCAGTTCTAGCTTAAGCGTTAAAGAAAGGATTATTGTTCATCAGTGCAATGAGCAGTTCCACGTTCATGTCGCCTTGAGCATCTTCAATGTGCGCTCGCATTGACACTTGAGTGCCTCCAAGTGCTGTTTACTGTAACTTCAGCAGCTCCGTGCACATGAACAAAAGTGCCAGTCTGATTGGTGGAGAAAAAATGAGCACGAGGCATTTCTTGAAAAATGAAGCTTTTACGCCTAGTGTTGCGCGTTGGTGTGCATGATCACATTGGCGCACTTTATTTAGTCACGAGGCGTTAAACGTCGACCGAAAATGCGAGCAAAAAGCATCCCGTGTGCACGGGCCTTAAATAGGGTATATGCCGAGCTAGTGTTCTTCCCATGCTGATAAACTTCCGGTGACCTGTTATTGTCAGTTTTTTTTTTTCATCTTATACGGTTCCTTTTACAGCATCGATGTTGTATTGTAATAAAAAAAAAATCAGTTAAACAGACTTTGGCATTAATTTAGTTGCTCAAGCGTGAAAGACAAAAAGCCGTTTACTCGCGCGCACACACCCGTCAGAATCGGCAGGCTAGTGCAGAAGCTCCATTGAATATACTGGGGTAAAATAAATGCTCATATTATAAAGACATGGTGGGGGAAATGTAATTTAATGCAATGCTTCTTGTACAATCTGAGACCCACTTTATATCGTATATCATATCGAGTTCACCAGAAGCGTTTAAGCCAGGTTACTGGCAAATTAAAAGTCCTGTTAGCATGCTTTGGCATTAGGGGTGTCAAAATTAATTGTTTCTTTGGTGCACCGCGATGCAGATGCGGACAATTCGGTATCGATTCAGTAATAATCATAACCGGTTATTATGTACTGACGTCATTTATCTCCTATGCGCTCTGTCGTGAGGGAGGTGAGCGCCGGTATTTACAACACTCAGCCAACTCAGGGCCGGCCCGTGGCATAGGCACCATAGGCAAATGCTAAGGGCGCTGTACATCCAGGGGGGCGCCAGAAATGAGCGCGCTTCAGTTGGTTTTGTTTTCGACTTTCCTGACACACATTCAATTATAGACGGCAATAACTCAAAAACCTCTTACCCTAAAAAGATCTAAAGTGTGTTTCCTACAGAAAAACAAAGCTGGTTATGTTTCACAGCTGTCTTTTTTTTTTTTTCGCTCGACATTACGAGCACTGCTCCGTTTAAGCCCTCGCAGTCTGTGTTTACTTTAGCCGGCAGAGCTCGGGCTGAGAGGAGCTCTCAGTAAGGGACCGTCGGAAAAGTGCTTATTTTTGTCGTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTGGTTTTCTGCTCCGCTCAGTGCGAGCTCTCCCTGTTGCAAGGGCTTAAGTATGTGTGTTTGTGTGTGTGTGTGTGCGCACGTGTGTGTTTGTTTGTTTGATGCTGTCTATGTTTTTGAATGTGTTTGAATGAGAGACAGTGTGTTGCTGTGTGTCTGTGTGTTTATACAGACAGCATGTTATAGCCTCCCCCCTAAAATATAAAACTGTATATGGAAAGCATCGTCAATGCACCGTGATGCACCAAGATATCGAATTGAACCGAATCGATGGTATGATAATCGTAACCGAACCGAACCGTGAGACCAGTATAGGTTCACACCTCTATTTGGCATATACCCTATTGTGGAAATTACACTAAGAAATTCTTGTTAGTTTAATAAAATTGACTTTTCTAGTCATCTCAACTTCACCATCAATCAAACTGACTAAAAATGTTAAGTTAATCTTTGCATAACTTAAAAACTTTAGCTGAAGCCTGATTAACTACTATTGATAATGTTTTTATGCTACTTATTTTAATAAGTTTATTAGGTTTCAGCTTCAATTTTTAAGTTATGCAACTTTTAACTTAATTCTTTTCTTTTATATTTTTTAATTTTTTTAGTCAGTTTGATTGATACTGAAGTTGAGATGACTCACAGTTAATTTGATATAACTAAAAAAATGAAGGCAGCAAGATGTAGAGTAGATTGTGGAAATTAAGCTTGTTGTAGTTGGTGGAAGTTGGAGAATTCGCTTTATGGTTTAAAGTGGGAACCCTGAAATATATATGTGCGCAAAACACAAATGCAATGAATTGCCATTAAACACACTTTTTCTCTGCTTTTAG
Seq C2 exon
GTGACAAACGTTTTGAGTGCAATAAATGTCAGAAACGTTTCATGCGGAGCGACCACCTCACAAAGCATTACAAAACACACATCAACACAAAGAGCCTGTGAACAATGTCTTTCGTGAGATTTCAAGAACTTCATGGGGGGGTGAAAAAAGAAAAACAAGTGTTCCCTGGGCTTGAGGGATGGGCGGATATGGAAGTAAATCCCCATTCACGTGTACGACGTAGCCCTGGAAATTCACCTGTTAATACCAAGGCCTCGCCCTCATCTTCAGAGAAAGGCTCTCAGGCCGGAAAGTGTGACCCGCACTTAAAACTCATGAAGAACATGGATGCCGGTTGTGTCTTGGTGGTTTCCTCTGATATACAGAGCAGAACAAAGCACCAACAGACACTCCAGCCAAAAAAAGCAAGAAAAGAAGTTACTTCCCCCTTTTATTTACAGTTTTTCTCATTGTTTTAGCTTCACCATCCCCCCCTCACATGAAGTGTAGCAGTTATGGGCAGTGTTTCTTAGCTTTTATTGTGTAAATGTTTGTTTTCATACATACAAACATACATTTGTACATACTATGGACAATTTGAATACAAAAGCGATGCTTTGGACAAACTCTTTGACCCAGTTAAATTATTATTTTCTGTTGCTTTTTATTTTATTTAGAATTTTAAATGGACGCTTGAATTTGGTTTTAATAATATTAGAGGTTTTGGATTTGACATGCTTGTCGATGGTTTGACAATCATGTTGTATATAGAAGAGGGTGAATATCTTCAGACTTGCTACACGTTTAAAGGAATAATTTATTTAAAAAAAGATGTTGTAACGTATGCGGTGTGTGTGTGTGTGTGAGCGCGTATGTGTGTGTGTGTCTGATGAAGATTGCTTATGTCCATCAAAATCCCCCAAAAAAGTACTCATGTTTATTTTTTGATGTAAAGAAGGACTAAAATCTCACAAAGAAGGATGCGATGTGATTGTTTGCAATGTTTTACCATGTTTTTTTCGATTTATTCAAGGTACGTGTAAAGGAAATGAGGAATTTAATGCTTCTTTGCAGTCAGTCATTCCGCTTGAGTTCTCATCCAAGTTTTTGTCCAAGCTCTCTTAAAGAGGCCTTAAGAGGAAAAAGGAAAGGGTGCTTATGTATGTTTGTATATTGATTTTGTTGTATTTGGATGTAAAATGTAGGATAATTGTTACACAAATGTGTATTGGCTGTTGTTGCCAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000076763:ENSDART00000111919:7
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
Alternative protein isoforms
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.136 A=NA C2=0.030
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF134651=zf-H2C2_2=WD(100=42.4),PF134651=zf-H2C2_2=PU(41.7=15.2)
A:
NA
C2:
PF134651=zf-H2C2_2=PD(54.2=38.2)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]