DreINT0156055 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000086327 | srrm4
Description
serine/arginine repetitive matrix 4 [Source:ZFIN;Acc:ZDB-GENE-050208-34]
Coordinates
chr5:15294360-15301147:+
Coord C1 exon
chr5:15294360-15294498
Coord A exon
chr5:15294499-15300472
Coord C2 exon
chr5:15300473-15301147
Length
5974 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
ACAGTAAGT
5' ss Score
9.49
3' ss Seq
TTTGCTTTGTCTGCTTGCAGGTT
3' ss Score
11.18
Exon sequences
Seq C1 exon
ATCTGAAGATTGTGAAAAATCGGGTTTCAGAGACGGCGGTCGTTCATCAGATGTCCACGGAGGCGACGCATGCAGGTCGGCAGTCAAGCTGACCAATAAAATCTCCTCTAAGTGCTGCTGCCACTTTTCTGAAAGCACA
Seq A exon
GTAAGTGTTTTTGATGGCTACCTGATGCGCTTGCAGTGCCCAACTCTTGCTCTGTTTAAGGCCTTTGTGAGACCATCGATTTCTTTTTTGCTTAATGGATGTCAAGACCAAAAGCGATGTTGTTTTACACTTATCTGTTAAACTAATGCATTTGAAAGTCAGTGAGTGCACATCCTTTTGCTTACGGAAAAAAATAAGTGTGTTTTTTTTCACAATAAGGACTTGGATGAGGTAGTAAAGATTAAATGTATTTTTCTGTTATTGTTTTGTTTTGTAAAATAGCTAATGTAGTATTGCATTTTCTCTTTTTTAATAGAGACAATAATCCTCACTGTAGCAATGTCTTCAAGTGAGGTTATTTCTGTGGTTAGAGTTTTGAACCAACATGAGATTTGCATATTGCGCACATGCTTGACACATAATTTAAGCTTAAGTTAATTAACTTTTTTCAATGAGAGTGCTTTTCAAGTGTTTTCTGCTCTCAGTAATTACACTTGTTAAAAGTGACATCCAGCCTACTGCCTGACTCTAAATGCATCCACTCCAACAGAAAATATCAAACATCATTCAGTGAATTACAGTTTACCATCACGTATATATAATTACTAATAATATATTTATATTTAAGCATTATTTTAAGATTTTAAACTAATTCGTTCACTGCTTGTTTGCTATAAGGCTGTCAGATAAATCACTTTCCCCAAACTCAACCAGTAGTAATAATATTTTATGCATTTATAAACTTTAACAATTTGTCACCTTAGAATATTCTTATTAAATGATAACTTATTTACATTACATTTTAAGACTTTTTACTAAAAAATCATAATAATAATAATAAATCTAATGCACACACAAGGACCGGACTGCTCCATTGACAGCAGGAAAGACCAGAAAGAAACACAAAATCAGAATCGGCTAAATAATGCAGCACCACACAACATTGAGAACATTGAGAAGAAACCGAATTGATGCATAAATGTGATGATTTAGAAGCGTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTACATTTAGAAGAAACAGTTTTTTAAAAACAAACATATATATTAAATGTGATTTTTTTATTTATTTTTTGTATATATAGTGAGTTCAACATTTTTCAGTGTTGATTAAACTACTTTGCTCATTGTCTGTTTTCTTTTAAAGTCTTTAAATTCGATATTAAGCCTTGAAGGGCAAAAACTTTAATTCTTGGGTCATATAATGCAATAAATATAATCCAATAGCTCATATAAAGCATATAATTCTTTAAATATGCCATATTAATTGCGTAAAATTAACAGCTTCAGTGGACATATAGCACAGCCTTTTAGCTCAGCCTAATTTGAGCAAGAAAAAATAGTCATTCTAAAACATTAAATAAATGCTAAAGAAAACAAAAATGTATCTTTCTCTTTCAATATTTCTTTATAAGTAAAGCTTCAATTAATGATCTGCCAGATTGAACCTTATAATTCCAAGCAGAAAATTACTTTTAGAATTAGAAGGTTCTGTCTGCATTTGCCCTGTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTACCTCAGTTTGCAAATTTAAGAGAATTTTGATCATTTACCTTTAGCATACATTTTGGCTCTCTGTCATGTAAATGTATGAAAGAGAACCGTTAGACATATATTGTTTGCTATATAGAATGCAAAAACTTTGAAGCTCAATATCTTAAAATCATTCAGAATACAGATAGAACTTTATAATTCCAAGGTGATGAATTGTCAGTATGATTTTGTGCAATTGTGCTTAAAGATTTTTCAGGATGTGAAGAAAACTGTGGTTGTTTCTTTTAGTTTTTTTGGTTCGTTTTTATCTTTTTGTATTTATTTTTTATATATATTTGTTCTTTTTAAGAATTCCAAATACATTTAATTGATTTGTTGGCCCGTACGTGGGTCCTGGGTTGGTTTGCAATGCCCTTTCTCTGTTTAAGCCAAGTATGATTTGTTTTATGTACAAAAGCTGGCAAAAAAAAGCTGATGCCCTGCAAAATAAAATGTCCTTTCACATTTTACAGTTAGATTATTAAAACGTCCACGTATACGGTTGAAGTCAAAATTATTAGCCCTCCTAATAACTAATTTTGTAATAGCTAATTTTGTCTTTAATAATAGTCTAATAATAGTCTTTGCCATGAAGACTGGACATAATATTTTTCTAGTTATTTTGCAAGACACAGACTCAGCTTATAGTGAATTTAAAGGCTTAATGGTGCAGTAGGTGATTGTCTTCAGAAACATTTTTGTTGTGCCGGTTGAAAGTCTTTTCACAGTCTAAAAGTAATGATTAAAGTAAATGATCTAAATGTATTTATACATATTTCAATATTCAGGGTAAGGCGTAAATCTAAAAAATGTTCGTCCAATTAAAGTTTGTCAGGTTGACAATTCCCATAATTCTGATAATTAGCCCAAACTGTCTGTCAACAAATGTAGATTTTATACGTCTGCGTAGCTCTGTTCATGCAGATCGGCTGTTTGCGCACTCGCATTCACGTTAGAGCTTAGATTGGGCCCAAAAAATGAAATCCTACCCGAGCCCTTGCACCTTGTGTCGGAGCTGAACCCGGTCCGACACATTAACTGTAATTATGAACCCGAGCCCGATAATATGTATTAATACGATAATATTTAATATGTGGGCCGTTATATATGACTTTCCCCACTACAATTCTGAGATGTTAGAGCTACAGAAATGAGTTTAGATTGATCTTAATTAATAATGTAACAATGAACTGTAAACTGCATTGTCTGTTTATTCAGAATGGATCGGAACAAAAGAGGACATTGAAGGCTGACTATCATCCTTTTTTTTCTGCCATGGCAAGCCTGCTTCTTGACATGTTTCTGTTCATCCTGGAAGTCCCTATTTTTACGCCTCCTTCACACGGCACGTCTGAGCAGCACGTGTTTTATTCGGCATCCATGTAAATAATATACCGCACATAGAAGCAGCACGTGCAGAGCTTGAGCAGAGCTGAAGCAGCAGAGCCGCGATTATTTCAGTTCCGGGTCTATTTCAGCCTCAACTCACGCTCAATTAAAGTGACAGTGCATTGATAATGACCAAAACACATTGAATGACAGTAAAAATTAGCAATTTTACCCAATAAATGCATTGATGAGAGTGTGCCAGTGGAGGAGACGCTTATGCAGGAGCTAGAGCATTGCTGCGCATGACATGCGTTGGCAATTGTGTAACTTTGTAGACCCATACGTGTTGCTTTGGCCGACTTTGCTATATTTATATCATATTTCTAATTATGGCATAGGTTTCCACTCAATTAGGCTAAAAAAGTAAATACAGAAGAAAAATAAAACAAATGCTTGATCATGGCCCAGCTCACCCCAAAGACATTGGCAGAAAATATTGGCCGGGTAGGGGTCAAGTTTAGGCTTGGGCTCGGGCAGAGAATCTAAACTCTGATTCACGTACACATGAGAGAGTGACCAGTAAAACTAATTGCAGAATCAAACTTTTTAAAATCCTGAATCATTAATGGAGTTCCTTTTGCACGCTGGAGGAAGGATGACACCATGGCTGAAGTATTTTTCTTAGACAGGTAATATTATGTTTTAAAACTATTTTAGTCATTCAAAGCTGATGAAGATTACGTTGTTTTACGAATGGGTTATATGCACAGAAGTGTTGTTCATTGATGGGATTATTTTCAATTTCATAAGGTACATTTTACAGCATTGATTAGGTAGATTTTAATTCAGATACAACAGGAGTAAATAGCGCTTTTCCGCCTAGCCTGCTTTATTGAGCTGAAGCAAAGAGCATAGAATCATCAAAAGGCGACACTCTAGTGCGATTTGGGAAACGGCCACTAGATGGCATGGAGGCCATTTTTTAAAGAAAATTCCAATAGAACAACAGCATATTATAAGTCTGTAAAATCAACTATTAAACATGCTGATGATTGTAAGTGTTGTATTGTCGTCTTTCAGAATGAGTCTCAGCTTTATTTAAATAAATAAATAAAAAAACAAAGTAGCTGCTTGTCATCACAAAAGCAATAAGATCCAATGGACAGCCGATCGATTTCAATCCAAAACAGTGGAATCCGGGGCTGTTGCTGGGCGCTGCTGTGGCAATGGAACTTTCTATTGAATGTTGCCTCTTGGTCATTCTAAGCTTTTTGGCTGAAGTTTGTTTTATAATTACCTCACATTGGTTCATTTTTGAACAATGACAACCTATGATGCGCTCCCTATATTGTTTACCATGCTACTTTGAACATTCAGTCTGATATAGCATCTTTATGGTTCGTATTCGTGATTTCCAGAGGCGTGGCTTTAGACAGTGGTTCTCAAACTGTGGTATGTGTACCACTAGTGGTACGCAGGCTCCCTTCTGGTGGTATGTGGAGAAATGAAATATGTCATGTACATGCTACACACATTTCAAAATTTACCAAAAATGATGCATATTATATGCCATATATGACATATAGCCTATATTTCTGAGGTAATCTGCCACATTTTTTTAACTGTGCTGAGTTGTAGCTGCTTTACTGGGCCTACTACGCTACTGTATTTCAATACAGCTCATTTTGGTGGTATTTGGAGAGACAATTTTTTTTCTGAGGAGGTACTTGATGAAAAAGTTCGAGAACCACTGCTTTAGACAACAAGGGAGGCACTGTGTTTACAAAGATATTATGCTAACGGTTAGCATTTTTGCAGATCACCTACTGCACATTTAATTAGGTTAACTAGGCAAATTATTGGGCAACAGTGGTTTGTTAGCCAATCTAAAAAAAAACTTAAGGGTAATATTCAGCCTAAAAATAGTTGAAATACCAAATATTCCTTCAACCCAAATATTCACAGGAGGGCTAATAATTCTGCCTTTAACTGGTATACACAATATTAAAATAGCCACCTCTATCAGAGTTTGACCAATTCCACCATAAAAGTGTGATTGCTTTTTGTGCCATTGTAGCAAACCAGAATTTCACCAAAGCTTAGAAGCTTCATTCTATCCTTTTATATTCTATTTCGAATATATTTAAATGTATCCCAGCAGTCCCACAGTGTAAAATGAGAAGCGATTGAGGGCGCACAGCAGAGGTAAAGAAAAAGGCTGATGCCGATGTGTGGCAGAGTGGAGTTGGATTTAAAGAAGAGAGGGTTATTGTCTTTTTCTTGCACTTTACCACTCTAATGATGCACTTATGTCACCCGCTCTTCCCTTTTTCTTACACCTTACCTACTTAAGGAGGAAGTCTTGATTGGTAAGTCGATGCTATCCGCAGATTTAGGGACATACTATAGGCTGCTGGTGGACTTTAAAATCTCTTCCAACAGGGGACTAAAGCAGAAACATGTTCTTTTTTTTGTTTTTCTCAAGGATCTAGTTAGAGTGATGAAGATATTTCTTTTGTCTGCTTCCCTTTTCATATGATTATATTGTTTTTCTTTACTTAAGCCCATTCTGTGATGTCTGTTCAATGTTCTTTAAAGGACGAATACTTTCAAATGGGGGATTTCTGTTTCCTTTTCTTCTCTCTTTTTTTCCTGACTTTAAAGTAGCCGGAGTTTAATTCATGTAGATTCTTTTTACCCTCTTTTTTTTTTTTGGGGGGATCTGAATGTTTCTTTAATTTGCCTCTTTCATTAGCTTTGGTTCATTGTTTACTTTCTCTCTCTTCGAGTCTCTATTTCATTAGTTCCTTTTGTACGAGTTCTTGCTTTGTTCTTCTCGTTTCTTTTGAAATTTCTCGCATGTGACAGATTTGCATGGCGTTCTTTTAGTGATCTTTTAGTTTTTGTCCTTAAAAAAAAAAAAAAGAAGAGAAAAAAAGATTTATCTCCTCTCTGTGCTCTATAGGGACGTATGTGCCTTTTAAAGAGTACTCAAACTGCATCTTGCAGGTAGCAGATTAATAACAGCTTTGGTTTTTCTTGAGAAAAATGACAACTTTGCTTTGTCTGCTTGCAG
Seq C2 exon
GTTTCTCCATCACGTTCTGGGGTTGAGGGTTTAAGCAAAGTGGTGATTGTCCAGAATTCAGAATCCAGTGATGGCAAAAGACGTGCTGATTACGATTCAGGAAATGACACCTCTTCTCCGCCATCCAGTAAAACTGGCATCACGAGGTCAAAGGTTGCCGGAAATGGAAAGTTCTCATGTCTGACGTCTCCTGAGAAGCTGAGACTTGCTGATGGAGACAATGCGTCAGATTCAGGCAACTCACTAACCAGCTATGACTCTCTGGGTAAACCGCTGCTCAGAGAAAACACCCTGCATAGCTCTGTCTTCAGCAAACTTAAAGGGTAACATTTTTTACACTATTTCTGAATTTCATTGTCTCTGCATTTAAGTTATTGAACTTTTCAGCACTTTTTTAAATTAATTCCTATGGTGTAAAAAAAATTATTTGCATCTTACTGCATATTTGTCACACTATAACCTCCTAGGGGGCTTAGTGGCCACATACGTGGTCAGAGCTGATCGAAAAAAAAAGATTTTGTTCTGTAGTTTTTGCAAAATATGTTTAATCTAAAAGTGTCAAATATTGAAATTTTGTGCTGGCTTTTTATTCTCTTTTCATGTACTATGTTAAGCTGCTTTGATTTAATCTTTATTTAAAAAAGCTCTATAGAAATTTCAGTTATAATCTGAATC
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000086327:ENSDART00000145273:8
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.532 A=NA C2=0.694
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 1 annotated functions for this event
PMID: 27984743
Likely leads to nuclear retention and reduction of SRRM4 protein levels upon prolonged neuronal activity.
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]